紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较

紫芝栽培品种‘紫芝S2’(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79%-100%,在系统进化树上相聚成一类。本研究预测‘紫芝S2’基因组与参考基因组中的rRNA基因簇,分析rDNA结构及各构件序列间的多态性。从高质量‘紫芝S2’基因组中挖掘得到完整rDNA,序列全长40.377 kb,由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S) rRNA基因簇组成,并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2)。在紫芝S2的rDNA中,高度保守的28S rRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1 bp,10 bp)位点;虽然第4条ITS2中有1个SNP位点,但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致,与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异。由‘紫芝S2’基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码,可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记。     

不同产地瓠瓜品种ITS序列的遗传多样性分析

对国产29个瓠瓜也Lagenariasiceraria（Molina）Standl.页品种的ITS序列进行了扩增及测序,并结合引自GenBank的国产9个瓠瓜品种以及国外6个瓠瓜品种和3个同属种类的ITS序列,对它们的ITS序列长度和GC含量以及变异位点进行比较,在此基础上构建系统发育树并对47个样本间的遗传关系进行研究。结果显示：供试47个样本的ITS序列均由ITS1、5.8SrDNA及ITS2组成,各样本间的ITS序列长度、GC含量以及变异位点差异明显。国产38个瓠瓜品种的ITS序列（包括ITS1、5.8SrDNA及ITS2）长度为619-627bp、GC含量为58.00%-63.32%;国外9个样本的ITS序列长度为591-626bp,GC含量为54.17%-63.26%。序列比对结果显示：国产38个瓠瓜品种的ITS序列同源率为84.6%-100.0%,包含221个变异位点;其中,来源于山东的品种‘砧木2’（‘ZhenmuNo.2’）的ITS序列包含的变异位点最多,与其他品种间的同源率也最低。在系统发育树上,国产38个瓠瓜品种可分为3个分支,来源于山东的品种‘砧木2’和来源于河南的品种‘西瓜砧木1’（‘XiguazhenmuNo.1’）各自聚为第1和第2分支;其余36个品种聚为第3分支。而供试的47个样本则可分为2个分支和5个亚组,第1分支可分为2个亚组,包括国产品种‘砧木2’和产自日本的2个品种;第2分支包含的44个样本则进一步分为3个亚组,国产品种‘西瓜砧木1’和产自法国的品种‘白花瓠瓜’（‘White-floweredgourd’）各自聚为第1和第2亚组,其余的42个样本聚为第3亚组。研究结果表明：供试的不同产地瓠瓜品种间存在丰富的遗传变异和地理分化现象,其ITS序列差异与地理分布有一定关系。     

裸子植物DNA条形码ITS2高通用性引物的筛选

DNA条形码技术是利用标准DNA片段进行准确快速鉴定物种的一种方法,理想的DNA条形码片段应具有高通用性。虽然核糖体DNA内部转录间隔区II（ITS2）被建议作为种子植物有效的DNA条形码,但目前裸子植物还没有通用性高的引物可用。为获得高通用性的ITS2引物,本研究基于裸子植物55个属的5．8S基因的保守序列区设计了3个正向引物,与已有的ITS反向引物组合,组成了7对ITS2引物进行通用性的评价。选取了裸子植物8目、12科和40属的56个种用于本文的研究。引物组合5．8SR／ITS4、5．8SRa／ITS4和5．8SF2／S3R因为在科水平评价中通用性低或者产生的PCR产物有双带,因而排除在全部物种水平上进一步评价。其余4对引物（GYM-5．8SF1／ITS4、GYM-5．8SFl／S3R、GYM-5．8SF2／ITS4和S2F／S3R）在56个物种的PCR检测中,均有100％的扩增率。基于PCR产物的亮度、序列质量和正反向引物覆盖率的综合评价,建议引物GYM_5．8SF2／ITS4作为裸子植物条形码片段ITS2最好的通用引物。     

鞍叶羊蹄甲茎皮的化学成分研究

采用柱色谱方法,从鞍叶羊蹄甲(Bauhinia brachycarpa)茎皮95%乙醇提取物的氯仿和乙酸乙酯萃取部位分离得到10个化合物。经理化性质和波谱分析确定其结构分别为:羽扇豆醇(1)、β-谷甾醇(2)、5,6,7,5’-tetramethoxy-3’,4’-methylene-dioxyflavone(3)、5,6,7,3’,4’,5’-hexanmethoxyflavone(4)、5,7,3’,4’,5’-pentame-thoxyflavone(5)、5,6,7,-trimethoxy-3’,4’-methylene-dioxyflav one(6)、胡萝卜苷(7)、没食子酸(8)、没食子酸甲酯(9)和没食子酰表儿茶素(10),所有化合物均为首次从该种植物分离得到。     

