Additional support for an association between OLR1 and milk fat traits in cattle

The bovine oxidized LDL receptor 1 (OLR1) was chosen as a candidate gene for association tests with milk composition traits. Genotyping of 773 Italian Brown Swiss for a SNP at position 8232 in OLR1 (NW_215807:g.8232C>A) revealed a frequency of 0.95 for the g.8232C allele. The University of Wisconsin Holstein resource population was genotyped for the OLR1 NW_215807:g.[7160C>T; 7161A>G; 8232C>A] SNPs, and four haplotypes were inferred based on the genotypes of sires and their daughters. Oxidized LDL receptor 1 haplotypes were significantly associated with fat percentage (P = 0.0015). Haplotype [C; A; C] was associated with a significant increase in fat percentage when compared with the other haplotypes.     

Evaluation of 16 loci to examine the cross‐species utility of single nucleotide polymorphism arrays

Large collections of single nucleotide polymorphisms (SNPs) have recently been identified from a number of livestock genomes. This raises the possibility that SNP arrays might be useful for analysis in related species for which few genetic markers are currently available. To address the likely success of such an approach, the aim of this study was to examine the threshold number and position of flanking mutations which act to prevent genotype calls being produced. Sequence diversity was measured across 16 loci containing SNPs known either to work successfully between species or fail between species. In pairwise comparisons between domestic and wild sheep, sequence divergence surrounding working SNP assays was significantly lower than that surrounding non‐functional assays. In addition, the location of flanking mismatches tended to be closer to the target SNP in loci that failed to generate genotype calls across species. The magnitude of sequence divergence observed for both working and non‐functional assays was compared with the divergence separating domestic sheep from European Mouflon, African Barbary, goat and cattle. The results suggest that the utility of SNP arrays for analysis of shared polymorphism will be restricted to closely related pairs of species. Analysis across more divergent species will, however, be successful for other objectives, such as the identification of the ancestral state of SNPs.     

单核苷酸多态性及其在水稻中的应用(综述)

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指基因组的DNA由于单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。本文介绍SNP的检测方法及其在水稻中的研究进展和应用。     

DNA条形码技术在青海海东地区小型兽类鉴定中的应用

为弥补传统形态分类方法的不足,探究应用DNA条形码技术进行分子生物学鉴定的可行性,本研究用DNA条形码技术检测了青海省海东地区3目6科14属18种110只小型兽类的COI基因部分序列。分析所测COI基因序列可知:种内遗传距离≤3%,种间遗传距离5-10%,属间遗传距离12-19%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。NJ树显示同种个体聚为有很高支持度的单一分支。有6个个体(4只黄胸鼠、2只小家鼠)在现场鉴定中被误定为其他种类。研究结果表明使用条形码技术能纠正形态学鉴定中的错误,也说明动物线粒体COI基因是一个有效的DNA条形码标准基因。     

NIDDM新候选基因KCNA7的cSNP在东北人群中的分布及意义

为研究NIDDM新候选基因KCNA7的cSNP在东北人群中的分布及意义,本实验采用PCR-RFLP技术检测了97例NIDDM患者、141例健康对照者KCNA7基因418M（C/T）多态;并利用SSCP技术筛查了该位点附近其他未知SNP。发现CNA7 基因T418M（C/T）基因型频率在正常人群中分布符合Hardy-Weinberg平衡,基因频率和基因型频率在NIDDM组和正常对照组中分布无显著性差异（P＞0.05）;NIDDM组和正常对照组中各基因型间临床生化指标无显著性差异;该位点附近尚未发现其他SNP。结果提示,T418M（C/T）仅为KCNA7基因多态性标志,但不排除KCNA7基因其余结构变异与NIDDM存在相关性的可能。     

