环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化

分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。     

有害甲藻Stoeckeria algicida在辽东湾的时空分布

Stoeckeria algicida为甲藻纲胸甲球藻科,有侵噬鱼类细胞杀鱼的能力,可导致鱼类成群死亡,同时也会杀死其他海洋微藻。由于该藻个体微小、形态学鉴定困难,研究较为迟缓,我国海域几乎没有该藻的研究报道。近几年,高通量测序技术的发展极大地推动了微型/微微型浮游植物的鉴定研究,为了解我国辽东湾海域是否存在Stoeckeria algicida及其分布情况,以18S rD NA V4区作为目标基因,结合高通量测序技术,专门设计了微型/微微型浮游植物鉴定引物对V4(F/R),随后对辽东湾2014年四季海水中微型和微微型浮游植物多样性进行了检测。结果发现,Stoeckeria algicida除了春季未检出外,其他季节均有检出,温度是影响该藻繁殖的主要因素。虽然Stoeckeria algicida在整个环境样品中优势度不太明显,但其夏季密度较高(最高达2.753×10~3个/L),高值区主要分布在辽东湾东西两岸,致灾风险较高,应引起有关方面足够重视。Stoeckeria algicida在我国海域首次报道,其危害后果严峻,必须加强监测监管。     

基于环境DNA技术的辽东湾真核微藻群落结构特征

以18S rDNA V4区作为目标基因,利用自行设计的真核微藻鉴定引物V4（F/R）,结合高通量测序技术,对辽东湾2014年四季海水中真核微藻多样性进行了检测。结果发现,辽东湾海域注释到种的真核微藻有136种,41%的种类在中国海域未见报道,其中自养型占60%、异养型占10%、混合营养型占30%。研究对丰富中国海域微藻名录和外来海洋微藻背景数据库具有较大意义。     

湖北黄石典型水域超微型真核浮游生物多样性研究

为探讨湖北省黄石市典型水域中超微型真核浮游生物多样性, 采用18S rDNA 扩增片段限制性酶切技术, 结合优势类群测序及相关统计学分析, 对2015年夏季湖北黄石境内营养程度不同的典型水域(长江, 磁湖, 青山湖, 青港湖)中超微型真核浮游生物的群落组成及遗传多样性进行了研究。结果表明, 4个水域的超微型真核浮游生物多样性有明显差异, 多样性随水域营养化程度的增高而降低。优势克隆的测序结果显示, 优势类群藻类包括隐藻、绿藻、甲藻, 真菌包括隐真菌和壶菌, 此外还有纤毛虫及未分类的浮游生物, 隐藻在4个水域中都占优势。不同水域的优势类群差别较大。优势类群的种类随水域营养化程度的增加而减少。群落的多样性与总磷呈极显著的负相关。     

东海低氧区及邻近水域浮游植物的季节变化

根据2011年5月、8月、11月在东海低氧区及邻近水域(25°00'—33°30'N,120°00'—127°30'E)进行的多学科综合调查,对东海低氧区及邻近水域浮游植物群落结构特征及季节变化进行了相关研究。经Utermhl方法初步分析共鉴定出浮游植物4门74属248种(含变种、变型,不含未定种),主要由硅藻和甲藻组成,此外还有少量的金藻和蓝藻。春季优势种主要为具齿原甲藻(Prorocentrum dentatum)、柔弱伪菱形藻(Pseudo-nitzschia delicatissim)、骨条藻(Skeletonema sp.)和具槽帕拉藻(Paralia sulcata);夏季主要是中肋骨条藻(Skeletonema costatum)和海链藻(Thalassiosira sp.);秋季主要是具槽帕拉藻、圆筛藻(Coscinodiscus sp.)和柔弱伪菱形藻。调查区浮游植物平均细胞丰度在夏季最高,达到85.002×103个/L,春季次之,秋季最低。在水平方向上,春、夏两季,表层浮游植物细胞丰度在近岸出现高值,由近岸到外海细胞丰度逐渐降低;而在秋季则相反,在调查海域的东北部出现高值,随离岸距离的增加细胞丰度逐渐增加。在垂直方向上,春、夏两季,浮游植物细胞丰度在表层出现最大值,随着深度的增加细胞丰度逐渐降低;而在秋季细胞丰度分布比较均匀,随水深变化不明显。调查区表层浮游植物ShannonWiener多样性指数和Pielou均匀度指数的平面分布基本一致,并且与细胞丰度的分布大致呈镶嵌分布。调查浮游植物群落的演替规律是:从春季的甲藻(具齿原甲藻、微小原甲藻(Prorocentrum minimum)等)为主,硅藻(柔弱伪菱形藻、骨条藻等)为辅;演替至夏季的硅藻(中肋骨条藻、海链藻等)为主,甲藻(主要是梭状角藻(Ceratium fusus)和叉状角藻(Ceratium furca))为辅,到秋季进一步演替为硅藻(具槽帕拉藻、圆筛藻、柔弱伪菱形藻等)为主,铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebaultii)为辅。浮游植物物种组成、优势种、细胞丰度及多样性指数均表现出明显的时空变化。低氧区与非低氧区浮游植物群集存在明显差异。     

