绿色红假单胞菌和绿硫红假单胞菌的分离与鉴定

在选择培养条件下,利用琼脂振荡稀释分离技术,对接种于造纸废水和污水处理厂污泥污水的富集培养液进行纯化,分离得到两株绿色的光合细菌菌株G和SG。它们细胞内均含细菌叫叶绿素b,光合内膜结构为片层,繁殖方式为出芽,但在对有机碳源、还原态硫化物利用能力及同化硫酸盐等生理特性上有很大差异。经鉴定,以《伯杰氏系统细菌学手册》第3卷(1989)为依据,确定这两菌株是红假单胞菌属的两个种,菌株G定名为绿色红假单胞菌(Rhndopxeudomonas viridis),菌株SG定名为绿硫红假单胞菌(Rhodopseudomonas sulfoviridis)。     

不同生境中沼泽红假单胞菌基因型多样性分析

沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris,R.palustris)是一种分布广泛的紫色非硫细菌,代谢方式的多样性赋予了它们重要的生态学意义和应用价值。从湖泊、池塘和河流的11个底泥样品中富集培养紫色非硫细菌,利用基于pufM基因的PCR-DGGE技术鉴定为R.palustris,再利用rep-PCR技术进行基因型指纹图谱分析。结果发现相近生境,即湖泊中的菌株基因型相似度较高,80%,而差异越大的生境中菌株基因型指纹图谱差异也越大。这种基因型差异性分析不仅可以帮助研究者更全面地了解不同环境中R.palustris基因型多样性,也为进一步揭示其生态学意义和进化过程提供基础。     

环境对沼泽红假单胞菌基因型的影响

<正>紫色光合细菌是不产氧光合细菌的一个重要分支,包括紫色非硫细菌和紫色硫细菌。其中紫色非硫细菌具有极其丰富的代谢模式,可进行光能异养、光能自养和化能异养生长,其代谢的多样性使得它们广泛存活于不同的生态系统中,如土壤、湖泊、海洋及底泥等[1-2]。沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris)是紫     

1株水产饵料用光合细菌粪红假单胞菌的分离筛选

从凡纳滨对虾池塘水样、底泥中分离光合细菌,依次通过菌株培养液性状、菌体粗蛋白含量、类胡萝卜素、氨基酸及辅酶Q种类和含量综合评价,筛选营养成分较丰富的菌株,为鱼虾贝类提供优良的开口饵料。试验共分离得到35株光合细菌,其中11株菌液均一、稳定且颜色鲜艳;9株菌粗蛋白含量高于60%;3株菌Rh16、Rh25、Rh34类胡萝卜素含量显著高于其他菌株(P0.05),必需氨基酸与总氨基酸的比值分别为41%、41%和40%,含有的泛醌种类为Q_(10),其中Rh16的Q_(10)含量最高,达6.49μg/mL,可以开发为水产养殖动物优良开口饵料。经培养形态、生理生化特征、16S rRNA基因序列鉴定及系统发育分析表明,菌株Rh16为粪红假单胞菌(Rhodopseudomonas faecalis)。     

云南腾冲热海两热泉菌藻席细菌多样性的研究

应用显微形态观察和变性梯度凝胶电泳(DGGE)对云南腾冲热海两热泉菌藻席的细菌多样性进行了比较分析.直接从环境样品中提取总DNA,用两套细菌通用引物进行PCR扩增,得到包含V8和V9高变区的16S rDNA片段,进行DGGE分析,结合形态观察,结果显示,热泉菌藻席中存在丰富的细菌多样性,且不同温度范围的菌藻席细菌组成差异显著.     

几株沼泽红假单胞菌的分离和分类特性研究

分别从温州市郊区采集的4处淤泥中分离到4株光能异养型菌株W1,W2,W3,W4,对其形态特征和生理特性研究发现,4株菌基本相似,均为革兰氏阴性,弯曲杆状,出芽繁殖,在光照厌氧和黑暗好氧条件下均能生长.W1～W4菌株能利用许多有机物作为碳源且以乳酸钠、醋酸钠、丙酮酸、苹果酸、丁二酸为最适宜.酵母膏能显著刺激其生长,而谷氨酸钠和丙氨酸对其生长无刺激作用.在pH5.0～8.5的条件下4株菌均能生长,其最适pH均为7.0左右.根据上述结果,确证W1～W4均为沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris).     

