野生五唇兰根部内生真菌多样性研究

兰科植物根部的内生真菌在兰科植物的整个生活史中起着重要的作用, 为了解不同生境不同类型的兰科植物内生真菌菌群的多样性, 作者于2004年7月至2005年10月, 以海南岛霸王岭自然保护区内的野生五唇兰(Doritis pulcherrima)作为实验材料, 对不同生境、不同形态的五唇兰植株根部的内生真菌群落多样性进行了研究。从附生于石上及生于杂木林或灌丛中、叶背绿色及叶背紫红色的五唇兰植株新鲜营养根段中共分离出83株内生真菌, 鉴定为19个属, 其中包括培养基筛选实验中分离出的30株14属。镰刀菌属(Fusarium)(24.1%)和丝核菌属 (Rhizocto-nia)(14.5%)为优势属。两种叶色的五唇兰内生真菌群落丰富度较为一致; 而两种不同生境中的五唇兰内生真菌群落丰富度则表现出较大的差异: 附生于灌木的五唇兰内生真菌群落Shannon多样性指数远高于附生岩石的。研究结果表明五唇兰内生真菌多样性更多地受生境的影响而不是受植株形态类型的影响。     

蕙兰根部内生细菌多样性及季节动态变化

为了研究蕙兰（Cymbidium faberi）根部内生细菌群落结构在不同季节里的变化,于不同季节从蕙兰根部分离出内生细菌207株,采用核糖体DNA扩增片段限制性分析（ARDRA）研究了蕙兰根部内生细菌群落组成的季节动态变化。将内生细菌纯培养物扩增近全长的16SrDNA,并用ARDRA对所分离的菌株进行分型,根据酶切图谱的差异,将其分成25个ARDRA型,并选取代表性菌株进行16SrDNA序列测定。结果表明,分离出来的内生细菌分为9个属,包括芽孢杆菌属（Bacillus）、伯克氏属（Burkholderia）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、假单胞属（Pseudomonas）、微杆菌属（Microbacterium）、根瘤菌属（Rhizobium）、Lysinibacillus、Cohnella和短杆菌属（Bre—vibacterium）,其中优势种群为Bacillus,次优势种群为Paenibacillus和Burkholderia。秋季分离出的内生细菌种类最多,夏季分离出的种类最少。在不同季节蕙兰内生细菌群落结构差异极显著（P〈O．001）,但在不同季节里蕙兰根部内生细菌优势种群没有差异。     

宁夏荒漠草原小叶锦鸡儿可培养内生细菌多样性及其分布特征

对宁夏荒漠草原小叶锦鸡儿各部分组织中可培养内生细菌的遗传多样性和分布特征进行了分析,并对菌株的耐盐性、耐酸碱性和生长温度范围进行了测定。结果表明:各部分组织中内生细菌的数量和群落组成存在明显差异,根部细菌种群密度最大,分离数量最多,叶部次之,茎部和种子数量最少。78株分离菌株经16S rDNA-RFLP分析共产生9种遗传图谱类型,16SrDNA序列分析表明供试菌株分别归属于芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属、假单胞菌属、贪铜菌属、罗尔斯顿菌属和中华根瘤菌属,与其它植物相比多样性较为单一;芽孢杆菌属是小叶锦鸡儿的优势内生菌群(占87.2%),分布于所有组织中。菌株的抗逆能力较强,多数菌株可耐受6%的NaCl,能在pH值5.0—10.0及45℃的条件下生长,3株芽孢杆菌属细菌具有较强的耐盐、耐酸碱、耐高温性能。     