海南西部近岸浮游植物的周年变化及主要关联因素

报道了2008—2009年4季度海南西部近岸浮游植物群落的周年动态并探讨其主要关联因素。165份样品经鉴定共有浮游植物4门74属155种(含5变型和2变种),周年平均丰度为(6.36±4.75)×103cells/L。硅藻在物种组成和丰度上均占绝对优势,其次为甲藻,蓝藻(束毛藻)在7月增殖。主要优势种为菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides)、奇异棍形藻(Bacillaria paradoxa)、具槽帕拉藻(Paralia sulcata)、旋链角毛藻(Chaetoceros curvisetus)、笔尖根管藻(Rhizosolenia styliformis)、束毛藻(Trichodesmium spp.)、海洋原甲藻(Prorocentrum micans)等。物种组成的季节差异较大,10月浮游植物种类贫乏,1月次之,4月、7月最丰富。丰度10月最高,季节差异并不明显。束毛藻在4月、7月呈斑块状群聚分布。浮游植物周年平均丰度并不高(<1.0×104cells/L)。不同季节优势种有明显的交错和变化,菱形海线藻、奇异棍形藻、具槽帕拉藻为全年优势种。浮游植物物种多样性指数和均匀度都表现出较高的值,均匀度与多样性指数的季节变化特点基本一致,群落多样性高的季节物种均匀度也好。物种多样性指数指示调查区水体遭受污染程度低,水质状况优。调查区各季节的浮游植物丰度与温度之间无显著的相关关系,1月丰度与盐度则呈密切负相关关系。10月浮游植物丰度与无机氮(DIN)呈密切的正相关关系。7月浮游植物丰度与活性磷酸盐(PO4-P)呈密切的负相关关系。浮游动物对浮游植物的摄食压力直接影响到后者的丰度变动,并伴随着海区生态系统的相关复杂现象及生物学过程的作用。     

贺兰山东麓荒漠藻结皮微生物群落结构及其演替研究

以宁夏贺兰山东麓荒漠藻结皮为研究对象,对处于不同发育阶段的藻结皮中微生物群落结构及其演替进行了研究。结皮样品高通量测序结果分别得到521个16S rDNA序列操作分类单元(OTU)和64个18S rDNA序列OTU,表明藻结皮中原核微生物多样性远高于真核微生物;贺兰山东麓藻结皮中原核微生物分布于26个纲,Cyanobacteria在各个发育阶段中都是优势微生物类群,Actinobacteria、Chloroplast、Alphaproteobacteria和Bacilli在藻结皮发育的各个阶段相对丰度也较高;从属水平上分析,Bacillus、Leptolyngbya、Microcoleus、Microvirga、Chroococcidiopsis、Rubellimicrobium、Phormidium、Mastigocladopsis、Skermanella、Nostoc、Scytonema共11个属在各个发育阶段的藻结皮中都存在,只是出现了丰度的差异。Bacillus在藻结皮形成期、发育初期和发育中期相对丰度较大,成熟期丰度显著下降,而成熟期Microvirga丰度较前3个时期显著增...     

