基于SSR标记的越橘亲缘关系分析及品种鉴定

利用SSR标记对22个越橘栽培品种进行遗传差异及亲缘关系分析,并建立一套稳定的越橘品种鉴定体系,以期为越橘种质资源评价、鉴定、管理及越橘新品种培育奠定基础。本试验优化了一套越橘SSR-PCR反应体系,筛选出15个条带清晰、重复性好、多态性高的SSR标记,对22个越橘栽培品种进行亲缘关系分析,聚类结果与各品种的遗传背景以及表型呈现高度的一致性。从以上15个SSR标记中筛选出可用于越橘品种鉴定的SSR核心引物NA961和NA1040,核心引物组合能够完全区分22个越橘品种。用核心引物制作了参照分子量标记,构建了22个越橘品种的指纹图谱,建立了一套完整的越橘品种鉴定体系。实践验证SSR标记用于越橘品种鉴别的方法可行、结果可靠。     

基于ISSR分子标记的叶子花亲缘关系分析和指纹图谱构建

为分析品种遗传多样性和遗传距离并构建品种聚类图和指纹图谱,该研究从DNA模板浓度、引物浓度、退火温度和循环次数等方面优化了叶子花ISSR-PCR反应体系和反应程序,利用11个ISSR引物对131个叶子花品种进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测.结果表明:优化的ISSR-PCR反应体系中DNA模板浓度为0.5 n...     

基于SSR标记的黔南茶树种质资源DNA指纹图谱构建

以黔南60个野生茶树种质资源为材料,使用15对引物,通过SSR技术进行了DNA指纹数据库的构建。结果显示,所采用的15对引物共扩增出147个等位基因,有较好的多态性。位点的期望杂合度和多态性信息含量的变化范围分别为0.128~0.939和0.124~0.927,平均值分别为0.602和0.572。综合各项指标筛选出6对引物QNSSR01、QNSSR02、QNSSR04、QNSSR06、QNSSR18、QNSSR23上的23个等位基因用于黔南茶树种质资源DNA指纹图谱构建,60个茶树种质资源的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各材料特定的图谱。研究结果为黔南茶树种质资源保护和品种创新利用奠定了基础。     

33份杂交稻亲本的SSR指纹图谱构建及遗传相似性分析

选用分布在12条染色体上84对SSR引物,对6个粳型和4个籼型核质互作雄性不育系、14个籼型和9个粳型父本,共33份杂交稻亲本材料进行遗传相似性分析,并建立SSR指纹图谱数据库.结果表明:在33份材料中能够扩增出多态性的引物有54对,占所用引物的64.3％;33 份材料间遗传相似系数变异范围为0.429～0.988,在遗传相似系数0,65处,33份材料被聚为籼、粳2个大类群;利用14对引物能将33份材料区分,引物RM264能将‘Ⅱ-32A'、‘协青早A'、‘冈46A’和‘K17A'4个籼型不育系与籼型恢复系区分开,引物RM432能区别5个粳型不育系与粳型可育品种,引物RM6、RM13、RM16、RM240、RM247和RM248均能鉴别籼、粳亚种.利用这6对引物的共显性标记可以鉴别籼粳亚种间杂交组合.     

中国黄瓜主栽品种SSR遗传多样性分析及指纹图谱构建

应用简单重复序列(SSR)标记对从国内主要黄瓜育种单位征集到的116份生产上主栽品种进行遗传多样性分析。结果表明35对引物共扩增出86个等位基因,每对引物平均扩增出2.46个等位基因,其中有效等位基因占70.99%,平均Shannon’s信息指数为0.639,平均PIC为0.382。116个品种的遗传相似系数(GS)分布在0.5029~0.9797之间。聚类分析结果表明在遗传距离0.25处可将供试材料分为2大类群。第1类共106个品种,可分为5个亚族,主要包括华北密刺型、华南型、日本少刺型这3大类型;第2类包含10个欧洲温室型品种。     

无籽西瓜品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SSR标记构建了27份中国无籽西瓜主栽品种的DNA指纹并进行了遗传多样性分析。24对多态性引物共扩增出66种基因型,基因型数2-5个不等,平均2.75个。平均多态性信息量(PIC)为0.37,变化范围为 0.19～0.66。有4个品种具有特征谱带。27个品种遗传相似系数变化范围为 0.7045～1.0,平均0.8683。组合24对引物,除无法区分‘郑抗无籽1号’与‘雪峰花皮无籽’,其余品种均能一一区分开。采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.83处,可将27个品种分为3大类。     