黄瓜初花期与结瓜期叶片可培养内生细菌多样性研究

【目的】研究黄瓜初花和结瓜两个生长期叶片可培养内生细菌的多样性。【方法】采用叶片表面消毒、菌种分离、16S rDNA序列扩增和系统发育分析进行了系统研究。【结果】两时期黄瓜内生细菌的种类、数量及优势菌的种类都有明显差异。初花期叶片含菌量为(2.6±0.18)106CFU/g鲜重,分离出的38株内生细菌分别属于短小杆菌属(Curtobacterium sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、微杆菌属(Microbacterium sp.)等14个已知属,其中优势种类为短小杆菌属菌株;结瓜期叶片含菌量为(5.2±0.42)105CFU/g鲜重,分离出的43株内生菌分别属于泛菌属(Pantoea sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)等11个已知属,其中优势种类为泛菌属菌株。【结论】初花期内生菌含量是结瓜期的5倍,两时期内生菌的种类表现出很强的差异,体现出黄瓜不同生育期可培养内生菌数量和种类的多样性,相关研究为黄瓜促生内生细菌的理论探索和生产应用提供一定的研究基础。     

两种不同生境中国沙棘种子内生细菌的多样性

植物内生菌广泛分布于植物的各种组织及器官中,对植物的生长表现出各种作用,而植物种子中的内生菌对植物的作用也越来越受到人们的关注。以榆中县和秦安县两种不同生境的中国沙棘种子为材料,分析中国沙棘种子内生细菌多样性,以期探究生境对种子内生菌多样性的影响,并为进一步研究种子内生菌与沙棘的相互作用提供依据。研究利用纯培养方法和高通量测序方法分别进行中国沙棘种子内生细菌多样性分析。对纯培养分离得到的内生细菌,利用16S rRNA基因序列分析法结合形态学特征进行内生细菌的鉴定;对高通量测序得到的数据进行基于OTUs(Operational Taxonomic units,可操作分类单元)的物种注释分析。通过纯培养方法从榆中县中国沙棘种子中分离得到4株内生细菌,分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)和假单胞菌属(Pseudomonas);秦安县中国沙棘种子中分离得到5株内生细菌,分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)和不动杆菌属(Acinetobacter)。采用高通量测序方法检测到榆中县中国沙棘种子内生细菌分属于7个...     

濒危药用植物掌裂兰根部内生真菌和根际土真菌多样性分析

【背景】植物内生真菌对宿主植物促生长、抗旱和增强抗病能力等方面有着重大的研究和利用价值,尤其对兰科植物的生长起到重要的作用。【目的】通过对掌裂兰根部内生真菌和根际土真菌多样性进行系统分析,掌握掌裂兰根部内生真菌与根际土真菌群落结构,为进一步探究掌裂兰植物与真菌共生规律提供参考。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析掌裂兰根部内生真菌和根际土真菌多样性。【结果】掌裂兰根部内生真菌隶属于7门89属,优势菌属为瘤菌根菌属(Epulorhiza)(16.93%)、头梗霉属(Cephaliophora)(10.41%)、酵母属(Saccharomyces)(5.73%)、角担菌属(Ceratobasidium)(5.32%)和镰刀菌属(Fusarium)(5.12%),其中Epulorhiza和Ceratobasidium为兰科植物菌根真菌;根际土真菌隶属于11门269属,优势菌属为镰刀菌属(Fusarium)(8.09%)、丛赤壳属(Neonectria)(6.79%)、Plectosphaerella (3.39%)和被孢霉属(Mortierella)(3.01%)。通过...     

