全耐药鲍曼不动杆菌分子分型和分子流行病学调查

重复片段引物PCR和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对临床分离全耐药不动杆菌分子分型,并进行流行病学调查.从ICU病房感染多重耐药不动杆菌患者的标本分离不动杆菌,碱裂解法提取全基因组,重复片段引物PCR(Rep-PCR)和随机引物扩增(RAPD),对8株临床分离的全耐药菌基因分型,并与生物学分型和质粒分型比较,调查医院流行全耐药菌的基因型.结果显示,8株分离菌经两对重复片段引物分型可分为6种和4种基因型,经随机引物分型为4种和3种基因型,经质粒分型可分为2种基因型,生物学分型归属为1种表型.PCR方法用于全耐药不动杆菌分子分型简便易行,重复性好,适合医院感染流行病学调查,本医院同一部门出现多种基因型,各科室间不存在交叉传染.     

大麻性别的RAPD和SCAR分子标记

利用随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)技术获得与大麻性别连锁的分子标记.将10株雄性大麻或10株雌性大麻的单个DNA样品等量混合分别组成雄性或雌性DNA池(DNApool),以提供具有相同遗传背景的雌、雄性DNA样品.每个随机引物分别用三个不同的循环程序进行PCR扩增.在30个随机引物中,用引物401扩增得到一条约2.5kb雄性多态性片段.对该片段进行了克隆和序列分析,并根据序列分析结果将上述RAPD分子标记转化为重复性和特异性更好的SCAR(sequencecharacterizedamplifiedregions)分子标记.     

分子标记技术的发展及应用

介绍了几种应用前景较广的分子标记,如基于DNA杂交技术的分子标记:限制性片段长度多态性(RFLP)和DNA可变串联重复数标记(VNRT);基于PCR技术的分子标记:随机扩增多态性 DNA(RAPD)、酶切扩增多态性(CAPS)、扩增片段长度多态性(AFLP)、微卫星DNA(SSR)和DNA单链构象多态性(SSCP);以及新兴的第3代分子标记,即基于DNA芯片技术的分子标记:单核苷酸多态性(SNP)等。分别阐述了它们的原理、方法步骤与优缺点、应用注意事项和适用范围,同时概述了它们在生物学研究中的应用和进展。     

大麻性别的RAPD和SCAR分子标记

利用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术获得与大麻性别连锁的分子标记,将10株雄性大麻或10株雌性麻的单个DNA样品等量混合分别组成雄性或雌性DNA池（DNApool),以提供具有相同遗传背景的雄,雄性DNA样品。每个随机引物分别用三个不同的循环程序进行PCR扩增,在30个随机引物中,用引物S401扩增得到一条约2．5kb雄性多态性片段,对该片段进行了克隆和序列分析 ,并根据序列分析结果将上述RAPD分子标记转化为重复性和特异性更好的SCAR（Sequence characterized amplified regions)分子标记。     

提高PCR扩增大DNA片段的特异性和产量

聚合酶链式反应(PCR)技术仅产生数年,却以惊人的速度广泛应用于分子生物学各个领域。它能快速、特异地扩增出任何所希望的目的基因或DNA片段,用于基因克隆、测序、突变体和重组体构建、基因表达调控的研究、基因多态性分析、遗传病和传染病诊断、肿瘤机制的探查、法医鉴定等诸多方面。目前PCR扩增DNA片段长度可达到近50kb,这在生物学研究特别是在基因组图谱的绘制和测序中将起到革命性作用。扩增片段的能力达到近20～50kb,也将具有其它潜在的应用价值,如可以分离出完整的基因。从而省去     

细菌分型方法研究进展

细菌分型是用于研究不同菌株之间关系的一种手段。对细菌进行分型,有助于病原菌和污染菌的定性和溯源,从而有助于监测传染病的暴发及监控食品污染的发生。近年来各种分型技术取得了长足发展,本文对目前常用的基于脉冲场凝胶电泳(PFGE)、限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、规律成簇的间隔回文重复序列分型(CRISPR)、多位点序列分型(MLST)、全基因组测序分型(WGS)、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)等技术的细菌分型方法的原理、应用及优缺点进行了综述。     

淋球菌AFLP基因分型的初步研究

采用扩增片段长度多态性技术(AFLP)对奈瑟氏淋球菌菌株进行基因分型研究。以EcoRI和MesI酶切26株淋球菌临床分离株基因组,并进行AFLP分析。同一地区的淋球菌分离株之间存在相当大的DNA多态性。AFLP是鉴别淋球菌临床分离株有用而敏感的基因分型技术,有助于了解流行淋球菌菌株的来源、流行菌株之间的克隆相关性,以及抗生素耐药性菌株的传播情况。     

高产王浆西蜂DNA分子中的相关基因标志筛选及其鉴定

为了探讨西蜂与高产王浆相关特异基因标记 ,用 12种随机引物 (P1～P12 )对产王浆量不同的4品系西蜂的基因组DNA进行了RAPD PCR分析 ,分别获得了产王浆量高、低不同西蜂的DNA多态性图谱 ,并从P2 引物的DNA多态性图谱中筛选出一差异DNA片段P2 316bp .将P2 316bp差异DNA片段用地高辛标记制备成探针 ,进行Southern杂交鉴定 .实验显示 ,探针与高产王浆西蜂基因组DNA的扩增产物出现了阳性杂交信号 ,而与低产王浆西蜂基因组DNA的扩增产物未出现阳性杂交信号 .结果表明 ,该差异性基因片段P2 316bp是西蜂高产王浆优良性状相关的遗传标记 ,序列为 30 5个核苷酸 .     

