糖脂转运蛋白家族新成员人类GLTPD2的生物信息学分析

人类糖脂转运结构域2蛋白(Glycolipid transfer protein domain containing 2,GLTPD2)是糖脂转运蛋白(Glycolipid trans-fer protein,GLTP)家族的一个新成员,其功能目前尚不清楚.研究的目的在于通过生物信息学分析,预测人类GLTPD2的结构、...     

肝细胞癌中HIF-1α与PHD2的表达及临床意义

目的 研究HIF-1α和PHD2在肝细胞癌（HCC）组织中的表达,并分析其与临床病理特征间的相关性及临床意义.方法 应用免疫组化Envision法检测103例HCC组织、14例癌旁组织及13例正常肝组织中HIF-1α和PHD2的表达.结果在HCC、癌旁组织、正常组织中HIF-1α阳性表达率分别为63.1%、35.7%、0%,差异显著（P≤0.05）,其阳性表达与肿瘤大小、脉管瘤栓、分化程度、TNM分期均有显著差异 （P〈0.05）.PHD2在HCC组织中表达阳性率明显低于正常肝组织 （P≤0.05）.HCC中PHD2表达水平下调与肿瘤大小、分化程度、TNM分期的差异有统计学意义（P〈0.05）.生存分析显示HIF-1α阳性组与阴性组2年生存率分别为53.8%（35/65）、81.6%（31/38）,差异有统计学意义（P〈0.05）.Cox多因素分析显示肿瘤大小、脉管瘤栓、HBsAg阳性及HIF-1α的表达是影响HCC的独立预后因素.HIF-1α和PHD2表达呈正相关（r=0.219,P〈0.05）.结论 HIF-1α和PHD2的异常表达与HCC的一些恶性进展临床病理特征相关,提示其可能参与肝癌的发生、发展、侵袭,有助于肿瘤的预后分析.     

多基因模型在肝细胞癌预后中的应用

利用较少分子信息预测肝细胞癌类型对患者的个性化治疗十分关键。探索已知的与肝细胞癌预后相关的信号通路,共发现41个关键基因。随后,运用机器学习的方法对其构建风险预测模型,并在4个肝细胞癌数据集上进行验证。结果显示,该模型能将肝细胞癌患者分成两个预后差异显著的类型:癌症基因图谱(The cancer genome atlas,TCGA)数据集交叉验证的平均log rank P值为0.03;其他测试数据集的log rank P 值分别为0.000 38、0.002 1和0.01。生物信息学分析显示肝细胞癌的预后与细胞周期等信号通路显著相关,并筛选出12个潜在的肝细胞癌分子标志物。研究结果表明,基于41个基因构建的肝细胞癌预后模型具有较好的稳健性和准确的风险预测能力。     

基于公共数据库分析TCF3在胃癌中的表达及临床意义

[目的]探讨TCF3在胃癌组织中的表达水平及其与临床预后的相关性。[方法]通过GEPIA、ULCAN数据库分析TCF3在胃癌组织中的差异性表达、临床病理资料以及与错配修复基因之间的关系,并利用Kaplan-Meier Plotter数据库绘制TCF3与胃癌患者生存预后曲线。根据Spearman相关系数寻找胃癌中和TCF3作用相关的基因,另外对TCF3及其相关基因进行G0/KEGG富集分析,找出其中最具差异性的生物学注释,最后使用String数据库搭建TCF3蛋白质和上下游蛋白的调控互作网络。[结果]胃癌组织中TCF3表达水平明显高于正常胃组织(P<0.05),而且TCF3与错配修复基因MLH1、MSH2、MSH6、PMS2之间存在显著相关性(P<0.001),另外TCF3表达与肿瘤组织分化程度高低、是否感染幽门螺旋杆菌有关(P<0.05)。生存分析数据表明TCF3表达量越高,胃癌患者的总生存率和进展后生存率越低(P<0.001)。生信富集分析结果显示TCF3及其相关基因在生物遗传信息保存、细胞周期、肿瘤发生发展方面有重要作用(P<0.05),蛋白质网络提示...     