管叶槽舌兰新鲜及硅胶干燥根样内生菌多样性研究

管叶槽舌兰(Holcoglossum kimballianum)是一种珍稀濒危兰科植物,其野生种群亟需保护。内生菌对兰科植物的生长发育至关重要,为评估管叶槽舌兰内生菌的多样性、分析采样方式对其内生菌的影响,该文采用高通量测序技术对迁地保育状态下新鲜与硅胶干燥的管叶槽舌兰根内生菌进行研究。结果表明:(1)新鲜及干燥管叶槽舌兰根内生菌物种组成明显不同,管叶槽舌兰内生真菌注释到6门46科51属,内生细菌注释到15门105科178属; 干燥后管叶槽舌兰根内生真菌注释到6门88科116属,内生细菌注释到21门154科336属。(2)迁地保育状态的管叶槽舌兰根样内生菌具有丰富的多样性,并且内生细菌群落丰富度和多样性远比内生真菌群落高; 经硅胶干燥后,内生真菌α多样性指数升高、β多样性指数降低,而内生细菌的α多样性指数降低、β多样性指数则升高。(3)差异显著性真菌黄盖小脆柄菇(Psathyrella candolleana)和刺盘孢属(Colletotrichum)的C. tofieldiae只存在于新鲜根样中,新鲜管叶槽舌兰差异显著性细菌是马赛菌属(Massilia),干燥根样中差异显著性细菌类群包括拜叶林克氏菌科(Beijerinckiaceae)、黄色杆菌科(Xanthobacteraceae)及慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)。(4)共发生网络分析显示,经干燥后管叶槽舌兰根样内生菌群落中占互作主导地位的优势物种和互作模式都发生了改变。综上认为,不同采样处理会影响管叶槽舌兰根内生菌的群落结构,在研究兰科植物根样内生菌时宜使用新鲜的根样。该研究结果为管叶槽舌兰野生种群保护及人工栽培提供了内生菌数据基础,也为兰科植物内生微生物采样方法提供了参考。     

四川松茸内生细菌群落结构与多样性

为了解松茸的内生细菌群落结构与多样性,以采自四川7个松茸主产区的14个松茸样品为材料,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析其内生细菌的群落结构与多样性差异.结果表明： 各个产区松茸样品的内生细菌群落结构与多样性存在明显差异.但采自相近地点、相似环境的松茸样品内生细菌群落结构相似性较高;样品的丰度范围为15～25,多样性指数依次为盐源＞冕宁＞会东＞木里＞雅江＞盐边＞小金;条带回收测序构建的系统发育树显示,松茸内生细菌种群丰富,各个产区松茸优势种群存在一定的差异,但假单胞菌属、爱文菌属、芽孢杆菌属在所有样品中均有分布,而且都占据一定的优势地位.产碱杆菌属与鞘氨醇杆菌属在大部分样品中为优势种群;而杜擀氏菌属、赖氨酸芽孢杆菌属在特定样品中为优势种群.表明松茸内生细菌具有丰富的多样性,研究结果可为筛选促进松茸生长的内生菌提供依据.     

三倍体毛白杨不同组织内生细菌多样性分析

【背景】三倍体毛白杨非常适合黄河区域生态经济发展,是我国林业推广项目的重要树种。内生细菌在三倍体毛白杨不同组织中广泛存在,对三倍体毛白杨具有防病、促生、固氮和生物修复等生物学作用。【目的】通过分析三倍体毛白杨不同组织内生细菌多样性,可以充分挖掘其蕴含的丰富微生物资源。【方法】以北京林业大学山东冠县毛白杨基地的三倍体毛白杨为材料,应用16S rRNA基因高通量测序技术对其根、茎、叶中内生细菌多样性进行了分析,阐述三倍体毛白杨不同组织内生细菌多样性的变化趋势和规律,为其内生细菌的进一步应用奠定理论基础。【结果】三倍体毛白杨根部内生细菌群落丰富度及多样性最高,叶片中最低。高通量测序结果显示,在全部样本中,假单胞菌门和放线菌门为优势门,伯克氏菌属(Burkholderia)、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)和食酸菌属(Acidovorax)为优势属,不同组织的内生细菌群落结构组成差异显著;16S rRNA基因功能预测结果显示,三倍体毛白杨内生细菌的功能主要涉及氨基酸代谢、维生素代谢、芳香族化合物降解和糖酵解等。通过分离培养共获得217株内生细菌,分属于23个属44个种,其中有4株1...     