军团菌分子分型及其流行病学调查中应用

在军团病爆发流行时,为了解环境水源和病人标本中分离的军团菌株的遗传关系,需要对分离的军团菌进行分型和分类,以确定军团病发生、传播和流行之间的关系。对目前用于军团菌分型的4种常用分子分型技术:随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)、脉冲场凝胶电泳(Pulsed-FieldGel Electrophoresis,PFGE)、扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)、核酸测序分型(sequence-based typing,SBT)及其分型的分辨能力、重复性、符合率和实用性作了比较分析与探讨。     

EPHX2基因多态性与长沙地区汉族人群脑梗塞继发性癫痫遗传易感性的关联研究

目的:研究EPHX2 rs1042032(A/G)多态性与长沙地区汉族人群脑梗塞继发性癫痫遗传易感性关联关系。方法:收集中南大学湘雅医院及湘雅三医院脑梗塞未继发癫痫及脑梗塞继发癫痫患者血液标本。利用病例-对照研究方法,将标本分为对照组(即无EP组)402例和病例组(即EP组)124例,提取血样的DNA。然后根据人类基因组DNA序列,设计EPHX2 rs1042032 PCR引物,用PCR方法对目的基因EPHX2进行扩增。通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)方法,先对扩增的目的基因片段进行酶切,然后通过凝胶电泳对不同的等位基因进行分辨。结果:EP组和无EP组间EPHX2 rs1042032多态位点基因型分布无显著统计学差异(P0.05)。结论:EPHX2 rs1042032的基因多态性与脑梗塞继发性癫痫可能无关。     

提高PCR扩增大DNA片段的特异性和产量

IncreasingSpecifityandYieldofPCRAmplificatingLongDNAFragmentLuYifan;DengJixian;XiaoChengzhu;MaQingjun(InstituteofBiotechnology,AcademyofMilitaryMedicalScience,Beijing100071)聚合酶链式反应（PCR）技术虽仅产生数年,却以惊人的速度广泛应用于分子生物学各个领域。它能快速、特异地扩增出任何所希望的目的基因或DNA片段,用于基因克隆、测序、突变体和重组体构建、基因表达调控的研究、基因多态性分析、遗传病和传染病诊断、肿瘤机制的探查、法医鉴定等诸多方面．目觎PCR扩增DNA片段长度可达到近50kb。这在生…     

聚合酶链反应在研究DNA多态性中的应用

聚合酶链反应(Polymerase chain reaction PCR)是一种体外DNA扩增技术,自1985年Saiki等首次报道PCR方法以来,PCR技术迅速发展,并已广泛应用于生命科学各个方面。如基因克隆、遗传病的诊断、传染病的诊断、癌基因的检测等,由于PCR技术特异性强,扩增效率高、快速、录敏,且能克服限制性片段长度多态性(RFLP)的局限性,因此,它被有效地应用于研究DNA多态性。     

InDel标记的研究和应用进展

InDel是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生不同大小核苷酸片段的插入或缺失(insertion-deletion), 是同源序列比对产生空位(gap)的现象。InDel在基因组中分布广泛、密度大、数目众多。InDel多态性分子标记是基于插入/缺失位点两侧的序列设计特异引物进行PCR扩增的标记, 其本质仍属于长度多态性标记, 可利用便捷的电泳平台进行分型。InDel标记准确性高、稳定性好, 避免了由于特异性和复杂性导致的后续分析模糊。此外, InDel标记能扩增混合DNA样品和高度降解的微量DNA样品, 并进行有效分型。InDel标记目前已开始应用于动植物群体遗传分析、分子辅助育种以及人类法医遗传学、医学诊断等领域。随着位于功能基因上InDel标记的开发, 结合染色体步移和基因精细定位, 可将这些标记应用于相关物种经济性状的功能基因的筛选, 有利于优良基因的进一步开发和利用。     

RAPD分子标记在园艺植物遗传学研究中的应用

1971年Khorana等提出多聚链式反应 (PolymeraseChainRe action ,PCR)的基本概念之后 ,1985年Saiki等阐述了具体原理和作法 ,并在 1988年从细菌中发现了热稳定性的TaqDNA聚合酶 ,从而实现了PCR反应的自动化。在PCR技术的基础上 ,Williams等[1 ] 1990年采用随机核苷酸序列为引物扩增基因组DNA的随机片段 ,产生了一种新的分子标记———随机扩增多态性DNA (RandomAmplifiedPolymorphicDNA) ,简称RAPD ,即以一个寡聚核苷酸序列 (通常为 10碱基 )为引物 ,对基因组DNA随机扩增 ,从而得到多态性图谱作为遗传标记的方法。同年Welsh…     

