基于16S rRNA基因序列对织纹螺属的分子系统学分析

研究利用线粒体16S rRNA基因序列片段,对织纹螺属6亚属11种动物进行分子系统学分析。结果显示,种内遗传距离(0～0.007)与种间遗传距离(0.019～0.088)无重叠,这表明线粒体16S rRNA基因能较好地反映织纹螺种间的亲缘关系; 而亚属内遗传距离(0.018～0.031)与亚属间遗传距离(0.028～0.083)存在重叠,表明线粒体16S rRNA基因不能对一些贝壳形态相似的亚属进行区分。同时,确定了疑难种灰白织纹螺Nassarius(Zeuxis)canaliculatum的分类地位,并与相似种西格织纹螺N.(Z.)siquijorensis进行了对比; 确认了秀丽织纹螺Nassarius(Hima)festivus应属于Hima亚属;建议保留单型亚属Varicinassa的有效性。     

织纹螺科一新种记述(腹足纲,前鳃亚纲,新腹足目)

在整理浙江沿海织纹螺科标本时,经传统方法和分子生物学方法鉴定发现1新种,即拟半褶织纹螺Nassarius (Zeuxis) semiplicatoides sp.nov..隶属于腹足纲、新腹足目、织纹螺科、织纹螺属、Zeuxis亚属.文中对新种的形态特征和栖息环境进行了记述,并与近似种进行了比较讨论.     

半褶织纹螺(Nassarius semiplicatus)及其生活环境中分离培养的细菌毒性测试与种类分析

在中国沿海地区,因食用织纹螺导致的中毒事件时有发生.最近的研究表明,河豚毒素及其衍生物是织纹螺中主要的致毒成分.但是,对于织纹螺中河豚毒素的来源还不清楚.[目的]本研究尝试分离、培养和鉴定织纹螺及其生活环境中的细菌,并对其毒性进行分析,为探明织纹螺中河豚毒素的可能来源提供科学依据.[方法]先后于2006年6月13日和19日在江苏省盐城采集织纹螺样品,应用小鼠生物法对织纹螺样品的毒性进行了测试;从织纹螺体内及其生活环境中分离细菌,并选择部分菌株进行了室内培养;以直接竞争酶联免疫分析方法(ELISA)对培养菌株中的河豚毒素进行了检测;通过对细菌16S核糖体DNA(rDNA)部分序列的测定,对有毒菌株进行了初步的种灯分析.[结果]实验结果表明,采集的织纹螺为半褶织纹螺,两次采集样品的毒性分别为247 MU(mouse unit,小鼠单位)和270MU/100g组织(湿重).对14个菌株进行了毒性检测,其中有毒细菌9株.产毒菌株的毒性普遍较低,毒性范围为15～96 ng/g.有毒菌株核糖体序列与弧菌(Vibrio)、希瓦氏菌(Shewanella)、动性球菌(Planococcus)、海单胞菌(Marinomonas)、发光杆菌(Photobacterium)等菌属有较高的相似性,可能具有较近的亲缘关系.[结论]研究发现半褶织纹螺体内及其生活环境中存在能够产生河豚毒素的细菌,说明织纹螺中的河豚毒素可能与其体内及其生活环境中的细菌有关,有必要进行深入研究.     

南海织纹螺属三新纪录(腹足纲,织纹螺科)

在整理分类近年来在海南岛和南沙群岛采集的织纹螺科标本时,鉴定出属于织纹螺属的3个中国新纪录种:1)巴氏织纹螺Nassarius (Zeuxis)barsdelli(Ladd,1976);2)蛛形织纹螺Nassarius(Zeuxis)algidus(Reeve,1853);3)杰克逊织纹螺Nassarius(Niotha)jacksonianus(Quoy & Gaimard,1833).3新纪录种分属于Zeuxis 和Niotha两亚属,它们主要生活于潮间带至浅海或百余米水深的泥质沙或沙质海底.     

FtsZ蛋白同源性分析在乳酸菌系统学研究中的应用

FtsZ是一种广泛存在于细菌和古菌中的结构保守的蛋白质,在细胞分裂的过程中起关键的作用。通过PCR扩增FtsZ基因的一段800bp的核苷酸,构建了干酪乳杆菌-片球菌及相关乳酸菌的FtsZ蛋白系统发育树。将此系统树和16SrDNA系统树比较发现二者的拓扑结构非常相似。在两个基因系统树中,片球菌与乳杆菌的种均显示了较近的亲缘关系,而与其它球状的乳酸菌,如链球菌和肠球菌的亲缘关系较远。研究还表明FtsZ蛋白序列的分辨率高于16SrDNA,更适用于乳酸菌种间的系统分类研究。     

