非损伤性取样样品中富集宿主DNA的研究进展

非损伤性取样被广泛应用在动物保护遗传学、分子生态学和分子进化等研究领域.随着基因组测序技术的发展和基因组学时代的到来,如何从非损伤性取样样品中获取能够用于进行基因组测序的高质量DNA是研究者面临的难题.本文总结和比较了非损伤性取样中最常用的粪便样品和考古材料或博物馆标本两类样品中富集宿主DNA的方法及应用,以期为非损伤...     

黑麂粪便DNA提取及其PCR检测

采集了黑麂(Muntiacus crinifrons)的新鲜粪便以及在野外自然条件下保存较长时间的粪便样品,晾干后带回实验室,提取其DNA;同时提取黑麂肌肉、皮张样品的DNA,用以对比粪便样品的提取效果。电泳检测结果显示,此方法使用实验室中常用的分子生物学试剂,可以从黑麂粪便样品中抽提到高质量的粪便DNA并克服分子粪便学研究中常见的PCR反应抑制物的影响。为其它濒危鹿科动物的非损伤性取样提供了的新途径,为其遗传结构、遗传多样性现状等研究提供了更加广阔的取材空间。     

刺参基因组DNA提取的探讨

以刺参为试验材料,分别以CTAB法、SDS法、Segama试剂盒法对刺参的触手、管足、体壁、纵肌、肠和呼吸树组织进行基因组DNA的提取,均得到了高质量的基因组DNA。Segama试剂盒提取DNA条带较其他两种方法清晰,杂质少且无降解,效果最佳。对比6种不同的刺参组织,其中纵肌组织3种方法均获得高质量基因组DNA,为提取基因组DNA的首选组织。开发了利用刺参触手和管足活体取样提取基因组DNA的方法,得到了高质量的基因组DNA,这为刺参无损伤取样提供了数据支持,使得将来刺参家系建立过程中保证亲体的健康存活及减少试验样品取样所带来的损伤成为可能。     

对影响哺乳动物粪便DNA提取相关因素的探讨

从动物粪便中提取DNA是一种优秀的非损伤性取样方法,然而在实际操作中成功提取高质量粪便DNA却是一件不太容易的事情.粪便DNA的获取不仅与提取方法有关,还受到样品采集、保存、二次取样、预处理等相关环节的影响,对其中任一环节的忽视都会导致试验达不到理想效果.综合国内外具有代表性的哺乳动物粪便DNA提取技术,对有关环节进行了详细的评述,并对PCR扩增中的常见问题进行了分析和讨论.     

粪便取样对亚洲黑熊脑源性神经营养因子基因全长序列分析

沿用本室改进的粪便提取方法,参照马来熊BDNF基因序列设计引物,首次从亚洲黑熊粪便DNA中扩增和克隆到包含完整核BDNF基因的753 bp片段,以毛发作阳性对照并进行重复实验,获得稳定一致结果。序列分析表明,亚洲黑熊的BDNF基因非常保守,与人相比,一致性达94.5%,与大熊猫比达98.9%。在推导的多肽序列中,其成熟区氨基酸序列与所有已报道哺乳动物的完全一致;对亚洲黑熊及其相关物种BDNF基因序列的比较分析,发现大熊猫与包括黑熊在内的熊科动物亲缘关系更近,而与小熊猫较远。文章首次采用非损伤性取样法在分子生物学水平对亚洲黑熊基因组核BDNF基因进行分析,不仅为亚洲黑熊的保护和繁育提供重要参考资料,为非损伤性取样在珍稀濒危野生动物研究中的应用拓宽了思路,也为亚洲黑熊及其近缘种的系统分类研究提供分子证据。     

非损伤性取样研究进展

非损伤性取样即在不捕获、触及,甚至是未亲眼见到动物的情况下,收集不同形式的样品获取样品中的DNA。通过介绍各种类型非损伤性取样的研究进展,就该取样存在的问题及现有解决方法进行讨论,并在此基础上对非损伤性取样的研究和应用前景进行了分析,以期对进一步研究提供有价值的参考。     

短尾猴样品常见污染的检测方法

为检测在野外通过非损伤取样法采集到的短尾猴样品是否受到其它常见哺乳动物及人源的污染,收集包括短尾猴(Macaca thibetana)、人以及7种常见哺乳动物的毛发、血液、粪便、精液或肌肉组织样品,提取并纯化基因组DNA,利用14对微卫星引物扩增不同物种的STR位点,以确定其在短尾猴样品检测中的应用价值。扩增结果表明,TH01等13对引物在人和短尾猴中均能扩增且扩增产物长度未见明显差异,F13A01产物长度在人和短尾猴之间相差240bp碱基,只有FGA位点在常见动物猪、羊、牛、狗、兔、小白鼠及豚鼠都未见扩增产物;因此,FGA、F13A01座位较高的分辨能力,可以排除短尾猴样品是否受到人及常见哺乳动物的污染,通过特异性STR引物结合PCR方法,检测短尾猴野外非损伤取样获得的样品是否受到哺乳动物及人源DNA污染,此方法简单、稳定性高、可重复性好,在短尾猴的遗传多样性分析及亲缘关系鉴定中有较大的应价值。     