联合TCGA和GEO数据库筛选乳腺癌易感基因

本研究是利用公共基因芯片数据库筛选乳腺癌的预后基因,预测和探索这些基因在乳腺癌进展中的可能机制和临床价值.首先,我们筛选了公共基因芯片数据库(gene expression omnibus,GEO)GSE22820和癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)乳腺癌数据库的重叠差异表达基因,联合R语言分析乳腺癌组织与癌旁正常组织差异表达的基因;其次,基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络图,分析并识别了中枢基因和前3个模块;之后进行了更多的功能分析,包括基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析以及基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA),以研究这些基因的作用以及潜在的潜在机制;最后进行了Kaplan-Meier分析和Cox比例风险分析,以阐明这些基因的诊断和预后效果.相关数据分析表明15个基因的表达水平与生存预后相关,高表达基因患者的总生存时间短于低表达患者(P＜0.05);Cox比例风险分析表明UBE2T、ER-CC6L和RAD51这3个基因是预后生存的独立因素(P＜0.05);GSEA分析表明在UBE2T、ERCC6L和RAD51基因中细胞周期、基础转录因子和卵母细胞减数分裂明显富集.最终,我们得出结论,这3种基因标志物的高表达是乳腺癌预后不良因素,可作为预测乳腺癌患者转移和预后的有效生物标志物.     

T细胞分化蛋白2在肝细胞癌中的表达及其临床意义

目的:观察T细胞分化蛋白2(Mal2)在肝细胞癌(HCC)中的表达并探讨其临床意义。方法:采用免疫组织化学染色方法检测226例HCC患者的肿瘤组织和86例正常肝组织中Mal2蛋白的表达情况,并分析其与HCC临床病理指标的关系。通过生存分析比较不同Mal2表达水平患者的生存情况,并分析影响HCC患者生存情况的危险因素。结果:Mal2蛋白在HCC肿瘤组织中的表达水平显著高于正常肝组织(P0.05)。Mal2蛋白表达水平增高与HCC患者血管侵犯、淋巴结转移和较高的TNM分期相关。生存分析表明Mal2蛋白高表达组患者术后生存率显著低于低表达组患者(P0.05)。Mal2阳性表达、血管癌栓形成、淋巴结转移及较高的TNM分期是影响HCC患者术后生存时间的独立危险因素。结论:Mal2蛋白在HCC组织中呈过表达趋势,且与肿瘤转移密切相关,可能在HCC的诊断与预后判断中有一定的应用价值。     

基于生物信息学分析宫颈癌中TGFBI的表达及临床意义

为探究转化生长因子-β诱导基因(TGFBI)在宫颈癌(CESC)中的表达及临床意义,利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics、Kaplan-Meier Plotter数据库及Ualcan数据库分析TGFBI在CESC中mRNA及蛋白的表达情况,TGFBI表达与CESC临床特征的关系及其对CESC患者预后的影响,TGFBI在肿瘤组织中的甲基化情况。利用Timer数据库分析TGFBI基因与肿瘤免疫细胞浸润的关系。结果显示:TGFBI在CESC中高表达;在CESC组织中TGFBI甲基化表达水平较正常宫颈组织降低;TGFBI表达与CESC患者的各临床病理参数之间具有一定的相关性,TGFBI表达与CESC患者的组织类型、种族、年龄、肿瘤纯度、放疗、T分期、N分期、M分期、淋巴结转移数量相关(P<0.05)。生存分析表明,TGFBI高表达使CESC患者的总体生存及无病生存率降低(P<0.05)。本研究阐明了TGFBI在CESC组织中高表达可作为CESC诊断、治疗效果及评估预后的判定指标之一。     

