RAPD分析与ITS序列分析在拟茎点霉分类鉴定上的应用

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术和核糖体RNA基因（rDNA)转录间隔区（ITS）序列分析对22种拟茎点霉共34个菌株进行了系统发育研究,RAPD分析构建的UPGMA聚类图所反映的种间,种内关系与形态学分类结果基本一致。可以清楚地将分自7科寄主植物上的不同的种分别区分开来,但分自同科或同属寄主植物上的不同的种并不具有相近的亲缘关系,ITS序列分析结果不支持将Phomopsis mangiferae Ahmad和P.cytosporella Penz.et Sacc.合并为同一个种的观点,同时还.mangiferae与P.sidii de Camara的亲缘关系非常近,可能是异名同物;而为害木棉叶的拟茎点霉与杨梅枝枯病菌,P.myricaeY.J.Huang et P.K.Chi之间的碱基差异亦属于种下不同菌株间的正常差别范围,很可能就是同一个种,对相同的供试菌株两技术所反映的亲缘关系趋势相同,表明两技术用于拟茎点霉的亲缘关系分析和种类鉴定均是可行的。     

RAPD分析与ITS序列分析在拟茎点霉分类鉴定上的应用*

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术和核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS)序列分析对22种拟茎点霉共34个菌株进行了系统发育研究。RAPD分析构建的UPGMA聚类图所反映的种间、种内关系与形态学分类结果基本一致,可以清楚地将分自7科寄主植物上的不同的种分别区分开来,但分自同科或同属寄主植物上的不同的种并不具有相近的亲缘关系。ITS序列分析结果不支持将Phomopsis mangiferae Ahmad和P. cytosporella Penz. et Sacc. 合并为同一个种的观点,同时还显示出P. mangiferae与P. psidii de Camara的亲缘关系非常近, 可能是异名同物;而为害木棉叶的拟茎点霉与杨梅枝枯病菌P. myricae Y.J.Huang et P.K.Chi之间的碱基差异亦属于种下不同菌株间的正常差别范围,很可能就是同一个种。对相同的供试菌株两技术所反映的亲缘关系趋势相同,表明两技术用于拟茎点霉的亲缘关系分析和种类鉴定均是可行的。     

福建省木本植物上的拟茎点霉新种

报道了采自福建省木本植物枝上的6个拟茎点霉 Phomopsis 新种: 阳桃拟茎点霉 Ph. averrhoae、胡颓子生拟茎点霉 Ph. elaeagnicola、光叶子花拟茎点霉 Ph. glabrae、枫香拟茎点霉 Ph. liquidambaris、含笑拟茎点霉 Ph. micheliae 和叶下珠生拟茎点霉Ph. phyllanthicola。对新种与近似种在形态上的差异进行了讨论。新种附有拉丁文描述及显微结构图。模式标本保存于华南农业大学真菌标本室(SCHM)。     

采自广州的六个拟茎点霉新种

报告了采自广州的六个拟茎点霉Phomopsis新种：金合欢生拟茎点霉Phomopsis acacicola、叶子花生拟茎点霉Phomopsis bougainvilleicola、樟生拟茎点霉Phomopsis cinnamomicola、八宝树拟茎点霉Phomopsis duabangae、杜鹃拟茎点霉Phomopsis rhododendri和黄花夹竹桃拟茎点霉Phomopsis thevetiae。新种附有拉丁文、英文描述和显微结构图。模式标本保存于华南农业大学真菌标本室(SCHM)。     

板栗上的拟茎点霉一新种

在山东泰安、临沂等板栗产区新发生一种叶部病害,叶片感病后,产生褐色斑点,后期呈不规则大面积干枯,继而引起严重的早期落叶。通过对病原物的分离、纯化、病原菌形态、培养性状的观察及rDNA-ITS序列进行同源性比对分析,确定引起该病害的病原菌为一新种,将其定名为板栗拟茎点霉Phomopsis castaneae-mollissimae。新种的载孢体近球形,有2种分生孢子,甲型孢子多为椭圆形,少为披针形,具2个明显的油球,形态及大小异于板栗属植物上已知的拟茎点霉。文中对新种进行了拉丁文描述。模式标本保存于山东农业大学植物病理标本室(HSAUP)。     

苏木科植物上的拟茎点霉新种及中国新纪录种

报道了苏木科植物上的两个拟茎点霉 Phomopsis 新种：羊蹄甲生拟茎点霉 Phomopsis bauhinicola 和决明生拟茎点霉 Phomopsis cassiicola ,和两个中国新记录种：羊蹄甲拟茎点霉 Phomopsis bauhiniae 和决明拟茎点霉 Phomopsis cassiae 。新种附有拉丁文、英文描述和显微结构图。模式标本保存于华南农业大学真菌标本室(HMA)。     

