正交设计优化落叶松ISSR-PCR反应体系

该文利用正交试验设计的方法,对落叶松ISSR-PCR反应的5因素4水平进行试验,试验结果运用MINITAB软件进行分析,建立了落叶松ISSR-PCR反应的最佳体系,即在20μl反应体系中,模板50-200 ng,0.5μmol/L的引物,1×反应缓冲液,dNTP为0.15mmol/L-0.2mmol/L,1U的TaqDNA聚合酶,Mg2 2.0mmol/L-2.5 mmol/L。并进一步进行梯度退火试验,找到了最适的落叶松ISSR退火温度为56.4℃。     

正交试验优化八角ISSR-PCR反应体系

利用正交试验设计研究Taq DNA聚合酶、DNA模板、引物(UBC 886)、dNTP、Mg2+浓度5个因素对云南八角ISSR-PCR反应的影响,建立其最佳反应体系。结果表明:25μL的反应体系中5个因子的最佳水平为:Mg2+3 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、DNA模板0.016 ng、引物0.8μmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L。PCR最佳反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,46℃退火45 s,72℃延伸1 min,40次循环;72℃最后延伸7 min,4℃保存。     

栝楼ISSR-PCR体系的正交优化

目的：建立栝楼最佳ISSR-PCR正交优化体系,为开展栝楼ISSR分子标记奠定技术基础。方法：采用正交试验设计对影响栝楼ISSR-PCR扩增的重要参数（DNA模板、MgCl2、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶）进行优化试验,同时进行不同温度梯度试验和ISSR体系筛选。结果：最佳的栝楼ISSR-PCR的反应体系（20μl）为：30ng模板DNA,2.0mmol/L MgCl2,0.3mmol/L dNTPs,0.5μmol/L引物,0.5U Taq DNA聚合酶;退火温度为52℃-55℃;扩增反应程序为：94℃预变性5min;94℃变性30s,52℃退火1min,72℃延伸2min,35个循环;72℃延伸7min;4℃保存。结论：建立了栝楼的最佳ISSR反应体系,为栝楼种质鉴定提供了更客观可靠     

正交设计优化金发藓科植物ISSR-PCR反应体系

目的:建立金发藓科植物ISSR-PCR反应的最佳体系。方法:利用正交设计的方法,对金发藓科植物(Polytrichaceae)IS-SR-PCR反应的5因素(Mg2 ,dNTP,primer,DNA template,Taq DNA polymerase)4水平进行试验。结果:在20μl反应体系中,模板DNA50ng,1.6μmol/L的引物,1×反应缓冲液,3.2mmol/L的Mg2 ,dNTP为1.2mmol/L,2U的TaqDNA聚合酶,反应程序为94℃预变性6min;94℃变性45s,57℃退火45s,72℃延伸2min,循环40次;72℃延伸10min。利用此结论,对20种金发藓科植物进行ISSR-PCR扩增,扩增产物的多态性为69.52%。利用引物841构建的指纹图谱,可区分20种金发藓科植物中的18种,分辨率达90%。金发藓科植物ISSR-PCR反应体系的建立,为今后利用ISSR标记技术开展金发藓科植物种间遗传多样性分析提供一个标准化程序。     

丹参ISSR-PCR反应体系的建立与正交优化

利用正交试验设计的方法,从引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度4种因素3个水平,对丹参ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测。结果表明:20μL ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为1×PCR buffer、200μmol/L dNTP、1.0μmol/L引物、1.5mmol/L Mg2+和1 U Taq DNA聚合酶,最佳模板DNA浓度为20～60ng,引物UBC 835的最佳退火温度为51.7℃。     

锁阳ISSR-PCR反应体系的优化研究

通过单因素试验、正交试验的方法,对影响锁阳ISSR-PCR反应体系的7种主要因素在3个水平上进行优化筛选,得到锁阳ISSR-PCR反应的最佳体系:25μL反应体系中含有0.2 mmol/L dNTP、1.5 mmol/L Mg2+、10μmol/L引物、50 ng模板DNA、2.0 UTaq酶、1%去离子甲酰胺和2.5μg/μL牛血清白蛋白。相应引物的最佳退火温度为48.9℃。这一体系的建立为今后利用ISSR-PCR标记技术研究锁阳的遗传多样性奠定了基础。同时对ISSR-PCR体系中添加剂的作用进行了探讨,为添加剂在其他植物ISSR-PCR反应中的应用提供借鉴。     