假单胞菌属生防菌株的遗传工程改良*

拮抗细菌的利用是植物病害生物防治的重要内容,其中利用最多的为假单胞菌属菌株,特别是用于土传病害的生物防治。假单胞菌类容易在植物根际定殖,也是根际最普遍的微生物类群,许多菌株具有防病促生的能力,如引起人们广泛注意的植物根际促生苗（ＰｌａｎｔＧｒｏｗｔｈ－ｐｒｏｍｏｔｉｎｇ Ｒｈｉｚｏｂａｃｔｅｒｉａ,简称ＰＧＰＲ）,其研究大多集中在该类群。假单胞菌类筛选菌株能够抑制多种植物病害特别是土传病害已成为植病生防工作者之共识,其作用机制包括：有效的根部定殖、抗生作用、根际的营养竞争（特别是对铁的竞争）、诱…     

假单胞菌属的一个新种

从桔汁矿化水饮料中分离到一株编号为9191的革兰氏阴性短杆菌,其形态、生理生化特性与假单胞菌属已报道的种均不相同.该菌株具极生单鞭毛,氧化酶和触酶均阳性;O-F葡萄糖为非发酵型,不产生荧光色素,不产生脓菌素,不产生类胡萝卜色素,对葡萄糖呈碱反应.经类脂粒染色后细胞内可见PHB颗粒积聚.脲酶阳性,硝酸盐还原阳性,反硝化阴性;不水解淀粉和明胶,精氨酸双水解酶阴性;41℃下不生长,在麦康凯和SS平板上不生长.在0.85%CaCl_2的牛肉汤中不生长;利用β-羟基丁酸作为唯一碳源;DNA中G+C含量为65.15mol%.因此定为假单胞菌属中的一个新种.根据其对生理盐水敏感的特性,命名为盐敏假单胞菌(Pseudomonas halosensibilis Zou ＆ Cai nov.sp.).     

紫色非硫细菌Rhodocista属一新分离株的鉴定及其系统学研究

从污水处理厂分离到一株紫色非硫细菌３－ｐ,该菌株具避光性,能形成孢囊,具片层状光合内膜,在波长７９８ｎｍ处的吸收峰很低,需硫胺素和维生素Ｂ１２作生长因子。该菌株可以琥珀酸为碳源,最佳生长温度为３４℃～４１℃,体内未发现Ｒ体结构,醌类的主要成分是Ｑ－９。对菌株３－ｐ的１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的分子系统学分析结果表明,菌株３－ｐ与世纪红蒌菌（Ｒｈｏｄｏｃｉｓｔａ ｃｅｎｔｅｎａｒｉａ）关系最近,相似性为９     

凝胶条带内DNA回收测序评估DGGE可靠性

为了评估DGGE的可靠性,对DGGE条带中回收的DNA片段进行了测序比较分析,并引入了DGGE可靠性指数的概念评价其可靠性。结果显示同一条DGGE条带回收的DNA来自同一属的概率为64.7%,相同位置的DGGE条带可以被认为是同一OTU;不同的DGGE条带回收到类似的DNA序列（16S rDNA V3区差异小于4 bp）的概率为10.5%;DGGE可靠性指数为74.8%。以上结果表明尽管DGGE技术与理论预期存在一定的差距,但是DGGE技术基本能够反映微生物群落的多样性。       

不同DGGE谱带信息提取方法对分析结果的影响

自1993年Muyzer,et al.[1]将变性梯度凝胶电泳技术(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)引入到微生物生态学研究以来,DGGE已被广泛应用于各种生态系统(如淡水、海洋、土壤、动物消化道等)的微生物群落结构分析[2—6]。但对于DGGE凝胶的分析至今仍没有统一的方法,     

Ammonia biofiltration and community analysis of ammonia-oxidizing bacteria in biofilters

