西部某些根瘤菌的数值分类和16SrDNA PCR-RFLP分析

选用 61株分离自我国西北地区的野豌豆、棘豆、苜蓿和草木樨根瘤菌和 4株已知参比菌株 ,进行了营养利用、抗生素抗性和耐逆性等 1 3 2个表型性状研究 ,通过MINTS软件分析 ,得到了数值分类树状图 ,发现全部供试菌株在 79%的相似性水平上 ,分为 5个群。对 5 7株未知菌株和 1 0株参比菌株进行了 1 6SrDNAPCR RFLP分析 ,发现共具有 2 0个遗传图谱类型 ,聚类分析树状图表明所有菌株共分为 5个系统发育分支 ,与数值分类结果有较好的一致性。     

我国豇豆和绿豆根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP研究

对分离自中国14个不同省(自治区)的79株豇豆和绿豆根瘤菌及12株参比菌株进行了唯一碳、氮源利用,抗生素抗性,抗逆性和酶活性等128个表型性状的测定,并用MINTS软件进行聚类分析。表型性状测定结果发现,所有菌株都有极其广泛的碳、氮源利用谱,大多数菌株可在较宽的pH(pH5·0~11·0)值范围内生长,大部分菌株能在37℃高温条件下生长,个别菌株能耐受60℃高温较长时间(20~45min)的热激。聚类分析结果表明,全部供试菌株在63·5%的相似性水平上分为两大群:一个群为慢生菌群,另一群为快生和中慢生菌群;在79%的相似性水平上分为7个亚群。在数值分类的基础上,又将参比菌株增加到22株,对79株待测菌株进行了16SrDNAPCR-RFLP分析,16SrDNAPCR产物经HaeⅢ、HinfⅠ、MspⅠ和AluⅠ4种内切酶酶切共产生34种遗传图谱类型,经GelComparⅡ软件聚类后,在79%的相似性水平上也可划分为7个亚群,与数值分类的结果有很好的一致性。     

斜茎黄芪根瘤菌的16S rDNA和23S rDNA PCR-RFLP比较分析

在表型性状数值分析和ＡＦＬＰ指纹图谱分析的基础上,选取５４株斜茎黄芪根瘤菌的代表菌株及已知根瘤菌参比菌株,进行１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡ的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ比较分析。结果表明斜茎黄芪根瘤菌具有极大的系统发育多样性,分别具有２４个１６ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型和２２个２３ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ聚类分析树状图谱有较好的一致性,但也存在一些差异。在对较大类群的划分上,它们的结果与表型性状数值分析结果有较好的一致性。将１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析     

慢生根瘤菌16S—23S rDNA IGS的RFLP分析

本文对慢生根瘤菌属（Bracyrhizobium）3个已知种及从10种豆科植物中分离的32株慢生根瘤菌进行了16S—23SrDNAIGS的RFLP分析。IGS的PCR产物电泳只出现一条rDNA片段,但表现在长度上菌株间有一定差异,大小在930～1050bp之间,可大致划分为IGSa、IGSb和IGSc3种。用4种四碱基识别序列的限制性内切酶AluI、HaeIII、HinfI和MspI酶解IGSrDNA,综合得到26种IGS－RFLP类型．每一种酶可产生6—12种不同的酶切图谱．结果表明这一方法能很好区分、鉴别慢生根瘤菌,也支持该技术是一种快速、简单、准确及重复性好的微生物鉴定手段．     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明, 在84%相似性水平上, 所有的菌株可分为3群：群Ⅲ为未知菌群, 群Ⅰ为慢生菌群, 群Ⅱ为快生和中慢生菌群。从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看, 在70%相似性水平上, 所有的菌株可分为5个系统发育分支：分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株, 为未知分支; 分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium, 分支Ⅲ为Mesorhizo- bium, 分支Ⅳ为Bradyrhizobium。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致, 有2株菌与A. tumefaciens IAM13129T聚在一起。     

西北地区天蓝苜蓿根瘤菌16S rDNA RFLP分析

利用RFLP和序列测定方法,对分离自西北地区的67株天蓝苜蓿根瘤菌16S rDNA进行了分析研究。结果表明:所有供试菌株分别归属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobac-terium)。以CCNWNX0042-2为代表的大部分天蓝苜蓿根瘤菌属于草木樨中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti),其余菌株在分群上表现出了较为明显的地域特征。     

我国蚕豆根瘤菌的数值分类及其16S rDNA PCR-RFLP研究*

对分离自我国11个省24个地区49株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了唯一碳源、氮源、抗生素、耐逆性和酶活性等138个表型性状测定,并用M INTS软件进行聚类分析。结果表明,全部供试菌株在59%的相似水平上聚在一起,在80%的相似水平上可分为6个群。其中群4与参比菌株聚在一起,而其他5个群均由未知菌组成。进一步对36株菌进行了16S rDNA PCR-RFLP分析,在85%相似水平上供试菌可分为4个群和1个独立的分支,其聚群结果与数值分类结果有较好的一致性。表型及遗传型分析结果表明,我国蚕豆根瘤菌具有极大的多样性。     