基于高通量测序技术大亚湾肥胖软箭虫(Flaccisagitta enflata)的食性分析

采用Illuminate高通量测序技术分析了大亚湾肥胖软箭虫(Flaccisagitta enflata)的食性.在夏季(2017年8月)和冬季(2018年1月)对大亚湾内不同站位拖网采获的四组样品中,分别挑取毛颚类优势种肥胖软箭虫进行18S rDNA V4区扩增;通过高通量测序得到四组样品的序列,经过处理每组样品得到...     

2006年秋季东海陆架浮游植物群集

根据2006年11月19日—12月24日在东海陆架海域（24.0°—32.0°N,120.0°—127.0 °E）进行的综合采样调查,对调查海域浮游植物的群集特征进行了研究.本次调查共发现浮游植物4门64属145种（包括未定名种）,其中硅藻是该调查海区浮游植物的主要功能群,其次为甲藻.主要的优势种为菱形海线藻、圆海链藻、丹麦细柱藻、斯氏几内亚藻、尖刺伪菱形藻和铁氏束毛藻等.浮游植物细胞丰度为0.09～5.11 cells·ml^-1,平均值为4.92 cells·ml^-1,秋季东海陆架浮游植物细胞丰度的平面分布主要由浮游硅藻刻画,其高值出现在调查区的北、东部离岸海域,细胞丰度大于30 cells·ml^-1.浮游植物及硅藻和甲藻的细胞丰度垂直变化趋势基本上都是随着水深增加,丰度逐渐减小.各个断面细胞丰度密集区主要集中在表层,个别站位的中层和底层也出现浮游植物密集区.调查区浮游植物的多样性指数平均值为2.80,其高值位于调查区东北和东南部,物种均匀度指数平均值为0.81,其高值位于调查区中部,生物多样性的分布与细胞丰度的分布一致.从Pearson相关性指数来看,亚硝酸盐、溶解态有机氮(DON)和温度显著影响调查区浮游植物的生长.     

2006年秋季东海陆架浮游植物群集

根据2006年11月19日--12月24日在东海陆架海域(24.0°--32.0°N,120.0°--127.0°E)进行的综合采样调查,对调查海域浮游植物的群集特征进行了研究.本次调查共发现浮游植物4门64属145种(包括未定名种),其中硅藻是该调查海区浮游植物的主要功能群,其次为甲藻.主要的优势种为菱形海线藻、圆海链藻、丹麦细柱藻、斯氏几内亚藻、尖刺伪菱形藻和铁氏束毛藻等.浮游植物细胞丰度为0.09～5.11 cells·ml-1,平均值为4.92 cells·ml-1,秋季东海陆架浮游植物细胞丰度的平面分布主要由浮游硅藻刻画,其高值出现在调查区的北、东部离岸海域,细胞丰度大于30 cells·ml-1.浮游植物及硅藻和甲藻的细胞丰度垂直变化趋势基本上都是随着水深增加,丰度逐渐减小.各个断面细胞丰度密集区主要集中在表层,个别站位的中层和底层也出现浮游植物密集区.调查区浮游植物的多样性指数平均值为2.80,其高值位于调查区东北和东南部,物种均匀度指数平均值为0.81,其高值位于调查区中部,生物多样性的分布与细胞丰度的分布一致.从Pearson相关性指数来看,亚硝酸盐、溶解态有机氮(DON)和温度显著影响调查区浮游植物的生长.     