基于SSR标记的草莓品种亲缘关系分析

摘要：用18对SSR引物对96份草莓栽培品种资源进行扩增。在18个SSR位点共获得184个条带,其中多态性条带为172个,多态性条带比率为93.5％,不同引物扩增的多态性条带数为6～19个,平均为9.56个。各位点PIC值在0.5726～0.8885之间,平均0.8057。NTSYS软件进行相似性系数计算,UPGMA法进行聚类分析结果显示,96份来源不同的草莓品种被混杂地聚在一起,草莓品种的亲缘关系与其来源并不存在明显的相关性,中国地方品种的聚类相对集中,中国地方品种与中国选育品种之间亲缘关系相对较远。欧美品种和日本品种的遗传基础要宽于中国选育品种和地方品种。     

基于SSR标记的山东省小麦DNA指纹图谱的构建

本文以山东省41份小麦种质资源为材料,使用46对引物,通过SSR技术对其进行了DNA指纹数据库的构建。结果显示,所采用的46对引物在本实验材料中共检测到69个等位基因,有较好的多态性。利用NTSYS进行UPGMA聚类分析后,发现这41种材料在遗传相似系数0.68为阀值处可以分为3个类群。实验证明该方法能够分辨各个种质间的亲缘关系,能够较好满足小麦DNA指纹数据库的构建要求,对山东省小麦遗传资源的收集、保存、分类、评价、核心种质的建立等研究工作提供理论依据。     

基于SSR分子标记的175份蜡梅种质遗传多样性分析和指纹图谱构建

理清蜡梅品种资源、构建指纹图谱是推动蜡梅科学研究和产业发展的重要基础。利用简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分子标记技术,对鄢陵地区175个蜡梅(Chimonanthus Praecox L.)品种(系)的遗传多样性进行了研究,使用NTSYSpc 2.1软件中的UPDM聚类方法分析品种间的遗传多样性。利用基于贝叶斯模型的Structure v2.3.3软件解析175份种质的遗传结构。通过一般线性模型(general linear model, GLM)对性状和标记进行关联分析。在遗传多样性分析中,平均等位基因数(number of alleles, Na)为6.857,平均期望杂合度(heterozygosity, He)为0.496 3,平均观测杂合度(observed heterozygosity, Ho)为0.503 7,蜡梅Nei’s平均基因多样性指数为0.494 9,平均Shannon信息指数为0.995 8,表明鄢陵地区蜡梅群体内具有较丰富的遗传多样性。群体结构和UPDM聚类分析均表明可将175个品种(系)分为7个类群。在GLM模型中有15个标记位点与8个表型性状显著(P<0.05)关联,表型变异解释范围为14.90%−36.03%。利用11对多态信息含量(polymorphic information content, PIC)最高的引物,构建175份蜡梅品种(系)资源SSR标记的指纹图谱。本研究综合分析了鄢陵地区蜡梅的遗传多样性与SSR分子标记,并构建了蜡梅核心种质资源库,为蜡梅新优品种选育、品种鉴定、资源保护与利用等工作提供理论支撑。     

基于SSR分子标记的酸浆属植物亲缘关系研究

近年来, 由于营养价值高、果实可当水果食用且具有潜在的药用价值, 酸浆属(Physalis)植物在全球范围内受到了越来越多的关注。采用SSR分子标记技术对我国范围内主要分布的4种酸浆属植物的22份样品进行了亲缘关系研究, 结果表明, 20对SSR引物共扩增出118个位点, 其中107个(90.7%)为多态性位点; 平均种间遗传相似系数为0.501。UPGMA聚类和PCoA分析结果得出相似结论, 并且将供试酸浆属植物样品分为两大类。其中, 酸浆(P. alkekengi var. francheti)的所有样品与其它酸浆属植物的遗传距离最远, 单独聚为一类, 与前人的研究结果非常吻合。研究表明, SSR标记遗传信息丰富, 可以用于酸浆属植物的亲缘关系分析。研究结果为酸浆属种质资源保护提供了有效信息, 并且为酸浆属植物的分子辅助育种奠定了重要基础。     