PON基因簇序列变异筛查研究

摘要：系统筛查PON1、PON2及PON3基因编码、剪接及侧翼序列,以期发现所有潜在功能多态基因座,为进一步探讨PON基因家族与心血管疾病的关系做准备。随机选择48例冠心病患者作为筛查对象, 以PCR产物直接测序检测DNA序列变异。扩增片断涵盖整个外显子, 其两侧部分内含子区域及5’和3’侧翼序列。（1）13.9kb测序范围内共发现31个多态性基因座,均为单核甘酸多态（SNP）,其中17个SNP为首次报道。（2）国人中SNP构成和等位基因频率与高加索人群存在显著差异。（3）一个基因内部两个或多个多态性基因座间存在完全或近乎完全连锁不平衡相当常见。中国汉族人群中PON基因簇多个潜在功能多态基因座的识别及这些基因座间的强连锁不平衡状态,为在国人中探讨PON基因簇与心血管疾病关系提供了重要的基础数据。     

鸡瘦蛋白受体(OBR)基因外显子9单核苷酸多态性分析

瘦蛋白受体属于Ⅰ类细胞因子超家族受体,其在瘦蛋白的信号转导中起着关键的作用。本研究根据瘦蛋白受体基因外显子9的序列设计引物,用PCR-SSCP的方法对高脂系（fatness line,FL）、低脂系(leanness line,LL)、北京油鸡、白耳鸡、石歧杂、矮小黄鸡、小型黄鸡、惠阳胡须鸡、隐性白羽鸡和海兰蛋鸡等品种（系）进行了单核苷酸多态性分析,并检测到了多态性。对两种纯合子片段克隆和测序,结果表明在编码区的1167位碱基发生了突变,由C突变为A,但是编码的氨基酸并没有发生改变。经独立性检验,基因型频率和基因频率分布与品种有关,北京油鸡的AA基因型频率显著高于其他品种;高脂系中A基因频率显著高于低脂系。Abstract:Leptin receptor is a type I cytokine super family member and plays an important role in leptin functioning signal transduction.This study was designed to investigate the single nucleotide polymorphism (SNP) of OBR gene in various breeds,including Fatness Line (FL),Leanness Line (LL),Beijing Youji,Baierji,Shiqiza,Dwarf Yellow Chickens,Mini Yellow Chickens,Huiyang Huxuji,Recessive White Chickens and Hyline Layer.The primers for exon 9 in OBR gene were designed from the database of chicken genomic sequence and the SNPs were detected by PCR-SSCP method.One SNP (C/A at 1167 in cds) was found among individuals within all breeds.However,the amino acid was not changed because it was a silence mutantion.The result of population genetics analyses showed that the frequency of AA genotype in Beijing Youji was significantly higher than that in other lines.Also,the frequency of A allele in FL was significantly higher than that in LL.     

一个新硝基还原酶基因NOR1编码区单核苷酸多态及与鼻咽癌的关联分析

NOR1基因是中南大学湘雅医学院肿瘤研究所克隆的一个鼻咽癌表达下调新基因,生物信息学预测NOR1基因含有硝基还原酶结构域,该基因可能参与亚硝胺类化学致癌物在体内的代谢过程,从而与鼻咽癌的发生密切相关.通过采用病例-对照的研究方法,利用测序技术对144名鼻咽癌患者和匹配的144名正常人NOR1基因编码区单核苷酸多态(coding region single nucleotide polymorphisms, cSNPs)进行基因分型,关联分析结果显示所检测到的两个cSNPs之间存在连锁不平衡,且均与鼻咽癌发病相关,两个cSNPs及它们所组成的单倍型相对危险度分别为1.36、1.64和1.37.两个cSNPs的多态性改变均使NOR1基因编码蛋白一级结构发生了变化,这种改变可能影响NOR1基因编码蛋白的结构和功能.研究进一步支持了NOR1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切的关系.     