采自广州的六个拟茎点霉新种

报告了采自广州的六个拟茎点霉Phomopsis新种:金合欢生拟茎点霉Phomopsis acacicola、叶子花生拟茎点霉Phomopsis bougainvilleicola、樟生拟茎点霉Phomopsis cinnamomicola、八宝树拟茎点霉Phomopsis duabangae、杜鹃拟茎点霉Phomopsis rhododendri和黄花夹竹桃拟茎点霉Phomopsis thevetiae。新种附有拉丁文、英文描述和显微结构图。模式标本保存于华南农业大学真菌标本室(SCHM)。     

苏木科植物上的拟茎点霉新种及中国新纪录种

报道了苏木科植物上的两个拟茎点霉 Phomopsis 新种:羊蹄甲生拟茎点霉 Phomopsis bauhinicola 和决明生拟茎点霉 Phomopsis cassiicola , 和两个中国新记录种:羊蹄甲拟茎点霉 Phomopsis bauhiniae 和决明拟茎点霉 Phomopsis cassiae 。新种附有拉丁文、英文描述和显微结构图。模式标本保存于华南农业大学真菌标本室 (HMA) 。     

采自西双版纳的三个拟茎点霉新种

报道了采自云南西双版纳的三个拟茎点霉Phomopsis新种:猴面包树拟茎点霉Ph. adansoniae、橡胶生拟茎点霉Ph. heveicola和蒲桃生拟茎点霉Ph. syzygiicola。猴面包树拟茎点霉分生孢子梗较长且宽,甲型分生孢子纺锤形,不同于木棉科植物上已报道的拟茎点霉种。橡胶生拟茎点霉与橡胶拟茎点霉Ph. heveae的主要区别在于前者分生孢子梗较宽,甲型和乙型分生孢子较窄。蒲桃生拟茎点霉与蒲桃拟茎点霉Ph. syzygii的主要区别是前者分生孢子梗合轴分枝,甲型分生孢子具2个油球。新种附有拉丁文、英文描述及显微结构图。模式标本保存于华南农业大学真菌标本室(SCHM)。     

木兰科植物上的两个拟茎点霉新种

本文报道了木兰科植物上的两个拟茎点霉Phomopsis新种:木兰叶拟茎点霉 Phomopsis magnoliae和白兰生拟茎点霉Phomopsis micheliicola。新种附有拉丁文、英文描述和显微结构图。模式标本保存于华南农业大学真菌标本室(HMA)。     

应用5.8S rDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类*

对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分,而供试的9个小孢子种之间差异很小,不能根据对所选区段的序列分析加以区分。传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria, 其分类地位需进一步研究。     

RAPD技术在微生物生物多样鉴定中的应用

RAPD（随机放大多态性DNA）是1种新的DNA分子标记技术。与RFLp、AFLP及ARDRA相比,RAPD具有可在一次试验中同时观察到大量的DNA多态性片段,方法更具简单、敏感、花费少等优点。阐述了RAPD的原理方法,及目前在微生物分类鉴定研究中的应用,并分析了RAPD技术在共生固氮放线菌Frankia分类鉴定及系统发育研究中的应用前景。     

水霉菌的形态及ITS区分子鉴定

研究利用形态学和分子生物学相结合的方法, 对从患病黄颡鱼病灶处分离的水霉菌株(HSY)的分类地位进行了研究。结果显示, 该菌在18—23℃均能形成游动孢子囊, 但只在20℃才大量释放游动孢子; 在15℃培养约3 周出现大量的藏卵器, 多数顶生, 形态与Saprolegnia litoralis 和Saprolegnia ferax 的均非常相似。序列比对分析显示, HSY 菌株与S. litoralis、S. bulbosa、S. oliviae、S. longicaulis、S. ferax、S. mixta 和S.anomalies 的ITS 区(包括5.8S rDNA)序列相似性均高于99%。系统发育分析显示, 所选的真菌分为3 个群,HSY 落于第一个群, MP 树显示HSY 菌株与S. litoralis、S. bulbosa、S. oliviae、S. longicaulis、S. ferax 以及S. mixta 枝系均互相平行, 而NJ 树显示其与S. ferax 和S. mixta 更近。综合形态学、ITS 区序列及系统发育分析, 将HSY 菌株暂定为多子水霉(Saprolegnia ferax)。       

