鄂中地区8136例妇女HPV感染导流杂交法亚型检测的临床意义

目的分析鄂中地区人群HPV感染基因型别。方法采集8136例鄂中地区2009年8月至2010年7月武汉市商业职工医院门诊与住院患者宫颈口及颈管脱落上皮细胞,应用导流杂交法进行HPV分型检测。结果HPV阳性感染1437例（17．66％）,其中高危型感染检出1189例（占82．67％）,低危型感染检出141例（占9．74％）,中国人群常见亚型感染检出305例（占21．16％）,多重感染检出369例（26．68％）。单一感染者中高危型833人（57．97％）,低危型感染者72人（5．01％）,中国人群常见亚型感染者163人（11．34％）。根据年龄分层,〈25岁组HPV感染率相对较高,为21．17％（P〈0．05）;HPV高危型感染组中〈25岁比例较高,达17．80％。在1437例HPV阳性感染者中,单一感染者共1068例（74．32％）,二重感染占18．72％。最常见的交叉感染是高危型＋中国人群常见亚型合并感染（8．28％）。结论导流杂交法HPV基因型分型检测可为宫颈疾病流行病学及早筛早治提供重要线索,对于发现HPV感染的高危人群、积极控制HPV感染、具有重要意义。     

向下转膜法在乙肝病毒Southern杂交中的应用

目的评价向下转膜法在乙肝病毒(HBV)Southern杂交中的应用效果。方法用带有1.3倍HBV基因的真核表达载体转染HepG2细胞,使其产生瞬时HBV表达,72小时收集细胞并提取细胞总DNA,琼脂糖凝胶电泳后,以向上和向下两种方式转移在尼龙膜上;用化学发光标记和检测试剂盒将乙肝病毒基因片段标记成探针,再与向上和向下转膜后的尼龙膜进行杂交,判断产生明显HBV杂交条带所需的细胞总DNA量,从而验证向下转膜法在乙肝病毒Southern杂交中的应用效果。结果发现向下转膜后,检测HBV表达所需的细胞总DNA量极少,灵敏度高,0.5μg细胞总DNA电泳后转膜,即可检测出HBVDNA的表达,凝胶中仅有8%的DNA残留;而向上转膜所需的总DNA量大,灵敏度低,25μg的细胞总DNA电泳后转膜,仅能检测出弱的条带。结论向下转膜法是一种较好的转膜方式,适于对乙肝病毒的Southern杂交,值得推广应用。     

基因芯片技术检测细菌耐药性的研究进展

基因芯片技术是将无数预先设计好的寡核苷酸、cDNA、基因组 (Genomic)DNA在芯片上做成点阵 ,与样品中同源核酸分子杂交 ,对样品的序列信息进行高效的解读和分析 ,大规模获取相关生物信息。该技术应用领域主要有表达谱分析、基因突变及多态性分析、疾病诊断和预测、DNA测序、药物筛选、检测筛选耐药基因、微生物菌种鉴定及致病机制研究等。着重介绍了基因芯片技术检测细菌耐药性方面的国外研究进展。基因芯片可以大量、快捷地检测出细菌耐药性菌株以及引起细菌耐药性的基因的突变 ,由于其在检测中的高效率 ,因此要优越于传统的细菌学检测技术。基因芯片技术在细菌耐药性检测中有着巨大的应用价值 ,具有广阔的应用前景。     

泌尿生殖道主要病原体检测基因芯片的构建

为构建可同时检测单一样品中多种病原体的复合基因芯片,检索相关细菌的16S～23SrRNA间区基因序列,应用生物信息学软件针对不同细菌的共同序列和特异序列,设计通用引物和特异寡核苷酸探针并制成基因芯片。利用芯片对临床泌尿生殖道分泌物样本进行病原菌检测。80例样本中96％芯片检测结果与门诊回复结果符合,反馈的测序结果经BLAST软件对比分析,与其芯片检测结果一致。该泌尿生殖道病原体检测基因芯片设计合理,检测结果具有较好的重复性和可靠性。     

