基于细胞色素b基因序列的东亚鳜类系统发育关系

鳜类为东亚特有类群。为验证东亚鳜类的单系起源,解决其分类划分的争议,本文采用特异性引物PCR扩增法获得了鳜类中鳜、大眼鳜、斑鳜、暗鳜、波纹鳜、长体鳜细胞色素b基因的全长序列,结合GenBank中日本少鳞鳜、朝鲜少鳞鳜和中国少鳞鳜的序列,初步构建了东亚鳜类种间的系统发育关系。NJ树和MP树均一致表明,鳜类为单系类群,可分为两支:鳜鱼群和少鳞鳜群。长体鳜未单独成群,而与鳜鱼属聚为一支,不支持将长体鳜单独设属,而应归入鳜鱼属。鳜鱼群中,MP树推测的长体鳜、暗鳜较为原始,鳜、大眼鳜、斑鳜和波纹鳜为特化种类的系统关系假设与其形态、生态特征表型进化较为一致。少鳞鳜群中,中国少鳞鳜与朝鲜少鳞鳜为姐妹种,再与日本少鳞鳜构成姐妹群的系统关系与其地理分布格局较为一致。本研究结果可为深入探讨鳜类物种有效性、系统分类位置及生物地理学提供依据。     

蜂猴线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了蜂猴属（Nycticebus)1个蜂猴（N.coucang)和2个矮蜂猴（N,pygmaseus)个体的线粒体细胞色素b(cyt-b)基因全序列,比较现有的司猴科其他种序列,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,以指猴为外群重建了系统发育树,结果表明,在所研究的个体中,2个蜂猴物种碱基组成具有哺乳动物的共同特点,它们之间转换比（特别是密码子第3位）是颠换比的6倍多,大于其他种间比较;低的Ka/Ks值（＜0．1）,说明懒猴科cyt-b基因的异义突位点受到强的选择压力作用。由cyt-b基因构建的系统发育树符合懒猴科化石记录和形态学分类观点,根据化石记录和与分化时间有一定线性关系的第3位颠换和同义突变速率,估算蜂猴与倭蜂猴种间,蜂猴与蜂属间可能的分化时间分别为300和600万年。     

蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育

对中国产蝮亚科（Crotaline)亚洲蝮属（Gloydius)6种蛇（其中短属蝮取自两个不同地区）[短尾蝮Gloydius brevicaudus (Stejneger).黑眉蝮Gloydius saxatilis(Emelianov),蛇岛蝮Gloydius shedaoensis(Zhao),雪山蝮Gloydius strauchii(Bedriaga),高原蝮Gloydius strauchii monticola monticlal (Werner),乌苏里蝮Gloydius ussurriensis(Emelianov)]与竹叶青属竹叶青蛇Trimeresurus stejnegeri Schmidt共7种蛇8个个体测定了789bp或744bp线粒体细胞色素b基因序列,用MEGA1．02软件分析了其碱基组成及变异情况,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Dinodon semicarinatus序列为外群,用PAUP4．0b2软件构建最简约分子系统树,结果显示,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位,分布于东北地区的蛇岛蝮,乌苏里蝮,黑眉蝮与浙江与陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮,雪山蝮聚集形居的分枝组成姐妹群,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的雀形目18种鸟系统发育关系

采用线粒体细胞色素b(cytochrome b)基因,利用DNA测序的方法研究了雀形目18种鸟类的分子系统发育关系。通过序列分析比对,运用邻接法和最大似然法构建了雀形目18种鸟类的系统发育树,结果表明,燕雀类和类的分歧程度达到了科级水平,建议分别独立成科;长尾山雀可从山雀科中分离出来,单列成科;柳莺归入柳莺亚科(Phylloscopinae),树莺归入大苇莺亚科(Acrocephalinae)。Cytb基因的各主要分支中存在着相对恒定的分子钟,根据鸟类mtDNA的cytb进化速度大约是每百万年1.6%,得到18种鸟的科间分歧时间在10.5百万年左右,科内分歧在9.0百万年左右。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的虹雉属鸟类的系统发育关系

