一株肺炎克雷伯菌噬菌体的生物学特性及全基因组分析

【背景】随着抗生素的广泛使用甚至滥用,细菌耐药性问题日益显著,利用噬菌体治疗耐药致病菌的方法重新开始被人们关注。【目的】对一株烈性肺炎克雷伯菌噬菌体vB_KpnP_IME279进行生物学特性研究及生物信息学分析。【方法】以一株多重耐药的肺炎克雷伯菌为宿主菌,从医院污水中分离噬菌体,应用双层平板法检测噬菌体效价、最佳感染复数(Optimal MOI)、一步生长曲线以及裂解谱,纯化后通过透射电镜观察噬菌体形态;应用蛋白酶K/SDS法提取噬菌体全基因组,使用Illumina MiSeq测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后对噬菌体全基因组序列进行组装、注释、进化和比较基因组学分析。【结果】分离到一株新的肺炎克雷伯菌噬菌体,命名为vB_KpnP_IME279;其最佳感染复数为0.1,一步生长曲线显示潜伏期为20 min,平均裂解量140 PFU/cell,电镜观察显示该噬菌体属于短尾噬菌体科(Podoviridae)。基因组测序表明,噬菌体基因组全长为42 518 bp,(G+C)mol%含量为59.3%。BLASTn比对结果表明,该噬菌体与目前已知噬菌体的相似性较低,基因组仅70%区域与已知噬菌体有同源性。构建噬菌体主要衣壳蛋白的基因进化树,分析了噬菌体IME279与其他短尾科噬菌体的进化关系,结果表明该噬菌体是短尾科噬菌体的一名新成员。【结论】分离鉴定了一株新的肺炎克雷伯菌噬菌体,进行了生物学特性、全基因组测序和生物信息学分析,为研究肺炎克雷伯菌噬菌体与宿主之间的相互作用关系以及治疗多重耐药细菌感染奠定了基础。     

植生克雷伯菌致院内获得性肺炎临床分析

对９例新型植生克雷伯菌引起的院内获得性肺炎作了临床分析。年龄均在４０岁以上,平均年龄６５岁;基础病为Ⅲ型肺结核,多有空洞并咯血;诱发因素为感染前长期使用抗痨药物并使用青霉素、氨苄或羧苄二种以上抗生素;有３例使用了激素;临床表现以肺部罗音,咳嗽、咳痰为主,发热与白细胞增高不多见;有８例患者合并其它致病菌感染,其中７例为白色念珠菌。药敏试验结果：全部菌株对青霉素、氨苄与羧苄耐药;对红霉素、四环素、氯霉素多不敏感;对第二、三代头孢敏感率较高;对诺氟沙星、环丙沙星、亚胺培南无耐药株。文中对该菌引起的院内获得性肺炎临床表现、致病特点、治疗措施进行了讨论。     

一株新型裂解K63荚膜型肺炎克雷伯菌的噬菌体分离鉴定和生物学特性研究及全基因组分析

[背景]噬菌体具有特定的杀菌能力,对生态和细菌的进化具有重要影响。近年来由于多重耐药细菌的全球出现,噬菌体疗法逐渐引起了人们的关注。[目的]对一株新型裂解K63荚膜型肺炎克雷伯菌的噬菌体vB_KpnP_IME308进行生物学特性研究、测序和比较基因组学的分析。[方法]以一株从临床分离到的肺炎克雷伯菌为宿主菌分离噬菌体,应用双层平板法进行噬菌体最佳感染复数(optimal multiplicity of infection)、一步生长曲线(one-step growth curve)、温度以及pH敏感性实验测定,纯化噬菌体并通过透射电镜观察噬菌体形态;应用标准的苯酚-氯仿提取方案提取噬菌体全基因组,使用Illumina MiSeq测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后对噬菌体全基因组序列进行组装、注释、进化和比较基因组学分析。[结果]分离到一株新型的肺炎克雷伯菌噬菌体,命名为vB_KpnP_IME308;其最佳感染复数为0.001,一步生长曲线结果显示,其感染宿主菌的潜伏期约为20 min,裂解期约为80 min,平均裂解量330PFU/cell;噬菌体vB_KpnP_IME308在4-50℃和pH 5.0-10.0范围内稳定;电镜观察该噬菌体属于短尾噬菌体科(Podoviridae)。基因组测序结果表明,噬菌体基因组全长为43 091bp,(G+C)mol%含量为53.9%,(A+T)mol%含量为46.1%。BLASTn比对结果表明,该噬菌体与目前已知噬菌体基因组仅84%区域有相似性。噬菌体进化树结果表明该噬菌体属于Autographivirinae亚科的Drulisvirus属的成员。[结论]从医院污水中分离鉴定了一株新型的肺炎克雷伯菌噬菌体,表征并分析了噬菌体全基因组序列,这些结果均表明该噬菌体具有开发为抗肺炎克雷伯菌制剂的潜力,为噬菌体治疗多重耐药细菌感染奠定了基础。     