鸡胚公母性腺差异表达基因的基因芯片杂交筛选

采用Affymetrix公司鸡基因组芯片对9日龄鸡胚公母性腺总RNA进行了芯片杂交, 并对基因表达谱进行了分析。统计结果显示, 9日龄母鸡性腺表达基因数19 368个, 公鸡性腺表达基因数19 493个; 公母性腺绝对差异表达基因,即公鸡性腺表达而母鸡性腺不表达基因145个, 母鸡性腺表达而公鸡性腺不表达基因189个。绝对差异表达基因功能分类结果显示, 参与细胞组成、细胞加工和分子结合基因占多数, 部分基因参与细胞器组成、代谢加工、生物学调控以及催化反应和细胞信号转导等。值得注意的是, 本研究发现了一些已经报道同性别决定和分化有一定关联的基因, 如ASW、CHD1和SOX9等, 同时也发现了一些未知其同性腺分化和发育有关联的基因和编码假想蛋白的表达序列。进一步分析这些基因和表达序列的生物学功能和表达模式, 将对鸟类性别决定和分化机制的了解提供有益参考。     

结核耐药基因的基因芯片检测及临床应用

目的:采用基因芯片技术对结核分枝杆菌中常见耐药基因rpoB、katG及inhA进行检测,以了解结核分枝杆菌的耐药情况,及基因芯片技术检测结核菌耐药基因的临床应用价值。方法:收集40例涂片抗酸染色阳性并经分枝杆菌菌种鉴定芯片鉴定为结核的样本进行结核耐药基因检测。结果:40例样本中,14例无法判读结果,占35%,检出26例,检出率为65%。其中,无突变的野生型21例,占52.5%;突变型5例,总突变率为12.5%;3例rpoB基因的531点单独突变(TCG→TTG),突变率为7.5%;2例katG基因的315点单独突变(AGC→ACC),突变率为5%。结论:结核耐药基因芯片试剂盒检测结核菌耐药基因时针对单个菌落,用痰样本直接检测耐药基因虽能简便快速地了解结核分枝杆菌的耐药情况,但会出现一些无法判读的结果,原因须进一步探讨。     

直接杂交法检测基因组的单拷贝基因

本文叙述一种用于基因组限制性图谱研究的Southern印迹术的改良方法。正常和地中海贫血DNA经限制性内切核酸酶完全消化及凝胶电泳分离后,进行干印,变性与中和处理,再和相应的珠蛋白基因探针杂交。修改过的凝胶杂交法具有简便、经济和省时等优点,可对单拷贝基因进行灵敏、可靠的检测,因此能用于遗传病的产前诊断和DNA多态性的分析。作者还就此法与现存的探针制备系统合用的可行性作了扼要讨论。     

抑制消减杂交结合cDNA微阵列技术鉴定人肾癌组织高表达基因谱

为克隆肾癌组织高表达基因, 探讨肾癌发生、发展的分子基础, 以人肾癌组织mRNA为试验方, 正常肾组织mRNA为对照构建抑制消减杂交文库. 用文库379个克隆制作基因芯片, 以同位素标记探针对文库进行高通量筛选, 对肾癌组织中表达增高6倍以上的67个克隆进行测序, 结果在GenBank中进行比对分析, 其中4个克隆为新EST片段, 2个为KIAA类基因, 其余克隆为已知基因. 其中已有文献报道的肾癌相关基因, 如VEGF, 波形蛋白, 组织因子等, 大部分为新发现的肾癌相关基因, 包括锌带蛋白、垂体瘤转化基因1等. 3个EST及一些在肾癌组织中高表达的已知基因以Northern杂交、RT-PCR作了验证. 免疫组化与Western blot进一步证实锌带蛋白与垂体瘤转化基因1在肾癌组织中表达显著增强. 这些高表达的基因可能成为肾癌诊断、治疗的潜在靶点, 有助于从基因谱的角度进一步认识肾癌发生、发展的分子机制.     