BAIAP2L2在肝癌中的表达及临床意义

脑特异性血管生成抑制剂1相关蛋白2样2(brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like 2, BAIAP2L2)是一种上皮特异性BAR结构域蛋白,近年来被发现在多种肿瘤中高表达,然而在肝癌中的角色尚不清楚。本文通过生物信息学方法,探讨了BAIAP2L2在肝癌中的表达、生物学意义及潜在的临床应用价值,旨在为BAIAP2L2作为肝癌的新型标志物提供理论依据。文中首先从TCGA和ICGC数据库下载肝癌m RNA-seq、mi RNA-seq、DNA甲基化数据及临床病理资料,从HPA数据库获取蛋白质表达数据,以比较癌组织和癌旁组织中BAIAP2L2的表达差异,分析BAIAP2L2表达与肝癌临床病理特征的关系。随后,采用受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线评估BAIAP2L2表达水平在肝癌诊断中的性能,通过绘制生存曲线比较不同BAIAP2L2表达组患者的生存差异,并利用Cox回归计算风险比(hazard ratio, HR)。最后,利用mi RWalk...     

人肝细胞癌预后不良相关基因的生物信息学分析及其临床意义

目的:筛选肝细胞癌(HCC)预后不良相关基因,并探讨其临床意义。方法:在基因表达综合数据库(GEO)中获取符合分析条件的肝细胞癌全基因组表达谱数据并分析得到差异表达基因(DEGs),再运用生物学信息注释及可视化数据库 (DAVID) 和蛋白相互作用数据库 (String) 分别进行功能富集分析和蛋白质互作用网络的构建。利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)和Cox比例风险回归模型对相关差异基因进行预后分析。结果:找到一个符合条件的人类HCC数据库 (GSE84402),共筛选出1141个差异表达基因(DEGs),其中上调基因720个,下调基因421个。基因功能富集分析和蛋白质互作用分析结果显示CDK1、CDC6、CCNA2、CHEK1、CENPE 、PIK3R1、RACGAP1、BIRC5、KIF11和CYP2B6为HCC预后的关键基因。TCGA数据库和Cox回归模型分析显示CDC6、PIK3R1、RACGAP1和KIF11的表达升高,CENPE的表达降低与HCC预后不良密切相关。结论:CDC6、CENPE、PIK3R1、RACGAP1和KIF11可能和HCC的预后不良相关,可作为未来HCC预后研究的参考标志物。     

肝细胞癌相关差异基因的生物信息学及预后分析

肝细胞癌是全球癌症相关死亡的主要原因,目前对肝细胞癌的发病机制研究尚不完善,探索肝细胞癌发生、发展相关的分子标志物及其预后具有重要意义。从GEO数据库获得肝细胞癌组织和非癌组织的基因表达阵列数据GSE84402,利用GEO2R筛选差异表达基因;采用DAVID数据库对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,并从网络中筛选出核心基因(hub genes);结合KM plotter数据库的临床信息对hub genes进行预后分析。结果显示:共得到1 307个差异表达基因,其中上调基因741个,下调基因566个,这些差异表达基因主要涉及细胞分裂、细胞周期、DNA复制及物质代谢等生物学过程及生物通路。通过GO、KEGG及蛋白质相互作用网络筛选出BUB1、BUB1B、CCNA2、CCNB1、CCNB2、CDC20、CDK1、MAD2L1、PLK1等9个hub genes,进一步分析发现hub genes均与细胞周期的调控相关,表明细胞周期的调控失常在肝细胞癌的发生、发展过程中具有重要作用。生存分析显示9个hub genes在肝细胞癌患者中均为表达上调的基因,且与患者预后不良相关,这为寻找肝细胞癌患者预后相关生物标志物的研究提供了线索。     

原发性肝细胞癌组织中Beclin 1的表达及其意义

目的：探讨原发性肝细胞癌（HCC）组织中Beclin 1的表达及其在肝细胞癌发生发展中的作用。方法：应用免疫组化EnVision法检测54例肝细胞癌组织及其癌旁组织中Beclin 1的表达,分析其与肝细胞癌的病理分级、临床分期、侵袭及转移等临床病理因素的关系。结果：HCC组织中Beclin 1阳性表达率明显低于癌旁组织（X2=7.53,P〈0.01）。病理分级Ⅲ～Ⅳ、TNM分期Ⅲ～Ⅳ、存在静脉浸润和淋巴结转移的肝癌组织中的Beclin 1表达水平明显低于病理分级Ⅰ～Ⅱ、TNM分期Ⅰ～Ⅱ、无静脉浸润和淋巴结转移的肝癌组织（P〈0.01）。结论：HCC组织中存在Beclin 1表达缺失,可能与HCC的发生有着密切的关系,且对HCC的恶性生物学行为有重要影响。     