五株克雷伯氏菌噬菌体的生物学特性及比较基因组学研究

【目的】耐药性克雷伯氏菌属(Klebsiella)的细菌作为人类感染的重要病原,是临床治疗重要的挑战。本研究对多株克雷伯氏菌裂解性噬菌体的生物学特性和基因组特征进行比较分析,为其应用提供更多科学数据。【方法】使用双层平板法从人类和动物新鲜粪便、污水中分离纯化裂解性克雷伯氏菌噬菌体;通过磷钨酸染色和透射电镜观察其形态;采用双层平板噬菌斑法确定其宿主范围,测定温度和pH稳定性、一步生长曲线和体外抑菌效果等生物学特性;基于全基因组测序对分离株进行比较基因组学分析;通过体内抑菌试验评估噬菌体对多重耐药变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)BS375-3感染的大蜡螟(Galleria mellonella)幼虫的保护作用。【结果】5株噬菌体分别属于Schitoviridae(pKP-BM327-1.2)、Autographiviridae(pKP-M186-2.1、pKP-M186-2.2和pKV-BS375-3.1)、Drexlerviridae(pKP-BS317-1.1)家族;噬菌体pKV-BS375-3.1可裂解受试菌中的8株,pKP-BM327-1.2可裂解受试菌中的3株,pKP-M186-2.1、pKP-M186-2.2和pKP-BS317-1.1则分别裂解受试菌中的1株;5株噬菌体感染10–20 min后即进入指数增长期,在–20–37℃、pH 6–10环境下均能够保持稳定活性;感染变栖克雷伯氏菌BS375-3后经噬菌体pKV-BS375-3.1处理[感染复数(multiplicity of infection,MOI)=100]的大蜡螟幼虫96 h内存活率达到80%(8/10);5株噬菌体基因组长度在42–77 kb之间,未携带抗生素抗性基因和毒力基因,基于内溶素(endolysin)的溯源分析显示该蛋白在克雷伯氏菌噬菌体中呈现多样性,属内呈保守性。【结论】5株克雷伯氏菌噬菌体均具有较好的体外抑菌活性,生物学特性稳定,endolysin在噬菌体属内呈现保守性。宿主谱宽、潜伏期短的噬菌体pKV-BS375-3.1在治疗Klebsiella pneumoniae和K.variicola临床感染方面具有潜在应用前景。     

大熊猫源肺炎克雷伯菌生物学特性

【背景】肺炎克雷伯菌是仅次于大肠杆菌的常见条件致病菌之一,严重时可导致大熊猫发生出血性肠炎、全身性败血症等。【目的】明确大熊猫源肺炎克雷伯菌的生物学特性,对防控该病作出科学指导。【方法】分别采用结晶紫染色法、拉丝实验、K-B纸片法和PCR技术对46株大熊猫源肺炎克雷伯菌的生物被膜形成能力、高黏性表型、耐药表型和15种常见毒力基因等生物学特性进行研究,并根据以上生物学特性选择一株可能具有致病性的分离菌pneumoniae-X-5,研究其对小鼠的致病性。【结果】46株肺炎克雷伯菌均可形成荚膜;12株为高黏性表型肺炎克雷伯菌;能形成生物被膜的菌株占比为65%(30/46);分离出的46株菌中多重耐药菌株占58%(27/46),对氨苄西林、苯唑西林、青霉素、万古霉素呈100%耐药;毒力基因检出率最高的为ureA(91.30%,42/46)。pneumoniae-X-5菌株对小鼠的LD₅₀为8.9×10⁴CFU/mL;该菌株攻毒小鼠肺泡间隔增厚,炎性细胞浸润,肝细胞变性坏死,脾充血,十二指肠黏膜上皮和固有层分离,固有层部分细胞坏死。死亡小鼠脾脏含细菌量最多,其次为肝脏。【结论】本试验阐明了部分大熊猫源肺炎克雷伯菌的多重耐药性、能形成生物被膜、具有高黏表型等病原生物学特性,为大熊猫肺炎克雷伯杆菌病的防控及临床治疗提供了科学依据。     