高通量流式荧光微球悬液芯片检测乙肝病毒基因分型

目的:建立HBV基因分型高通量液相芯片检测技术,并探讨其应用价值.方法:对GenBank中收录的明确分型的HBV基因序列进行分析,选择preS2-S区设计引物和A、B、C和D型特异性探针.与荧光编码微球偶联的特异型探针与一条引物生物素标记的PCR产物直接杂交反应,然后结合亲和素标记的藻红蛋白,用流式检测仪(Bio-Plex 200)检测荧光信号.检测182份阳性乙肝患者血清DNA,其中35份样品检测结果与测序法比较.用B、C型质粒DNA倍比稀释及混合样品检测灵敏度来评估该方法.结果:建立了HBV基因分型的快速高通量液相芯片检测方法.182份患者血清检测结果为:B型占24.2％ (44/182),C型占71.4％(130/182),D型为6.6 ％(12/182),BC混合型4.4％(8/182).其中35份样本与测序法比较,除3份混合型测序法未检出外,其它32例结果均相同本方法的灵敏度检测下线为1×103 copies/mL.结论:应用悬液芯片技术进行乙肝病毒的基因分型分析,具有较好的特异性和较高的灵敏度,并有简便、灵活和高通量等优势.该检测系统不仅在科研中有广泛的前景,也有望成为临床推广的多重分子诊断和基因分型的新方法.     

反向点杂交法快速检测HPV基因型的临床应用

应用反向点杂交法(RDB)的原理,针对HPV 6B, 11, 16, 18, 31, 33和35设计了7条序列作为未标记的特异性寡核苷酸(SSO)探针,分别固定在尼龙膜条上,形成7个点,再与经PCR扩增的样品DNA序列杂交,即可在一个膜条上分辨出这7型HPV中的任一型.此法快速简便,特异性高,不存在假阳性;且因PCR灵敏度高,亦不易出现假阴性.用PCR-RDB法检测保存的宫颈癌组织石蜡包埋标本32例,结果:HPV16阳性22例(68.8%),HPV18阳性5例(15.6%),HPV16/18双重感染2例(6.3%),阴性仅3例(9.3%).     

液相杂交快速检测特异DNA

检测特异DNA片段的方法中,传统Southern blot技术由于其高度可重复性及能够显示条带大小的特性,一直是DNA检测的“黄金标准”.但是杂交时间长,步骤复杂,放射性污染等问题亟待解决.为了简化Southern blot,研究使用了一种液相杂交快速检测DNA的方法,即使用异硫氰酸荧光素(FITC)标记的dUTP掺入探针后,在溶液中与待检测DNA样本42℃下杂交,然后琼脂糖凝胶电泳检测荧光杂交信号.利用质粒为模板,优化了探针制作、杂交液组成、杂交时间和温度等参数.在FITC-dUTP∶ dTTP比例为1∶3、模板质粒浓度为50μg、1×杂交缓冲液(25 mmol/LTris,10mmol/L EDTA,8mmol/L Nacl,PH =8.0)中95℃变性5～9 min和42℃杂交3h的实验条件下,可检出1.2μg的质粒,探针灵敏度为7.3 ng/μl.这种方法不需要转膜,曝光,大大节约了时间,简化了操作,荧光检测也为该方法同时检测多色样本提供了可能,可广泛应用于核酸检测.     

两种前S蛋白与HBV复制关系的初步研究

乙型肝炎病毒(HBV)前S基因及其产物的发现有助于认识HBV复制规律。一些研究提示:前S_1蛋白是完整病毒颗粒表面的必要成分,其存在与HBV复制密切相关,前S_1检测能敏感和特异地反映HBV复制状态。另一些研究则认为:前S_2蛋白含有人多聚白蛋白的结合位点,并提出前S_2蛋白为HBV复制的新标志。为探讨HBV复制与两种前S蛋白之间的联系,本研究应用原位分子杂交分析一组慢性肝炎患者肝细胞内HBV DNA,同时检测肝细胞内HBsAg、HBcAg与两种前S蛋白,综合分析两种前S蛋白在HBV复制中的地位和作用。     