福建橄榄18S-26S rRNA及其ITS片段的克隆与序列分析

利用18S-26S rRNA基因及其ITS片段的PCR扩增、克隆及测序分析,对福建14个橄榄品种进行分子标记及遗传分类。序列分析结果表明:14个品种可分为4个类别,以1号品种为参照,3、4、6、7、8、9、11号品种的ITS1、ITS2和5.8S共634个碱基序列完全一致,与1号仅ITS2上有1个碱基差异,2号和1号品种的ITS1和5.8S序列完全一致,仅ITS2上有2个碱基差异,归为第一类;5号和14号的序列完全一致,与1号在ITS1和ITS2上各有1个碱基差异,归为第二类;10号和12号序列完全一致,与1号在ITS1上有2个碱基差异,归为第三类;13号品种5.8S的序列与1号相同,但在ITS1上有1个碱基差异,在ITS2上有24个碱基差异,归为第四类。使用DNAMAN软件建立的同源关系树说明了不同橄榄品种的变异程度。将橄榄18S-26S rRNA基因及其ITS序列登陆GenBank,登陆号:DQ517524。     

栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNA ITS序列分析

采用核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)序列比较分析了甘薯及其近缘野生种的遗传多样性及系统进化关系,首次报道了栽培种甘薯‘徐薯18’(Ipomoea batatas‘Xushu18’)及其近缘野生种I.triloba(DOM),I.cordatotriloba(MEX),I.nil(PER),I.nil(JPN),I.hederacea Jacq.(USA),I.hederacea Jacq.(HK)和种间杂交种67-1(I.batatas‘Xushu18’×I.hederacea Jacq.)及回交种(67-1×I.batatas‘Xushu18’)的nrDNA ITS序列。序列分析表明,栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNA ITS序列长度为570~600bp。其中,ITS1序列为185~209 bp,GC含量为53.11%~61.83%;ITS2序列为214~226 bp,GC含量为61.21%~72.89%;5.8S序列均为165 bp,GC含量为54.55%~55.76%。此外,栽培种甘薯及其近缘野生种ITS序列信息位点均集中在ITS1和ITS2区;与其他甘薯属植物相比,I.wrightii ITS2的末端缺失了6~8个碱基。系统进化分析表明,栽培种甘薯‘徐薯18’(I.batatas‘Xushu18’)和野生种I.triloba、I.cordatotriloba、I.lacunosa、I.trifida的亲缘关系较近,与I.wrightii、I.pes-tigridis、I.grandifolia、I.nil、I.hederacea Jacq.、I.purpurea的亲缘关系较远;杂交后代与栽培种甘薯‘徐薯18’(I.batatas‘Xushu18’)亲缘关系较近,与野生种父本I.hederacea Jacq.的亲缘关系较远。     

用AFLP分析广东省鲜食橄榄品种资源遗传多样性

从64对引物组合中筛选出6对谱带清晰、多态性高的引物组合,对63个橄榄品种扩增,共扩增出417条多态性电泳谱带,多态性比率达100%,揭示了橄榄品种的遗传多样性。利用UPGMA对供试橄榄品种聚类,建立AFLP聚类图。结果表明:63份材料之间的遗传相似性系数为0.0606~0.7619,相似系数为0.312时,可将供试材料分为7个品种群,其中第1群包括45个品种,以‘潮阳甜榄’为代表,还可细分成3个组;第2群包括5个品种,以‘大纳甜’为代表;第3群包括4个品种,以‘潮阳三棱’为代表;第4群包括‘土甜’、‘文祠三棱’和‘早花三棱’3个品种;第5群包括‘铁条’和‘细粒’两个品种;第6群包括‘广太甜种’、‘西土’、‘鸡心’和‘车酸1号’4个品种;第7群只有‘凤湖橄榄’1个品种,与其他品种群亲缘关系较远,可能发生变异。     

云南美味牛肝菌ITS 区域结构特点

利用ITS 的通用引物(ITS5-ITS4) 对云南的美味牛肝菌( Boletus edulis) 子实体的DNA 进行PCR 扩增, 扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明, 在ITS1-5 . 8S rDNA-ITS2 区域, 云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌( B. aestivalis) 和铜色牛肝菌( B . aereus) 同源性较高, 但在ITS2 区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73 bp 和26 bp 的特征序列。     

Assessment of candidate plant DNA barcodes using the Rutaceae family

DNA barcoding is a rapidly developing frontier technology that is gaining worldwide attention.Here,seven regions (psbA-trnH,matK,ycf5,rpoC1,rbcL,ITS2,and ITS) with potential for use as DNA barcodes were tested for their ability to identify 300 samples of 192 species from 72 genera of the family Rutaceae.To evaluate each barcode’s utility for species authentication,PCR amplification efficiency,genetic divergence,and barcoding gaps were assessed.We found that the ITS2 region exhibited the highest inter-specific divergence,and that this was significantly higher than the intra-specific variation in the "DNA barcoding gap" assessment and Wilcoxon two-sample tests.The ITS2 locus had the highest identification efficiency among all tested regions.In a previous study,we found that ITS2 was able to discriminate a wide range of plant taxa,and here we confirmed that ITS2 was also able to discriminate a number of closely related species.Therefore,we propose that ITS2 is a promising candidate barcode for plant species identification.     

