小熊猫种群遗传结构和地理分化

本文采用分子系统地理学的研究方法 ,对我国小熊猫 (Ailurusfulgens)地理分布格局的形成原因进行了探讨。我们从四个地理单元的 32号样品中成功地扩增出了 371bp的线粒体DNA控制区片段 ,在所有可比较的 35 7bp的序列中 ,发现 2 9个变异位点 ,其中转换和颠换分别为 2 1和 8,没有插入 /缺失。在四个地理单元中 ,共有 16种线粒体DNA单倍型 ,且在各地理单元中都具有较高的单倍型的多态性。进一步分析表明 ,各单倍型之间的遗传距离平均为 1 6 0 % ,76 5 9%的遗传差异发生在地理单元间 ,仅 2 3 4 1%发生在单元内。分子变异分析和系统重建结果也表明 ,各地理单元之间不存在共享的单倍型 ,YN (云南地理单元 )与XL (相岭地理单元 )和QL (邛崃地理单元 )之间存在着显著的遗传分化 ,FST分别为 0 336和 0 35 1(P <0 0 0 1) ,其余地理种群之间分化不明显 (P >0 0 5 ) ,单倍型缺乏比较明显的地理分布格局 ,各地理单元中的单倍型相互散布在不同的分布群中。经Fs检验 (Fs=- 10 12 1) ,并结合化石资料 ,我们认为由于受第四纪气候和环境变化的影响 ,小熊猫种群在进化过程中曾经历种群暴发而不断扩散 ,从而形成今天的分布格局。     

羚牛的遗传多样性及其种群遗传结构分析

羚牛是亚洲大陆一种特有的大型珍稀动物,目前正面临着栖息地丧失、片段化和人类活动的严重威胁。为了有效地保护这种濒危动物,全面了解羚牛的种群结构、进化历史和整个分布区内遗传多样性的分布是至关重要的。本研究以mtDNA D-loop330bp基因片段为分子标记,比较分析了来自陕西秦岭、甘肃南部、四川岷山、邛崃山和云南贡山的40个样品的序列差异,根据分布特点将所采集到的羚牛分为3个地理单元,即秦岭、四川和云南。结果表明,在3个地理单元中存在4种单倍型,且地理单元间不存在共享单倍型,相互单倍型之间的平均序列差异为1.66％。进一步分析表明,3个地理单元间的基因流较低,存在着显的遗传分化 ,说明羚牛具有明显的系统地理分布格局。同时提出应将分布于秦岭山区、唐家河青川地区、天全以及云南贡山地区作为独立的管理单元分别加以保护。     

中国大陆梅花鹿mtDNA控制区序列变异及种群遗传结构分析

测定了37只中国大陆梅花鹿(Cervus nippon)不同种群mtDNA控制区5′端351 bp的序列，共发现23个变异位点，定义了5种单元型。分子变异分析表明，中国大陆梅花鹿出现了显著的种群分化(Φm＝0．45，Fst＝0．60，P＜0．001)，支持把分布于东北、华南和四川的梅花鹿种群归入各自独立的管理单元。中国大陆、日本南部和日本北部之间无共享单元型，且有25个鉴别位点。最小跨度网络图(Minimum spannlng network，MSN)和基于最大似然法和邻接法的系统发生分析均把单元型聚类为对应于中国大陆、日本南部和日本北部的三个单系，其中中国大陆和日本南部梅花鹿有相对较近的亲缘关系，支持日本梅花鹿的祖先通过至少两个大陆桥从亚洲迁移到日本的观点。     

中国大陆黑斑侧褶蛙基于mtDNA控制区序列的种群遗传结构

用分子遗传数据研究了黑斑侧褶蛙 (Pelophylaxnigromaculata)种群的遗传结构和分化。标本采自中国大陆的 12个地点 ,每个种群测定 10只或少于 10只蛙的mtDNA控制区 5′端 6 85bp的序列。 112只蛙的序列经比对后 ,共发现 111个变异位点 ,定义了 6 7种单元型 ,其中 7种单元型为地方种群间共享单元型 ,多数单元型为地方种群内特有。 12个地方种群合并成一个大种群分析时表明 ,中国大陆黑斑侧褶蛙的线粒体单元型多样性相当高 (h=0 98± 0 0 0 5 ) ,总体核苷酸多样性也较高 (π =0 0 30 3± 0 0 0 2 9)。这样高的单元型多样性和核苷酸多样性与黑斑侧褶蛙作为古北界和东洋界的广布种、种群大是相应的。基于最大简约法的单元型系统发生树和基于邻接法的地方种群系统发生分析中 ,吉林通化和辽宁辽阳种群与中国大陆其他地方种群构成姐妹群。分子变异分析表明 ,吉林和辽宁种群代表的吉辽组和其余 10个地方种群代表的综合组间出现了显著的种群分化 (Φ CT=0 80 9,P <0 0 0 1) ,各地方种群间成对的FST及种群间的核苷酸歧异度也均表明两者之间出现了显著的遗传分化。吉辽组与综合组间的遗传分化最可能的原因就是受第四纪冰川的影响     