通过雉科虹雉属(Lophophorus)、角雉属(Tragopan)、勺鸡属(Pucrasia)和血雉属(Ithaginis)7种鸟类的细胞色素b(cyt b)基因序列比较,构建的虹雉属及其近缘属的分子系统树表明：①3种虹雉构成一个单系群(monophyletic group),虹雉属与角雉属、勺鸡属构成一个单系群;②虹雉属内分为白尾梢虹雉,以及棕尾虹雉和绿尾虹雉两个演化枝。综合分子系统学、地理分布格局和形态学的证据,推测虹雉属鸟类起源于中国的横断山脉,其中繁衍生活在原地的一枝演化为白尾梢虹雉;另一枝则分别进入喜马拉雅山区(西)和中国西南部(东),向西的演化为棕尾虹雉,向东的则为绿尾虹雉。     

在线粒体DNA细胞色素b基因序列水平上对鬣羚系统发育的研究

测定了鬣羚在中国的7个地方种群的线粒体DNA细胞色素b基因的419bp的片段序列,并分析了其序列差异,构建了分子系统进化树。结果表明：鬣羚各种群间的序列差异在0－14．31％,鬣羚种群最早在大约5．7百万年有共同的母系祖先,并且在中国最早可能是从青藏高原东南缘的区域开始演化的。随后向周围地区辐射扩散,日本鬣羚的分化时间大约在3．1百万年前,并且可能是从中国大陆迁移过去的。白玉和道孚的鬣羚种群（与其它种群的碱基替换率＞11．21％）,日本鬣养分种群（与其它种群的碱基替换率＞7．63％）,洛扎的鬣羚种群（与其它种群的碱基替换率＞4．05％）的分化估计已接近或达到亚种水平。鬣羚在中国至少存在3个进化显单元：A．白玉和道孚种群;B．洛扎种群;C．隆子,陕西,皖南和德格种群,建议将它们分开管理,避免杂交,以保存遗传分歧较大的类群及其进化潜力。     

从D环和细胞色素b基因序列探讨懒猴属的分子系统发育关系(英文)

本研究测定了懒猴属(Nycticebus)D环的部分序列和细胞色素b基因的全序列(1140bp),分析了该属物种之间的系统发育进化关系。在DNA水平上,序列分析结果一致地提供了新的分类学证据：支持Rataiszczak和Groves的观点,即N．intermedus只是N．pygmaeus的成体(Ratajszczak,1998;Groves,1971)。对两种序列的数据做了联合及个别分析,获得相似的系统树,支持懒猴属由两个单系群组成：第一群由N．pygmaeus聚成,第二群由N．coucang聚成。该结果也提供了新的分子遗传证据,支持懒猴属由N．coucang和N．pygmaeus两物种组成。     

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

测定了翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4％,G C约占46.6％。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7％;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36％,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79％。本研究为鳜类的系统发育,资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基本序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。     

短尾猴与红面猴细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了2个短尾猴和1个红面猴个体的线粒体细胞色素b基因全序列,与猕猴、食蟹猴和叟猴的序列合并比较,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,并以阿拉伯狒狒为外群,构建系统发生树。结果表明,短尾猴基因序列中A、T、G、C的含量分别为29.0%、25.5%、11.8%、33.6%,红面猴中A、T、G、C的含量分别为29.4%、24.3%、11.4%、34.9%,碱基组成具有哺乳动物的共同特点,短尾猴与红面猴序列间的同源性为90.1%。红面猴与食蟹猴之间的同义替换和异义替换值(Ks、Ka)以及Kimura双参数距离都要小于红面猴与短尾猴之间的差异值,在构建的系统发生树中,叟猴最早分化出来,红面猴并未与短尾猴聚为一支,而是与猕猴、食蟹猴聚在了一起。     

蝽科部分昆虫细胞色素b基因序列及其系统发育关系的探讨

以线粒体细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对蝽科蝽亚科3种、益蝽亚科2种、荔蝽亚科1种、盾蝽亚科2种昆虫进行序列测定,获得Cyt b基因432bp的序列片段,该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为31．3％、12．4％、37．6％和18．7％,A T平均含量为68．9％,明显高于G C含量(30．1％);密码子第三位点A T含量更高达82．7％。属和种间序列变异大,碱基替换多发生在第三位点。以筛豆龟蝽(Megacopta cribraria)为外群构建系统发育树,结合形态特征与序列变异率,赞同将盾蝽亚科、荔蝽亚科从蝽科划分出来并提升为科的观点,它们之间的系统关系为：盾蝽科与荔蝽科形成姊妹群,较蝽科发育得早;蝽科作为一个单系群,是蝽总科中最为进化的类群。     