SSBP1在乙肝相关性肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:研究SSBP1在乙肝相关性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及其与患者临床病理特征的关系,为肝癌的诊断和预后判断提供参考依据。方法:收集血清乙肝病毒表面抗原(HBVs Ag)阳性的HCC患者组织标本216例,采用免疫组化和Western blot检测癌及癌旁组织中SSBP1的表达水平,并进行统计分析。结果:SSBP1蛋白在癌组织中的表达水平明显高于癌旁组织(P0.05)。SSBP1表达水平与肿瘤数量、肿瘤大小、门静脉癌栓和肿瘤分级具有显著的相关性(P0.05)。SSBP1低表达患者术后总生存期及无复发生存期明显优于SSBP1高表达的患者(P0.05)。结论:SSBP1在HCC的发生发展过程中发挥重要作用,特对患者的预后判断具有一定的参考价值。     

抗凋亡蛋白Survivin和Ki-67在肝癌组织中的表达及相关性研究

目的:观察抗凋亡蛋白Survivin和Ki-67在原发性肝癌(PHC)中的表达并探讨其临床意义.方法:采用免疫组织化学S-P法检测34例原发性肝癌组织、14例癌旁正常肝组织中survivin和Ki-67的表达情况.结果:原发性肝癌组织中survivin的阳性表达定位于细胞浆和细胞核,阳性表达率明显高于癌旁正常肝组织(P＜0.05);Ki-67的阳性表达主要定位于细胞核,其阳性表达率亦明显高于癌旁正常肝组织(P＜0.05).二者的阳性表达与原发性肝癌患者的性别、年龄、肿瘤大小无相关性(P＞0.05),与淋巴结转移、组织分化程度及癌栓是否形成有关(P＜0.05);此外,二者在原发性肝癌组织中的表达呈显著正相关(P＜0.05).结论:Survivin和Ki-67在原发性肝癌组织中表达上调,均与原发性肝癌的组织分化程度及癌栓是否形成密切相关;检测survivin和Ki-67的表达有助于原发性肝癌的预防、治疗和预后评估.     

Smo 蛋白在肝癌和肝硬化中的表达及临床意义

目的:研究Smoothened(SMO)在肝癌和肝硬化中的表达及临床意义。方法:选取组织标本后,运用石蜡包埋,切片后,HE染色,构建组织芯片,免疫组织化学和原位杂交方法检测Smo蛋白在肝癌和肝硬化中的表达。结果:Smo蛋白在肝癌细胞浆、良性肝肿瘤组织细胞浆、肝硬化组织中强染色,在正常组织中无染色。并且在典型肝硬化中强染色,在中度肝硬化中弱阳性。结论:Smo蛋白表达与肝癌的发生有关,Smo基因的高表达可能激活某种机制而参与诱导肝癌的发生。可能是通过异常激活Sonic hedgchog信号通路,从而诱导肝癌的发生与发展。     

