猪科的系统发育与系统地理分化

猪科动物是最为昌盛的哺乳动物之一,但它们的分类及系统发育关系却尚待解决。为此, 用PCR直接测序法测定了一个红河猪(Potamochoerus porcus)、一个马来西亚野猪(Sus barbatus)以及数头欧亚野猪(Sus scorfa)线粒体细胞色素b全序列1 140 bp。结合从GenBank中获得的其他猪科物种胞色素b序列,用邻接法和最大简约法构建了猪科物种的系统发育关系,其结果显示苏拉威西鹿猪与其他猪科物种为姐妹群的关系。非洲物种疣猪和河猪聚为一枝,而欧亚猪属物种聚为另一支。各物种在系统发育关系中的位置与它们的地理分布对应。猪属物种可以被划分为3个种组：分布于菲律宾群岛、苏拉威西岛及其邻近岛屿的猪属物种形成一个种组,包括苏拉威西岛疣猪、菲律宾疣猪和印度尼西亚疣猪;欧亚野猪种组,包括欧亚野猪和姬猪;须猪和爪哇疣猪形成一个种组。     

Zhao科鱼类细胞色素b基因片段的序列测定及其系统发育的初步研究

从９种Ｚｈａｏ科鱼类的福尔马林标本中获得了３３３ｂｐ的细胞色素ｂ基因片段的序列。这９个种分别代表Ｚｈａｏ科鱼类的８个。３３３ｂｐ的ＤＮＡ序列经ＭＵＳＴ软件排序后,有１０１个变异位点,其中有３９个信息位点。序列在成对物各间的距离为８－４８。平均遗传距离为２．４－１４．４％,简约分析产生了晨在简约系统树。其步长是１６２。在该系统树上,Ｂａｎｇａｒｉｕｓ是最原始的属,并与所有其他形成的物种姊妹群。其余８     

6个中国猪地方品种和3个瑞典猪DNA分子系统发育相关关系

线粒体DNA遗传多样性用于评价6个中国地方猪种和3个瑞典家猪系统发育关系。采用PCR和序列分析方法得到了来自9个品种140头猪的线粒体中控制区440bp和细胞色素b基因798bp核苷酸序列。系统发育分析结果表明：6个中国地方猪种起源于亚洲野猪。中国地方猪种和欧洲野猪的线粒体DNA核苷酸序列变异发生在413000－875000年以前,而亚洲紧猪的变异仅发生在7000－156000上以前,由于2000年以前或18世纪初中国猪种导入欧洲家猪,因此瑞典家猪既属于欧洲类也属于亚洲类。     

鹰科四种鸟类线粒体DNA的差异和分子进化关系的研究

采用聚合酶链反应,从雀鹰、大Kuang鹰4种鸟类中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出1086bp的碱基序列,它们之间的序列差异在10.31%-16.57%之间。DNA一序列数据显示,这4种鸟类DNA序列变异丰富,MEGA1．01数据软件构建了4种鸟类的分子系统树,与化石资料和形态学研究结果相吻合。     

从D环和细胞色素b基因序列探讨懒猴属的分子系统发育关系(英文)

本研究测定了懒猴属(Nycticebus)D环的部分序列和细胞色素b基因的全序列(1140bp),分析了该属物种之间的系统发育进化关系。在DNA水平上,序列分析结果一致地提供了新的分类学证据：支持Rataiszczak和Groves的观点,即N．intermedus只是N．pygmaeus的成体(Ratajszczak,1998;Groves,1971)。对两种序列的数据做了联合及个别分析,获得相似的系统树,支持懒猴属由两个单系群组成：第一群由N．pygmaeus聚成,第二群由N．coucang聚成。该结果也提供了新的分子遗传证据,支持懒猴属由N．coucang和N．pygmaeus两物种组成。     

四川鹿属动物的线粒体DNA差异和系统进化关系研究

用聚合酶链反应,从水鹿,坡鹿,梅花鹿和马鹿等四种鹿属动物中分别扩增出线粒体ＤＮＡＲ的细胞色素ｂ基因片段,并测定得到了３６７ｂｐ的碱基序列,它们之间的序列差异在４．０９％￣７．０８％之间。     

鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用ClustalW排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明:鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

蜂猴线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了蜂猴属（Nycticebus)1个蜂猴（N.coucang)和2个矮蜂猴（N,pygmaseus)个体的线粒体细胞色素b(cyt-b)基因全序列,比较现有的司猴科其他种序列,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,以指猴为外群重建了系统发育树,结果表明,在所研究的个体中,2个蜂猴物种碱基组成具有哺乳动物的共同特点,它们之间转换比（特别是密码子第3位）是颠换比的6倍多,大于其他种间比较;低的Ka/Ks值（＜0．1）,说明懒猴科cyt-b基因的异义突位点受到强的选择压力作用。由cyt-b基因构建的系统发育树符合懒猴科化石记录和形态学分类观点,根据化石记录和与分化时间有一定线性关系的第3位颠换和同义突变速率,估算蜂猴与倭蜂猴种间,蜂猴与蜂属间可能的分化时间分别为300和600万年。     

基于Cytb基因序列探讨蝽亚科11种昆虫的系统发育关系

对蝽亚科6属11种昆虫线粒体DNA细胞色素b基因部分序列进行PCR扩增和序列测定。比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建分子系统树。在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别是38．1,18．2,31．9和11．8％,表现出强烈的AT偏向性;就每个氨基酸密码子来看,第3位点的A＋T含量较高,达到85．5％。该序列片段中共有162个核甘酸位点发生变异（约占37．5％）,种间序列差异范围为0．9％～19．4％,平均为16．6％,变异较大。以筛豆龟蝽Megaeopta cribraria为外群,通过多种方法构建的系统发育树拓扑结构一致,这6属11种昆虫大致形成4个分支：珀蝽属、碧蝽属、菜蝽属3属的关系最接近,形成一个分支;真蝽属的3种聚为1支,与第1支形成姊妹群;曼蝽属的2种形成1支;麻皮蝽位于系统树的基部,为分化较早的1支,是蝽亚科中较为原始的类群。     

基于细胞色素b基因序列对蜻科部分种类系统进化研究（蜻蜓目：差翅亚目）

采用PCR产物直接测序法,获得了蜻科6属9种蜻蜓的线粒体细胞色素b（Cyt b）核苷酸序列（长度576 bp）。A＋T平均含量较高,为69．2％。氨基酸密码子第三位点的A＋T平均含量最高（86．5％）。变异位点数为216个（约占37．5％）,简约信息位点148个,数据显示这几种蜻蜓之间DNA序列变异丰富。用一种豆娘Megalestes maai作外群构建系统发育树表明：蜻科为单系群,灰蜻属较进化,黄蜻属相对较古老一些。这6属的起源关系为：黄蜻属和赤蜻属→宽腹蜻属→椎腹蜻属和红蜻属→灰蜻属。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的雀形目18种鸟系统发育关系

采用线粒体细胞色素b(cytochrome b)基因,利用DNA测序的方法研究了雀形目18种鸟类的分子系统发育关系。通过序列分析比对,运用邻接法和最大似然法构建了雀形目18种鸟类的系统发育树,结果表明,燕雀类和类的分歧程度达到了科级水平,建议分别独立成科;长尾山雀可从山雀科中分离出来,单列成科;柳莺归入柳莺亚科(Phylloscopinae),树莺归入大苇莺亚科(Acrocephalinae)。Cytb基因的各主要分支中存在着相对恒定的分子钟,根据鸟类mtDNA的cytb进化速度大约是每百万年1.6%,得到18种鸟的科间分歧时间在10.5百万年左右,科内分歧在9.0百万年左右。     

Mitochondrial cytochrome b gene sequences of old world monkeys: With special reference on evolution of Asian colobines