三门湾浮游动物的季节变动及微型浮游动物摄食影响

2002年8月、11月、2003年2月和5月,在三门湾进行了4个航次生物、化学和水文等专业综合调查。根据采集的浮游动物样品的分析鉴定及海上现场实验结果,对浮游动物的群落组成、生物量、丰度、多样性指数的分布和季节变动及其浮游动物对浮游植物的摄食影响进行研究。结果表明,三门湾浮游动物有67属,89种,16类浮游幼体,主要可划分为4个生态类群：以近岸低盐类群为主,其优势种为中华哲水蚤Calanus sinicus、真刺唇角水蚤Labidocera etwhaeta、捷氏歪水蚤Tortanus derjugini、太平洋纺锤水蚤Acartiapacifica、中华假磷虾Pseudeuphausia sinica和百陶箭虫Sagitta bedoti等。半咸水河口类群、暖水性外海类群和广布种相对较少。浮游动物生物量和丰度的平面分布趋势除了夏季有所差异外,其它季节基本一致。2月份和5月份,浮游动物生物量和丰度,从湾顶向湾口呈逐渐增加趋势;8月份,湾口区生物量最高,而丰度高值区出现在湾顶部;11月份,生物量和丰度的平面分布相对均匀。浮游动物种类多样性指数有明显的季节变化,其动态变化与浮游动物种数和丰度的变化一致。微型浮游动物对浮游植物存在摄食压力,且有季节变化,摄食率的变化在0．18．0．68d^-1,微型浮游动物的摄食率低于相同季节的浮游植物生长率。微型浮游动物对浮游植物摄食压力的变化范围为16．1％-49．1％d^-1,对初级生产力摄食压力的变化在58．3％-83．6％d^-1。11月份,微型浮游动物对浮游植物和初级生产力的摄食压力均出现最高值。     

1998年秋季渤海中部及其邻近海域的网采浮游植物群落

研究了1998年秋季覆盖渤海中部和渤海海峡及其邻近海域30个测站两遍大面调查的网采浮游植物物种及其群落特征。经初步分析,共发现浮游植物3门类38属84种(不包括未定名物种),物种主要以硅藻为主,但甲藻在群落中的比重也很明显,在个别站位上会成为优势类群。优势物种主要为偏心圆筛藻(Coscinodiscus excentricus)、梭状角藻(Ceratium fusus)、洛氏角毛藻(Chaetoceros lorenzianus)、浮动弯角藻(Eucampia zodiacus)、叉状角藻(Ceratium furca)、佛氏海线藻(Thalassionema frauenfeldii)、中华半管藻(Hemiaulus sinensis)、尖刺伪菱形藻(Pseudo-nitzschia pungens)、布氏双尾藻(Ditylum brightwellii)、粗刺角藻(Ceratium horridum)、掌状冠盖藻(Stephanopyxis palmeriana)和萎软几内亚藻(Guinardia flaccida)。细胞丰度的平面分布由主要浮游硅藻的分布所决定,其高值区分布在渤海湾、渤海中部、莱州湾北部和渤海海峡南部。浮游甲藻在渤海湾北部和莱州湾北部等局部区域形成高值区,并影响浮游植物的平面分布。两遍大面站调查期间渤海浮游植物群落的结构是相对保守的,渤海浮游植物群落季节和周年的变化主要是物种演替过程。调查期处于浮游植物群落的负增长时期,其主要原因是物理水文作用的结果。与1982年的历史同期浮游植物群落相比,角毛藻属衰退,浮游甲藻、圆筛藻属和浮动弯角藻兴起。但与1992年的历史同期浮游植物群落相比,群落优势种组成相近。同1982年和1992年同期资料相比,浮游植物细胞丰度和平面分布大致相等。渤海秋季浮游植物群落结构在近20a是相对保守的,影响秋季浮游植物群落发展的主要因素是物理水文作用。     