四种绒螯蟹分子分类与系统发育

利用PCR技术,扩增了中华绒螯解、狭额绒螯蟹线粒体16SrDNA片段,经测序,与GenBank数据库中的日本绒螯解16SrDNA同源序列进行比较。结果显示,在长为376bp的16SrDNA同源序列中有33个多态性核革酸位点（8．78％）,其中种间多态性核苷酸位点28个（7．45％）,种间差异远大于种内差异。引入方蟹科其它近缘种类厚纹蟹、相手蟹和张口蟹的16SrDNA同源序列与上述4种绒螯蟹比较分析,MP法和NJ法构建的分子系统树表明：中华绒螯蟹与日本绒螯蟹亲缘关系最近,首先聚在一起,然后与台湾绒螯蟹聚为一支,狭额绒螯蟹则为相对独立的一支,且进化速度大于前3种绒螯蟹,但最后与前者仍聚在同一组,狭额绒螯蟹只是绒螯蟹属系统进化中的一个侧支,故本研究结果不支持Sakai（1983）和Guo等（1997）把狭额绒螯蟹和台湾绒螯蟹各自立为新属的观点。     

中国沿海浒苔属rbcL和ITS序列比较及系统进化分析

为阐明中国沿海浒苔的亲缘关系及地理分布特点,采集青岛栈桥、盐城弶港、宁波象山、温州平阳四地浒苔样本,克隆测序得到ITS1、5.8SrDNA和ITS23种不同长度序列片段。四个地区的rbcL目的片段,长度均为1201bp。分析核苷酸差异和遗传距离,采用邻接法建立系统发生树。结果显示,ITS序列进化速率较快,rbcL序列相当保守。ITS区较短,GC含量均在65%以上,5.8SrDNA的CG含量在50%左右,ITS1区的序列差异大于ITS2区。四个地区的浒苔存在一定的地理差异,盐城和青岛的样本间的亲缘关系较近;宁波和温州的样本间的亲缘关系较近。石莼属(Ulva)和浒苔属(Enteromorpha)的物种没有聚成各自独立的分枝,而是相互混合在一起,应是两个亲缘关系相近的属。引起青岛绿潮的海藻很可能是来自盐城海域的Enteromorpha linza或Enteromorpha prolifera。     

基于叶绿体rps16基因和核基因ITS片段研究肉苁蓉属系统位置

在前人对列当科系统发育研究的基础上,追加了肉苁蓉属(Cistanche)的基因序列数据,运用最大简约法、最大似然法和贝叶斯推断方法探讨了其在列当科中的系统位置及列当科中属间关系.基于rps16基因序列及rps16+ ITS联合序列建立了列当科系统发育树,结果显示,肉苁蓉属、列当属(Orobanche)以及草苁蓉属(Boschniakia)聚在同一进化枝内,肉苁蓉属和列当属表现出最近亲缘关系;列当科中的全寄生类群、半寄生类群和非寄生类群分属在3个不同分支中.     

从线粒体16S rDNA序列探讨绒螯蟹类的系统发生关系

测定了绒螯蟹类各物种的线粒体16SrDNA部分片段的序列,构建了NJ树、ML树和MP树。序列歧异数据比较和各系统发生树都支持新绒螯蟹属(Neoeriocheir)为一个独立的属。在3种系统发生树中,直额绒螯蟹(Eriocheir recta)都是绒螯蟹属(Eriocheir)所有其它成员的姐妹群,并且广东珠江1只直额绒螯蟹标本的16SrDNA部分序列与台湾产台湾绒螯蟹(Eriocheir formasa)的相应序列相同。这些结果不支持平绒螯蟹属(Platyeriocheir)是一个有效的属,并表明E．formosa是E．recta的同物异名。绒螯蟹属(Eriocheir)所有其它成员聚为一个单系的分支,支持中华绒螯蟹、合浦绒螯蟹与日本绒螯蟹属于同一个物种Eriocheir japonica。16SrDNA部分序列的比对表明,产于台湾的日本绒螯蟹的此段序列与合浦绒螯蟹的相同,产于崇明岛的和产于美国旧金山海湾的中华绒螯蟹的此段序列与中华绒螯蟹单元型B的序列相同。     

基于叶绿体rps16基因和核基因ITS片段研究肉苁蓉属系统位置

在前人对列当科系统发育研究的基础上,追加了肉苁蓉属(Cistanche)的基因序列数据,运用最大简约法、最大似然法和贝叶斯推断方法探讨了其在列当科中的系统位置及列当科中属间关系。基于rps16基因序列及rps16+ITS联合序列建立了列当科系统发育树,结果显示,肉苁蓉属、列当属(Orobanche)以及草苁蓉属(Boschniakia)聚在同一进化枝内,肉苁蓉属和列当属表现出最近亲缘关系;列当科中的全寄生类群、半寄生类群和非寄生类群分属在3个不同分支中。