流苏石斛根部内生真菌多样性研究

以广西雅长兰科植物自然保护区和贵州兴义温室的野生流苏石斛(Dendrobium fimbiratum)为试验材料, 利用本研究小组改进的兰科植物根部内生真菌分离法, 结合形态学和分子生物学方法对分离到的真菌进行了鉴定。结果 :从两种生境的流苏石斛根中共分离出内生真菌 28 株, 鉴定为 3 门 6 纲 9 目 10 科 11 属 17 种 , 其中镰刀菌属 Fusarium(25.00%)、胶膜菌属 Tulasnella(17.86%)、毛壳菌属 Chaetomium(14.29%)及拟盘多毛孢属 Pestalotiopsis(10.71%)为分离的优势菌群。两种生境及同生境下不同附生型的流苏石斛根部内生真菌的组成和多样性均存在差异, 大部分内生真菌种类具有特定的地理分布特性, 广西雅长内生真菌 Shannon-Wiener 多样性指数达 1.700 8, 贵州兴义仅为 0.853 0。对比雅长保护区内树附生和石附生的流苏石斛, 树附生型 Shannon-Wiener 多样性指数为 1.482 9, 石附生型为 1.140 1 。推测流苏石斛根部内生真菌多样性可能受生境和附生型的影响。     

亚洲韧皮杆菌兼性厌氧型伴生细菌鉴定及优势菌群分析

以定向分离培养和基于16S rDNA的PCR-DGGE (Denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)方法, 分析感黄龙病柑橘与健康柑橘植株不同部位的内生细菌多样性, 分离柑橘组织共获得19株可培养的兼性厌氧型内生细菌, 经形态、生理生化结合16S rDNA分子方法鉴定其隶属于12个属, 其中短小杆菌属Curtobacterium sp. (IF: 29.07%)、芽孢杆菌属Bacillus sp. (IF: 23.12%)和微杆菌属Microbacterium sp. (IF: 21.09%)为罹病植株的优势菌群, 芽孢杆菌属Bacillus sp. (IF: 21.03%)、动性球菌属Planococcus sp. (IF: 20.69%)和假单胞菌属Pseudomonas sp. (IF: 17.44%)为无症健株的优势菌群。对DGGE方法得到的50条16S rDNA目标条带进行序列比对, 共鉴定出9个属的细菌, 结果表明沙雷氏菌属Serrations sp. (IF: 28%)是优势菌属, 泛菌属Pantoea sp. (IF: 14%)是次优势菌属; 病果桔络中黄龙病菌含量最高(>1%), 而罹病植株其他部位的黄龙病菌丰度较低。PCR-DGGE 图谱也显示感病和健康柑橘组织的内生细菌存在差异。     

Bacteria associated with orchid roots and microbial production of auxin

Associative bacteria of terrestrial (Paphiopedilum appletonianum) and epiphytic (Pholidota articulata) tropical orchids were investigated. Microbial community of epiphytic plant differed from that of the terrestrial one. Streptomyces, Bacillus, Pseudomonas, Burkholderia, Erwinia and Nocardia strains populated Paphiopedilum roots, whereas Pseudomonas, Flavobacterium, Stenotrophomonas, Pantoea, Chryseobacterium, Bacillus, Agrobacterium, Erwinia, Burkholderia and Paracoccus strains colonized Pholidota roots. Endophytic bacteria populations were represented with less diversity: Streptomyces, Bacillus, Erwinia and Pseudomonas genera were isolated from P. appletonianum, and Pseudomonas, Bacillus, and Flavobacterium genera were isolated from Ph. articulata. Microorganisms produced indole-3-acetic acid (IAA). Variations in its biosynthesis among the strains of the same genus were also observed. The highest auxin level was detected during the stationary growth phase. Biological activity of microbial IAA was proved by treatment of kidney bean cuttings with bacterial supernatants, revealing considerable stimulation of root formation and growth.     

