抑癌基因PTEN在胃癌中的研究进展

近年来国内外的学者在多种肿瘤中发现抑癌基因PTEN的等位基因缺失、基因突变、甲基化,PTEN基因杂合性丢失(LOH)频繁的发生于胃癌,而该基因发生突变的频率较低,蛋白表达普遍下降.抑癌基因PTEN异常与胃癌的发生和发展相关,对PTEN功能的进一步研究将为胃癌的诊断和治疗提供新的思路.     

抑癌基因和肿瘤转移

目前肿瘤治疗最棘手的问题,莫过于肿瘤细胞对传统治疗药物的抗性和肿瘤转移,所以,进一步研究肿瘤细胞的抗药性和转移的分子基础,已成为提高肿瘤治疗和预后的热点问题。本文就肿瘤转移过程中抑癌基因变化的研究进展作一介绍。肿瘤转移是个有多种基因参与的过程。在此过...     

续随子ElFAD2基因的序列及表达特性分析

为了研究油酸脱氢酶(FAD2)基因ElFAD2对续随子(Euphorbia lathyris L.)中不饱和脂肪酸合成的调控作用,该研究在续随子转录组数据的基础上经筛选获得ElFAD2基因序列,并对其序列及表达特性进行分析。序列分析结果显示,ElFAD2基因全长1 907 bp,ORF长1 152 bp,共编码383个氨基酸,包含有典型的脂肪酸去饱和酶结构域。续随子ElFAD2蛋白理论等电点为8.08,属于稳定蛋白,包含4个跨膜区和3个保守的组氨酸簇。基于FAD2的系统发育分析表明,续随子与同科植物乌桕(Triadica sebifera L.)的亲缘关系最近。荧光定量PCR分析发现,ElFAD2基因在不同器官中均有表达,且在花后15 d的种子中表达量最高,在叶与花后30 d及45 d种子中的表达量相当,而在根、茎、花中的表达量最低。该研究结果为深入探讨续随子ElFAD2基因的生物学功能提供了基础数据,也为解析续随子种子中脂肪酸合成的分子机制奠定了基础。     

DLG1: Chromosome Location of the Closest Human Homologue of the Drosophila Discs Large Tumor Suppressor Gene

The Drosophila discs large tumor suppressor protein, Dlg, is the prototype of a newly discovered family of proteins termed MAGUKs (membrane-associated guanylate kinase homologues). MAGUKs are localized at the membrane-cytoskeleton interface, usually at cell-cell junctions, where they appear to have both structural and signaling roles. They contain several distinct domains, including a modified guanylate kinase domain, an SH3 motif, and one or three copies of the DHR (GLGF/PDZ) domain. Recessive lethal mutations in the discs large tumor suppressor gene interfere with the formation of septate junctions (thought to be the arthropod equivalent of tight junctions) between epithelial cells, and they cause neoplastic overgrowth of imaginal discs, suggesting a role for cell junctions in proliferation control. A homologue of the Dlg protein, named Hdlg, has been isolated from human B lymphocytes. It shows 65-79% identity to Dlg in the different domains, and it binds to the cytoskeletal protein 4.1. Here, we report that the gene for lymphocyte Hdlg, named DLG1, is located at chromosome band 3q29. This finding identifies a novel site for a candidate tumor suppressor on chromosome 3.     

新的肿瘤抑制基因-ARLTS1

小分子GTP蛋白涉及肿瘤发生中多条信号通路的改变。类核糖基化因子肿瘤抑制基因1（ADP-ribosylation factor-like tumor suppressorgene1,ARLTS1）,是小分子GTP蛋白Ras超家族中ARF家族的成员之一。该基因是低显性基因,可因启动子超甲基化而失调。有两种ARLTSl的多态性与肿瘤的家族风险相关。ARLTS1表达下调与部分肿瘤发生有重要关系,而恢复其表达则会诱导caspase依赖的细胞凋亡发生,并减少肿瘤的体内生长。通过基因微阵列实验发现,转导ARLTS1基因诱导细胞凋亡过程中众多涉及细胞存活、增殖和发育的信号通路。     

Analysis of Tumor Suppressor Genes Based on Gene Ontology and the KEGG Pathway

Cancer is a serious disease that causes many deaths every year. We urgently need to design effective treatments to cure this disease. Tumor suppressor genes (TSGs) are a type of gene that can protect cells from becoming cancerous. In view of this, correct identification of TSGs is an alternative method for identifying effective cancer therapies. In this study, we performed gene ontology (GO) and pathway enrichment analysis of the TSGs and non-TSGs. Some popular feature selection methods, including minimum redundancy maximum relevance (mRMR) and incremental feature selection (IFS), were employed to analyze the enrichment features. Accordingly, some GO terms and KEGG pathways, such as biological adhesion, cell cycle control, genomic stability maintenance and cell death regulation, were extracted, which are important factors for identifying TSGs. We hope these findings can help in building effective prediction methods for identifying TSGs and thereby, promoting the discovery of effective cancer treatments.     

