蓖麻蚕5.8S rRNA基因的结构特点

利用计算机分析已知的蓖麻蚕(Attacus ricini)5.8S rRNA顺序,发现其上有一个PstⅠ位点。因此,将rDNA上PstⅠ位点两侧的DNA片段分别克隆在pWR 13质粒上。用末端终止法测定了蓖麻蚕5.8S rRNA基因全顺序及与之相邻的上、下游部分核苷酸顺序。发现5.8SrRNA基因3′端为pGGGCCGGCT_(OH)。这个结果与Feng,Y.X.等报道的蓖麻蚕5.8S rRNA顺序3′端是pGGGCCGAUUAA_(OH)有两个明显不同:第一,从共同顺序pGGGCCG算起,5.8S rRNA基因的3′端有九个核苷酸,比Feng Y.X.等报道的rRNA顺序3′端少两个核苷酸;第二,两者在3′末端共同顺序以后的两个核苷酸是不一样的。此外,还发现在蓖麻蚕5.8S rRNA基因上游有一个约30个核苷酸的poly(A)区。     

叶绿体4.5SrRNA——Ⅱ基因与起源

在植物叶绿体中,rRNA 基因的排列顺序与原核生物大肠杆菌和蓝绿藻的 rRNA 基因排列顺序相似:16S rDNA—间隔顺序—23S rDNA—间隔顺序—5 S rDNA。在高等植物叶绿体中,在23S rDNA 的3′下游端和5SrDNA的5′上游端之间的间隔顺序内,还存在着4.5 S     

蓖麻蚕核糖体核糖核酸基因上18S、28S和5.8S核糖体核糖核酸基因的定位

蓖麻蚕的核糖体核糖核酸(rRNA)的基因(rDNA)是多拷贝基因,其重复单位成线性方向排列。在每一重复单位中含有18S、28S和5.8S rRNA基因各一个。了解它们的排列状况是认识rDNA结构的基础。本文将无性繁殖的该rDNA用各种限制性内切酶水解后,制成Southern转移膜与放射性同位素标记的18S、28S和5.8S rRNA杂交;又将18S和28S rRNA制成Northern转移膜与放射性同位素标记的rDNA片段杂交,从而排出18S、28S和5.8S rRNA基因在rDNA上面的相对位置。     

油菜叶绿体16SrRNA基因的一级结构分析

本文报道了油菜叶绿体16S rRNA基因的全顺序及其5′端上游的156bp和3′端下游的101bp的核苷酸顺序。油菜叶绿体16s rRNA基因长为1491bp,和烟草、玉米相比,同源程度分别为98.5％、96.1％。油菜叶绿体16S rRNA基因5′端上游及3′端下游的顺序能互补而形成一个较大的茎环结构,但与烟草相比,由于3′端下游顺序有79bp的缺失,因此,该结构中的茎部分大小仅为烟草的二分之一。     

油菜叶绿体16S rRNA基因前导顺序的一级结构

质粒pBN119的3.2kb BamHI片段的PvuⅡ-BglⅡ片段全顺序长为840bp,其中含油菜叶绿体16S rRNA基因5′端的140bp。通过寻找GTTC顺序,发现在395至468位核苷酸之间是tRNA~(Val)基因;在73至118位核苷酸之间是一个蛋白阅读框。和已发表的玉米叶绿体16S rRNA前导顺序进行比较,同样存在三个相应的大肠杆菌RNA聚合酶的结合位点。和大肠杆菌的启动子及相应基因作比较,表明叶绿体基因组具有很明显的原核性,但其tRNA~(Val)基因没有CCA3′顺序。在16S rRNA基因、tRNA~(Val)基因及蛋白阅读框的5′端附近均能找到一个比较稳定的茎环结构。我们推测这些茎环结构可能和位于反问重复顺序上的某些基因的转录调节有关。     

