大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR检测方法的建立与应用

目的建立快速检测实验大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR方法。方法根据大鼠冠状病毒N基因、仙台病毒L基因设计特异性引物;经过双重PCR优化,特异性和敏感性的检测,建立双重PCR体系。应用该PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本和实验动物组织样本,并与ELISA方法比对。结果双重PCR扩增出大鼠冠状病毒(168 bp)和仙台病毒(262 bp)目的条带,PCR扩增产物测序结果利用核酸BLAST功能进行同源序列对比,仙台病毒和大鼠冠状病毒同源性分别为100%和99%。仙台病毒和大鼠冠状病毒的检测下限为1.56×10~2 copies/μL。特异性检测对小鼠肝炎病毒扩增,产生片段大小近似大鼠冠状病毒产物。应用建立的双重PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本,30份DNA标本均被检出;检测94份实验动物肺组织样本,结果均阴性。结论建立的双重PCR方法操作简单、快速、特异性强、灵敏度高,能够实现对实验动物仙台病毒和大鼠冠状病毒病原体的快速检测。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和盖他病毒双重RT-PCR检测方法的建立与应用

盖他病毒(Getah virus,GETV)可感染猪并引起和猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)相类似的临床表现,且两者可混合感染而难以区分。我国检测PRRSV和其他诸多病毒的多重PCR文献已比比皆是,但尚无同时检测PRRSV和GET V方法的报道。为此,作者根据GenBank中公布的PRRSV和GETV全基因序列,设计了两对分别扩增PRRSV ORF7基因和GETV Cap基因片段的引物,通过反应条件的优化及特异性、灵敏性和重复性试验,首次建立了可同时检测PRRSV和GETV的双重RT-PCR方法。结果显示,该方法可以同时扩增出PRRSV 633 bp和GETV 316 bp的特异性片段,而对猪瘟病毒等其他相关病毒扩增结果均为阴性。对GETV和PRRSV的cDNA最低检测量分别为2.48×10~(-4)ng和2.50×10~(-5)ng。用建立的双重RTPCR方法对河南15个地市92个猪场的136份临床疑似PRRS发病猪样品进行检测,共从58个猪场检出PRRSV单一阳性样品44份,阳性率为32.4%;GETV单一阳性样品7份,阳性率为5.15%;GETV和PRRSV混合感染样品8份,阳性率为5.88%。检测结果与单一RT-PCR结果吻合率达100%。该方法为GETV和PRRSV的快速检测、鉴别诊断和分子流行病学研究等提供了新的技术手段。     

兔支气管败血波氏杆菌PCR检测方法的建立及应用

目的建立一种简便、快速、敏感、特异的适用于支气管败血波氏杆菌的PCR检测方法。方法根据兔支气管败血波氏杆菌（Bordetella bronchiseptica）的fim2基因序列设计了一对特异性引物,进行PCR扩增、特异性和敏感性试验,并将其应用于临床样品的检测。结果利用该PCR方法扩增出425bp的目的基因片段,该产物序列与GeneBank上公布的基因序列同源性为100％。特异性试验表明,该方法对大肠埃希氏菌、多杀性巴氏杆菌、魏氏梭菌和金黄色葡萄球菌均无交叉性反应;并且最小可检出菌液浓度为3．6CPU。用该PCR方法检测了从江苏、山东等地采集的146份兔鼻拭子,结果检出支气管败血波氏杆菌阳性92例,阳性率为63．01％。结论建立了快速检测支气管败血波氏杆菌的PCR方法。     

PCR快速鉴定鼠疫耶尔森氏菌

建立一种简便、快速、特异的PCR检测方法,用于鼠疫耶尔森氏菌的快速鉴定。针对鼠疫耶尔森氏菌特异的一段染色体序列3a设计引物,扩增-276bp片段的鼠疫标识序列。应用该PCR反应体系,对我国17个生态型及1个待定的生态型共计275株鼠疫耶尔森氏菌及48株相关菌株的PCR扩增结果表明,实验菌株均扩增出预期的276bp片段产物带,48株相关菌株均阴性,其检测灵敏度为100pg DNA。说明该方法用于鼠疫耶尔森氏菌的检测鉴定简便、快捷,具有很高的特异性和敏感性。     