Comparative Genomic Sequence Analysis of the FXR Gene Family: FMR1, FXR1, and FXR2

Mutations in the X-linked gene FMR1 cause fragile X syndrome, the leading cause of inherited mental retardation. Two autosomal paralogs of FMR1 have been identified, and are known as FXR1 and FXR2. Here we describe and compare the genomic structures of the mouse and human genes FMR1, FXR1, and FXR2. All three genes are very well conserved from mouse to human, with identical exon sizes for all but two FXR2 exons. In addition, the three genes share a conserved gene structure, suggesting they are derived from a common ancestral gene. As a first step towards exploring this hypothesis, we reexamined the Drosophila melanogaster gene Fmr1, and found it to have several of the same intron/exon junctions as the mammalian FXRs. Finally, we noted several regions of mouse/human homology in the noncoding portions of FMR1 and FXR1. Knowledge of the genomic structure and sequence of the FXR family of genes will facilitate further studies into the function of these proteins.     

抑癌基因OVCA1的研究进展

随着肿瘤分子生物学技术及学科的发展,人们认识到癌症是一种基因疾病,肿瘤的发生发展是多种基因参与的复杂过程,包括癌基因的异常激活和肿瘤抑制基因失活。新近分离鉴定的重要的肿瘤抑制基因——卵巢癌基因1(OVCA1)在多种肿瘤中存在高频率的缺失和突变,对多种癌细胞增殖有明显的抑制作用,可能作用于肿瘤发生的早期阶段,在哺乳动物中高度保守,提示在细胞中具有重要作用;OVCA1可能具有调控细胞周期、翻译、DNA损伤及胚胎发育等生物功能,具体作用机制尚不明确;体外研究显示,OVCA1的缺失表达导致肿瘤发生可能与周期蛋白D1上调表达、P16下调表达相关,与p53基因突变可能存在相互作用;OVCA1的缺失表达与卵巢癌发生发展及预后密切相关,与宫颈癌及人乳头瘤病毒感染、乳腺癌等恶性肿瘤的关系尚在研究中。我们简要综述了OVCA1基因的国内外研究进展,为卵巢癌等恶性肿瘤进行基因水平的诊治提供理论依据。     

抑癌基因ARID1A在肿瘤中的研究进展

染色质重塑复合物相关基因在癌症中频繁突变,这种现象逐渐引起研究者的重视。然而,染色质重塑活动如何引起癌症发生,对此机理研究甚少。ARID1A是SWl／SNF（BRG1相关因子）染色质重塑复合物中的一个亚基,具有DNA结合活性,可以与富含AT的DNA序列特异性结合。近来基因组测序发现,ARID1A在卵巢癌、肝癌、胃癌、乳腺癌等肿瘤中频繁发生突变,这些突变导致ARID1A在肿瘤中表达降低,表明ARID1A是个潜在的抑癌基因。该文将针对ARID1A在各种癌症中的缺失及失活机制、ARID1A的生物学功能和潜在抑癌机理以及与,临床预后之间关系等方面做一综述,以期为肿瘤诊断、治疗提供新思路。     

克氏肺炎杆菌NiFe-氢酶基因的克隆与序列分析

采用CLUSTAL-W软件对Swiss-Prot蛋白数据库中已报道的NiFe-氢酶大亚基氨基酸序列进行比对分析,找到保守区并根据此设计兼并引物。利用其中一对引物进行PCR得到一条大小约为1000bp的DNA序列,并根据此序列设计引物进行反向PCR得到整个NiFe-氢酶的序列。再利用生物信息学软件对此氢酶的序列进行二、三级结构预测及大小亚基的对接(docking)。结果表明克氏肺炎杆菌的NiFe-氢酶属于一类膜结合放氢酶(Ech氢酶)。     

藤茶香树脂醇合成酶基因编码区克隆及表达分析

为研究藤茶(Ampelopsis grossedentata)三萜类化合物的生物合成,采用RT-PCR方法,从藤茶叶片cDNA中扩增得到香树脂醇合成酶(amyrin synthase)基因,命名为AgAS。该基因编码区长2 250bp,编码750个氨基酸,与葡萄的同源蛋白亲缘关系最近。亚细胞定位和Southern blot结果表明,AgAS编码蛋白主要定位于细胞核与细胞膜,在藤茶基因组中存在2个拷贝。实时荧光定量PCR结果显示,AgAS基因在紫芽藤茶的根、茎和叶均有表达,其中叶片中表达最高,茎次之,根中表达量最少,且随着叶片成熟程度的增加,表达量呈先升后降趋势;而在绿芽藤茶中,AgAS基因在叶片中的表达量随着成熟程度的增加呈上升趋势,根与茎中表达量相对较少。     