利用正交设计优化小苍兰ISSR-PCR反应体系

通过L₁₆(4⁵)正交试验,研究了镁离子浓度、dNTP浓度、模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度这5个因素在4个水平上对ISSR-PCR的影响,建立了适合于小苍兰ISSR-PCR的反应体系。优化体系为：25 μL PCR反应体系中含有1×Taq酶缓冲液(10 mmol·L^-1 KCl,8 mmol·L^-1(NH₄)₂SO₄,10 mmol·L^-1 Tris·HCl,pH 9.0,0.05% NP-40),2 mmol·L^-1 MgCl₂,0.06 U·μL^-1 Taq酶,0.4 μmol·L^-1引物,4.0 ng·μL^-1模板DNA,dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0.6 mmol·L^-1。利用温度梯度PCR,确定了最适宜的退火温度为51.5℃。该优化体系的建立为下一步对小苍兰进行ISSR分子标记奠定了基础。     

云南黑籽南瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

摘要: 采用RAPD和ISSR分子标记技术对来源于云南省6个地州13份的黑籽南瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明：6个RAPD和6个ISSR引物分别扩增出43条和41条带,多态性比率分别为90.70%和51.21%;RAPD和ISSR标记检测供试材的遗传相似性系数(Gs)范围,分别为0.340-0.895和0.162-0.941,ISSR(平均GS值0.698)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.481)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群5组;ISSR标记聚类分析将供试种质分为4个类群6组,RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.536)。基于UPGMA聚类结果,可为黑籽南瓜的引种栽培或品种改良提供参考。     

黑籽南瓜的组织培养与快速繁殖

1植物名称黑籽南瓜(CuCurbita ficifolia). 2材料类别成熟种子. 3培养条件芽诱导培养基:(1)MS 6-BA 1.0 mg.L-1(单位下同);(2)MS 6-BA 2.0;(3)MS 6-BA 3.0.芽增殖培养基:(4)MS 6-BA 1.0.生根培养基:(5)1/2MS NAA 0.2;(6)1/2MS NAA 0.02;(7)1/2MS IBA 0.02;(8)1/2MS IBA 0.2;(9)1/2MS(不加任何激素).上述培养基均添加2%蔗糖、0.6%琼脂,pH值调至5.8～6.0.培养条件:白天25℃,夜间1 8.5℃,光照1 6 h.d-1,光照度4 000 lx,由培养箱自动控制.     

利用正交设计建立与优化北美驼绒藜ISSR-PCR反应体系

利用正交试验设计的方法,对北美驼绒藜ISSR-PCR反应的5因素(Taq酶、dNTP、引物、Mg²⁺和模板DNA)4水平进行试验,试验结果运用MINITAB软件进行分析,建立了适合北美驼绒藜的既稳定又谱带多的ISSR-PCR最佳反应体系,即20 μL的反应体系中含有1×buffer,1.5 U Taq酶,0.2 mmol·L^-1 dNTP,0.5 μmol·L^-1引物,2.5 mmol·L^-1 Mg²⁺和10 ng模板DNA。这一优化的ISSR-PCR反应体系的建立,为今后利用ISSR技术进行驼绒藜属植物种质资源分类、遗传图谱构建和遗传变异奠定了技术基础。     

大薯ISSR-PCR反应体系的优化

以大薯为材料,通过试验优化了ISSR-PCR反应体系中的主要成分用量及浓度、退火温度对大薯ISSR扩增结果的影响。试验表明:在20μL的反应体系中,Mg2+的浓度为1.875 mmol/L,dNTPs浓度为0.500 mmol/L,引物的浓度为1.0μmol/L,TaqDNA聚合酶的用量为1U,模板DNA的用量为60 ng,在48℃的退火温度下45个循环,能得到清晰、多态性高的ISSR带谱。     

橄榄ISSR-PCR反应体系的优化

采用正交设计和单因素试验,以BDB(CA)7为引物,对ISSR-PCR扩增橄榄基因组DNA的主要影响因子进行了筛选和分析,优化了适宜于橄榄ISSR-PCR的扩增体系。结果表明,20μL的反应体系中采用40ng的模板DNA,0.2mmol/LdNTPs,0.25μmol/LISSR引物、1UTaq聚合酶,以及51.6℃-53℃的复性温度为橄榄ISSR-PCR扩增的最优条件。     

永瓣藤ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以永瓣藤基因组DNA为模板,通过单因子、双因子实验研究了ISSR反应体系中主要成分(Mg2 、dNTP、引物、模板DNA、TaqDNA聚合酶)以及热循环参数(退火温度、循环数、变性时间、退火时间、延伸时间)对扩增结果的影响,并找出各自的最适条件,建立了适合永瓣藤ISSR分析的反应体系和扩增程序,即在25 μL反应体系中,内含1×PCR buffer、1.5 mmol/L Mg2 、200 μmol/L dNTP、0.5 μmol/L引物、50 ng 模板、2 U TaqDNA聚合酶.扩增程序为94 ℃预变性5 min,然后进行35个循环:94 ℃变性30 s,复性1 min,72 ℃延伸1 min,循环结束后72 ℃延伸7 min.这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术进行永瓣藤鉴定及种质遗传多样性分析提供了一个标准化程序.     