一种高效快速的鱼类标本基因组DNA提取方法

以95%酒精保存的黄鳝(M onopterus albus)和斑鳢(Channa maculates)标本为材料,采用先沉降DNA再去除杂质的方法从鱼类标本中提取基因组DNA。基因组DNA的琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测以及PCR扩增结果显示,本方法提取的鱼类基因组DNA的电泳主带清晰明亮;A260/A280值在1.7830-2.0144之间;PCR扩增产物条带清晰明亮,且单一整齐没有拖带,表明本方法可从酒精保存的鱼类标本中提取比较纯净的DNA,能够满足一般分子生物学试验需要。与传统苯酚/氯仿法相比,本方法操作简单快速,避免了苯酚等物质对后续实验的影响,可作为一种常规动物组织DNA提取方法。     

PCR鉴定时的微量DNA快速制备

用基因组微量DNA快速提取方法,从胡萝卜转化再生株样品中快速提取了基因组DNA,并以此为模板进行胡萝卜转化再生株的PCR快速检测的结果表明,这是转基因时PCR检测的一种快速、简便、有效方法。     

一种从PAXgene全血RNA管内提取基因组DNA的方法

目的:从同一生物样本同步提取RNA和DNA,能提高样本的利用率,而且对于基因组学、转录组学和表观遗传学检测数据之间的比对和匹配分析也十分重要。本研究在不影响RNA样品制备的前提下,建立一种从PAXgene全血RNA管内提取基因组DNA的方法。方法:取一定量PAXgene全血RNA管血液样本,使用QIAamp DNA试剂盒提取血细胞基因组DNA,系统优化提取过程中的离心参数、洗脱量以及初始血液样本量等实验参数,并对提取的基因组DNA质量进行检测。结果:用PAXgene全血RNA管3 mL血液样本能够提取出8.918±1.100μg基因组DNA,紫外分光光度计检测DNA样品的OD 260/280比值为1.89±0.09,琼脂糖凝胶电泳结果显示DNA样品完整无降解。结论:利用本方法提取的DNA样品能够满足下游DNA芯片、DNA甲基化测序等实验要求。该方法有助于从有限的临床血液样本中获取全面的遗传信息,并且提高后续不同实验方法所生成数据之间的可比性和匹配度。     

Investigation of the mechanism of temperature sensitivity of the electroreceptors of ampullae of lorenzini

In experiments on Black Sea skates (Raja clavata), the potential of the receptor epithelium of the ampullae of Lorenzini and spike activity of single nerve fibers connected to them were investigated during electrical and temperature stimulation. Usually the potential within the canal was between 0 and –2 mV, and the input resistance of the ampulla 250–400 k. Heating of the region of the receptor epithelium was accompanied by a negative wave of potential, an increase in input resistance, and inhibition of spike activity. With worsening of the animal's condition the transepithelial potential became positive (up to +10 mV) but the input resistance of the ampulla during stimulation with a positive current was nonlinear in some cases: a regenerative spike of positive polarity appeared in the channel. During heating, the spike response was sometimes reversed in sign. It is suggested that fluctuations of the transepithelial potential and spike responses to temperature stimulation reflect changes in the potential difference on the basal membrane of the receptor cells, which is described by a relationship of the Nernst's or Goldman's equation type.I. P. Pavlov Institute of Physiology, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. I. M. Sechenov, Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. Pacific Institute of Oceanology, Far Eastern Scientific Center, Academy of Sciences of the USSR, Vladivostok. Translated from Neirofiziologiya, Vol. 12, No. 1, pp. 67–74, January–February, 1980.     

Principles of organization and evolution of systems of regulation of functions

Evolution of living organisms is closely connected with evolution of structure of the system of regulations and its mechanisms. The functional ground of regulations is chemical signalization. As early as in unicellular organisms there is a set of signal mechanisms providing their life activity and orientation in space and time. Subsequent evolution of ways of chemical signalization followed the way of development of delivery pathways of chemical signal and development of mechanisms of its regulation. The mechanism of chemical regulation of the signal interaction is discussed by the example of the specialized system of transduction of signal from neuron to neuron, of effect of hormone on the epithelial cell and modulation of this effect. These mechanisms are considered as the most important ways of the fine and precise adaptation of chemical signalization underlying functioning of physiological systems and organs of the living organism