The classification and phylogenetic relationships of the Old World monkeys are still controversial. For Asian colobines, from three to nine genera were recognized by different primatologists. In the present study, we have sequenced a 424 bp mitochondrial tRNA^Thr gene and cytochrome b gene fragment fromMacaca mulatta, Mandrillus sphinx, Mandrillus leucophaeus, Semnopithecus entellus, Trachypithecus vetulus, T. johnii, T. phayrei, T. francoisi, Pygathrix nemaeus, Rhinopithecus roxellanae, R. bieti, R. avunculus, Nasalis larvatus, andColobus polykomos in order to gain independent information on the classification and phylogenetic relationships of those species. Phylogenetic trees were constructed with parsimony analysis by weighting transversions 5 or 10 fold greater than transitions. Our results support the following conclusions: (1) the Old World monkeys are divided into two subfamilies; (2) that among the colobines,Colobus, the African group, diverged first, andNasalis andRhinopithecus form a sister clade toPygathrix; (3) that there are two clades within leaf monkeys, i.e. 1)S. entellus, T. johnii, andT. vetulus, and 2)T. phayrei andT. francoisi; (4) thatRhinopithecus avunculus, R. roxellanae, andR. bieti are closely related to each other, and they should be placed into the same subgenus; (5) thatRhinopithecus is a distinct genus; and (6) that the ancestors of Asian colobines migrated from Africa to Asia during the late Pliocene or early Pleistocene.     

朱鹮线粒体DNA的分子系统发育

朱Huan是一种濒危鸟类。过度开发和栖息地的破坏导致了朱Huan日本种群的绝灭,而在中国目前也仅存一野生种群。本文利用NJ法和最大简约法分析了鹳形目鸟类977bp的线粒体DNA细胞色素b基因的部分序列,以期从DNA水平上阐明朱Huan的系统地位。结果表明,朱Huan与彩Huan和非洲琶鹭组成一姐妹群;NJ法分析得出的结果与DNA杂交分析结果一致,即((Huan科,鹭科),鹳科);而最大简约法分析的结果则与形态学结果一致,即((鹭科,鹳科),Huan科)。同时,这两种系统树上较低的置信度,认为部分是由于可用细胞色素b基因序列的有限所致。     

从细胞色素b基因全序列分析岩羊和山羊、绵羊的系统发生关系

本文测定了来自四川和青海岩羊的细胞色素b 基因全序列(1 140 bp) , 结合从GenBank 中检索获得的山羊、北山羊、绵羊和盘羊4 个近缘种细胞色素b 核苷酸同源区序列进行比较, 分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。分别采用简约法和距离矩阵法构建分子系统树, 得到了基本相同的拓扑结构, 从分子水平初步探讨了岩羊的系统起源问题。岩羊与山羊属的山羊、北山羊有着比绵羊属的绵羊、盘羊更近的亲缘关系。岩羊与山羊、北山羊的分歧时间大约在3～6 百万年, 而与盘羊、绵羊的分歧时间大约在6～8 百万年。     

PRELIMINARY STUDY ON MITOCHONDRIAL CYTOCHROME b DNA SEQUENCES AND PHYLOGENY OF FORMALIN FIXED SISORID FISHES (Teleostei:Siluriformes)

从９种科鱼类的福尔马林标本中获得了３３３ｂｐ的细胞色素ｂ基因片段的序列。这９个种分别代表科鱼类的８个属。３３３ｂｐ的ＤＮＡ序列经ＭＵＳＴ软件排序后,有１０１个变异位点,其中有３９个信息位点。序列在成对物种间的距离为８～４８。平均遗传距离为２４％～１４４％。简约分析产生了最大简约系统树,其步长是１６２（ＣＩ＝０７３５,ＲＩ＝０４９４）。在该系统树上,Ｂａｇａｒｉｕｓ是最原始的属,并与所有其他的物种形成姊妹群。其余８个属形成一个单系类群并分为二个姊妹群。尽管在形态上具有１３个离征,但在分子系统树上,鱼类并未形成一个单系类群。可能的原因是３３３ｂｐ序列中的星系信息位点太少;另外单从福尔马林浸制标本获得的ＤＮＡ序列的可靠性尚有待进一步验证     