形目12种鸟类线粒体细胞色素b基因序列差异及其系统发育关系

采用PCR直接测序方法首次对形目 (Charadriiformes) 12种鸟类 :蒙古沙 (Charadriusmongolus)、环颈(Charadriusalexandrinus)、大杓鹬 (Numeniusmadagascariensis)、白腰杓鹬 (Numeniusarquata)、中杓鹬 (Numeniusphaeo pus)、红脚鹬 (Tringatotanus)、林鹬 (Tringaglareola)、翘嘴鹬 (Xenuscineres)、翻石鹬 (Arenariainterpres)、大滨鹬 (Calidristenuirostris)、反嘴鹬 (Recurvirostraavosetts)和砺鹬 (Haematopusostralensis)线粒体cytb基因全序列进行测定 ,并以白鹳(Ciconiaciconia)的同源序列作为外群构建系统发生树。经比对 ,形目 12种鸟类线粒体cytb基因全序列均包括1143bp ,序列间未见有插入和缺失 ,共有 381个变异位点 ,种间序列差异值为 5 16 %～ 16 0 1%。重建的系统树将形目 12种鸟类分为 2个支系 :第 1支系包括红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬 ,其中红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬聚为一支 ,中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬聚为另一支 ;第 2支系包括蒙古沙、环颈、反嘴鹬和砺鹬 ,其中反嘴鹬与砺鹬互为姐妹群 ,然后再与属的两个种蒙古沙和环颈组成的姐妹群构成并系群。分子证据提示 :第 1支系中各属间及种间的系统关系与形态学研     

川陕哲罗鲑Cyt b基因克隆及其在鲑亚科中的系统发育关系

采用聚合酶链式反应克隆川陕哲罗鲑Hucho bleekeri线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道该基因的全长序列(1140 bp,GenBank 登录号FJ597623),并与鲑亚科中其他5属14个物种的Cyt b基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以白鲑亚科的白鲑Coregonus lavaretus作为外群构建了ML、NJ和MP系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,川陕哲罗鲑与细鳞鲑属的细鳞鱼Brachymystax lenok之间的遗传距离相对较小(8.47%),在系统发育树上两者聚在一起,提示川陕哲罗鲑与细鳞鱼存在较近的亲缘关系,该结果与以往的形态学分类不相符.     

鹰科四种鸟类线粒体DNA的差异和分子进化关系的研究

采用聚合酶链反应,从雀鹰、大Kuang鹰4种鸟类中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出1086bp的碱基序列,它们之间的序列差异在10.31%-16.57%之间。DNA一序列数据显示,这4种鸟类DNA序列变异丰富,MEGA1．01数据软件构建了4种鸟类的分子系统树,与化石资料和形态学研究结果相吻合。     

从Cyt b基因序列探讨鹿亚科动物的系统发生关系

鹿亚科共有4个属,各属间和属内特别是鹿属内的系统进化关系存在疑义。根据Cyt b基因序列分析,探讨了鹿亚科及中国鹿属、马鹿亚种的进化关系。结果分析表明：现行分类系统中,斑鹿属可能并非单系发生,暗示应将豚鹿并入鹿属;麋鹿属与鹿属有较近的进化关系,也应并入鹿属;黄占鹿属的进化地位有待进一步研究;归并后的鹿属为单系发生。中国马鹿各亚种在系统发生上是一单系群,其中马鹿天山亚种和阿尔泰亚种聚为最原始的一支。     

中国主要家鹅品种的遗传分化研究

利用PCR和DNA测序技术扩增了15个中国家鹅品种线粒体DNA控制区部分序列（1042bp）。研究结果表明：伊犁鹅与14个品种间的核苷酸分歧度最高,为3．805％～4．067％;不同品种内核苷酸多样度表现出较大的差异,为0～0．116％。除伊犁鹅外的14个家鹅品种中,豁眼鹅与其他品种间的核苷酸分歧度为0．211％～0．272％,明显高于其他品种间的0～0．094％。中国家鹅品种的遗传分化格局与地理分布有关,豁眼鹅的分歧时间较早,遗传漂变是导致豁眼鹅遗传分化的主要因素（Nm=0．02～0．54）,基因流则是另外13个家鹅品种间遗传分化不明显的主要因素（Nm=12．0～65．33）．     