塔里木兔种群遗传结构的初步探讨

塔里木兔作为中国特有种, 其种群遗传结构直到现在还未知。我们从采自于新疆维吾尔自治区3 个种群的25 号样品中扩增得到529 bp 线粒体DNA 控制区片段, 共发现存在76 个多态性位点。全部样品中定义了19 个单倍型, 每个种群都显示了很高的单倍型多态性。进一步分析表明, 3 个种群存在明显的遗传分化和较低的基因流。通过错配分布和Fu’s 中性检验分析发现, 阿克苏(AKS) , 若羌(RQ) 和疏勒(SL) 种群相对比较稳定。     

邛崃和相岭山系小熊猫种群的遗传结构

测定了来自小熊猫主要分布的两大山系———相岭和邛崃的 2 3只小熊猫样品的mtDNA控制区 5’端 5 69bp序列 ,共发现 2 3个变异位点 ,定义了 8种单元型 ,其中邛崃山系 5种 ,相岭山系 3种。分析结果表明 ,两山系均表现出较低的核苷酸多态性 ;单元型多态性差异明显 ,其中邛崃山系高于相岭山系。分子变异分析表明 ,两山系的小熊猫种群间具有较高的基因流 (Nm =2 95 ) ,两种群遗传分化不明显 (ΦST=0 1 45 ,P >0 0 5 )。结合细胞色素b序列分析 ,认为两种群可能是从经历了近期瓶颈效应的同一祖先群衍生而来 ,并且可将两山系的小熊猫种群作为一个管理单元进行保护和管理     

四川地区猕猴线粒体DNA 控制区遗传多样性及其种群遗传结构

猕猴是最理想的医学实验灵长类动物,并且是国家二级保护动物。四川地区的猕猴数量多、分布广,全面了解其遗传背景对于该地区猕猴资源的保护与合理利用具有重要的意义。本研究对来自四川8 个地理种群的231个不同猕猴个体的线粒体DNA 控制区部分序列进行了测定和群体分析,发现了110 个变异位点(22. 49% ),定义了56 种单倍型,其单倍型多样性(h)平均值为0. 686、核苷酸多样性(π)平均值为0. 01483,种群总体遗传多样性较高;进一步分析表明,8 个地理种群间存在着明显的遗传分化(F_st = 0. 70412,P < 0. 05),种群间基因交流较低(N_m < 1);系统发育树显示,四川猕猴8 个地理种群的单倍型基本上成簇分布在系统树上,与地理位置呈现一定的对应关系,说明四川猕猴具有明显的系统地理分布格局。地理隔离和人类活动可能是促使四川猕猴种群分化的主要因素。     

长江中下游不同地理种群鳜遗传结构研究

以长江、通江湖泊(洞庭湖、鄱阳湖)、陆封型湖泊(牛山湖、涨度湖、汤逊湖、肖四海湖)不同水体鳜为研究材料,利用微卫星遗传标记对其种群遗传结构进行分析,结果表明:由期望杂合度(He)和多态信息含量指数(PIC)检测的遗传多样性由大到小的顺序为:长江、通江湖泊群体>无放流陆封型湖泊群体>放流的陆封型湖泊群体,并且发现一些稀有等位基因位点在陆封型湖泊鳜群体中消失;由杂合度检验可以看出,所有群体在绝大多数位点都呈现杂合过剩现象,经过哈代-温伯格平衡检验,显示均显著偏离哈代-温伯格平衡(Pst为0.2727,显示群体间已发生较大遗传分化,其变异主要体现在通江湖泊和陆封型湖泊之间,同时由于陆封型湖泊之间放流管理模式的不同,亦会产生中度分化。研究结果表明,江湖阻隔是造成定居性鱼类鳜种群间遗传分化的重要原因之一。       