鸭生长激素基因内含子2、3多态性分析

根据鸭生长激素基因内含子2、3的序列设计5对引物,利用PCR-SSCP方法对北京鸭、西湖野鸭、金定鸭、山麻鸭、荆江鸭、绍兴鸭等6个鸭品种进行了单核苷酸多态性分析, 并检测其多态性。结果共发现8个突变位点, 其中内含子2有7个: 2593处C-T, 2770处G-A, 2813处T-A, 2829处C-A, 2894处C-T, 2896处T-C,3100处C-G; 内含子3有1个: 3270处A-G。统计结果显示, 这8个变异位点的基因型频率分布与品种有关, 在这些基因座的变异水平上, 北京鸭和绍兴鸭表现出了相当的品种保守性, 本研究所检测到的这些基因座可能与鸭的生产性能有关。     

青海省6种裂腹鱼COI基因作为DNA条形码的适用性初探

青海省裂腹鱼鱼类至少有20种,占土著鱼类的40%以上,具有重要的生态价值。由于生态环境的恶化和人为因素的干扰,很多物种群已濒临灭绝。快速和准确的物种鉴定对于这些物种的保护至关重要,而基于形态学的传统分类法很难满足这一需求。因此,本研究通过DNA条形码技术初步探讨了在青海省裂腹鱼物种鉴定中的适用性。本研究中,测序获得了青海26尾裂腹鱼(6个物种)的细胞色素c氧化酶亚基I (COI)基因,并经GenBank数据库进行比对;基于K2P模型分析COI序列变异;运用贝叶斯法(BI)和最大似然法(ML)构建系统发育树。结果显示,6种裂腹鱼COI序列检测得到15个单倍型,且各物种间无共享的单倍型。基于K2P模型,最大种内遗传距离和最小种间遗传距离分别为(0.621±0.297)%和(2.792±0.644)%。种间平均遗传距离为(12.205±1.307)%,约为种内平均遗传距离((0.327±0.162)%)的37倍,表明各物种的COI序列间已经形成明显"条形码间隙"。AMOVA分析显示,遗传变异主要来自种间,约占97.05%;FST=0.970 54,p<0.01,说明各物种间分化程度极高。此外,基于BI和ML方法构建的系统树具有一致的拓扑结构,分辨率较高;各物种均单独聚为一个发育枝,拓扑结构合理。以上结果表明,COI基因作为DNA条形码在青海裂腹鱼物种鉴定中具有较高的适用性。     

亚甲基四氢叶酸还原酶(C677/T)基因的单核苷酸多态性

亚甲基四氢叶酸还原酶(methylene tetrahydrofolatucte redase,MTHFR)是叶酸代谢过程中的关键酶,对叶酸和同型半胱氨酸的代谢以及DNA的合成、修复与甲基化均有重要作用。MTHFR基因变异导致酶热稳定性及活性降低,引起相关代谢及DNA甲基化异常,进而发生相关疾病。MTHFR具有多种变异型,本文对其中常见的一种C677T的多态性及其与疾病的相关性的研究进展做一综述。     

猪Mu阿片受体基因单核苷酸多态性分析

Mu阿片受体（简称MOR）属于G蛋白藕联受体,分布在痛觉传导区,以及与情绪和行为有关的区域,影响动物的神经反应和行为表现。该研究以长白猪、大白猪和杜洛克猪为试验材料, 用8对引物对Mu阿片受体基因的5′ UTR区域、整个编码区和3′ UTR区域用PCR-SSCP方法进行了扫描,发现5处突变基因座（GenBank登录号：AF521309）。统计结果发现基因型频率分布与品种有关,大白猪突变基因型频率显著高于长白和杜洛克,本研究推测分布上的差异可能是由于长期的选择压力造成的。Abstract:Mu opioid receptor (MOR) is a member of G protein-coupled receptor family,distributed in the pain transduction region in the brain and related to emotion and behaviour.This study was designed to investigate the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) of Mu opioid receptor gene in various breeds,including duroc,landrace and Yorkshire.5′ UTR ( untranslate region),coding region and 3′ UTR of Mu opioid receptor gene were amplified by eight pairs of primers,and the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) were detected by SSCP.Five polymorphisms were found (Genebank Accession number:AF521309).The results of χ2 test showed that the frequencies of genotypes in different breeds were significantly different (P＜0.01).The frequencies of mutation genotypes in Yorkshire were significantly higher than Duroc and Landrace.According to the above results,we can speculate the difference of the frequencies of genotypes may be the results of long term choice pressure.     