基于双探针杂交的AIV、NDV和FAV-4三重环介导PCR鉴别检测方法的建立及应用

本研究目的是建立禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)和禽腺病毒4型(FAV-4)三重环介导PCR检测方法,用于3种病毒混合感染的鉴别诊断。根据GenBank数据库中AIV的HA基因、NDV的F基因和FAV-4的Hexon基因序列保守性,分别设计两条序列相邻的特异性探针,标记于不同大小的拟南芥TOC1基因片段两端,作为报告基因,用于环介导PCR检测,成功建立了AIV、NDV和FAV-4三重环介导PCR鉴别诊断方法,扩增片段大小分别为200bp、270bp和360bp。特异性试验结果表明,环介导PCR对含有AIV、NDV和FAV-4核酸的样品可扩增出特异性目的片段,而含有IBDV、IVB、FPV和MDV核酸的样品则未见明显扩增,特异性良好;灵敏性试验结果表明,环介导PCR对AIV、NDV和FAV-4的最低极限浓度分别为25pg/μL、12.5pg/μL和12.5pg/μL的核酸样品,检测灵敏度高;多病原同时检测不影响环介导PCR检测特异性和灵敏性。利用该方法对117份临床样本进行检测,结果显示,环介导PCR对AIV、NDV和FAV-4阳性检出率分别为15.4%,27.4%和34.2%,分别高于常规PCR 12.8%,23.9%和32.5%,接近于SybrGreen实时PCR 15.4%,28.2%和35%;kappa一致性检验显示,环介导PCR、SybrGreen实时PCR两种方法对AIV、NDV和FAV-4检测结果高度符合,Kappa值分别为κ=0.93、κ=0.89和κ=0.94。本研究成功建立了AIV、NDV和FAV-4三重环介导PCR检测方法,适用于临床上3种病原的快速鉴别诊断。     

鮰爱德华氏菌外膜微孔蛋白N基因PCR快速检测方法的建立

根据Gen Bank中鮰爱德华氏菌Edwardsiella ictaluri外膜微孔蛋白N(porin N)基因序列(Gen Bank No:NC_012779.2)设计了1对引物,预计目的片段大小为381 bp。通过对反应体系和条件的优化,并进行特异性试验、敏感性试验及人工感染组织样品检测,建立了一种快速检测鮰爱德华氏菌的PCR方法。结果表明,在所检测的鮰爱德华氏菌、迟缓爱德华氏菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌、杀鲑气单胞菌、豚鼠气单胞菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲁氏耶尔森氏菌、海豚链球菌、不动杆菌、产气肠杆菌、大肠杆菌、拟态弧菌、荧光假单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌15种细菌中仅鮰爱德华氏菌扩增出特异性条带;敏感性试验结果显示,该方法最小核酸检出量为9.35×10-3ng·μL-1;同时对人工感染的病料肝脏、细菌基因组DNA、细菌菌液及菌落进行扩增,结果显示4种材料均能检测出大小为381 bp的基因片段。本研究所建立的方法特异强、灵敏度高,适用于鮰爱德华氏菌感染病例的高效、快速检测。     

水貂肠炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

根据Gen Bank登录的水貂肠炎病毒(MEV)VP2蛋白基因的保守序列设计了1对特异性引物,经PCR扩增出146bp的目的片段,并克隆到pMD 18-T载体上,提取重组质粒经PCR及测序鉴定正确后,以10倍梯度稀释质粒作为阳性标准品,绘制荧光定量标准曲线,以此建立一种基于SYBR Green荧光染料的定量PCR特异性检测水貂肠炎病毒的方法。结果表明:该方法对MEV有很好的特异性,检测灵敏度为34拷贝/μL,且重复性试验变异系数均小于2%。临床检测中,在80份样品中检测到30份阳性样品,高于普通PCR和电镜观察方法的检出率。该方法的建立实现了对MEV临床早期快速诊断和定量分析,为毛皮动物MEV的防控提供了可靠的检测方法。     