新疆乌恰县豆科植物根瘤菌数值分类研究

新疆乌恰县具有独特的地理环境与气候条件,蕴藏着丰富的结瘤豆科植物资源.本研究从乌恰县豆科植物根瘤中分离到40株根瘤菌,并进行唯一碳源利用、唯一氮源利用、对抗生素和染料的抗性、耐盐性、初始pH生长、生长温度范围及石蕊牛奶反应、氧化酶、过氧化氢酶、脲酶共118项生理生化性状测定.结果表明:乌恰县豆科植物根瘤菌在碳氮源利用、抗生素敏感性、对染料抗性程度等方面存在着差异.供试根瘤菌能耐受较低温度,并具有较强的耐盐、碱能力,均能在pH 6~12的YMA培养基上生长,有60%的菌株能耐受0.86mol/L的NaCl.数值分类结果表明,在84.2%的相似水平上40株供试菌株构成了4个新的表观群.第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类群分别有8、9、3和3株菌,中心菌株分别为NWWQ73-2、NWWQ13-1、NWWQ1-2、NWWQ6-2.此外,乌恰县豆科植物根瘤菌与模式菌株的相似性较低,它们所形成的4个独立群可能有新种存在.     

慢生根瘤菌16S—23S rDNA IGS的RFLP分析*

本文对慢生根瘤菌属（Bracyrhizobium）3个已知种及从10种豆科植物中分离的32株慢生根瘤菌进行了16S—23SrDNAIGS的RFLP分析。IGS的PCR产物电泳只出现一条rDNA片段,但表现在长度上菌株间有一定差异,大小在930～1050bp之间,可大致划分为IGSa、IGSb和IGSc3种。用4种四碱基识别序列的限制性内切酶AluI、HaeIII、HinfI和MspI酶解IGSrDNA,综合得到26种IGS－RFLP类型．每一种酶可产生6—12种不同的酶切图谱．结果表明这一方     

16S rDNA-RFLP分析新疆快生大豆根瘤菌的分类地位

采用１６Ｓ ｒＤＮＡ－ＲＦＬＰ技术,对自新疆土壤中捕捉的３４株快生大豆根瘤菌及相关已知种的模式菌株进行了比较分析。从酶切图谱类型和在结果表明,所有新分离的菌株与Ｓ．ｘｉｎｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ的图谱类型基本一致,而与Ｓ．ｆｒｅｄｉｉ的图谱类型有明显差异,与Ｓ．ｍｅｌｉｌｏｔｉ,Ｓ．ｓａｈｅｌｉ,Ｓ．ｍｅｄｉｃａｅ,Ｓ．ｔｅｒａｎｇａ也不相同。３４株新分离的菌株全部与Ｓ．ｘｉｎｇｊｉａｎｇｅｎｓｉｓｉ     

斜茎黄芪根瘤菌的16SrDNA和23SrDNAPCR—RFLP比较分析

在表型性状数值分析和ＡＦＬＰ指纹图谱分析的基础上,选取５４株斜茎黄芪根瘤菌的代表菌株及已知根瘤菌参比菌株,进行１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡ的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ比较分析。结果表明斜茎黄芪根瘤菌具有极大的系统发育多样性,分别具有２４个１６ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型和２２个２３ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ聚类分析树状图谱有较好的一致性,但也存在一些差异。在对较大类群的划分上,它们的结果与表型性状数值分析结果有较好的一致性。将１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析数据合并在一起进行分析时,得出２６个综合遗传图谱类型和１个综合聚类分析树状图谱。很明显,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡ的合并,能够得出更可靠的系统发育结论。     

鸡眼草根瘤菌的１６SrDNA全序列分析

Based on the previous studies on numerical taxonomy, SDS-PAGE of whole-cell protein and DNA hybridization, the rhizobial strains isolated from Kummerowia sp. in semi-arid area of North-west constituted a new subgroup, the 16S rDNA sequence of representative strain SH714 were tested. The unrooted phylogenetic tree was produced. In this tree, the strain SH714 with Sinorhizobium xinjiangensis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga constituted a branch of Sinorhizobium. Within this branch, the similarity valuse of 16S rDNA sequence between strain SH714 and S. xinjiangesis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga were 97.4%, 97.5%, 96.8%, 96.7%, 97.2% and 95.6% respectively, the values were more than 95%, this indicated that these known species should belong to the same genus. The values of DNA homology between type strains of these species were less than 70%. Thus, the strain SH714 represented a new rhizobial species, and there were some diversity between SH714 and known rhizobial species in phenotypic feature and composition of protein.     