韩国赫坎按蚊复合体3成员种核糖体DNA内转录间隔2区的比较(英文)

本文对韩国中华按蚊、雷氏按蚊和八代按蚊核糖体DNA (rDNA)内转录间隔 2区 (ITS2 )序列进行了比较研究。用PCR扩增的rDNA ITS2片段直接测序 ,每种蚊测定 3个个体 ,结果显示 :韩国中华按蚊、雷氏按蚊和八代按蚊的rDNA ITS2序列长度分别为 4 6 8bp、 4 51bp和 4 53bp ,GC含量分别为 4 4 .87%、 4 6 .2 %和 4 5.7% ,3种按蚊序列差异范围为 12 .16 %— 30 .74 %。研究表明 ,rDNA ITS2序列差异可用于韩国中华按蚊、雷氏按蚊和八代按蚊的分子鉴别。     

中国柽柳属和水柏枝属的分子系统学研究

对中国柽柳科 3属 2 1种植物的核糖体DNA中的内转录间隔区 (ITS)序列及 5 8SrRNA基因的 3′端序列进行测定。结果表明 ,ITS - 1片段的长度范围在 2 5 4bp～ 2 6 9bp之间 ,ITS - 2片段的长度范围在 2 2 5bp～ 2 5 3bp之间。以Reaumuriasongarica作为功能性外类群 ,运用PAUP软件分析仅得到一个最简约树。简约树步长为 4 6 6步 ,一致性指数CI =0 85 84 ,保持性指数RI=0 86 2 2。系统发育分析表明 :秀丽水柏枝不应从水柏枝属中分出。另外 ,研究分析为目前分类上存有争议的白花柽柳、短毛柽柳及甘蒙柽柳的划分提供了分子生物学证据     

藏药翁布的黄酮类化学成分研究

从藏药翁布(Myricaria germanica)的60%丙酮提取物中分离得到了11个黄酮类化合物,利用光谱、波谱分析法鉴定其结构分别为:35,,4’-三羟基-73,’-二甲氧基黄酮(1),3,5,4’-三羟基-7-甲氧基黄酮(2),3,5,3’,4’-四羟基-7-甲氧基黄酮(3),35,7,-三羟基-4’-甲氧基黄酮(4),柽柳素(5),山柰酚(6),槲皮素-3-O-β-D-葡萄糖苷(7)5,,7,4’-三羟基-3-O-β-D-葡萄糖醛酸(8),5,7,3’4,’-四羟基-3-O-β-D-葡萄糖醛酸(9),槲皮苷(10)和阿福豆苷(11)。上述化合物均为首次从该植物中分离得到,其中化合物4、5、7～11为首次从水柏枝属植物中分离得到。     

低温胁迫对水稻幼苗不同叶龄叶片叶绿素荧光特性的影响

以‘蜀恢162’(‘Shuhui 162’)、‘糯89-1’(‘Nuo 89-1’)、‘蜀恢162/糯89-1’(‘Shuhui 162/Nuo 89-1’)、‘奇妙香’(‘Qimiaoxiang’)和早黄矮(‘Zaohuang’ai’)5个水稻(Oryza sativa L.)品种(系)为研究对象,采用叶绿素荧光成像系统研究了低温(4℃)胁迫对水稻3叶期幼苗不同叶龄叶片叶绿素荧光特性的影响。结果表明:经低温胁迫处理后,5个水稻品种(系)幼苗3个叶龄叶片的各叶绿素荧光参数变化有明显差异,其中第一叶的各项参数均降至0。经低温处理后5个水稻品种(系)幼苗3片叶片的PSⅡ最大光化学量子产量(Fv/Fm)均明显小于对照(25℃),其中第一叶的降低幅度最大、第三叶最小。经低温胁迫处理后,5个水稻品种(系)幼苗第三叶的非光化学淬灭系数(qN)均显著大于对照,耐冷性品种‘糯89-1’幼苗第二叶的qN较对照显著增大,而其他水稻品种(系)幼苗第二叶的qN均显著小于对照;‘糯89-1’幼苗第二叶的光化学淬灭系数(qP)较对照略有增大,第三叶的qP显著大于对照;‘早黄矮’幼苗第三叶的qP也大于对照但差异不显著,而其余水稻品种(系)幼苗第二叶和第三叶的qP均显著小于对照。经低温胁迫后5个水稻品种(系)幼苗3片叶片的PSⅡ最大相对电子传递速率(rETRmax)和半饱和光强(Ik)均显著小于对照;除‘糯89-1’幼苗第三叶外,5个水稻品种(系)幼苗3片叶片的快速光响应曲线初始斜率(α)也均显著小于对照,总体上第一叶的rETRmax、Ik和α下降幅度最大、第三叶最小。研究结果揭示:受低温胁迫后,叶片自身生理差异是导致水稻幼苗不同叶龄叶片受伤害程度不同的主要因素。     

