放线菌分类学研究进展

放线菌分类学研究进展姜成林（云南大学,云南省微生物研究所,昆明６５００９１）伯杰手册是世界公认的细菌（包括放线菌）分类鉴定的权威著作。１９８９年出版了《伯杰系统细菌学手册》第４卷［１］。这一卷全是放线菌,由英国著名放线菌学家Ｗｉｌｌｉａｍｓ主编。与１...     

《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”历史回顾、发展现状及未来展望

2023年是《伯杰氏鉴定细菌学手册》出版一百周年。《伯杰氏鉴定细菌学手册》的诞生，旨在建立起原核微生物分类的明确标准，开启对原核微生物分类学探索的使命。随着生物学、物理学、化学、分子生物学、生物信息学及其相关研究技术的发展及学科交叉，微生物分类学逐渐发展为以系统发育和多相分类为基础、研究微生物物种进化与生物学特性和物种间相关性的学科，因此新发现的微生物物种及其生物学特征信息增加迅猛，该手册在2015年改名为《伯杰氏古菌与细菌系统学手册》，并采用了电子版，使得更新快捷，为原核微生物系统分类学领域注入新的生机和活力。《伯杰氏鉴定细菌学手册》是微生物系统分类学的经典之作，为微生物学者提供微生物物种分类信息的同时，也在引领该领域的学者探索更为广阔的微生物世界。“伯杰氏国际系统微生物学学会”于2009年成立，旨在促进国际微生物领域的学术交流，推动原核微生物系统分类学的发展。本综述全面回顾了《伯杰氏鉴定细菌学手册》和“伯杰氏国际系统微生物学学会”的发展历史及最新进展，并对其未来发展方向进行了展望。     

建立放线菌门的证据*

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基(Cox1)、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶(GluRS) 3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。     

《伯杰氏鉴定细菌学手册》与《伯杰氏分类细菌学手册》

自从伯杰氏系统细菌学手册(Bergey'sManual of Systematic Bacteriology)第一卷由美国Williams and Wilkins公司于1984年出版后,国内有些人、出版物称它为《伯杰手册     

建立放线菌门的证据

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基（Cox1）、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶（GluRS）3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。     

《世界哺乳动物物种》(第三版)出版

2005年11月,美国史密森研究院国家自然历史博物馆(NationalMuseumofNaturalHistory,SmithsonianInstitution)哺乳动物部主任DonE.Wilson和巴克奈尔大学(BucknellUniversity)助理教授DeeAnnM.Reeder共同主编的哺乳动物分类学巨著《世界哺乳动物物种》(第三版)(MammalSpeciesoftheWorld:ATaxonomicandGeographicReference,3rdedition)已经正式由约翰斯·霍普金斯大学出版社(TheJohnsHopkinsUniversityPress)出版。该书分为2卷,2142页。第1卷为非啮齿目,第2卷为啮齿目、参考文献和索引。详细信息包含了每个目、科、属的分类评述,以…     

乳酸菌的系统分类概况

乳酸菌是重要的益生菌资源,在食品、农业、化工业、医学等领域具有广阔的应用前景。目前,人们熟知的乳酸菌主要集中在乳杆菌属、双歧杆菌属、链球菌属、肠球菌属、乳球菌属、片球菌属和明串珠菌属等少数属种。为了拓宽人们对乳酸菌的认知,本文就乳酸菌的系统分类学进行阐述。在系统分类学上,乳酸菌分别隶属于厚壁菌门4纲7目18科39属653种和放线菌门2纲2目3科12属88种。最后,对乳酸菌的益生作用、安全性与有效来源、益生潜能的体外评价指标等进行简要的讨论。     

V-18生化系统鉴定梅氏弧菌的报告

国际上对于弧菌科弧菌属的细菌有两种分类。一种是分为Ol群霍乱弧菌、不典型O1群霍乱弧菌、非O1群霍乱弧菌和其他弧菌。另一种是按“伯杰氏细菌学分类手册”(第一版,1984)将弧菌属的细菌分为20个种或亚种。作者根据伯杰氏分类建立了用于弧菌科细菌鉴定的V-18生化系统。使用该系统和常规生化方法对从人粪便中分离到的14株弧菌进行了鉴     