双向等位基因特异性PCR与限制性片段长度多态性基因分型方法比较

目的:比较双向等位基因特异性PCR(Bi-PASA)法与聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(RFLP)法对EZH2基因单核苷酸多态性(SNPs)位点rs887569基因分型结果有无差异,并用Bi-PASA法对EZH2基因rs17171119位点基因分型后分析与结直肠癌(CRC)易感性的相关性。方法:提取96名CRC患者与100名体检健康者的外周血DNA,分别用Bi-PASA法与聚合PCR-RFLP法检测EZH2基因单核苷酸多态性(SNPs)位点rs887569基因型,对两种分型结果进行比较;使用Bi-PASA法对EZH2基因rs17171119位点进行基因分型后用病例-对照方法分析该SNPs在中国人群中的分布。结果:Bi-PASA与PCR-RFLP对EZH2基因rs887569位点基因分型的准确率分别为99.5%和100%;EZH2基因的rs17171119 SNPs位点多态性与结直肠癌易感性无显著相关性(P=0.938,OR=0.846,95%CI:0.586-1.221)。结论:Bi-PASA是一种简单有效检测SNPs的方法,分型结果较为可靠;rs17171119 SNPs位点多态性与结直肠癌易感性无关,但本结论还有待更大样本量基因分型的验证。     

一种单核苷酸多态性的单倍型分析技术

运用多步PCR和测序技术,完成基因组中相距较远的单核苷酸多态位点的单倍型构建。通过设计2条等位基因特异性引物,扩增大片段DNA(10kb左右),以此大片段DNA作为下一轮PCR反应的模板,再在该片段中设计待检测区域的PCR引物,进行第2轮PCR。对PCR产物进行测序分析,确定其多态位点处的等位基因。结合第1轮PCR中的等位基因特异性引物,即可确定该大片段DNA中不同单核苷酸多态性构成的单倍型。以脂蛋白脂酶基因为例,应用其启动子区以及第4外显子区的等位基因特异性引物扩增约16kb的DNA片段,然后检测位于该片段中第2、3外显子的多态性。在￡-尸￡-基因第2内含子中发现了 13557G→A多态性。经分析确定出-421G／ 13557G／ 15222A、-421A／ 13557G／ 15222A、-421G／ 13557G／ 15222G、-421G／ 13557A／ 15222A等4种单倍型。等位基因特异性PCR结合小片段测序是一种快捷高效的对相距较远的多个SNP进行单倍型构建的新策略。     

用聚合酶链反应和生物素寡核苷酸探针分析HLA-DQα的基因型

 来自不同人的染色体DNA经聚合酶链反应(PCR)将其HLA-DQα基因的多态区242bp人工地扩增30个循环。用1/10扩增产物点在尼龙膜上。将四种不同的等位基因特异的寡核苷酸(ASOs)经Bio-11-duTP进行3'末端标记得生物素探针。以此探针对不同扩增标本做狭缝印迹杂交。结果表明用此种非放射性的方法能探测出人白细胞表面抗原DQα基因的微多态性,从而得到不同个体的基因型。ASO分型是对血清HLA分型的重要补充和发展,它在骨髓或器官移植以及法医的个人识别中有一定实用价值。     

广东汉族人载脂蛋白B(apoB)基因3′端VNTR的遗传多态性研究

随机抽提100例无血缘关系的广东汉族人的血痕DNA,用PCR法扩增载脂蛋白B(apolipoprotein B apoB)基因3′端的VNTR,共检出19个等位基因,片段大小分布在510～1200bp之间,等位基因频率为0.005—0.195,杂合度为88.80％,父权排除率为0.6395,其等位基因数目及频率分布均与英国白种人的有差异。家系分析表明扩增片段按孟德尔方式遗传。本实验证实了apoB基因3′端VNTR的高度多态性和高度杂合性。     

人头发DNA的提取及其基因扩增

头发是犯罪现场最容易得到的材料之一。本文报道从人的头发中提取DNA的方法以及利用PCR(聚合酶链反应)技术,从少量人发DNA扩增大量拷贝数的基因片段。对基因扩增得到的大量基因片段进行进一步的基因分析,将为法医物证学提供客观证据,具有重要价值。     

SNP分型前的PAGE检测

目的：探讨单核苷酸多态性(single nucleotide polymmphism,SNP)分型前聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyaerylamide gel electro—phoresis,PAGE)的作用。方法：对3个DNA片段(DAOA基因的片段E1和E2、RGS4基因的片段S4)的PCR产物先用PAGE分析,然后用变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)分型,并比对结果。结果：PAGE能将片段E1、E2和S4中同一位点的SNP杂合子样本和纯合子样本区分开来,还能进一步将片段S4中SNP位点的2种不同纯合子样本区分开来。结论：PAGE能提高SNP的检测效率,而且具有成本低,操作简便的特点。