抑癌基因Pdcd4的表达调控及产物泛素化研究进展

程序性细胞死亡因子4(programmed cell death4,Pdcd4)基因是近年新发现的一种抑癌基因,它的表达产物通过抑制相关基因的转录和翻译抑制肿瘤生成.Pdcd4在多种人肿瘤组织细胞中表达缺失或低表达.有研究发现,5'CpG岛的甲基化可能是脑胶质瘤中Pdcd4基因沉默的主要原因之一.另外,在多种肿瘤细胞中发现microRNA-21的表达水平与Pdcd4蛋白的表达呈负相关性,microRNA-21在转录后水平调控Pdcd4,其作用位点位于Pdcd4mRNA的3′-UTR区.肿瘤细胞中Pdcd4的表达水平与细胞对抗肿瘤药物的敏感性有关,上调Pdcd4表达会增加细胞对某些抗肿瘤药物的敏感性,反之,下调Pdcd4表达则会引起某些药物细胞毒活性的减弱.有些药物本身也可以影响细胞中Pdcd4的表达水平.Pdcd4可以抑制p53的乙酰基化.Pdcd4蛋白能被蛋白激酶Akt/PKB磷酸化,引起Pdcd4的核易位,并减弱Pdcd4对转录激活因子AP-1的抑制作用.Pdcd4可以被蛋白激酶S6K1磷酸化并在泛素连接酶SCFβTRCP介导下经泛素化途径降解.     

癌基因和抑癌基因研究进展

癌基因和抑癌基因的发现和研究是肿瘤研究史上的一个里程碑,标志着肿瘤研究进入了分子时代,从而在更深层次上为阐明基因的结构、表达、调控、功能的改变与肿瘤形成的关系提供了科学依据和可能性,具有重要的理论和实际意义。本文概述了癌基因和抑癌基因的最新研究进展。     

水稻中一个人类肿瘤抑制基因同源物的克隆与表达分析

用同源筛选方法,从水稻 (Oryza sativa L.) 基因组文库中分离到一个与人类肿瘤抑制基因QM具有同源性的基因,命名为OSQM1.该基因包括4个外显子和3个内含子,编码219个氨基酸,其中有46个碱性氨基酸,其等电点高达11.02.同源性搜寻发现此基因存在于真核生物中而且保守性较强,表明它可能具有重要的作用.Northern分析结果表明,它在不同的水稻器官中都有表达,但在花和愈伤组织中的表达水平明显低于其他营养器官.它在根和叶中的表达水平受环境因素的影响.     

水稻中一个人类肿瘤抑制基因同源物的克隆与表达分析(英)

用同源筛选方法 ,从水稻 (OryzasativaL .)基因组文库中分离到一个与人类肿瘤抑制基因QM具有同源性的基因 ,命名为OSQM1。该基因包括 4个外显子和 3个内含子 ,编码 2 19个氨基酸 ,其中有 4 6个碱性氨基酸 ,其等电点高达 11.0 2。同源性搜寻发现此基因存在于真核生物中而且保守性较强 ,表明它可能具有重要的作用。North ern分析结果表明 ,它在不同的水稻器官中都有表达 ,但在花和愈伤组织中的表达水平明显低于其他营养器官。它在根和叶中的表达水平受环境因素的影响。     

多发性骨髓瘤患者13q14．3区域一个候选抑瘤基因MYETSl的克隆与序列分析

为克隆位于多发性骨髓瘤(multiplemyeloma,MM)患者染色体13q14．2～13q21．1区域候选抑瘤基因．通过生物信息学分析获取疾病基因定位区域内代表新基因的ESTs,并运用半定量RT—PCR检测它们在正常人与MM患者骨髓组织中的表达水平,发现一条在MM患者骨髓组织中明显表达下调的EsT(cenBank收录号：H86826)．Northern印迹杂交显示H86826在骨髓组织中转录本大小为1．5kh．通过购买商品化克隆IM．AGE223589测序获得了H86826所代表的基因的1491bp全长cDNA序列(GenBank收录号：AY368652)．人类基因组命名委员会将其命名为MYETSl(myeloma tumor suppressor1)．生物信息学分析其为一个编码分子质量为15．1kD、等电点为6．13的135个氨基酸的新基因．该基因的功能正在进一步的研究之中．     

多发性骨髓瘤患者13q14.3区域一个候选抑瘤基因MYETS1的克隆与序列分析

为克隆位于多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)患者染色体13q14.2～13q21.1区域候选抑瘤基因,通过生物信息学分析获取疾病基因定位区域内代表新基因的ESTs,并运用半定量RT-PCR检测它们在正常人与MM患者骨髓组织中的表达水平,发现一条在MM患者骨髓组织中明显表达下调的EST(GenBank收录号:H86826).Northern印迹杂交显示H86826在骨髓组织中转录本大小为1.5kb.通过购买商品化克隆IM-AGE223589测序获得了H86826所代表的基因的1491 bp全长cDNA序列(GenBank收录号:AY368652),人类基因组命名委员会将其命名为MYETS1(myeloma tumor suppressor 1).生物信息学分析其为一个编码分子质量为15.1 kD、等电点为6.13的135个氨基酸的新基因.该基因的功能正在进一步的研究之中.