PCR检测血清HBV DNA

本文利用ＨＢＶ ＤＮＡ基因组ｐｒｅＣ和Ｃ区的一套引物,以ＰＣＲ法检测了２６例健康正常人血清和９５例免疫标志各异、临床症状不同的乙肝或可疑乙肝患者的血清,前者无１例检出ＨＢＶ ＤＮＡ,后者共检出的６６例血 清存在ＨＢＶ ＤＮＡ。该方法特异性强,适用于检测任一亚型的ＨＢＶ ＤＮＡ,一轮ＰＣＲ最低可检出０．１ｐｇ的ＨＢＶ ＤＮＡ。     

检测低拷贝数HBV DNA含量的临床研究

目的:了解不同试剂在应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)以及巢式PCR方法在检测低拷贝数的HBV DNA量的差异与灵敏度。方法:用上海复星医学科技发展有限公司(A方法)检测出了68例HBV DNA结果为5.1×101-1.0×103拷贝数/亳升的低拷贝数标本。然后,三家不同公司的试剂(方法 B、方法 C、方法 D)对这些样本进行复核。另外,巢式聚合酶链反应PCR法检测此68例标本。随访巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA的病人。结果:用四种方法(A、B、C、D)检测的68个样本的HBV DNA拷贝数结果如下:无拷贝(0,9,12,4);101-102(21,17,18,22);102-103(47,36,28,35),大于103(0,6,10,7)。同时,用巢式聚合酶链反应检测此68例标本,有55例检测为阳性,有13为阴性结果。巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA含量的病人,随访发现此10病人有8例均在1~3月后出现HBV DNA的反跳,并伴肝功能的不正常,其HBV DNA的含量均在104拷贝数/毫升以上。结论:目前所用的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的方法和试剂对低拷贝数HBV DNA存在不稳定性和不确定性。巢式PCR法对低拷贝数HBV DNA的检测灵敏度要远高于实时荧光定量PCR法。该研究提示测对抗病毒治疗过程中患者进行低拷贝数HBV DNA的检将提供有效的药物评价和预后信息。     

检测低拷贝数HBVDNA含量的临床研究

目的:了解不同试剂在应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)以及巢式PCR方法在检测低拷贝数的HBV DNA量的差异与灵敏度.方法:用上海复星医学科技发展有限公司(A方法)检测出了68例HBV DNA结果为5.1× 101-1.0× 103拷贝数/毫升的低拷贝数标本.然后,三家不同公司的试剂(方法B、方法C、方法D)对这些样本进行复核.另外,巢式聚合酶链反应PCR法检测此68例标本.随访巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA的病人.结果:用四种方法(A、B、C、D)检测的68个样本的HBV DNA拷贝数结果如下:无拷贝(0,9,12,4);101-102 (21,17,18,22);102-103(47,36,28,35),大于103(0,6,10,7).同时,用巢式聚合酶链反应检测此68例标本,有55例检测为阳性,有13为阴性结果.巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA含量的病人,随访发现此10病人有8例均在1～3月后出现HBV DNA的反跳,并伴肝功能的不正常,其HBV DNA的含量均在104拷贝数/毫升以上.结论:目前所用的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的方法和试剂对低拷贝数HBV DNA存在不稳定性和不确定性.巢式PCR法对低拷贝数HBV DNA的检测灵敏度要远高于实时荧光定量PCR法.该研究提示测对抗病毒治疗过程中患者进行低拷贝数HBV DNA的检将提供有效的药物评价和预后信息.     

Detection of Babesia bovis Using DNA Hybridization1

ABSTRACT. Plasmids containing inserts of Babesia bovis DNA were prepared and clones suitable for use in the diagnosis of B. bovis infections were isolated. Dot blot hybridization with DNA from these plasmids, which probably contain repetitive sequences, can detect after an overnight exposure 100 pg of B. bovis DNA, which corresponds to the amount of DNA present in 50 μl of 0.01% parasitemic erythrocytes. No detectable cross-hybridization was observed with Babesia microti, Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Boophilus, or cow DNA. A small amount of cross-hybridization was observed with 10 ng Babesia bigemina DNA. Use of these probes in a hybridization assay may be helpful in the diagnosis of babesiosis in cattle and ticks, in the confirmation of strain identities, and in correlating virulence with particular strains of Babesia.     