(行鸟)形目12种鸟类线粒体细胞色素b基因序列差异及其系统发育关系

采用PCR直接测序方法首次对Hang形目(Charadriiformes)12种鸟类：蒙古沙Hang(Charadrius mongolus)、环颈Hang(Charadrius alexandrinus)、大杓鹬(Numenius madagascariensis)、白腰杓鹬(Numenius arquata)、中杓鹬（Numenius phaeo-pus）、红脚鹬（Trina totanus）、林鹬（Trina alareola）、翘嘴鹬（Xenus cineres）、翻石鹬（Arenaria interpres）、大滨鹬（Calidris teruarostris)、反嘴鹬（Recurvirostra avosetts)和砺鹬（Haematopus ostralensis)线粒体cyt b基因全序列进行测定,并以白鹳（Ciconia ciconia)的同序列作为外群杓建系统发生树。经比对,Hang形目12种鸟类线粒体cyt b基因全序列均包括1143bp,序列间未见有插入和缺失,共有381个变异位点,种间序列差异值为5．16％—16．01％。重建的系统树将Hang形目12种鸟类分为2个支系：第1支系包括红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬,其中红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬聚为一支,中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬聚为另一支;第2支系包括蒙古沙Hang、环颈Hang、反嘴鹬和硕鹬,其中反嘴鹬与砺鹬互为姐妹群,然后再与Hang属的两个种蒙古沙Jamg和环Hang组成的姐妹群构成并系群。分子证据提示：第1支系中各属问及种间的系统关系与形态学研究结果相吻合;第2支系中的反嘴鹬与Hang鹬之间的亲缘关系较近,两者聚为姐妹群,提示将这两个类群合并为一个亚科——反嘴葫亚科更为合理,与码亚科共同组成Hang科,与核型研究结果和Sibley在新分类体系中将码科分为反嘴鹬亚科和Hang亚科、反嘴鹬族和砺鹬族属于反嘴鹬亚科的观点相一致。     

以Cytb基因部分序列分析大额牛系统地位及其种群现状

对12头大额牛Cytb基因部分序列447bp进行分析,共发现33个变异位点,定义了4种单倍型;结合GenBank中牛属普通牛、瘤牛、牦牛和印度褐牛4个近缘种的Cytb基因同源区序列进行分析,以水牛作为外群,分别采用邻接(NJ)法和最大简约(MP)法构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构,结果表明大额牛是独立于普通牛、瘤牛和印度褐牛之外的Bos属的一个独立的种。同时还指出目前我国有相当比例的大额牛受到外来物种的入侵,我国的大额牛保护工作正面临非常严峻的考验。     

细胞色素b基因序列与11种熊蜂的系统进化

通过比较一段357b的细胞色素b的序列,分析了熊蜂属5亚属11种熊蜂系统发育关系。5亚属包括Bombus( 5种）,Thoracobombus(3种）,Mendacibombus(1种）,Fervidobombus(1种）和Pyrobombus(1种）,该序列有65个单变异态位点和71个简约信息多态位点,翻译成119个氨基酸序列后有45个氨基酸变异位点。根据P－距离构建的邻接树（NJ tree)和最大简约树（MP tree)都显示同样的结果：Mendacibombus (B.avinovielllus)分化最早;Fervidobombus(B.pensylvanicus)次之;Pyrobombus(B.impatiens)和Bombus形成姊妹群;Bombus亚属是单系群,其中B.ignitus在所研究的5个种中分化最早。     

从细胞色素b基因序列差异分析神农架白熊的系统进化关系

神农架白熊的分类地位从它被发现后就一直存在着争议。文章测定了神农架白熊一个个体的Cyt b基因从423~1 140共718 bp的序列, 结合亚洲黑熊(Selenarctos thibetanus)、美洲黑熊(Euarctos americanus)、马来熊(Helarctos malayanus)、棕熊(Ursus arctos)、北极熊(Thalarctos maritimus)、懒熊(Melursus ursinus)、眼镜熊(Tremarctos ornatus)、大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)、小熊猫(Ailurus fulgens)、浣熊(Procyon lotor)同源DNA序列进行比较, 分析了碱基组成频率、替代数、变异位点、简约信息位点数、转换/颠换比率、相似指数和分化指数。用邻接法( NJ)和最大节约法(MP)构建了分子系统树, 得到了基本相同的拓扑结构。结果显示, 神农架白熊与亚洲黑熊的亲缘关系最近, 与大熊猫的亲缘关系较远。