乌梁素海冰封期浮游植物分布特征及其与水质指标的关系北大核心CSCD

为揭示寒旱区冰封期富营养化湖泊水体中浮游植物群落结构及其与水质指标的响应关系,该研究以乌梁素海为对象,于2019年1月在湖区设立12个采样点采集水样及浮游植物,通过对浮游植物定性定量检测和水体理化性质测定分析,以明确冰封期乌梁素海浮游植物群落结构空间变化特征及主要水质指标的分布规律;结合RDA分析和Pearson相关性分析揭示了浮游植物与水质指标的响应关系,为水体富营养化程度评估及防控提供理论依据。结果显示:(1)冰封期乌梁素海12个样点的水质指标特征差异明显,各水质指标从北到南具有不同的变化趋势。(2)冰封期乌梁素海共检出浮游植物61种,其中隐藻门的丰度最高(4.76×10^(6)个·L^(-1)),甲藻门的生物量最高(18.09 mg·L^(-1)),但湖区不同位置的优势浮游植物类群有所差异,北湖区蓝隐藻和伪鱼腥藻丰度明显高于南湖区。(3)不同种类的浮游植物在空间分布上存在明显的差异,且在P3样点的多样性最低,P8样点的多样性最高,并发现中、下湖区物种类型多且组成较为均匀。(4)浮游植物的丰度与TP呈显著正相关关系,生物量与TP呈极显著正相关关系,多样性指数与TP呈正相关关系。研究表明,冰封期乌梁素海水体处于中等营养水平,水体中总磷(TP)含量是影响浮游植物物种丰度和生物量的主要影响因子;寒旱区冰封期富营养化湖泊浮游植物分布特征为北湖区隐藻门、蓝藻门和甲藻门占优势;南湖区中绿藻门丰度最高。     

云南腾冲热海两热泉菌藻席细菌多样性的研究

应用显微形态观察和变性梯度凝胶电泳(DGGE)对云南腾冲热海两热泉菌藻席的细菌多样性进行了比较分析.直接从环境样品中提取总DNA,用两套细菌通用引物进行PCR扩增,得到包含V8和V9高变区的16S rDNA片段,进行DGGE分析,结合形态观察,结果显示,热泉菌藻席中存在丰富的细菌多样性,且不同温度范围的菌藻席细菌组成差异显著.     

16S rRNA基因高变区V4和V3−V4及测序深度对油藏细菌菌群分析的影响

【背景】16S rRNA基因测序是当前研究微生物群落组成及其分布的重要手段。【目的】揭示16S rRNA基因高变区V4 (515-806)和V3-V4 (338-806)及测序深度(1-2万条和10万条)对油藏微生物细菌群落组成和多样性分析的影响。【方法】所用油水样细菌16SrRNA基因拷贝数为(6.51±0.56)×108/L,16SrRNA基因V4区测序使用IlluminaMiSeqPE250测序平台,V3-V4区测序使用MiSeqPE300测序平台。【结果】测序深度达到1-2万条时,V4和V3-V4区测序文库覆盖率均达到99.6%以上,且具有较好的可重复性;V4区测序深度为1-2万和10万时,菌群α多样性指数受测序深度影响不显著;与V4区测序相比,同样测序深度(1-2万)下,V3-V4区测序获得的菌群α多样性指数有所降低。V4测序1-2万与10万获得的菌群中几乎未出现显著性差异微生物类群;同样测序深度(1-2万)下,V4与V3-V4测序相比,优势微生物类群Epsilonproteobacteria(51.37%:64.23%)和Deltaproteobacteria (17.96%:11.40%)相对丰度表现出显著差异。【结论】测序深度达到一定水平,增加测序深度会一定程度上影响菌群α多样性指数,对菌群β多样性分析的影响十分有限;同一测序深度下,V4区与V3-V4区测序获得的细菌菌群α多样性指数明显不同,部分优势微生物类群的相对丰度值之间具有显著性差异。鉴于测序读长的提升和测序成本降低,与V4区测序相比,V3-V4区测序在更低的测序深度下文库覆盖率更高,可提供更多用于反映物种亲缘关系的16S rRNA碱基信息,本文认为V3-V4区测序可作为当下菌群分析的首选区域。     

一株滇池蓝细菌的分离及初步鉴定

为了解滇池蓝细菌生物多样性, 于2010 年6 月从滇池采集水样, 通过平板分离纯化及液体培养得到一株蓝细菌。该菌在液体培养下呈聚集状态, 显微镜镜检观察显示该菌呈丝状, 并发绿色及橙红色荧光。以该菌总DNA 为模板,用细菌16S rDNA 通用引物进行扩增, 得到长度约1.5 Kb 的序列, 将该序列连接到pMD 18-T 载体后测序。测序结果与GenBank 比对显示该菌属于颤藻目细鞘丝藻属的一个新种。     