基于线粒体细胞色素b基因分析海南岛褐家鼠种群遗传多样性

褐家鼠(Rattus norvegicus)是海南岛的主要害鼠之一,海南岛是我国南方海上的重要交通口岸,但关于海南岛褐家鼠的种群遗传多样性以及和邻近地区褐家鼠种群间的基因交流情况还缺乏了解。本研究测序分析了来自海南岛、广东、越南等地91只褐家鼠的细胞色素b基因,分析了不同种群中的Cyt b单倍型,种群间的遗传分化程度(F_(st)),构建了全世界60个褐家鼠的Cyt b单倍型之间的系统进化关系。结果发现,海南岛琼中/澄迈和崖城的褐家鼠种群没有共享的Cyt b单倍型,种群间出现了明显的遗传分化(F_(st)=0.453),但这两个群体分别与广东和菲律宾/越南的褐家鼠分享共同的单倍型,表明海南岛褐家鼠与广东和菲律宾/越南褐家鼠近代存在着基因交流。系统进化分析结果表明,多数海南岛和广东褐家鼠的Cyt b单倍型来自共同的单倍型组CⅢ和CⅦ,说明海南岛和广东省的褐家鼠可能由一个或多个共同的祖先种群扩散而来。由于褐家鼠喜欢与人伴生,褐家鼠很可能随着黎族人在新石器时代中期(大约3 000年前)或更早以前,从广西、广东沿海地区迁移至海南。     

(鱼兆)科鱼类细胞色素b基因片段的序列测定及其系统发育的初步研究

从9种(鱼兆)科鱼类的福尔马林标本中获得了333 bp的细胞色素b基因片段的序列.这9个种分别代表(鱼兆)科鱼类的8个属.333 bp的DNA序列经MUST软件排序后,有101个变异位点,其中有39个信息位点.序列在成对物种间的距离为8～48.平均遗传距离为2.4%～14.4%.简约分析产生了最大简约系统树,其步长是162(CI=0.735,RI=0.494).在该系统树上,Bagarius是最原始的属,并与所有其他的物种形成姊妹群.其余8个属形成一个单系类群并分为二个姊妹群.尽管在形态上具有13个离征,但在分子系统树上,(鱼宴)(鱼兆)鱼类并未形成一个单系类群.可能的原因是333 bp序列中的星系信息位点太少;另外单从福尔马林浸制标本获得的DNA序列的可靠性尚有待进一步验证.     

短尾猴与红面猴细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了2个短尾猴和1个红面猴个体的线粒体细胞色素b基因全序列,与猕猴、食蟹猴和叟猴的序列合并比较,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,并以阿拉伯狒狒为外群,构建系统发生树。结果表明,短尾猴基因序列中A、T、G、C的含量分别为29.0%、25.5%、11.8%、33.6%,红面猴中A、T、G、C的含量分别为29.4%、24.3%、11.4%、34.9%,碱基组成具有哺乳动物的共同特点,短尾猴与红面猴序列间的同源性为90.1%。红面猴与食蟹猴之间的同义替换和异义替换值(Ks、Ka)以及Kimura双参数距离都要小于红面猴与短尾猴之间的差异值,在构建的系统发生树中,叟猴最早分化出来,红面猴并未与短尾猴聚为一支,而是与猕猴、食蟹猴聚在了一起。     

以mtDNA细胞色素b基因探讨斑翅山鹑的分类地位

以线粒体DNA细胞色素b(mtDNA Cytb)基因作为分子标记,提取鸡形目雉科10个属18个样本的DNA,PCR扩增自动测序,获得序列长度828bp。将山鹑属中的斑翅山鹑(Perdix dauuricae)与其近缘属排序对比,分别以角叫鸭(Anhima cornuta)和海龟(Kachuga dhongoka)为外群,用邻接法、最大简约法和最小进化法构建分子系统发生树。邻接法构建的系统树显示斑翅山鹑与雉聚类,核苷酸序列差异值斑翅山鹑与环颈雉为15．2％,与石鸡为16．1％。分析认为在雉科中斑翅山鹑与雉类更接近,而与真正的鹑亲缘关系较远。同时以mtDNA分析鸟类系统发生时海龟更适合作为外群。以角叫鸭为外群加入西方松鸡(Tetrao urogallus)时,则斑翅山鹑的分类地位不能确定,这可能与鸡形目的适应辐射有关。