Variability and interactions between endophytic bacteria and fungi isolated from leaf tissues of citrus rootstocks

Fungi and bacteria were isolated from surface disinfected leaf tissues of several citrus rootstocks. The principal bacterial species isolated were Alcaligenes sp., Bacillus spp. (including B. cereus, B. lentus, B. megaterium, B. pumilus, and B. subtilis), Burkholderia cepacia, Curtobacterium flaccumfaciens, Enterobacter cloacae, Methylobacterium extorquens, and Pantoea agglomerans, with P. agglomerans and B. pumilus being the most frequently isolated species. The most abundant fungal species were Colletotrichum gloeosporioides, Guignardia citricarpa, and Cladosporium sp. Genetic variability between 36 endophytic bacterial isolates was analysed by the random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique, which indicated that B. pumilus isolates were more diverse than P. agglomerans isolates, although genetic diversity was not related to the host plants. In vitro interaction studies between G. citricarpa isolates and the most frequently isolated endophytic bacteria showed that metabolites secreted by G. citricarpa have an inhibitory growth effect on some Bacillus species, and a stimulatory growth effect on P. agglomerans.     

蕙兰根内可培养细菌的物种多样性

以MS基本培养基添加蕙兰菌根浸出液制成的培养基进行分离培养的方法,从野生蕙兰（Cymbidium faberi）根部首次分离到内生细菌。经过分离纯化培养获得纯菌株27株。经过16S rDNA基因序列测序,并与GenBank数据比对,其相似性均在98%以上,分析鉴定结果表明,存活的22株菌可分为8属14种。分别隶属于伯克氏菌属（Burkholderia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、芽胞杆菌属（Bacillus）、Leifsonia属、贪食菌属（Variovorax）、欧文氏菌属（Erwinia）、Duganella属和不动杆菌属（Acinetobacter）。对这些菌株进行分离培养及鉴定有助于理解兰花与微生物之间的相互作用关系,为开发利用这些微生物开辟新的思路。     

小麦土霉素抗性内生细菌分离、鉴定及分布

研究通过培养的方法研究了小麦根际土壤、根、茎、叶各部位的土霉素抗性内生菌数量、种类和分布特征.结果表明,小麦内生菌数目在1×104cfu g-1～1.95×106 cfu g-1 之间,土霉素抗性内生菌数目介于6.9×103cfu g-1和5.67×105 cfu g-1,从中分离出22株土霉素抗性内生菌,包括15株G+和7株G-,经16s rRNA基因序列分析,它们与Bacillaceae,Alphaproteobacteria 和Gammaproteobacteria 三大类微生物聚在一起,其中Bacillaceae类细菌最多,占59.1%.土霉素抗性的Bacillus licheniformis在小麦根际土壤、根、茎等器官中都分离得到表明该抗性菌种在小麦内生系统中具有较高的传播性;具有土霉素抗性的人类机会致病菌Bacillus cereus和Stenotrophomonas属的细菌在小麦的根际土壤、根以及叶子中也均分离到,但是在小麦种子中没有分离到任何土霉素抗性的内生菌.     

大麻沤麻液细菌种群多样性

从分子水平分析大麻沤麻液中细菌种类及其优势菌群,为筛选出大麻微生物脱胶的生产菌种奠定基础。采用PCR-DGGE技术研究大麻沤麻液中细菌种群的多样性及动态变化,使用Gel-Pro Analyzer 4.5软件分析DGGE指纹图谱,并对优势条带进行分析。结果表明:从发酵初期过渡到主发酵期细菌种群多样性上升,群落演替迅速,从主发酵期进入到发酵末期,细菌种群多样性下降,群落演替缓慢;在整个发酵过程中,细菌种群多样性指数在发酵中期(72h)达到高峰,说明发酵中期细菌种群数量、优势菌群种类达到了最高值,发酵初期和末期以不可培养细菌为主,主发酵期以成团泛菌属为主。     