沈阳地区铜绿假单胞菌药物敏感性测定及质粒图谱分析

目的 测定铜绿假单胞菌对22种药物的敏感性,帮助临床选择用药。并对分离株进行质粒图谱分析以了解耐药菌株的流行情况。方法 药物敏感性实验采用纸片琼脂扩散法,质粒指纹图谱分析采用碱变性法提取质粒DNA,限制性内切酶切割后进行凝胶电泳分析。结果 铜绿假单胞菌对头胞哌酮、氧派酸、丁胺卡那霉素、壮观霉素、多粘菌毒和头孢三嗪的敏感率在84％－100％之间。所有菌株对其他16种抗性素均有不同程度的耐药。质粒DNA图谱分析显示,12株被检测菌株中有11株含有质粒DNA,其中8株含有23kb质粒DNA。结论 铜绿假单胞菌对头胞哌铜、氟派酸、丁胺卡那霉素、壮观霉素、多粘菌素敏感;多数耐药菌株含23kb质粒DNA。     

多重耐药肺炎克雷伯菌噬菌体KP002的生物学特性及基因组学研究

以上海某些医院临床分离到的多重耐药肺炎克雷伯菌为宿主菌,从不同环境的污水中分离获得1株肺炎克雷伯菌噬菌体KP002。电子显微镜显示其为有尾噬菌体,头部直径约70nm,尾长约80nm,尾宽约20nm。对其生物学特性进行研究,结果显示此株噬菌体在pH 3~9及4~50℃的环境中具有较高活性;6min吸附率达95%以上;潜伏期为10min,爆发期为50min;裂解量为172pfu/cell。结果表明,该噬菌体对pH值和温度适应范围较宽。对其全基因组进行测序分析,结果显示其基因组为环状双链DNA,全长47 173bp,GC含量为48%。本研究筛选获得1株对pH值和温度适应范围较宽的耐药肺炎克雷伯菌烈性噬菌体KP002,为建立耐药肺炎克雷伯菌的噬菌体库以用于治疗临床多重耐药菌感染提供了新的思路。     

一株新型牛源肺炎克雷伯菌噬菌体的分离鉴定

【背景】肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是一种广泛分布于环境中的重要致病菌,该菌较高的耐药性致其在养殖业中治疗较为困难。【目的】分离一株裂解性肺炎克雷伯菌噬菌体,对分离株进行生物学特性鉴定和基因组学分析。【方法】使用双层平板法从四川省某奶牛场中分离、纯化出一株裂解性噬菌体,测定其裂解谱、热稳定性、酸碱耐受度、最佳感染复数及一步生长曲线等生物学特性,并进行全基因组的测序及注释分析。【结果】得到一株裂解性肺炎克雷伯菌噬菌体vB_Kpn_B01,该噬菌体拥有透明且无晕环的噬菌斑,热稳定性较高,在极酸或极碱环境下不进行裂解活动,特异性较强,属长尾噬菌体科(Siphoviridae)。vB_Kpn_B01全基因组大小为113 227 bp,GC含量为47.97%。注释结果显示噬菌体拥有149个编码序列和25个tRNAs,不含耐药基因及毒力基因。通过噬菌体的进化树分析发现,该噬菌体为Sugarlandvirus。【结论】vB_Kpn_B01拥有高效的生长...     

肺炎克雷伯菌研究进展

近年来由于各种抗菌药物的广泛使用,导致肺炎克雷伯菌多重耐药现象普遍存在,给临床治疗带来极大的困扰,造成医院获得性肺炎感染严重的现状。着重论述了肺炎克雷伯菌流行现状、耐药机制、致病因子及防治措施。     

呼吸道感染肺炎克雷伯氏菌的质粒图谱分析

从临床住院病人痰及咽拭标本中分离出肺炎克雷伯氏菌９８株,占培养菌１０．６％。对该菌抽样做质粒图谱分析显示,患者主要为携带有三种即３２．７×１０６ｄａｌ、１×１０６ｄａｌ、０．５×１０６ｄａｌ质粒的肺炎克雷伯氏菌引起的。此方法简便,快速可靠,对进行病源菌流行病学调查有一定参考及实用价值。     

峨眉山蕺菜属药用植物一新种

ＨｏｕｔｔｕｙｎｉａｅｍｅｉｅｎｓｉｓＺ .Ｙ .ＺｈｕｅｔＳ .Ｌ .Ｚｈａｎｇ ,ｓｐ .ｎｏｖ .ＳｐｅｃｉｅｓｐｒｏｘｉｍａＨ .ｃｏｒｄａｔａｅＴｈｕｎｂ .ａｑｕａｐｌａｎ ｔｉｓｖｉｒｉｄｉｂｕｓｖｅｌｖｉｒｉｄｉａｌｂｉｓ (ｃａｕｌｉｂｕｓｆｏｌｉｉｓｑｕｅｈａｕｄｐｕｒｐｕｒｅｉｓ) ,ｎｏｄｉｓｓｕｂｇｌａｂｒｉｓ,ｓｐｉｃｉｓｒｏｂｕｓｔｉｏｒｉｂｕｓｌｏｎ ｇｉｏｒｉｂｕｓｑｕｅ 2 .5～ 3.2ｃｍｌｏｎｇｉｓ 9～ 1 0ｍｍｄｉａｍ .ｆｌｏｒｉｂｕｓｍｕｌｔｉｏｒｉｂｕｓｄｅｎｓｉｏｒｉｂｕｓｑｕｅ,ｐ…     