用S1核酸酶作图法测定蓖麻蚕18S rRNA基因的5′端位置

测定基因5′端位置是研究基因转录调控的一个重要前提。本文将蓖麻蚕18S rRNA基因DNA的5′端用~(32)P标记,然后与18S rRNA杂交,再用S1核酸酶水解掉非杂交区的DNA和RNA。分析放射自显影的结果,测出18S rRNA基因5′端的位置。在18S rRNA基因的BglⅡ_2位点向EcoRⅠ,方向延伸约220bp处,从这一结果,可知道蓖麻蚕rRNA基因的转录方向是5′EcoRⅠ_2→BglⅡ_23′。     

细菌分类与鉴定的新热点：16S—23S rDNA间区

随着分子生物学的迅速发展,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平、如（G＋C）mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。rRNA存在于所有细菌中,rRNA基因由保守区和可变区组成,在细菌中高度保守。rRNA基因包含5‘端到3‘端的若干种成分,分别是16S rDNA、间区、23S rDNA、间区和 5S rDNA。16S－23S rDNA间区近年来在细菌系统发育学,特别是相近种和菌 区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点,本文将就16S－23S rDNA间区的一些特性及其胡细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。     

全长rDNA簇在蝽类昆虫生命树构建中的应用前景(昆虫纲,半翅目)

在昆虫纲中,生命树计划正在以目级阶元中的分类单元为单位逐步推进.针对这一大的背景,以及高级阶元和种级阶元分子系统学研究间脱节现状,提出以rDNA簇为一组分子标记、并且在未来高级阶元系统发育研究中将目前选取少量代表类群的做法改为将尽量多的物种包含到一棵系统发育树中的建议.其中首先简要介绍了rDNA簇的结构及其中各分子标记在分子系统学研究中的应用价值,随后以蝽类昆虫为例,有针对性地总结了rDNA簇中不同基因序列已有数据的丰富程度及其在分子系统学研究中的应用情况.首次给出了蝽类昆虫28S rRNA近全长序列的二级结构模型.基于对18S rRNA和28S rRNA二级结构研究所积累的认识,强调了18S rDNA和28S rDNA内部不同区段之间变异模式和应用价值的差异,论证了未来在生命树构建中深化对rDNA簇中各基因进行联合应用的合理性和可行性.     

植物rRNA基因组织模式的荧光原位杂交比较分析

采用荧光原位杂交技术,对分属5个科的10种植物的分生细胞的18S-25S rRNA基因(45S rDNA)的组织模式进行了比较分析.45S rDNA探针在所有供试植物的间期核都产生了两种杂交信号:荧光强、位于核仁周边的纽和荧光较弱分布于核仁内的点,表明不同植物间期核的rDNA染色质的组织模式相似.在每种植物的部分间期细胞都观察到点与纽相连或从纽发出的情况,而且点的数目越多纽就变得越小,点的有无和数目的多少与细胞的活性呈正相关.这些事实表明,纽代表了处于凝缩状态的非活性的rDNA染色质,点是由纽解凝缩而来,rDNA异染色质解凝缩形成点是植物rRNA基因活跃转录的细胞学表现,在同一物种中点的多少代表了间期核rDNA转录活性的强弱.我们的结果支持点是核仁内活性rRNA基因组织的结构单位及rRNA合成发生地点的推论.我们的结果还显示,不同植物间期核的rDNA染色质的组织也存在一些差异,其中核仁内点的最大数目有较大的不同.在所有供试植物的有丝分裂前中期细胞,45S rDNA探针在rDNA位点都产生了松散的信号块和许多点,表明植物的rDNA位点在有丝分裂前中期还有较活跃的转录.     

紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较

紫芝栽培品种‘紫芝S2’(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79%-100%,在系统进化树上相聚成一类。本研究预测‘紫芝S2’基因组与参考基因组中的rRNA基因簇,分析rDNA结构及各构件序列间的多态性。从高质量‘紫芝S2’基因组中挖掘得到完整rDNA,序列全长40.377 kb,由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S) rRNA基因簇组成,并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2)。在紫芝S2的rDNA中,高度保守的28S rRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1 bp,10 bp)位点;虽然第4条ITS2中有1个SNP位点,但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致,与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异。由‘紫芝S2’基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码,可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记。     

Homology of the 3'' terminal sequences of the 18S rRNA of Bombyx mori and the 16S rRNA of Escherchia coli.