STAT3, beta-catenin 在原发性肝细胞癌组织中的表达及其与临床病理参数的关系

目的：探讨信号转导子和转录激活子3（STAT3）及beta- 连环素蛋白（beta-catenin）在原发性肝细胞癌（HCC）中的表达及其与临床 病理特征的关系。方法：使用免疫组化SP两步法检测120例HCC、30 例癌旁肝组织、30例肝硬化组织及30 例肝血管瘤标本中正 常肝组织的STAT3 蛋白及beta-catenin的表达,分析STAT3 蛋白和beta-catenin 表达与HCC 临床病理特征的关系,并采用Spearman 等级相关分析法探讨HCC 组织中STAT3 蛋白与beta-catenin 的相关性。结果：STAT3 蛋白在HCC、癌旁组织、肝硬化组织、正常肝 组织中的阳性率分别为64.17%、13.33%、43.33％及0.00%,阳性表达主要位于细胞质,茁-catenin 在HCC、癌旁组织、肝硬化组织、 正常肝组织中的阳性率分别为62.50%、16.67%、33.33%及0.00%,阳性表达亦主要位于细胞质。STAT3 及beta-catenin 在上述各类组 织中阳性率,差异均具有显著性（P<0.05）。HCC中STAT3蛋白阳性率在不同年龄、肿瘤大小、甲胎蛋白（AFP）、病理分化程度及门 脉癌栓组间差异有统计学意义（P<0.05）。HCC 中STAT3 与beta-catenin 表达呈显著正相关（P<0.05）。结论：STAT3 及beta-catenin 在 HCC 的发生、发展中起着重要作用,且二者表达强度呈显著正相关。     

抑癌基因p53 在肝癌组织中的异常表达及临床意义

目的:探讨抑癌基因p53在肝癌组织中表达及临床意义,为肝癌的治疗提供新的思路。方法:回顾性分析了2006年1月～2009年8月收治的40例肝癌患者的临床资料,采用免疫组织化学法测定肝癌组织、癌旁组织和正常组织中抑癌基因p53的表达,并分析不同肿瘤分化程度患者p53的表达。结果:p53阳性表达率在在肝癌组、癌旁组分别为47.5%和2.5%,在正常组未检测到p53阳性表达,三组之间比较有显著性差异(x2=6.515,P=0.024);高分化癌P53蛋白阳性表达率低,中低分化癌P53蛋白阳性表达率高,组比较均有显著性差异(P<0.05),中、低分化组之间比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论:在肝癌组织中存在p53基因的高表达,其阳性表达与肿瘤分化程度有关。     

miR-224 在原发性肝癌患者血清中的表达及意义

目的：原发性肝癌(primary hepatocellular carcinoma, PHC) 作为常见的恶性程度极高的肿瘤,严重威胁着人类的生命。 miR-224 是近年来发现的一个肿瘤相关miRNA 分子,在肿瘤的发生及发展过程中发挥着重要的作用。本研究通过测定原发性肝 癌患者血清中miR-224 的表达水平,探讨血清miR-224 与原发性肝癌预后的关系。方法：采用实时荧光定量RT-PCR (Real-time RT-PCR)方法,分别检测40 例原发性肝癌患者,20例慢性肝炎患者,20 例慢性肝硬化患者及20 例正常人的血清标本中miR-224 的表达水平。分析血清miR-224 的表达水平与AFP和MMP-9的相关性。结果：原发性肝癌患者血清miR-224 的表达水平明显高 于正常人、慢性肝炎和慢性肝硬化患者(P<0.05)。皮尔森相关分析结果显示原发性肝癌患者血清miR-224 的表达与AFP 和 MMP-9 呈正相关。血清miR-224 低表达组术后复发/转移率显著低于高表达组,术后生存率则高于高表达组(P<0.01)。结论： miR-224 在原发性肝癌患者的血清中呈高表达,其血清表达水平与原发性肝癌的临床预后密切相关。这提示我们,miR-224 可能 成为新的原发性肝癌检测标记物和潜在的原发性肝癌预后分子标志物。     

环氧合酶-2在卵巢癌中的表达及其临床意义

目的：探讨COX-2的表达与卵巢癌生物学关系。方法：采用免疫组化SP法,分别测定12例正常卵巢组织、16例良性卵巢肿瘤、70例卵巢癌组织中COX-2的表达。结果：70例卵巢癌组织中COX-2阳性表达62例,明显高于正常卵巢组织,COX-2与临床分期、及淋巴结转移均有一定关系,与病理类型无关。结论：COX-2与卵巢癌的发生、发展及转移有关,可作为观察卵巢癌进展的重要指标。