肠道病毒的基因分型研究进展

肠道病毒是最常见的感染人类的病毒,其传统的抗血清中和分型等方法均有不少缺点。分子生物学的发展使能应用反转录-聚合酶链反应和扩增产物测序的基因分型方法对肠道病毒进行分型。本文着重介绍了肠道病毒基因分型的依据及其特点。     

对人肠道病毒及其感染的再认识

长期以来,由于人肠道病毒种类众多,以隐性感染为主,引起的疾病症状从轻到重、表现多样,病原检测手段有限等原因,人们对人肠道病毒及其感染的基础与临床研究缺乏全面了解和认识。随着病毒学、分子生物学等技术的发展,特别是近年来各国频发人肠道病毒所致手足口病的流行,有必要对其及所致疾病再认识。     

小鼠冷冻胚胎和精子SNP遗传鉴定方法的建立

目的建立小鼠冷冻胚胎和精子SNP(single nucleotide polymorphism)分型方法,用于冷冻胚胎和精子快速遗传鉴定方案。方法以中科院上海实验动物中心(国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心)提供的小鼠冷冻胚胎和精子为样本,采用全基因组扩增技术和PCR-LDR分型技术建立小鼠冷冻物SNP遗传鉴定方法。结果全基因组扩增技术能大幅度增加冷冻胚胎样本的DNA总量;PCR-LDR分型方法适用于小鼠全基因组45个SNPs的分型;分型确定C57BL/6,BALB/c,FVB/NJ等胚胎和精子各10种近交系,SNP位点信息与测序结果一致;小鼠冷冻胚胎个数与SNPs检出个数成正比,当胚胎数达到12以上时SNP检出率100%。结论实现近交系小鼠冷冻胚胎和精子快速SNP基因分型及遗传质量鉴定。     

多位点测序分型技术在病原微生物分型鉴定中的应用

多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播分布情况进行追踪监控。目前,MLST技术已被广泛应用于原核病原菌及一些真核病原菌(如真菌)的分型鉴定中。主要对MLST技术的原理及其在一些常见病原菌分型鉴定中的应用进行了简要的阐述。     

2018-2021年广东汕头手足口病病原谱及CVA6/CVA10基因特征分析

本研究旨在通过对手足口病（Hand, foot and mouth disease,HFMD）病例的病原学标本进行肠道病毒分型鉴定,和对CVA6和CVA10开展VP1基因全长序列分析,探究广东省汕头市HFMD病原谱及CVA6和CVA10基因进化特征,为当地HFMD肠道病毒监测及预警提供一定的技术支撑。将汕头市病原监测哨点医院2018-2021年的HFMD样本进行RT-PCR肠道病毒病原学分型,筛选出CVA6和CVA10样本进行VP1区全长基因扩增和测序,并通过系统进化分析、同源性和突变位点分析了解其遗传进化特征。结果显示,2018-2021年共监测到HFMD阳性样本706份,其主要病原体为CVA6和CVA10。CVA6和CVA10流行株分别属于D3和C2亚型。CVA6样本VP1核苷酸和氨基酸的相似性分别为91.37%～100.00%和92.79%～100.00%,与2010年的中国台湾株高度同源（GenBank:JQ946055.1）。CVA10样本VP1核苷酸和氨基酸的相似性分别为92.28%～100.00%和96.98%～100.00%,与2014年的广东株高度同源（GenBank...     

无绿藻的微生物学特性和菌种鉴定

无绿藻是直径3~30μm不等的单细胞微生物,进行无性繁殖,内含特征性内孢子。无绿藻病是一种罕见、散发疾病,目前认为小型无绿藻、中型无绿藻、P.blaschkeae和P.cutis对人有致病性。直接镜检、真菌培养、组织病理学是无绿藻分型鉴定的传统方法,近年来,分子生物学技术可将菌株鉴定至亚种或变种,成为无绿藻分型鉴定又一重要手段。为提高对无绿藻这一条件致病真菌认识,该文对无绿藻的分类、流行病学、结构特征、药物敏感性及鉴定方法进行综述。     

2016-2020年安徽省手足口病流行病学特征及CVA6基因进化分析

为了解安徽省2016-2020年手足口病（Hand, foot and mouth disease,HFMD）流行特征与病原谱构成，及分析CVA6(Coxsackievirus A6, CVA6)VP1区基因进化情况。本研究收集2016-2020年安徽省HFMD病例流行病学资料，描述性流行病学方法分析病例三间分布情况。随机选取480份HFMD其他肠道病毒阳性咽拭子样本，RT-PCR扩增肠道病毒VP1基因片段，测定基因序列并鉴定其他肠道病毒基因型别。生物软件分析部分代表性CVA6基因序列相似性并构建系统发育树。流行病学结果显示，2016-2020年安徽省HFMD发病率仍处于较高水平，但重症病例与死亡病例数有所减少，5个年度均以其他肠道病毒流行为主，五岁以下散居儿童为主要患病人群，男女性别比为1.50∶1。2016-2019年度发病均呈现为双峰流行模式。病原分型鉴定结果为CVA6 215例（215/245,87.76%）,CVA1016例（16/245,6.53%）,CVA412例（12/245,4.90%）,CVA51例（1/245,0.41%）,CVA21例（1/245,0.41%）。...     

环境介质中病毒生态的研究

病毒是许多人及重要经济动、植物病患的病原。一些病毒在环境中可因条件不同而生存数小时到数月, 并在水、气、士中迁移达若干公里。现有的污水处理方法对病毒, 特别是肠道病毒效果欠佳, 土地处置原污泥以及污水灌溉的水果和蔬菜能传播人肠道病毒。即使小至一个组织培养的感染剂量(病毒)也可引起人的疾病, 因此对环境介质中, 特别是饮水和食物中的少量病毒的去除也是重要的。现有的指示物不能确切地指示粪便污染, 更不能充分反映人肠道病毒的污染。大肠菌噬菌体在地表水、地下水和污水中比人肠道病毒更呈持久性, 还有许多适于选择分析技术特有性能, 因此很可能在一定条件下用它作人肠道病毒的指示物。作者对我国今后需要开展的研究提出了建议。     

高通量基因型分型技术及其在水稻中的应用

作物种质资源遗传基础的深入认识与高效利用,对于品种改良和粮食安全具有重要意义。传统系谱考察的方法对指导育种实践发挥了重要作用,随着分子生物学的发展,基因组学和高通量SNP分子标记等基因型分型方法可以更便捷地对种质资源进行鉴定。就基因型分型的主要方法进行了总结,重点论述了以SNP为核心的下一代高通量测序(NGS)分型方法、竞争性等位基因特异性PCR(KASP)和SNP芯片系统,以及当前主流的SNP分析工具和数据库。同时,介绍了高通量SNP分型技术在水稻研究中的进展,并就分型技术在作物育种等领域的应用和发展趋势进行了展望。