稻纵卷叶螟肠道细菌群落结构与多样性分析

【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis(Guenée)幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QIIME软件整理和统计样品序列数和操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析4龄幼虫肠道细菌的物种组成、丰度和多样性。【结果】稻纵卷叶螟4个数量不同的4龄幼虫样本(1,2,3和5头)共得165 386条reads,在97%相似度下可将其聚类为604个OTUs。总共注释到22个门,43个纲,82个目,142个科,204个属,244个种。其中在门水平上,主要优势菌为变形菌门(Proteobacteria)(相对丰度26%~34%)和放线菌门(Actinobacteria)(23%~32%);在纲水平上,主要优势菌为放线菌纲(Actinobacteria)(相对丰度23%~32%)、酸杆菌纲(Acidobacteria)(9%~11%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(10%~13%)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)(6%~8%)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)(6%~12%);在科水平上,共有优势菌为类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)和芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae)等。在属水平上,4个样本前5位优势属中,类诺卡氏属Nocardioides和鞘脂单胞菌Sphingomonas为共有优势属。稻纵卷叶螟肠道细菌Simpson指数、Shannon指数、Ace指数和Chao指数分别为0.16~0.65,0.94~3.22,212~488和210~490。【结论】稻纵卷叶螟幼虫肠道细菌多样性比较丰富,个体间微生物群落结构和多样性有差异。不同数量样本数据与总体数据有助于综合反映稻纵卷叶螟种群肠道微生物状况。本研究结果为进一步研究稻纵卷叶螟肠道微生物的功能及其在防治中的应用奠定了基础。     

高温放线菌科最新研究进展

高温放线菌科(Thermoactinomycetaceae)是一个古老而又年轻的微生物类群。目前其分类地位为:细菌域(Domain Bacteria),厚壁菌门(Phylum Firmicutes),芽孢杆菌纲(Class Bacilli),芽孢杆菌目(Order Bacillales),高温放线菌科。经过一个多世纪,尤其是近十年广泛而深入地研究,该类群已拓展到14个属25个种。这些资源广泛分布在陆生性热泉、高温大曲、堆肥、稻草、甘蔗渣等高温场所,同时在海洋沉积物和临床来源也有发现,该类群微生物有抗性的内生孢子可在土壤、水或海洋基质中存活。高温放线菌科具有较大的药物开发和工业应用潜力,因此得到学者的广泛关注。本文综述了高温放线菌科的分类学研究进展与生态多样性,并介绍了其在药物开发和工业生产中的应用潜力。     

Investigation of the mechanism of temperature sensitivity of the electroreceptors of ampullae of lorenzini

In experiments on Black Sea skates (Raja clavata), the potential of the receptor epithelium of the ampullae of Lorenzini and spike activity of single nerve fibers connected to them were investigated during electrical and temperature stimulation. Usually the potential within the canal was between 0 and –2 mV, and the input resistance of the ampulla 250–400 k. Heating of the region of the receptor epithelium was accompanied by a negative wave of potential, an increase in input resistance, and inhibition of spike activity. With worsening of the animal's condition the transepithelial potential became positive (up to +10 mV) but the input resistance of the ampulla during stimulation with a positive current was nonlinear in some cases: a regenerative spike of positive polarity appeared in the channel. During heating, the spike response was sometimes reversed in sign. It is suggested that fluctuations of the transepithelial potential and spike responses to temperature stimulation reflect changes in the potential difference on the basal membrane of the receptor cells, which is described by a relationship of the Nernst's or Goldman's equation type.I. P. Pavlov Institute of Physiology, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. I. M. Sechenov, Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. Pacific Institute of Oceanology, Far Eastern Scientific Center, Academy of Sciences of the USSR, Vladivostok. Translated from Neirofiziologiya, Vol. 12, No. 1, pp. 67–74, January–February, 1980.     

Principles of organization and evolution of systems of regulation of functions

Evolution of living organisms is closely connected with evolution of structure of the system of regulations and its mechanisms. The functional ground of regulations is chemical signalization. As early as in unicellular organisms there is a set of signal mechanisms providing their life activity and orientation in space and time. Subsequent evolution of ways of chemical signalization followed the way of development of delivery pathways of chemical signal and development of mechanisms of its regulation. The mechanism of chemical regulation of the signal interaction is discussed by the example of the specialized system of transduction of signal from neuron to neuron, of effect of hormone on the epithelial cell and modulation of this effect. These mechanisms are considered as the most important ways of the fine and precise adaptation of chemical signalization underlying functioning of physiological systems and organs of the living organism