黄鳝ISSR-PCR反应体系的建立及条件优化

以黄鳝基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,对各反应因子、引物退火温度和循环参数进行优化.建立了黄鳝的最适ISSR-PCR反应体系,25 μl反应体系中含2.5 mmol/ L Mg2+,250 μmol/ L dNTPs,0.25 μmol/ L 引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,30 ng DNA模板.最佳反应程序:94℃预变性5 min;94℃变性40 s,48～57℃复性40 s(随引物而确定),72℃延伸1.5 min,循环次数40;72℃延伸10 min.利用所建立的ISSR反应体系,获得了清晰、重复性好、多态性高的DNA谱带.     

四数獐牙菜ISSR-PCR反应体系的正交优化

采用正交试验与单因素设计相结合的方法,对四数獐牙菜ISSR-PCR反应体系中的4种主要因素(Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTP及引物)进行优化筛选,PCR结果用统计软件SPSS16.0分析。结果显示,Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTP这3因素的不同水平对PCR反应结果都有显著影响,其中Mg2+的浓度影响最大。筛选出各反应因素的最佳水平,建立四数獐牙菜ISSR-PCR反应的最佳体系(25μL)为3.0 mmol/L Mg2+,250μmol/L dNTP,0.6μmol/L引物,1UTaqDNA聚合酶,40 ngDNA,2.5μL10×buffer。这一体系的建立为今后利用ISSR技术进行四数獐牙菜遗传多样性分析以及物种保护奠定了技术基础。     

无距虾脊兰ISSR-PCR反应体系的建立与优化

利用正交实验设计的方法,对珍稀植物无距虾脊兰ISSR-PCR反应的5个因素（Mg²⁺、dNTPs、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶）4个水平进行试验,并通过梯度PCR实验确定引物的最佳退火温度和循环次数,最终确定无距虾脊兰的最佳反应体系为：25 μL的体系中含3.0 mmol·L^-1 Mg²⁺、0.3 mmol·L^-1dNTP、0.4 μmol·L^-1引物、2.5 ng·μL^-1模板DNA、0.08 U·μL^-1 Taq DNA聚合酶以及1×PCR buffer;扩增程序为94℃预变性5 min;94℃变性1 min,退火1 min（根据不同引物选择不同的退火温度）,72℃延伸1 min,循环40次;72℃延伸10 min;12℃终止反应。该ISSR-PCR体系的建立,为今后利用ISSR技术对无距虾脊兰及其近缘种的分子系统学以及遗传多样性的研究奠定基础。     

朝鲜碱茅ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为进一步开展朝鲜碱茅种质资源遗传多样性的研究,以野生朝鲜碱茅(Puccinellia chinampoensis)为材料,通过单因子试验对ISSR-PCR反应进行优化。确立最佳的PCR反应体系:在20μL反应体系中,含有模板DNA 40 ng,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.8μmol/L,TaqDNA聚合酶1 U,MgCl22.5 mmol/L和10×PCR Buffer(Mg2+free)2μL。此外,还筛选到10条扩增稳定、条带丰富的候选引物,并确定了各自的最佳退火温度。     

正交设计优化缩叶藓属植物的ISSR-PCR反应体系

目的：建立缩叶藓属（Ptychomitrium）植物ISSR-PCR反应的最佳体系。方法：利用正交设计实验的方法,采用引物562,10号材料Ptychomitrium gardneri为模板对缩叶藓属植物的ISSR-PCR反应体系中的5种主要因素（Mg2＋d、NTPs、引物、模板量、Taq酶量）在4个水平上进行体系优化。结果：确定了缩叶藓属（Ptychomitrium）植物ISSR-PCR反应的最佳体系（25μl）为：Mg2＋浓度为3.2mmol/L、dNTPs浓度为0.96mmol/L、引物浓度为1.04μmol/L、模板量10ng、Taq酶量1.5U。利用该体系,采用引物564在16个材料中能有效扩增。结论：这一优化体系的建立为以后缩叶藓属植物的ISSR遗传多样性的分析奠定了基础。     

观赏桃ISSR-PCR反应体系的优化

采用改良CTAB法从观赏桃满天红叶片中提取基因组DNA,通过单因素实验探讨了模板DNA、Mg~(2+)、dNTPs和Taq DNA酶等条件对观赏桃ISSR-PCR扩增结果的影响,建立了ISSR-PCR扩增的最佳体系:2.5μl反应体系中包含10×Buffer 2.5μl,模板DNA 40ng,Mg~(2+)浓度2.5mmol/L,引物浓度04 μmol/L,dNTPs浓度0.4mmol/L,Taq DNA酶0.5U.利用所建立的体系对红叶桃、菊花桃和春艳等13份材料进行检验,其结果表明优化后的体系适合观赏桃的ISSR-PCR反应.