2008年夏季南海北部浮游植物群落结构特征分析

根据2008年8月15日—2008年9月7日南海北部调查期间所获得的网采浮游植物资料,对该海域的4个断面共计13个站位的浮游植物群落结构特征进行了研究,包括种类组成、丰度、分布、多样性以及浮游植物群落结构与环境因子之间相关关系等基本状况。本次调查共鉴定出浮游植物4门53属169种(含变种和变型),主要以暖水性、广温性和广布性种为主,其中硅藻门(Bacillariophyceae)37属114种,占总种数的67.4%,甲藻门(Pyrrophyta)12属50种,占总种数的29.6%,蓝藻门(Cyanophyta)2属3种及金藻门(Chrysophyta)2属2种等。浮游植物丰度平均值为18.06×104cells/m3,其中硅藻丰度平均值为55.72×106cells/m3,甲藻丰度平均值为0.81×106cells/m3。调查区域内的优势种包括铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebautii),洛氏角毛藻(Chaetoceros lorenzianus),柔弱菱形藻(Nitzschia delicatissima),红海束毛藻(Trichodesmium erythraeum)和菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides)。藻类为聚类分析(UPMGA)将站点大致上分为4个生态区(珠江口生态区,吕宋海峡区,琼东上升流区和18°N断面区),结果表明,在地理位置上分布比较相近的站点具有较高的群落结构组成相似性。     

基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性

目的应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实验动物奠定基础。方法采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3~V4区,采用IlluminaMiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。结果共测序获得315511条有效序列与596个OTU。普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52%和25.39%2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54.5%和17%。3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%。4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14%和11.33%。5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33%11.12%。6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有。7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。这10个种占到33.16%,其他53种总和仅占到0.74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。8)PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。     

几种典型藻华生物的分子分类学分析

通过PCR克隆测序、rDNA序列分析、随机PCR引物扩增结合DGGE技术等三个层次的分子分类水平对厦门海域的典型藻华生物进行分子生物学分析。结果表明,基于DGGE检测的18S rDNA序列过于保守,分类的精确度不高;AP-PCR则是基于基因组的差异进行分析,结果较为精确和全面;而rDNA序列分析相对可靠,尤其是针对ITS的长度和全序列分析以及28S rDNA的D1、D2区的序列分析,可以提供更为准确的分类信息,并可为设计检测探针提供基础。据此对分离自厦门海域的3种典型甲藻及其相关藻株建立了系统进化树。针对23株甲藻ITS序列建立的系统进化树显示Takayama pulchella（AY764179）和Karlodinium micrum的距离最近,并能够把Akashiwo属、Karenia属、Gyrodinium属、Karlodinium属、Takayama属与Gymnodinium属等区分开。用28S rDNA序列建立的系统发育树只能把Karlodinium属、Karenia属和Takayama属区分开,但不能很好地把无纹环沟藻与Akashiwo属和Gymnodinium等的藻区分开。     

北部湾海洋原甲藻的形态特征及其系统进化分析

为探讨广西北部湾海洋原甲藻(Prorocentrum micans)的形态特征及其系统进化意义,利用光学显微镜、分子生物学方法,对海洋原甲藻BBW-01 藻株的形态特征进行了描述,并分析了其分子系统进化关系.结果表明,各地理株系的海洋原甲藻的形态特征相似,仅在细胞大小上存在差异.海洋原甲藻BBW-01 与采自于广东大亚湾的海洋原甲藻形态特征最为接近,其壳板后端的7 个呈“V”字形对称排列的大孔可作为海洋原甲藻鉴定的重要指标.18S rDNA 序列同源检索和系统进化分析表明,海洋原甲藻BBW-01 与源自中国南海的海洋原甲藻的亲缘关系最近,并与其他2 株海洋原甲藻聚成一支,属于浮游、兼性浮游类原甲藻.因此,对赤潮原因种的准确识别有助于预防和减轻赤潮对海洋环境和人类带来的危害.