广西青藤属一新种及同属药用植物

<正> 在编写广西植物志的过程中,发现青藤属植物1个新种。通过详细鉴定,现知广西产的同属植物有6种和2变种,其中民间作药用的(以原始采集记录为根据)有4种和2变种,现报道如下。     

贵州淫羊藿属药用植物一新种

贵州淫羊藿属药用植物一新种何顺志,张天伦（贵州省中药研究所,贵阳５５０００２）关键词淫羊藿属;小叶淫羊藿;新种ＡＮＥＷＳＰＥＣＩＥＳＯＦＭＥＤＩＣＩＮＡＬＰＬＡＮＴＳＯＦＥＰＩＭＥＤＩＵＭＬ．ＦＲＯＭＧＵＩＺＨＯＵ￥ＨｅＳｈｕｎｚｈｉａｎｄＺｈａｎｇ...     

黑蛋巢菌属新种和新变种

本文报道了黑蛋巢菌属Cyathus四个新种和二个新变种,它们分别是:内蒙黑蛋巢菌Cyathus neimonggolensis Liu et Y.M.Li,盘柄黑蛋巢菌C.discostipltatus Liu et Y.M.Li,太原黑蛋巢菌C.taiyuanensis Liu et Y.M.Li,毛被黑蛋巢菌C.hirtulus Liu et Y.M.Li,天山黑蛋巢毛被变种C.tianshanensis Liu et Cao var.tomentosus Liu, Cao et Y.M.Li,环状黑蛋巢武夷山变种 C. annulatus Brodie var. wuyishanensis Liu et Y.M.Li。全部模式标本均保存在山西大学真菌标本室。     

马鞍菌属新种和新组合

本文报道了产于我国的马鞍菌属Helvella的三个新种及一新组合,它们是亚梭孢马鞍菌H.subfusispora Liu et Cao,太原马鞍菌H·taiyuanensis Liu,Du et Cao中国马鞍菌H.sinensis Liu et Cao以及紫棱柄马鞍菌H.purpurea(Zang)Liu et Cao。并附有我国马鞍菌种的检索表。     

山茶属一新种及其核型分析

<正> 灌木,高5米;嫩枝无毛,红色。叶互生,叶柄长6—12mm,叶片厚革质,椭圆形,长10—16cm,宽4—6cm,先端渐尖,叶基部一般阔契形或略钝,无毛,有微小黑腺点,边缘有细齿或只上半部有细齿,齿刻相隔3—8mm,侧脉7—9对,干时主脉上下突起。花1—2朵,顶生或腋生,直径可达9cm;无梗。苞片和萼片不分化,共15片,革质,背被绒毛,由外至内渐变大,最外1片长2mm,宽3mm,最内2片各长1.5—2cm,宽1.5     

植物新药——甘木通的生药鉴别

木文对甘水通的生药结构、药用情况、鉴别点、地理分布及繁殖等进行了报道;同时指出造成混乱的原因及找出混乱种的学名。甘本通为分布于广东和广西两省区的特有种。     

三种药用车前的染色体数目和核型的研究

<正> 车前为常用中药材,《神农本草经》和明李时珍的《本草纲目》中列为上品,以干燥全草及种子入药,有清热、明目、利尿、止泻、降低血压和镇咳祛痰等功效。 本文报道了作为“车前”中药材的三种车前属Plantago L.植物:大车前P. major L.车前P. aslatica L. 和平车前P. depressa Willd.染色体数目和核型的资料,旨在为探讨车前属内的分类和进化及为提高车前中药材的产量和质量的研究提供必要的细胞学资料。     

棺头蟋属六种常见蟋蟀鸣声特征分析与种类鉴定(直翅目:蟋蟀总科)

本文对蟋蟀科Ｇｒｙｌｉｄａｅ棺头蟋属Ｌｏｘｏｂｌｅｍｍｕｓ６种常见种类的鸣声特征进行了较为系统的分析研究。从其频域特征和时域特征上明显地显示了种间差异,并将其鸣声特征用于分类。