利用RAPD技术对拟青霉属菌株进行分类鉴定*

用9个引物对来自安徽和浙江的16株12种拟青霉 (Paecilomyces Bainier) 进行RAPD分析,获得的平均相似性系数表明,种间的相似系数在21%~46%之间。RAPD指纹图谱在拟青霉属不同种间具明显的种的特异性,可区别所有形态近似的种类,是鉴定菌种的有效途径。RAPD结果也暗示分离自灰僵蚕的RCEF197可能是一新种。对比RAPD聚类树状图和基于ITS构建的分子系统发育图,表明该聚类树状图不适于分析种间亲缘关系。     

利用RAPD技术对拟青霉属菌株进行分类鉴定

用9个引物对来自安徽和浙江的16株12种拟青霉 (Paecilomyces Bainier) 进行RAPD分析,获得的平均相似性系数表明,种间的相似系数在21%~46%之间。RAPD指纹图谱在拟青霉属不同种间具明显的种的特异性,可区别所有形态近似的种类,是鉴定菌种的有效途径。RAPD结果也暗示分离自灰僵蚕的RCEF197可能是一新种。对比RAPD聚类树状图和基于ITS构建的分子系统发育图,表明该聚类树状图不适于分析种间亲缘关系。     

日本沼虾ITS1序列分析及SNPs位点的筛选

研究采用直接测序法,分析日本沼虾(Macrobrachium nipponense)rDNA基因内转录间隔区ITS1的DNA序列,以筛选日本沼虾SNPs位点。共分析了32个太湖水域野生日本沼虾样本,结果表明,日本沼虾ITS1序列平均长度为1749.8bp,是迄今已报道的最长的ITS1序列,A、G、T和C的平均含量分别为29.9%、28.3%、27.7%、14.0%,G+C的含量平均为42.3%。通过序列比对,共筛选出22个SNPs位点,SNPs位点出现频率为0.0126,其中9个为C/T转换(占40.91%),4个为A/G转换(占18.18%),2个为A/T颠换(占9.09%),5个为T/G颠换(占22.73%),1个为A/C颠换(占4.55%),1个A/T或C颠换(占4.55%)。日本沼虾ITS1序列的22个SNP位点中,21个位点为2个等位基因,1个位点出现了3个等位基因,为复等位基因位点。日本沼虾ITS1序列中还发现3个具有多态性的微卫星位点、1个高度变异区以及大量的缺失、插入。研究首次对日本沼虾ITS1序列进行了分析,并发现了大量的SNP位点,为日本沼虾遗传育种研究提供了新的分子标记。       

黑粉菌属某些种的核rDNA ITS2序列分析

本文报道从某些黑粉菌的黑粉孢子粉末中提取核糖体脱氧核酸(rDNA)后,用聚合酶链式反应(PCR)的方法,对其转录间区(ITS2)片断进行了扩增,核苷酸序列测定和分析,其结果表明异形黑粉菌(Ustilago anomala)与其它3种近似黑粉菌,科尔达黑粉菌(U. cordae),柳叶刺黑粉菌(U. bungeana)和网孢黑粉菌(U. reticulata)的rDNA ITS2序列区别很大,在被测定的190个碱基对中,差别达69个位点以上(26.3-36.3%),异形黑粉菌与这三种黑粉菌亲缘关系较远,在中国作者原定名为异形黑粉菌的种与在欧洲取材的科尔达黑粉菌相似程度较高.因此将在中国已报道的异形黑粉菌更正为科尔达黑粉菌,而柳叶刺黑粉菌与科尔达黑粉菌近似程度也较高,将柳叶刺黑粉菌作为科尔达黑粉菌的异名.     

利用RAPD技术对木耳属菌株进行分类鉴定的研究

利用ＲＡＰＤ技术对木耳属不同种和种内不同菌株进行了分子鉴定。结果表明,在供试的２６个随机引物中,有１０个引物可扩增出清晰、稳定的ＤＮＡ带型,其中引物Ｓ４和Ｓ６与供试木耳属菌株的基因组ＤＮＡ结合位点少而保守,扩增图谱具有种的特异性,可用于种的快速准确鉴定;其综随机引物的扩增ＤＮＡ多态性较强,可用于种内不同菌株的鉴定;聚类分析表明,在７５％相似水平下,可将供试的木耳属菌株分成四大类,其中有三大类各代表一个形态鉴定的种。研究结果表明了ＲＡＰＤ技术可有效地用于木耳属种或菌株的快速准确鉴定。