大熊猫布鲁氏菌病、弓形虫病以及心丝虫病的血清学调查研究

为摸清大熊猫布鲁氏菌病、弓形虫病以及心丝虫病的血清学感染资料,采用虎红平板凝集试验、试管凝集试验以及外膜蛋白BCSP3基因PCR扩增检测布鲁氏菌病;同时采用弓形虫间接血凝试验和犬心丝虫抗原快速诊断对样品进行检测。结果表明,6只大熊猫RBPT检测为阳性,进一步采用SAT和血液细菌BCSP31基因PCR扩增结果均为阴性,排除了布鲁氏菌感染;大熊猫蜀兰弓形虫抗体检测呈阳性,复查也为阳性,表明存在弓形虫感染;所有大熊猫心丝虫抗原检测结果均为阴性,表明无心丝虫感染。本次检测的3种疾病中,仅发现1只熊猫(蜀兰)存在弓形虫感染,布鲁氏菌病和心丝虫病均为阴性,表明目前成都大熊猫繁育研究基地内大熊猫疾病的预防工作成果显著。     

环介导间接PCR鉴别高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒方法的建立

建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)环介导间接PCR检测方法,用于该病毒的感染检测和高致病性毒株与低致病性毒株的鉴别诊断。根据GenBank数据库中PRRSV中国流行株ORF7和ORF1a基因序列的保守性,设计2对特异性探针,分别标记于大豆Lectin基因两端,作为报告基因,经过一步链置换反应后,采用反向PCR扩增报告基因,建立PRRSV环介导间接PCR检测方法,该方法扩增HP-PRRSV可得大小为193bp和355bp的特异片段,扩增LP-PRRSV可得大小为193bp和442bp的特异片段。试验结果表明,该方法能成功鉴别HP/LP-PRRSV,可检测出5.6TCID50/mL LP-PRRSV和18TCID50/mL HP-PRRSV的病毒RNA,HP/LP-PRRSV混合感染不影响检测灵敏度,与CSFV、PPV、PRV、PCV2、ETEC和Haemophilus parasui等常见猪源性病原的检测无明显交叉反应;对20份临床样本进行比较检测,环介导间接PCR检测出14份PRRSV阳性样本,其中4份LP-PRRSV、9份HP-PRRSV和1份LP/HP-PRRSV,与常规PCR检测结果一致。环介导间接PCR是一种简便快速、灵敏、特异的病原学诊断工具,适合PRRSV感染的快速检测和HP/LP-PRRSV鉴别诊断,尤其适合HP/LP-PRRSV混合感染的鉴别。     

三种食源性致病菌的多重PCR快速检测及应用

针对常见的3种食源性致病菌肠出血性大肠杆菌O157H7的rfbE基因、金黄色葡萄球菌的nuc基因及沙门氏菌的hilA基因,使用Primer 5.0软件设计出相对应的特异性引物,预计PCR产物的分子大小为287、354及468 bp。通过单一、双重及三重PCR对样品进行检测,并对人工感染的鲜奶进行检测。结果表明,3种食源性致病菌的单一、双重和三重PCR均能成功扩增出与预计大小一致的片段,无非特异性扩增。人工感染食品的PCR检测也获得了目的菌的特异性片段,并且结果稳定。这说明此3对引物可分别用于3个菌靶基因的PCR检测。     

多重PCR-DHPLC快速检测食品中产志贺毒素大肠杆菌

应用多重PCR(motiplex PCR)结合变性高效液相色谱技术(denaturing high-performanceliquid chromatography,DHPLC)建立了快速检测食品中产志贺毒素大肠杆菌O111和O157的方法.以基因wzxO111、rfbEO157为靶基因,建立多重PCR-DHPLC方法,进行特异性和灵敏度测试,同时进行RT-PCR检测比较灵敏度.该方法具有良好特异性,可以一次PCR扩增同时检测O111、O157;灵敏度达到25 CFU/mL.129份牛肉样品中检出1例O111,3例O157阳性;74份鸡肉样品中检测出O111、O157阳性各1例,67份蔬菜样品中未检测到O111、O157.本文建立O111、O157多重PCR-DHPLC检测方法,操作简便,特异性强,适用于产志贺毒素大肠杆菌筛选检测.     

