Evaluation of suitable reference gene for real-time PCR in human umbilical cord mesenchymal stem cells with long-term in vitro expansion

In real-time quantitative PCR, the accuracy of normalized data is highly dependent on the stability of the reference genes. However, reference gene expression in a given cell type or experimental condition can vary considerably. The goal of this study was to establish a reliable set of reference genes for real-time PCR studies using human umbilical cord mesenchymal stem cells with long-term in vitro expansion. The stability of ten potential reference genes was examined in human umbilical cord mesenchymal stem cells. We found that Ywhaz and Rpl13a, not beta-actin or Gapdh, were the most stably expressed of the internal control genes in different passages of human umbilical cord mesenchymal stem cells. Ywhaz and Rpl13a could be used as reference genes for relative gene quantification and normalization purposes in real-time PCR studies of human umbilical cord mesenchymal stem cells.     

鳜鱼基因表达转录分析中的内参选择比较

目前基因表达的转录分析多采用单一或多个看家基因作为内参来校正目的基因的表达量。该实验以鳜鱼6个不同组织和5个不同胚胎发育阶段为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,观察了GAPDH、β-actin和18S rRNA三个看家基因mRNA水平的表达情况。geNorm统计分析表明,胚胎发育阶段β-actin表达最为稳定;不同的组织样品间,GAPDH表达最为稳定;而18S rRNA 的表达在不同的发育阶段不稳定。当利用多基因作为内参时,使用两个最稳定表达的看家基因即可对目的基因的表达进行准确校正。该结果证实了基因表达转录分析中内参基因选择的必要性,同时为鳜鱼等鱼类基因表达分析时内参基因的选择提供有价值的参考     

Validation of Zebrafish （Danio redo） Reference Genes for Quantitative Real-time RT-PCR Normalization

The normalization of quantitative real time RT-PCR （qRT-PCR） is important to obtain accurate gene expression data. The most common method for qRT-PCR normalization is to use reference, or housekeeping genes. However, there is emerging evidence that even reference genes can be regulated under different conditions, qRT-PCR has only recently been used in terms of zebrafish gene expression studies and there is no validated set of reference genes. This study characterizes the expression of nine possible reference genes during zebrafish embryonic development and in a zebrafish tissue panel. All nine reference genes exhibited variable expression. The fl-actin, EFlot and Rpll3ot genes comprise a validated reference gene panel for zebrafish developmental time course studies, and the EF1 or, Rpll3α and 18S rRNA genes are more suitable as a reference gene panel for zebrafish tissue analysis. Importantly, the zebrafish GAPDH gene appears unsuitable as reference gene for both types of studies.     

实时荧光定量PCR中内参基因的选择

实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法,在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、gapdh和16S rRNA的表达稳定性,通过geNorm和NormFinder程序进行数据分析,结果表明5个候选内参基因在菌株不同的发酵时间点表达相对都较为稳定,结合两种分析得到其中最为稳定的基因是ldh,适合于用作后续实时荧光定量PCR试验中的内参基因。     

茶树实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析（qRT-PCR）准确性的先决条件。该文以茶树（Camellia sinensis）芽、叶、幼根、嫩茎、花瓣、种子和愈伤组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术,分析了18S rRNA、GAPDH、β-actin和α-tubulin4个常用内参基因在茶树不同器官组织中的表达情况。经GeNorm和NormFinder软件分析发现,当利用荧光定量PCR分析比较茶树不同器官组织中的基因表达差异时,可选择β-actin作为校正内参基因;而比较不同成熟度的叶片和愈伤组织时,可以选择GAPDH作为校正内参基因。     

基因表达研究中内参基因的选择与应用

管家基因是一类无组织特异性的,在物种的所有组织细胞中都表达的基因,被广泛用作内参基因来检测目标基因在不同的组织器官、一定的发育阶段或胁迫的环境条件下的表达规律变化。这些管家基因并不是在所有生理条件下都能作为理想内参基因稳定表达。在基因表达转录分析中,大多数普遍使用的内参基因已不能满足准确定量的要求。基于统计学分析软件,如geNorm、BestKeeper和NormFinder三种分析软件,可以筛选出稳定性较好的内参基因。本文综述了内参基因的选择条件、方法及应用。     

野桑蚕谷胱甘肽-S-转移酶（GSTs）基因的诱导表达定量分析

谷胱甘肽-S-转移酶（GSTs）在机体的解毒代谢和抗氧化中起重要作用。为了从分子水平上探究野桑蚕Bombyx mandarina对杀虫剂抗性的产生机理,本研究采用实时荧光定量RT-PCR方法,对GSTs基因在正常饲养野桑蚕5龄幼虫及用敌敌畏和溴氰菊酯处理5龄幼虫不同组织中的转录水平进行检测,并采用Actin3内源参照基因对检测结果进行归一化处理。结果表明：用敌敌畏和溴氰菊酯处理5龄幼虫24 h后,GSTs基因在各组织中的诱导转录水平存在差异,但GSTs基因在脂肪体中的诱导转录水平最高,其次为中肠,可能与这2种组织是野桑蚕主要的解毒器官有关。其中,GSTe2和GSTe5基因诱导转录水平相对较高,推测这2个基因可能主要参与野桑蚕对外源物质的解毒代谢。     

基因表达转录分析中内参基因的选择

目前基因表达的转录分析多采用单一看家基因作为内参来校正目标基因的表达量.实验中以人肝癌BEL-7402细胞为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,观察了新型三肽化合物酪丝缬肽作用后RPL13A、UBC、EIF4A、B2M、GAPDH和ACTB共6个看家基因mRNA水平的表达情况.经过geNorm程序统计学分析处理,结果表明,这6个看家基因的表达存在差异,确定了RPL13A、UBC2个看家基因用于校正目标基因的表达量.基因表达转录分析中内参基因选择的必要性在实验中得以证明,更重要的是为各种实验因素影响下(尤其是新物质作用下)内参基因的选择介绍和提供了一种行之有效的方法.     

山羊不同组织器官的内参基因筛选

本研究通过比较9个内参基因在山羊不同组织中的表达水平进而确定最适合研究山羊组织表达的内参基因。本试验以简州大耳羊为试验材料,利用实时荧光定量PCR技术分析9个内参基因(GAPDH,PPIA,18S rRNA,PPIB,UXT,RPLP0,ACTB,EIF3K和TBP)在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、瘤胃、背最长肌和皮下脂肪等组织中的表达差异情况,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper等程序分析了它们的表达稳定性。geNorm和NormFinder程序一致显示TBP表达最稳定,其次是UXT和RPLP0;BestKeeper分析显示18S rRNA表达最为稳定,其次为TBP和ACTB;3个程序一致认为GAPDH表达稳定性最差。综合3个程序分析得出TBP最适合作为山羊组织中的内参基因,其次为UXT和RPLP0,GAPDH表达稳定性最差,不适合作为山羊组织内参,这为后续研究其他目的基因在山羊组织器官中的表达模式提供数据保障。