29份云南甘蔗创新种质的SSR遗传多样性分析和指纹图谱构建

该研究以16份甘蔗骨干亲本为参照,对29份云南甘蔗创新种质进行SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析,以明确创新种质与16份亲本间的遗传基础和多样性水平。结果表明:6对引物共扩增出104条带,其中101条为多态性条带,多态性条带比例为97.25%;45份材料的遗传相似性系数为0.235 3~0.891 3,平均值为0.563 3;其中16份甘蔗骨干亲本的遗传相似性系数为0.301 6~0.755 6,甘蔗创新种质与甘蔗骨干亲本的特异条带比例为14∶1,涵盖了割手密、大茎野生种、斑茅和滇蔗茅等基因源。根据骨干亲本间的相似性系数范围,在相似性系数为0.43处,可将种质分为6大类群,亲缘关系相对较远,适宜作为种质间的杂交利用。通过引物区分效率分析,6对引物扩增的多态信息量为0.967 9~0.975 8,其中MSSCIR21引物区分效率最高,利用MSSCIR21和SMC1047HA引物组合构建了云南甘蔗创新种质标准指纹图谱,在相似性系数为0.85处即可区分所有种质,图谱的鉴别准确率为100%,每份资源都有唯一的指纹图谱,可将29份创新种质和16份骨干亲本区分鉴别出来。该研究能够为后续杂交利用、种质鉴定和知识产权保护提供依据。     

SSR分子标记检测出的花生类型内遗传变异

花生是我国重要的食用油和蛋白质来源作物,鉴定其DNA分子多态性对品种改良和资源评价具有重要的意义。从已公布的花生Genomic-SSR和EST-SSR引物中筛选出34对引物,用来分别鉴定花生4大类型各24份共96份品种资源的分子变异,其中龙生型资源全部来自广西,普通型资源中有11份从国外引进,有13份来自广西和国内其他省市,多粒型资源只有两份来自中国,其他22份分别来自印度、美国和非洲等地,珍珠豆型资源中有22份是来自中国各地的育成品种或农家品种,有2份来自国外。研究结果为:分别有10～16对SSR引物能在4大类型花生资源中扩增出多态性DNA片段;这些多态性SSR引物都具有多位点特性;首次为SSR分子标记设立了一个新的评价指标——区别指数,多态性SSR引物的区别指数最高达0.992;资源间的平均遗传距离,多粒型为0.59,普通型为0.48,珍珠豆型为0.38,龙生型为0.17。根据遗传距离采用最长距离法对4大类型花生资源分别进行了聚类分析,构建了资源间的遗传关系图,花生4大类型可进一步分成不同类群,资源间的亲缘关系与其来源相关。观察到PM15和PMc297的扩增产物具有类型特异性,PM15能在龙生型、普通型和多粒型花生资源中扩增出多态性条带,而在珍珠豆型花生中扩增条带完全相同,PMc297也有相似的扩增结果。由于在多粒型花生资源中检测出的遗传多样性最丰富,研究结果支持西班牙专家Krapovickas 1994年公布的花生栽培种分类系统。总之在花生4大类型内资源中能检测出丰富的SSR分子标记,开发出更多的SSR分子标记将能充分揭示花生分子水平的变异,从而使花生遗传图谱构建、分子标记辅助育种成为可能。     

基于InDel标记的国内绿豆品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

绿豆是一种抗逆性强、适应性广的作物。本研究选取19个多态性丰富、条带稳定的InDel标记用于42个绿豆参试品种的遗传多样性分析及指纹图谱构建。19个InDel标记有效等位变异数介于1.0998～1.9955之间,平均为1.750;期望杂合度变幅0.0918～0.5049,平均值是0.421;Nei′s基因多样性指数变幅0.0907～0.4989,平均值为0.416。多态性信息含量变幅0.0866～0.3744,0.25相似文献   

基于SSR分子标记的芋种遗传多样性分析

本研究利用SSR分子标记对来自于国家种质武汉水生蔬菜资源圃的110份芋种资源进行了遗传多样性分析.10对SSR引物在110份芋种资源中共扩增得到40条带,多态性百分率为100％,Shannon信息指数范围为0.390 5～1.426 8,反映了这110份芋种资源的遗传多样性程度较高.110份芋种资源遗传相似系数介于0.43～1,在遗传相似系数0.63处,聚类图将其分为6个类群.该研究结果为芋种资源的保护和利用奠定了基础.     