The terminal 220 base pairs (bp) of the gene for 18S rRNA and 18 bp of the adjoining spacer rDNA of the silkworm Bombyx mori have been sequenced. Comparison with the sequence of the 16S rRNA gene of Escherichia coli has shown that a region including 45 bp of the B. mori sequence at the 3' end is remarkably homologous with the 3' terminal E. coli sequence. Other homologies occur in the terminal regions of the 18S and 16S rRNAs, including a perfectly conserved stretch of 13 bp within a longer homology located 150--200 bp from the 3' termini. These homologies are the most extensive so far reported between prokaryotic and eukaryotic genomic DNA.     

The structure of a single unit of ribosomal RNA gene (rDNA) including intergenic subrepeats in the Australian bulldog ant Myrmecia croslandi (Hymenoptera: Formicidae)

A complete single unit of a ribosomal RNA gene (rDNA) of M. croslandi was sequenced. The ends of the 18S, 5.8S and 28S rRNA genes were determined by using the sequences of D. melanogaster rDNAs as references. Each of the tandemly repeated rDNA units consists of coding and non-coding regions whose arrangement is the same as that of D. melanogaster rDNA. The intergenic spacer (IGS) contains, as in other species, a region with subrepeats, of which the sequences are different from those previously reported in other insect species. The length of IGSs was estimated to be 7-12 kb by genomic Southern hybridization, showing that an rDNA repeating unit of M. croslandi is 14-19 kb-long. The sequences of the coding regions are highly conserved, whereas IGS and ITS (internal transcribed spacer) sequences are not. We obtained clones with insertions of various sizes of R2 elements, the target sequence of which was found in the 28S rRNA coding region. A short segment in the IGS that follows the 3' end of the 28S rRNA gene was predicted to form a secondary structure with long stems.     

Cloning and sequence analysis of the 18 S ribosomal RNA gene of tomato and a secondary structure model for the 18 S rRNA of angiosperms

Summary The gene of a cytoplasmic 18 S ribosomal RNA (18 S rDNA) of the dicotyledonous plant tomato (ycopersicon esculentum) cv. Rentita has been cloned, and its complete primary structure has been determined. The tomato 18 S rDNA is 1805 by long with a G+C content of 49.6%. Its sequence exhibits 94%–96% positional identity when it is colinearly aligned with the previously reported sequences of the 17–18 S rDNAs of the dicot soybean and the monocots maize and rice. A model of the secondary structure of the 18 S rRNA of angiosperms is presented and its genera-specific structural features are compared with a current eukaryotic 18 S rRNA consensus model.     

Molecular characterization of DNA encoding 16S-23S rRNA intergenic spacer regions and 16S rRNA of pectolytic Erwinia species

Sequences of 16S rDNAs and the intergenic spacer (IGS) regions between the 16S and 23S rDNA of bacterial strains from genus Erwinia were determined. Comparison of 16S rDNA sequences from different species and subspecies clearly revealed intraspecies-subspecies homology and interspecies heterogeneity. Phylogenetic analyses of 16S rDNA sequence data revealed that Erwinia spp. formed a discrete monophyletic clade with moderate to high bootstrap values. PCR amplification of the 16S-23S rDNA regions using primers complementary to the 3' end of 16S and 5' end of 23S rRNA genes generated two DNA fragments. The small 16S-23S rDNA IGS regions of Erwinia spp. examined in this study varied considerably in size and nucleotide sequence. Multiple sequence alignment and phylogenetic analysis of small IGS sequence data showed a consistent relationship among the test strains that was roughly in agreement with the 16S rDNA data that reflected the accepted species and subspecies structure of the taxon. Sequence data derived from the large IGS resolved the strains into coherent groups; however, the sequence information would not allow any phylogenetic conclusion, because it failed to reflect the accepted species structure of the test strains.