不同烤烟品种衰老叶片的无机氮积累及其生理调控

以不同烤烟品种‘红花大金元’和‘中烟100’为试验对象,研究同一生育期不同部位叶片的无机氮积累及其与氮素代谢和氨挥发的关系。结果表明,烟草植株下部衰老叶片（第5片叶）NO3^-和NH4^＋的含量要高于中部叶（第10和第15片叶）和上部叶（第20片叶）,并且‘红花大金元’下部叶NO3^-和NH4^＋的含量比‘中烟100’显著偏高;‘中烟100’植株各部位叶片的氨气补偿点比‘红花大金元’高。两个品种在第5到第20叶位间的谷氨酰胺合成酶（GS）、硝酸还原酶（NR）和谷氨酸脱氢酶（GDH）活性大小及其变化不一致,是叶片无机氮积累存在品种间差异的生理基础。     

苦槛蓝叶的黄酮类成分及其荔枝霜疫霉抑制活性研究

为了解苦槛蓝(Myoporum bontioides)的化学成分,采用色谱分离法从叶中分离得到11个化合物,分别鉴定为：5,7,3’-三羟基-4’-甲氧基黄酮(1)、3,5,7,4’-四羟基-3’-甲氧基黄酮(2)、5,7,4’-三羟基-3’,5’-二甲氧基黄酮(3)、木犀草素(4)、山奈酚(5)、鼠李黄素(6)、5,7-二羟基二氢黄酮(7)、7,4’-二羟基二氢黄酮(8)、5,7,3’,4’-四羟基二氢黄酮(9)、5-O-乙酰基-3,7,3’,4’-四羟基二氢黄酮(10)和7-甲氧基香橙素(11)。除化合物4、7、11之外,其他化合物均为首次从苦槛蓝叶中分离得到。菌丝生长速率法测试表明化合物4、7～9和11对荔枝霜疫霉菌具有较好的抑菌活性。     

我国赫坎按蚊复合体成员种的rDNA-ITS2区序列差异及系统发育分析

测定了我国赫坎按蚊复合体 9成员种的核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )序列 ,根据序列差异分析各蚊种间的系统发育关系。结果显示 :( 1 )ITS2区序列最长的是中华按蚊 ( 4 6 8bp) ,最短的是克劳按蚊和赫坎按蚊 ( 4 36bp) ;GC含量为 4 4 9%～ 4 6 8% ;( 2 )发现该复合体 4成员种的ITS2区序列存在种内个体间差异 ,幅度为 0～ 3 8% ,明显小于种间差异 ;( 3)将各蚊种的ITS2区序列进行同源排序比较 ,发现其变异大多是简单重复单元的拷贝数不同 ;种间差异性最大的是克劳按蚊与嗜人按蚊( 32 3% ) ,最小的是贵阳按蚊与凉山按蚊 ( 9 0 % )平均差异率为 2 2 3% ;( 4 )根据ITS2区序列特征 ,用 3种方法构建的树状图拟合一致。以上结果表明赫坎按蚊复合体各成员种rDNA ITS2序列在种内非常保守 ,以种间序列差异分析为基础的分子鉴别技术是甄别蚊种分类地位混淆和错误的有效方法。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析*

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P.medicaginis(菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P.sojae、P.medicaginis、P.megasperma和P．trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P.sojae,L41380可能属于是P.trifolii,P.megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

用ITS序列确定小麦B基因组的可能供体间的关系

对小麦B基因组的可能供体山羊草属Aegilops sect．Sitopsis的5个种的核糖体DNA的内部转 录区(ITS)进行了PCR扩增和克隆,井测定ITSl和ITS2的序列,用ITSl+ITS2的序列重建了 Aegilops sect．Sitopsis中5个种的系统发育关系。结果表明,斯卑尔脱山羊草Ae．speltoides是sect． Sitopsis中特殊的一个种,它与该组其余4种间的平均遗传距离是后者彼此间平均遗传距离的3倍,Ae． speltoides与同组其余4个种的分离要比后者相互间的分离早得多;在拟斯卑尔脱组Sect．Sitopsis的5 个种中,长柱山羊草Ae．longissima与沙融山羊草Ae．sharonensis的关系最近。ITS序列可以进一步用来作为确定B基因组起源的分子标记。