猪Kappa阿片受体基因外显子部分序列单核苷酸多态性分析

应用PCR SSCP的方法对大白猪、长白猪和杜洛克猪的Kappa阿片受体 (Kappaopioidreceptor,简称KOR)基因进行单核苷酸多态性检测和分析 ,研究Kappa阿片受体基因作为候选基因 ,影响母猪行为规癖性状的可能性。根据Kappa阿片受体基因外显子的部分序列设计 3对引物 ,发现F1/R1引物对扩增的片段有多态性。对两种纯合子片段克隆并测序表明 ,mRNA第 10 5处有一C→T的单碱基突变 ,为沉默突变。统计结果发现 ,3种基因型 (AA、AB、BB)在各品种中的分布不一致 ,χ2 独立性检验差异极显著 (P <0 0 1)。将 3种基因型同行为规癖性状进行统计分析 ,结果表明BB基因型与其他两种基因型相比表现较高的静止站立行为 ,同AA和AB型比较差异极显著 (P<0 0 1) ,其他 4种行为性状基因型间差异不显著。因此 ,推测Kappa阿片受体基因SNP对母猪静止站立行为性状存在一定的影响     

猪Mu阿片受体基因外显子Ⅲ单核苷酸多态性

行为规癖 (古板行为 )是母猪一种常见的异常行为 ,表现为重复、不变化的行为模式 ,并且不带有明显的目的性。Mu阿片受体 (Muopioidreceptor,简称MOR)属于G蛋白偶联受体 ,分布在痛觉传导区以及与情绪和行为有关的区域 ,影响动物的神经反应和行为表现。本研究以Mu阿片受体基因作为候选基因 ,探讨影响母猪规癖性状的可能性。根据Mu阿片受体基因外显子Ⅲ的序列设计引物 ,用PCR -SSCP的方法对大白猪、长白猪和杜洛克猪进行单核苷酸多态性分析 ,发现该位点存在多态性。对两种纯合子片段克隆并测序表明 ,mRNA第 1169处存在C→T的单碱基突变 ,在第 12 2 6处存在C→A的单碱基突变 ,均为沉默突变。统计结果发现 3种基因型 (AA ,AB ,BB)在各品种中的分布不一致 ,χ2 独立性检验差异极显著 (P <0 0 1)。将大白猪 3种基因型同行为规癖性状进行最小二乘分析 ,结果表明 ,BB基因型与其他 2种基因型相比有较高的无食咀嚼表现频率 ,同AA型比较差异极显著 (P <0 0 1) ,咬栏和站立基因型间差异不显著。因此 ,推测Mu阿片受体基因可能是影响母猪无食咀嚼性状的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁     

不同品种猪肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性分析

用PCR-RFLPs和PCR-SSCP分析方法,对\"双肌臀”大白猪、大白猪、长白猪、杜洛克、汉普夏、皮特兰、二花脸、东北民猪、湖北白猪和部分杂交猪等不同品种猪肌肉生长抑制素基因3＇编码区、5＇调控区及内含子1区3个单核苷酸多态性位点(SNPs)进行了分析.结果表明,3＇编码区的SNP发生的频率较低,在274头猪中未检出突变纯合体.对5＇调控区的SNP,引进猪种(大白猪、长白猪、杜洛克、汉普夏和皮特兰)及其杂交猪以等位基因T为主,二花脸和湖北白猪则以等位基因A为主,均偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.01).东北民猪的3种基因型近乎相等,处于Hardy-Weinberg衡状态.对内含子1区的SNP,大白猪及其与长白猪的杂交猪等位基因G占优势,二花脸和湖北白猪则以等位基因A为主,均偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.01);东北民猪和大二猪的等位基因G和A近乎相等,处于Hardy-Weinberg平衡状态.\"双肌臀”大白猪在5＇调控区和内含子1区这两个位点的A等位基因稍高于普通大白猪.5＇调控区和内含子1区SNPs所产生的等位基因表现出连锁遗传现象.