黄河裸裂尻鱼五种群mtDNA控制区的遗传结构

黄河裸裂尻鱼（Schizopygopsis pylzovi）主要分布于青藏高原东北部兰州以上黄河干支流水系和高原北部柴达木内流水系,由于其对高原特殊生境表现出独特的适应性而受研究者关注。本文采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序的方法获得了一个分布于柴达木内流水系种群和四个黄河支流种群共99条个体的线粒体DNA（mtDNA）控制区（D-100p）821bp核苷酸的序列,探讨了其种群遗传结构和分化。99条个体的序列经比对后,发现77个（9．37％）多态性位点,共定义了53个单倍型,其中有一个单倍型（DT12）为两个种群（大通种群和互助种群）所共享,其余52个单倍型均为某个种群所特有。遗传多样性分析表明,柴达木种群的单倍型多样度（h=0．79&#177;0．06）和核苷酸多样度（π=0．0027&#177;0．0017）均略低于黄河支流各种群。AMOVA分析结果显示,遗传差异主要发生在种群之内,占75．39％,而小同水系的种群间只有24．61％,各种群间成对的Fst及遗传距离均表明种群间出现了一定程度的种群分化,但系统进化树最示出一种混杂的单倍型分布格局,提示青藏高原东北部地质事件所造成的水系间的隔离形成较晚。单倍型歧点分布呈现为单峰以及中性检验Tajima的D（-1．497,P=0．058）和Fu的Fs（-24．741,P=0．001）结果综合表明,黄河裸裂尻鱼在青藏高原隆升过程中曾经历过近期的种群扩张事件[动物学报54（6）：972—980,2008]。     

黄山短尾猴mtDNA控制区序列变异及种群的遗传多样性

短尾猴属灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)猕猴属(Macaca),是我国特有的国家二级保护动物。为了更有效地保护其野生种群,本文研究了黄山短尾猴种群内的遗传多样性,并对黄山短尾猴与四川短尾猴种群间的遗传差异进行了分析。共测定了黄山短尾猴7个群体中的30个样本的mtDNA控制区5′端493bp的序列,只发现了7个变异位点,定义了3种单倍型,单倍型序列之间缺乏变异,种群中的核苷酸多样性很低(0.006);3种单倍型相应地将黄山种群分为了3个亚群,不同亚群之间呈现出一定的片断化分布,从分子水平上初步揭示了短尾猴黄山种群的遗传多样性。与四川短尾猴的相应序列比较,黄山短尾猴控制区序列存在很大差异,共有59个变异位点,而且存在大片段的碱基插入/缺失,有78%的遗传变异发生在两个种群之间,两个种群间的核苷酸歧异度已达8.21%。进一步分析表明,黄山短尾猴与四川短尾猴之间存在着极显著的遗传分化(FST=0.399,P<0.001),基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均将两者聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元。     

基于微卫星标记的中国大陆地区野猪种群结构分析与亚种分化

对中国大陆地区分布的野猪亚种分类尚存在争议.本研究通过对野猪11个微卫星位点的变异分析,探讨了中国大陆地区野猪的遗传结构,以期对野猪亚种分类问题有所启迪.对野猪华北、华南和东北种群的分析表明,各种群基因库中都维持了较高的遗传变异水平.基于遗传距离构建的系统树分析发现,研究中所涉及的所有亚种在系统树中混杂,没有任何亚种在其中构成显著的支系.基于微卫星变异的FCA分析不能区分华南、华北、东北三个种群.基于Fst检验的遗传差异分析发现,长江两侧的华南、华北种群之间的遗传差异较小(Fst=0.014),表明长江两侧的野猪可能存在着较高水平的基因流,长江并非是一个有效的空间隔离;东北地区野猪和华北、华南地区野猪之间的遗传差异相对较大(Fst=0.040、0.042),东北野猪可以作为独立的亚种S.s.ussuricus.     

伏牛山北坡野猪(Sus scrofa)泥浴场的生境特征

2005年6月至8月,在伏牛山北坡对野猪的泥浴场特征进行了研究.野外设置了42个20×20m2样方和14个生态因子,以此为基准运用聚类分析和主成分分析的方法,对野猪泥浴场进行了分析,结果表明,野猪泥浴场的生境特征为:(1)安全舒适因子:无倒木、无树桩、隐蔽距离30m以下、黄泥土质、郁闭度80%以上;(2)植被地形因子:乔木距离适中、灌木距离小于1m、坡度小于30°;(3)植被类型因子:高度倾向阔叶林;(4)干扰因子:人为干扰距离大于500 m;(5)海拔因子:海拔高度大于1000 m.在水源距离和坡位两项上没有明显的偏向.     