新疆地区盐湖的中度嗜盐菌的16S rDNA PCR-RFLP分析*

对来自新疆地区艾丁湖、艾比湖和玛那斯盐湖等盐湖的２８株中度嗜盐菌与９株相关的参比菌株, 进行了１６Ｓ ｒＤＮＡ ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析,这些菌株是革兰氏阴性杆菌,能在０～２５％ＮａＣｌ中生长。在实验中, 选用４种限制性内切酶ＡｌｕＩ、ＨｉｎｆＩ、ＲｓａＩ和ＨａｅⅢ,将供试菌株的１６Ｓ ｒＤＮＡ的ＰＣＲ产物进行酶切,用３％ 的琼脂糖电泳分析酶切产物。结果表明,在７４％的相似性水平上分为３群。群Ⅰ包括新分离的菌株ＣＩ和　　参比菌株死海色盐杆菌（Ｃｈｒ     

新疆地区盐湖的中度嗜盐菌的16S rDNA PCR—RFLP分析

对来自新疆地区艾丁湖、艾比湖和玛那斯盐湖等盐湖的２８株中度嗜盐菌与９株相关的参比菌株,进行了１６Ｓ ｒＤＮＡ ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析,这些菌株是革兰氏阴性杆菌,能在０～２５％ＮａＣｌ中生长。在实验中,选用４种限制性内切酶ＡｌｕⅠ、ＨｉｎｆⅠ、ＲｓａⅠ和ＨａｅⅢ,将供试菌株的１６Ｓ ｒＤＮＡ的ＰＣＲ产物进行酶切,用３％的琼脂糖电泳分析酶切产物。结果表明,在７４％的相似性水平上分为３群。群Ⅰ包括新分离的     

黄芪根瘤菌的分类研究

采用数值分类方法研究了分离自不同地区的黄氏属根瘤菌36株,发现在80％的相似性水平上,8株菌形成了亚群8,7株菌形成了亚群9。DNA同源性测定结果表明,这两个亚群是不同于已知根瘤菌种的新的DNA同源群。其中心菌株CA8561和JL84的部分16S rRNA基因序列分析发现,CA8561菌株与所有已知根瘤菌远缘,形成了一个独立的系统发育分支。JL84菌株在快生型根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobacterium)形成的系统发育分支中占据了一个独立的系统发育地位。     

分离自杭子梢等3个宿主的根瘤菌的表型分析*

对86株分离自杭子梢、决明和菜豆的根瘤菌及20株已知参比菌进行了数值分类和全细胞蛋白SDS-PAGE的表型分析。在数值分类聚类中,所有供试菌在68％的相似性水平上分为两群。群I为快生和中侵生根瘤菌,群Ⅱ为慢生根瘤菌。群I在85％的相似性水平上又可分为3个亚群,群Ⅱ在76％的相似性水平上分为3个亚群。蛋白电泳结果表明,群I在68％的相似性水平上,分为4个亚群,其中亚群1和亚群2相当于数值分类中的亚群1,亚群3和亚群4与数值分类中的亚群2和亚群3相对应;群Ⅱ在59％的相似性水平上分为3个亚群,分别与数值分类中的亚群3、亚群1和亚群2大致对应。这说明两种方法在分类上得到的结果比较接近。正在通过进一步的实验确定两种方法一致的未与已知菌株聚在一起的亚群的分类地位。研究结果还表明,三种宿主的根瘤菌存在着多样性。     

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明,分离自宁夏沙坡头 地区的12株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了DNA同源性和群内中心菌株1 6SrDNA全序列分析。12个菌株的G+C mol%在56.4～62.2范围内;群内DNA同源性为72.3% ～9.5%,大于70%,属种内水平;中心株N220的16SrDNA全序列与参比菌株的序列比较,从 模拟系统发育树看出,它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的16SrDNA序列同源性在94.8%～99 .2%的相似性水平上构成一个分支,看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。     

胡枝子属根瘤菌的多相分类研究

采用了数值分类、全细胞可溶性蛋白电泳分析、ＤＮＡＧ＋Ｃｍｏｌ％和ＤＮＡ相关性的测定以及１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析等多相分类技术对来源于不同地区的１６种寄主的胡枝子根瘤菌进行了系统的分类研究。数值分类的结果表明,在６７％的相似性水平上,全部供试菌可以分为快生型根瘤菌和慢性型根瘤菌两大群,在８０％的相似性水平上又可分为四个亚群。在此基础上,对各亚群的胡枝子根瘤菌进行了ＤＮＡ相关性的测定,以进一步证实和确定它们的分类地位,并通过１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析对各亚群的系统发育关系进行了初步研究。     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究.数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群.从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizobium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株茵与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起.