Microbial communities of printing paper machines

The microbial content of printing paper machines, running at a temperature of 45–50 °C and at pH 4·5–5, was studied. Bacteria were prevalent colonizers of the machine wet end and the raw materials. A total of 390 strains of aerobic bacteria were isolated and 86% of these were identified to genus and species by biochemical, chemotaxonomic and phylogenetic methods. The most common bacteria found at the machine wet end were Bacillus coagulans and other Bacillus species, Burkholderia cepacia , Ralstonia pickettii , and in pink slimes, accumulating in the wire area and press section, species of Deinococcus, Aureobacterium and Brevibacterium . Paper-making chemicals also contained species of Aureobacterium , B. cereus , B. licheniformis , B. sphaericus , Bordetella, Hydrogenophaga , Klebsiella pneumoniae , Pantoea agglomerans , Pseudomonas stutzeri , Staphylococcus and sometimes other enteric bacteria, but these did not colonize the process water. Yeasts and moulds were not present in significant numbers . A total of 131 strains were tested for their potential to degrade paper-making raw materials; 91 strains were found to have degradative activity, mainly species of Burkholderia and Ralstonia , Sphingomonas and Bacillus , and enterobacteria produced enzymes which degraded paper-making chemicals. Stainless steel adhering strains occurred in slimes and wire water and were identified as Burkholderia cepacia , B. coagulans and Deinococcus geothermalis . Coloured slimes were formed on the machine by species of Deinococcus , Acinetobacter and Methylobacterium (pink), Aureobacterium , Pantoea and Ralstonia (yellowish) and Microbulbifer -related strains (brown). The impact of the strains and species found in the printing paper machine community on the technical quality of paper, machine operation, and as a potential biohazard (Hazard Group 2 bacteria), is discussed.     

橘小实蝇成虫肠道可培养细菌群落结构分析

【目的】研究橘小实蝇(Bactrocera dorsalis) 3个种群(实验室正常喂养种群、实验室无菌糖水喂养种群和野生种群)成虫肠道可培养细菌的群落结构组成。【方法】利用16S rRNA基因的聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析技术,结合菌落形态观察和生理生化特征鉴定细菌种类。【结果】从橘小实蝇3个种群成虫肠道600株可培养细菌得到53种不同细菌遗传型,分属于肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)和芽孢杆菌科(Bacillaceae)等3个科。其中肠杆菌科是肠道可培养细菌最优势的细菌种类。同样以序列相似性大于97%的菌株归为相同的细菌种类为标准,找到了橘小实蝇3个种群可培养细菌的共有菌种,结合菌落形态观察和生理生化特征鉴定,确定共有菌种为肠杆菌属5株,克雷伯氏菌属2株,柠檬酸杆菌属1株,泛菌属1株,肠球菌属2株,以及芽孢杆菌属4株。【结论】通过研究橘小实蝇成虫肠道可培养细菌群落结构组成,可为探讨肠道菌群对寄主的生理功能和生态学意义奠定基础,最终为利用微生物防治此类害虫提供新思路。     

广西三种真红树植物可培养细菌多样性及其生物活性初筛

为了挖掘真红树植物潜在细菌新物种和生物活性物质,丰富红树林微生物多样性,为新型活性产物开发提供菌株资源。该文从秋茄、木榄和红海榄三种广西来源的真红树植物及其生境中,按根、茎、叶、花、果实和泥土分成22份样品,选用8种不同培养基分离可培养细菌,通过16S rRNA基因序列鉴定,分析其多样性,采用纸片法筛选细菌发酵粗提物的抑菌活性,点植法测试其酶活性。结果表明：(1)共分离获得可培养细菌35株,隶属于23个科28个属,芽孢杆菌属占细菌总数的14.3%,为优势菌属,同时发现11株潜在的新细菌资源。(2)活性筛选获得4株细菌具有抑菌活性,16株细菌具有酶活性,芽孢杆菌属是酶活性优势菌属。综上所述,广西真红树植物可培养细菌多样性丰富,部分细菌具有抑菌活性和酶活性,在新型抗生素和酶应用方面具有一定的开发潜力。