Genetic relationship and distribution of the Japanese wild boar (Sus scrofa leucomystax) and Ryukyu wild boar (Sus scrofa riukiuanus) analysed by mitochondrial DNA

Mitochondrial genetic variations were used to investigate the relationships between two Japanese wild boars, Japanese wild boar (Sus scrofa leucomystax) and Ryukyu wild boar (S.s. riukiuanus). Nucleotide sequences of the control (27 haplotypes) and cytochrome b (cyt-b) regions (19 haplotypes) were determined from 59 Japanese wild boars, 13 Ryukyu wild boars and 22 other boars and pigs. From phylogenetic analyses, the mtDNA of Ryukyu wild boar has a distinct lineage from that of Japanese wild boar, which was classified into the Asian pig lineage. This result suggests that the Ryukyu wild boar has a separate origin from the Japanese wild boar.     

Genetic variation in isozymes of wild boar (Sus scrofa ferus Linné)

Eleven isozyme systems were investigated in wild boar (Sus scrofa ferus L.) by means of horizontal starch gel-electrophoresis using liver and kidney extracts. Samples of 103 specimen that originated from three adjunct localities from Rhineland-Palatinate (Fed. Rep. Germany) were analysed. AAT, ACO, GDH, GPDH, LDH, ME, MPI, MR, PGDH, and PGI were invariant. Genetic polymorphism is described for PGM. The genetic polymorphism at Pgm2 is explained by a biallelic model. Observed genotypic structure did not differ significantly from Hardy-Wein-berg-proportions at this gene locus. The degree of heterozygosity is 58,3 % and Wright's Fixation Index F =–0.166 at Pgm2. The allelic structure at this gene locus differed to a great extent from that found in domestic swine, i. e. in domestic swine the faster migrating Pgm2 allozyme was only found in relative low frequencies compared to wild boar. The genetic polymorphisms were moderate in the wild boar population compared to electrophoretic data of other animal species.     

浙江清凉峰国家级自然保护区野猪空间分布及活动节律

为了解浙江清凉峰国家级自然保护区内野猪(Sus scrofa)的分布及活动节律,2018年3月至2019年2月,我们利用红外相机技术对其进行了网格化监测。在千顷塘和龙塘山区域总计布设109个红外相机监测点,共计调查39 240个相机日。结果表明,在千顷塘区域,野猪倾向于在落叶阔叶林(拍摄率5.33 ±5.64)和针阔混交林(3.75 ±3.46)活动,而在龙塘山区域,则倾向于针阔混交林(4.32 ±5.21);千顷塘与龙塘山区域野猪各月间的日活动差异指数α均存在极显著差异(P < 0.01),冬季的α值高于其他季节;昼行性指数β的平均值分别为0.870和0.768,显著高于理论值13/24(P < 0.01),表明清凉峰的野猪种群具有明显的昼行性特征,且在冬季的活动时间分配较之其他季节更不均匀。通过核密度估计法分析不同季节野猪的日活动节律发现,保护区内野猪春季有晨昏两个活动高峰(08:00-10:00、17:00-19:00),冬季活动高峰出现在午后(13:00-17:00),其他季节无明显活动高峰。本研究有助于加深对野猪华南亚种生态习性的认知,为保护区的野生动物管理工作提供科学依据。     

Biogeographical variation in the population density of wild boar (Sus scrofa) in western Eurasia

Aim We reviewed 54 studies reporting population densities of wild boar (Sus scrofa) in western Eurasia in order to investigate the roles of vegetation productivity [fraction of photosynthetically active radiation (FPAR) index], winter harshness (mean January temperature) and presence/absence of wolves (Canis lupus) in shaping the biogeographical variation in population density of wild boar. Location We collected published data on the autumn–winter population density of wild boar (number of individuals km^?2) in 54 locations in western Eurasia, from 1966 to 2003. Methods The mean January temperature, obtained from the World Climate data base ( http://www.worldclimate.com ), was taken as a measure of winter severity. We used monthly 4 × 4 km MODIS FPAR data sets covering January 2000 to June 2004 to calculate the vegetation productivity index. In addition, we collected literature data about the presence or absence of wolves from the study areas. Results In the geographical span of 37–60° N, the population densities of wild boar declined by three orders of magnitude, from 10 to 0.01 individuals km^?2. The best multiple regression model (selected with the Akaike information criterion corrected for small samples) showed that mean January temperature and the vegetation productivity index were the most important factors explaining the biogeographical variation in population densities of wild boar. The impact of temperature was stronger than that of productivity. The presence of wolves had a weak limiting effect on population densities of wild boar at the biogeographical scale. Main conclusion We propose that winter harshness imposes density‐independent mortality on wild boar populations at higher latitudes. Competition for food in less productive regions may cause stronger density dependence in birth and death rates of wild boar populations. We expect that wild boar will respond to global warming by both an increase in local population densities and an expansion of their geographical range north and north‐eastwards.     