糯玉米种质品质性状鉴定和SSR标记遗传多样性分析

对165份来源不同的糯玉米农家种和自交系的穗粒性状和淀粉品质性状进行了鉴定,并利用60对SSR标记进行了遗传多样性分析。结果表明,165份糯玉米种质穗长、秃顶长、行数、行粒数和穗粗变异较大,粗淀粉含量、支链淀粉含量和淀粉糊化特性RVA特征谱带值各指标变异丰富。60 对SSR引物在165份材料间共检测到281个等位基因变异,PCR扩增片段大小介于90～690bp,每对引物检测到2～9个等位基因,平均为4.68个;每对SSR 引物的多态信息量( PIC) 在0.332～0. 860之间,平均为0. 690。利用UPGMA 聚类分析方法将供试种质自交系分为3类,划分结果基本符合品系的来源情况,生产应用的多数糯玉米自交系材料与我国西南地区糯玉米地方品种材料具有较远的亲缘关系。显示出165份糯玉米种质具有丰富的遗传多样性,可为糯玉米杂优利用和遗传改良提供遗传基础。     

海南部分荔枝种质资源亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记对22份荔枝材料进行了亲缘关系分析,从32对引物中筛选出22对多态性引物用于荔枝SSR扩增,共扩增到52条带,其中多态性条带49条,多态性百分率为94.23%。多态性条带经POPGENE32软件统计分析表明,22个位点的平均有效等位基因频率（Ne）、平均基因杂合度（H）、平均Shannon遗传多样性指数（H_i′）分别为1.364 3、0.296 0、0.417 0。通过NTSYS聚类结果显示,在相似系数为0.51处,供试材料被聚为两大类,第一类包括13份材料,又可分为两个亚类,第二类包括9份材料。     

基于SSR标记的荔枝种质遗传多样性分析

从53对本课题组自主开发设计的SSR特异引物对中筛选出22对多态性引物,对46份荔枝材料的基因组DNA进行扩增,共得到54个等位基因,其中每对引物的平均等位基因数为2.4,共获得23个特异性标记,各标记的平均观察杂合度值、平均期望杂合度和PIC值分别为0.451、0.355和0.507。其中L it6位点各数值最高,是最理想的选择标记。利用22对多态性引物对46份荔枝种质进行聚类分析,构建树状图,结果表明:大多数种质相似系数在0.63～0.95之间,说明它们之间的亲缘关系较近,并发现淮枝(广东)与淮枝(海南)两者可能为同名异物品种。     

甘薯品种的SRAP遗传多样性分析

利用分子标记SRAP技术,对36个甘薯品种进行了DNA多态性分析。选取6对引物扩增甘薯基因组DNA,共获得112条带,其中110条为多态性条带,平均每对引物提供18个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了36个品种间的遗传关系。相似系数在0.62~0.92之间,品种间有较高的遗传相似性;在聚类树中,亚洲品种和美洲品种之间没有明显的遗传分化,表明甘薯品种间没有明显的地理差异;近缘野生种与育成品种聚在一起,没有明显的遗传分化,这意味着它们之间有较高的遗传相似度;中国育成品种聚在一起,表明它们之间的遗传相似度很高。     

应用SSR标记分析大豆种质资源的遗传多样性

利用SSR分子标记分析了119个大豆品种的遗传多样性,结果表明：30对SSR引物在119份材料中共检测出159个等位变异,平均每对引物检测到5．30个等位变异;河北省农家品种中平均每对引物检测到5．17个等住变异,育成品种4．87个,省外品种4．93个,表明地方品种的遗传多样性高于育成品种。河北省农家品种、育成品种和省外育成品种依据SSR数据获得的品种间相似系数总体平均值相近,分别为0．698、0．698、0．672,但河北省农家品种较育成品种具有较大的变化幅度。119个品种可被划分为3个类群,在一定程度上能把育成品种和农家品种分开,并反映了一定的品种地域来源。