Biological removal of ammonia was investigated using compost and sludge as packing materials in laboratory-scale biofilters. The aim of this study is to characterize the composition of ammonia-oxidizing bacteria (AOB) in two biofilters designed to remove ammonia. Experimental tests and measurements included analysis of removal efficiency and metabolic products. The inlet concentration of ammonia applied was 20–100 mg m⁻³. Removal efficiencies of BFC and BFS were in the range of 97–99% and 95–99%, respectively. Periodic analysis of the biofilter packing materials showed ammonia was removed from air stream by nitrification and by the improved absorption of NH₃ in the resultant acidity. Nitrate was the dominant product of NH₃ transformation. Changes in the composition of AOB were examined by using nested PCR, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and sequencing of DGGE bands. DGGE analysis of biofilter samples revealed that shifts in the community structure of AOB were observed in the experiment; however, the idle phase did not cause the structural shift of AOB. Phylogenetic analysis revealed the population of AOB showed Nitrosospira sp. remains the predominant population in BFC, while Nitrosomonas sp. is the predominant population in BFS.     

青海两盐湖细菌多样性研究

用DGGE法和纯培养法,对青海柯柯盐湖、茶卡盐湖底泥及周边土壤样品的细菌多样性进行了研究。结果显示,两个盐湖存在大量的未知细菌, 分离到的纯培养仅占实有细菌的小部分。采用多相分类方法,鉴定了12株纯培养细菌,属5个可能的新种,另有一株菌可能成立一个新属。认为提出新思路、设计新程序,从自然极端环境取样,分离未知菌,是微生物资源开发利用的关键之一。     

综合养殖池塘中三角帆蚌和鱼类肠道细菌的组成

采用 PCR-DGGE (PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)方法研究了综合养殖池塘中三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鳊(Parabramis pekinensis)、银鲫(Carassius auratus gibelio)、青鱼(Mylopharyngodon piceus)和鳙(Aristichthys nobilis)的肠道细菌组成,并分析了水体中的浮游细菌对鱼、蚌肠道细菌的影响。研究结果表明,三角帆蚌和混养鱼类肠道细菌属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)。其中,三角帆蚌肠道优势菌群为不动杆菌属(Acinetobacter)、志贺氏菌属(Shigella)和分枝杆菌属(Mycobacterium),草鱼肠道优势菌群为梭菌属(Clostridium),鳊肠道优势菌群为梭菌属和假单胞菌属(Pseudomonas),银鲫肠道优势菌群为不动杆菌属和志贺氏菌属,青鱼肠道优势菌群为梭菌属和不动杆菌属,鳙肠道优势菌群为不动杆菌属和弧菌属(Vibrio)。三角帆蚌与银鲫肠道细菌谱带相似性较高,草鱼与鳊肠道细菌谱带相似性较高,表明鱼类肠道细菌组成特点与食性存在一定的关系。水体浮游细菌优势菌群为类芽孢杆菌属(Paenibacillus)。三角帆蚌及鱼类肠道细菌群落与水体浮游细菌群落组成相似性较低,表明水体浮游细菌对三角帆蚌和鱼类肠道细菌优势菌群的影响有限。     

三江源地区高寒草甸土壤氨氧化细菌多样性研究

目的:利用16S rDNA-PCR-DGGE方法首次对青藏高原核心区三江源自然保护区的高寒草甸样地的土壤氨氧化细菌进行了多样性研究。方法:从土壤中抽提微生物总DNA,运用巢式PCR扩增氨氧化细菌16S rRNA基因的V3可变区,结合DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术分析样品氨氧化细菌群落组成,并利用相关性分析探讨了群落结构多样性与环境因子的联系。结果:4个样地(玉树S1;囊谦S2;治多S3和S4)共检测到14个多态性条带,多样性指数为1.69～2.00。相关性分析显示多样性指数与海拔、C/N呈负相关,与NO3-呈显著正相关。结论:海拔、C/N及NO3-可能是影响土壤氨氧化细菌多样性的重要因子。     