Detection and Classification of Trypanosoma cruzi by DNA Hybridization with Nonradioactive Probes

ABSTRACT. Total or kinetoplast DNA (kDNA) from 72 isolates and clones of Trypanosoma cruzi as well as from nine related trypanosomatids were analyzed by dot hybridization using nonradioactive kDNA or cloned minicircle fragments as probes. Biotinylated-kDNA probes generated by nick-translation proved reliable for distinguishing Zymodeme 1 and Zymodeme 2bol of T. cruzi parasites. In contrast, digoxigenin-labeled kDNA obtained by random-priming did not distinguish among T. cruzi isolates but did distinguish among New World leishmanias. Cloned minicircle fragments labeled with digoxigenin gave the same results as digoxigenin-labeled kDNA, except for a 10-fold decrease in sensitivity. Digoxigenin-labeled DNA probes proved useful in unambiguously detecting T. cruzi from different geographic regions of America. However, T. rangeli and T. cruzi marinkellei were not distinguished by these probes.     

Detection of Viral DNA Sequences in Adenovirus-Transformed Cells by In Situ Hybridization

Cytological preparations of cells transformed by members of three groups of human adenoviruses, adenovirus 12, 7, and 2, were annealed with radioactive complementary RNA (cRNA) (4 x 10(7) to 4.5 x 10(7) dpm/mug) prepared by copying viral DNA with the Escherichia coli DNA-directed RNA polymerase. These in situ hybridizations detected adenovirus-specific DNA sequences in interphase nuclei when transformed cells were annealed with homologous viral cRNA, but not with heterologous viral cRNA. The highest autoradiographic grain counts were found over adenovirus 7-transformed cell nuclei, next over adenovirus 12-, and the lowest over adenovirus 2-transformed cell nuclei. This is the same order as found by reassociation kinetic measurements (K. Fujinaga and M. Green, unpublished data).     

PCR-微孔板杂交法检测不同人群TTV DNA

根据报道的TTV全序列设计引物和探针,建立PCR-微孔板杂交法,检测81例正常人群、92例职业献血员123例甲～庚型肝炎、32例非甲～庚型肝炎、48例原发性肝癌患者的TTVDNA.结果表明TTV在以上五种人群中的阳性率分别为3.7%、4.3%、21.1%、28.1%、52.0%,前者与后三者比较有显著性差异(P＜0.05),TTV合并HBV二重感染占重叠感染的54.0%.这揭示不同人群均存在TTV感染,正常人群和职业献血员存在健康携带状态,甲～庚型肝炎和非甲～庚肝炎病人为高危人群,TTV可与各型肝炎存在重叠感染,TTV除经血传播外,存在其它传播途径,TTV感染与ALT及TBIL的升高密切相关.     

PCR—微孔板杂交法检测不同人群TTV DNA

根据报道的TTV全序列设计引物和探针,建立PCR－微孔板杂交法,检测81例正常人群、92例职业献血员123例甲－庚型肝炎、32例非甲－庚型肝炎、48型发性肝癌患者的TTV DNA。结果表明TTV在以上五种人群中的阳性率分别为3．7％、4．3％、21．1％、28．1％、52．0％,前者与后三者比较有显著性差异（P＜0．05）,TTV合并HBV二重感染重叠感染的54．0％,这揭示不同人群均存在TTV感染,正常人群和职业献血员存在健康携带状态,甲－庚型肝炎和非甲－庚肝炎病人为高危人群,TTV可与各型肝炎存在重叠感染,TTV除经血传播外,存在其它传播途径,TTV感染与ALT及TBIL的升高密切相关。