高温条件下茶尺蠖核型多角体病毒对茶尺蠖繁殖的影响

本文报告了高温季节茶尺蠖核型多角体病毒对其宿主繁殖的影响。结果表明,免于病死的雌性蛹、成虫的卵巢发育进度与对照相比,无显著性差异;3龄末和4、5龄初饲毒后,化蛹率与羽化率极显著下降,交配率一股明显下降,而羽化成虫的产卵前期、寿命、产卵量、总怀卵量及卵孵化率与对照相比并无显著差异。成虫饲毒后,繁殖力不受影响。     

基于转录组分析酸枣仁斯皮诺素生物合成途径的相关基因

采用转录组测序技术分析酸枣仁(Ziziphi spinosae semen)不同发育时期基因表达差异,识别酸枣仁黄酮生物合成途径的相关基因,为进一步分析酸枣仁中黄酮类成分生物合成相关酶基因提供研究基础.以3个不同生长发育时期的酸枣仁样本为供试材料,采用Illumina Hiseq 4000进行转录组测序,并从头拼接,对转录本进行功能注释和差异性分析.经StringTie软件组装拼接得到74472个转录本,其中有26.83％在NR、Swiss-Prot、Pfam、GO、KOG、KEGG数据库中得到注释;代谢通路分析结果发现,在酸枣仁转录组中与黄酮类合成途径相关的11条差异表达基因可能编码斯皮诺素合成途径的一些酶类.酸枣仁中黄酮类成分斯皮诺素相关转录本信息为阐明斯皮诺素在生长期的积累提供重要依据,为提高酸枣仁品质研究提供参考.     

Genes Selection Comparative Study in Microarray Data Analysis

In response to the rapid development of DNA Microarray Technologies, many differentially expressed genes selection algorithms have been developed, and different comparison studies of these algorithms have been done. However, it is not clear how these methods compare with each other, especially when we used different developments tools. Here, we considered three commonly used differentially expressed genes selection approaches, namely: Fold Change, T-test and SAM, using Bioinformatics Matlab Toolbox and R/BioConductor. We used two datasets, issued from the affymetrix technology, to present results of used methods and software''s in gene selection process. The results, in terms of sensitivity and specificity, indicate that the behavior of SAM is better compared to Fold Change and T-test using R/BioConductor. While, no practical differences were observed between the three gene selection methods when using Bioinformatics Matlab Toolbox. In face of our result, the ROC curve shows that: on the one hand R/BioConductor using SAM is favored for microarray selection compared to the other methods. And, on the other hand, results of the three studied gene selection methods using Bioinformatics Matlab Toolbox are still comparable for the two datasets used.     

Identification of Salt Stress Response Genes in Rosa chinensis Leaves by Comparative RNA-seq Analysis of Transcriptome Dynamics

Russian Journal of Plant Physiology - Rosa chinensis Jacq., originating from China, occupied a pivotal position in the floral industry all over the world. Drought and soil salinization is a major...     

金花茶花瓣转录组分析及花瓣发育调控基因挖掘

花瓣大小是影响金花茶(Camellia nitidissima)观赏价值的主要因素之一,但金花茶花瓣发育形成机制尚不清楚。将金花茶花瓣发育过程划分为幼蕾期(S1)、初蕾期(S2)、显色期(S3)、半开期(S4)、盛开期(S5)五个阶段,利用RNA-seq技术分析花发育过程中转录组的动态变化,以期对金花茶花瓣发育形成的转录机理进行初步探究。通过对金花茶花瓣发育过程中的差异表达基因进行富集分析和趋势分析,发现生长素转导途径所含差异表达基因数量最多,部分AUX1/LAX共转运体、AUX/IAA基因、SAUR等生长素应答基因在开花过程中明显上调,表明生长素是调控花瓣生长重要的调控因子。MYB、bHLH、锌指蛋白等转录因子、木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)、果胶酯酶(PE)、果胶裂解酶(PL)等部分下游功能基因,其中XTH显著富集于GO分类中的水解酶活性,表明它们可能对金花茶花瓣的生长起重要调控作用。此外,对FT、SOC1、AP3、PI、SEP3等开花调控关键基因在金花茶花瓣发育过程中的表达情况进行了分析,结果表明这些基因主要以中低表达为主。高表达基因进行KEGG富集分析结果表明,次生代谢物质合成伴随着金花茶花瓣的整个发育过程。这些结果为进一步揭示金花茶花瓣发育的转录调控机制奠定了理论基础。     

紫背天葵MBW相关调控因子转录组测序分析

为获取紫背天葵(Cynura bicolor)花青素合成相关转录调控因子MBW家族基因,采用二代高通量测序技术进行全转录功能基因组测序后组装,再通过Pfam、Swiss Prot和Nr数据库搜索,共获得138个MBW相关Unigene,分别有42个MYB、67个b HLH、15个b HLH-MYB和14个WD40,其中目前已报道与花青素合成代谢相关的MYB、b HLH、b HLH-MYB和WD40分别为11、33、6和3个。这为进一步研究紫背天葵花青素合成的调控机理和相关基因克隆等奠定基础。     

温度对茶尺蠖核型多角体病毒增殖动态的影响

多角体计数、对流免疫电泳、单向免疫扩散及火箭免疫电泳测定的结果表明:26℃适于茶尺蠖核型多角体病毒(EoNPV)的增殖。多角体含量或其相对值随着时间的推移而增长,并渐趋于平稳,两者间呈Logistic曲线关系。单位体重或单头幼虫所含的多角体数量(y_1或y_2)、扩散环直径(y_3)和火箭峰值(y_4)与时间(t)的关系式分别为:y_1=(8.1481)/(1 EXP(9.4210-0.0608t))×10~9PIB/克;y_2=(6.1596)/(1 EXP(5.4809-0.0376t))×10~8PIB/头,y_3=(1.4)/(1 EXP(2.710-0.015t))cm;y_4=(3.52)/(1 EXP(4.580-0.040t))cm。但30℃下,EoNPV增殖严重受抑制,饲毒后24～168小时内难以测出多角体,其后多角体含量也极显著低于26℃,乃至难以被三种免疫测定法测出。