吉林珲春地区野猪危害防控研究

近年来人与野生动物冲突日趋严重。2012年7月到2014年10月,利用东北虎(Panthera tigris altaica)粪便、声音在吉林珲春地区开展了野猪(Sus scrofa)危害防控研究。以采取防控措施起始时间到野猪进入实验样地或对照样地的时间间隔作为防控有效期;以实验结束时实验样地内放置东北虎粪便、东北虎声音播放器位置或对照样地中心点与样地内野猪危害发生处的最短距离作为防控范围。将防控有效期和防控范围分别转化为有效期指数和范围指数。结果表明:(1)东北虎粪便对野猪危害防控效果显著,与对照组相比,有效期指数和范围指数均存在显著差异(P0.05);(2)东北虎声音对野猪危害防控效果显著,与对照组相比,有效期指数和范围指数均差异显著(P0.05);(3)同时应用东北虎粪便和声音防控野猪危害效果显著,与对照组相比,有效期指数和范围指数均差异显著(P0.05);(4)单独应用东北虎粪便、单独应用东北虎声音与同时应用东北虎粪便和声音的各种防控方法之间,有效期指数和范围指数无显著差异(P0.05)。本研究认为,东北虎粪便、声音对野猪危害防控效果显著与东北虎是野猪天敌,且珲春地区存在东北虎有关。     

Wildlife genetics and disease: allozyme evolution in the wild boar (Sus scrofa) caused by a swine fever epidemy

Enzyme polymorphism at 42 loci was compared before and after a major epidemy of swine fever in wild boars from northern Vosges (France). No change was observed in the 38 monomorphic loci, but allele frequencies at the phosphoglucomutase locus PGM-2* changed significantly. Possible causes for this observation are discussed, and it appears that PGM-2 locus could be a genetic marker of resistance to this viral disease.     

野猪危害防控措施时间延续性及空间推广性研究

近年来,由于野猪（Sus scrofa）数量增长和土地利用方式的变化,导致人与野猪之间的冲突不断增加。2018年8-10月在吉林省珲春地区利用东北虎声音、野猪惨叫声、狼叫声,太阳能警示灯、防兽彩带等视觉设施,东北虎粪便,综合使用东北虎声音和东北虎粪便以及电子围栏等防控措施在已使用过和未使用过防控措施的样地开展了野猪危害防控效果及空间特征研究。我们以2018年野猪危害防控研究的数据,结合2011-2017年已发表数据进一步研究了野猪危害防控措施的时空特征。防控有效期为实验开始到野猪首次进入样地发生危害的时间间隔。研究结果表明：（1）2018年实验组与对照组相比,防控有效期均存在显著差异（P< 0.001）,对照组防控有效期为（1.33±0.58）d,实验组中已使用过和未使用过防控措施样地的防控有效期分别为（16.25±9.00）d和（20.58±9.61）d,防控有效期差异不显著（P=0.127）;（2）2018年与2011年、2013年、2016年、2017年相比同一种防控措施的防控效果随着使用年份的增加,播放东北虎声音1min加空白5min、放置避雨装置的粪便、综合使用东北虎声音加粪便、放置红黄绿色太阳能警示灯等防控措施的防控有效期没有显著变化（P=0.200;P=0.295;P= 0.221;P=0.080;P=0.090;P=0.050）;播放狼声音1min加空白5min防控效果有显著下降趋势（P=0.003）;按顺序播放东北虎声音加野猪惨叫1min加空白5min组防控效果呈显著上升趋势（P=0.001）,但防控有效期较短为（13.67±2.62）d,不具推广意义。因此,野猪危害防控措施中播放东北虎声音、综合使用东北虎声音和东北虎粪便、太阳能警示灯等均具有空间推广性和时间延续性。