73例中国人血友病甲基因突变的分析

我们用Southern blotting、PCR、变性梯度凝胶电泳(DGGE)和DNA测序等方法对73例血友病甲患者(经上海瑞金医院测定血浆FVⅢ:C和vWF:Ag诊断,其中无亲缘关系患者65例,按FVⅢ:C水平分为轻、中、重三型。FVⅢ:C< 2%为重型,共47例;FVⅢ:C 2%-5%为中型,共9例;FVⅢ:C5%-25%为轻型,共1 7例)进行FVⅢ基因突变检测。共检出内含子22倒位23例,均为重型,约占重型的49%,与国外报道相似。余下50例(其中无亲缘关系者45)用PCR-DGG E分析所有外显子及其侧翼内含子序列,发现异常条带则进行DNA测序。在17例患者中检出突变13种,其中无义突变5种,均为重型;错义突变6种,除1例外都是轻中型;小缺失2例,都是重型;其中,AA466Lys(AAG)-Thr(ACG)、719Tyr(TAC)-Stop(TAG)、AA826 Asp(GAC)-Glu(GAA)、312Ile(ATC)-xxC及AA1551-1552del(AGAA)为新发现的突变。有亲缘关系的患者都有相同的基因突变,而在无亲缘关系患者未发现相同突变。基因突变与临床表现基本相符。 Abstract:We use Southern blotting,PCR,denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE)and DNA sequencing to detect gene mutations of haemophilia A in Chinese population.73 cases(47 severe)(FVIII:C<2%),9 moderate(FVIII:C 2%~5%),17 mild(FVIII:C 5%~25%)of haemophilia A were first screened with Southern blotting,23 were found to be the intron 22 inversion type,all being severe cases.The remaining 50 cases without intron 22 in version were examined with PCR-DGGE.Genomic DNA were amplified using GC-clamped primers covering all the exons and all flanking intron regions.Abnormal bands were sequenced.13 different mutations were identified,including 5 nonsense mutations,6 missense mutations and 2 small deletions.5 mutations,AA466Lys(AAG)-Thr(ACG),AA719Tyr(TAC)-Stop(TAG),AA826Asp(GAC)-Glu(GAA),AA312Ile(ATC)-xxC and AA1551-1552del(AGAA)have not been reported before.Generally the genetic defects correspond to the clinical conditions.     

变性梯度凝胶电泳法研究断奶仔猪粪样细菌区系变化

利用PCR和DGGE技术分析了12头仔猪在断奶后其粪样细菌区系的变化。粪样细菌16S rDNA的V6～V8可变区经PCR扩增,扩增产物经DGGE电泳后再进行相似性分析。结果表明,仔猪断奶当天粪样 DGGE谱带少,同窝仔猪间图谱相似。断奶后,随着断奶时间的推移,每头仔猪的DGGE图谱带逐渐增多,变得复杂和多样,仔猪个体间DGGE图谱差异逐渐增大。仔猪是否同窝以及所采食日粮类型对DGGE图谱没有明显影响。相似性分析还表明,日粮中添加寡果糖的仔猪在断奶后第1周,其粪样微生物区系变化迅速,而后缓慢。     

大仓鼠年龄组及性别群体的遗传多样性

本文应用随机扩增多态性DNA (RAPD) 技术, 采用多态位点率、Shannon 信息多样性指数和Nei 遗传多样性指数作为种群遗传变异的指标, 研究了1998 和1999 年大仓鼠种群性别群体和年龄组群体的遗传多样性。主要的结论是: 性别群体间遗传分化较小, 年龄组群体间分化较大; 年龄组相距越大, 遗传分化也就越大; 幼年组的遗传多样性高于老龄组的遗传多样性; 1999 年秋季种群的年龄组遗传分化和差异要比1998 年四季种群更为明显。大仓鼠不同年龄组群体间的遗传分化支持遗传结构由于受时空上的选择压力而产生变异和适应性观点。大仓鼠幼体的遗传多样性比成体和老体的较高, 这一结果倾向于支持Ford 的假说, 说明种群繁殖出的幼体遗传多样性高, 其中有遗传质量好的, 也有遗传质量差的,但在生存过程中, 随着选择压力的作用, 种群趋于适应, 与环境不相适应的类型遭到淘汰,低质的幼体由于自然选择压力的增加而从种群中消失, 致使成年和老年群体多态性逐渐降低。