应用双重PCR检测环境水体中的军团菌

建立双重PCR方法以检出环境水体中的军团菌。设计两对引物,分别扩增军团菌的16S rRNA和M ip基因,扩增片段长各为375bp和996bp。该方法检测军团菌的灵敏度为5.8×102cfu/m l,6株嗜肺标准军团菌均扩增出996bp和375bp两条带,4株非嗜肺军团菌扩增出375bp条带,4株非军团菌无条带;检测71份环境水样,5份出现两条条带,2份可见375bp条带,阳性率为7.0%。该方法快速、灵敏、特异,为水体中的嗜肺军团菌检测提供了有效方法。     

PCR技术在检测鼠金黄色葡萄球菌中的应用研究

目的　建立实验大小鼠金黄色葡萄球菌的快速检测方法———PCR法。方法　根据已公布的金黄色葡萄球菌耐热核酸酶nuc基因的序列 ,设计并合成一对特异性的引物 ,利用PCR技术扩增nuc基因片段。对金黄色葡萄球菌和其他非金黄色葡萄球菌菌株抽提的DNA进行扩增。结果　金黄色葡萄球菌PCR产物出现 6 6 8bp的特异性DNA扩增片段 ,而其他非金黄色葡萄球菌未出现扩增片段 ,证实了合成的引物对金黄色葡萄球菌具有特异性。将抽提的金黄色葡萄球菌DNA进行系列稀释 ,测定此PCR体系的敏感性 ,结果显示 ,该PCR体系能检出 3pg金黄色葡萄球菌DNA ,且从抽提DNA到PCR扩增及电泳结束仅需 4h。结论　本研究所建立的扩增耐热核酸酶nuc基因检测鼠金黄色葡萄球菌的PCR方法 ,具有快速、可靠、敏感和特异的特点 ,可用于临床样品和金黄色葡萄球菌感染时的检测 ,适合应用于实验大小鼠的监测。     

鸡毒支原体强毒株与F疫苗株双重PCR检测方法的建立

目的建立能同时检测MG强毒株和F疫苗株的双重PCR技术。方法根据鸡毒支原体(MG)R株的PvpA基因序列和F疫苗株假定的α磷酸海藻糖酶基因序列,设计2对引物R1、R2和F1、F2,在单一PCR的基础上,建立检测MG强毒株和F疫苗株的双重PCR方法,并运用该双重PCR方法对临床样品进行检测。结果在330 bp和444 bp处分别出现预期的特异性DNA扩增条带,敏感性试验显示该体系能检测出0.45 ng的MG R株DNA和0.25 ng的MG F疫苗株DNA。临床样品MG强毒株阳性检出率为79.69%,高于常规分离培养鉴定法。结论成功建立检测两种毒株的双重PCR技术,为根除鸡群中MG野毒株、建立无MG的阴性鸡群提供新的技术手段。     

黄颡鱼“裂头病”病原二重PCR检测方法的建立及应用

"裂头病"是黄颡鱼养殖业的主要病害之一,其病原为鮰爱德华氏菌或迟钝爱德华氏菌。以GenBank所收录鮰爱德华氏菌与迟钝爱德华氏菌16S rRNA基因为模板,优化设计两对特异性引物,经多重PCR反应体系优化及特异性与敏感性检测,建立了检测鮰爱德华氏菌和迟钝爱德华氏菌的二重PCR检测方法。结果显示,阳性对照样品的琼脂糖凝胶电泳条带同时检测到鮰爱德华氏菌和迟钝爱德华氏菌,扩增产物大小分别为470 bp及268 bp,灵敏度为1.38 ng/μL。此法用于检测江西南昌地区多个养殖场所患"裂头病"黄颡鱼脑部DNA,11份患病黄颡鱼的脑部组织均检出鮰爱德华氏菌,表明该地区黄颡鱼所患"裂头病"的病原菌为鮰爱德华氏菌,此结果与常规细菌分离鉴定的检测结果一致。所建二重PCR检测法敏感度高,特异性强,检测成本低,对黄颡鱼"裂头病"的快速诊断与流行病学调查有较好的应用价值。     

肉类中大肠杆菌O157:H7多重PCR检测方法的建立

以编码大肠杆菌 O157 抗原的 rfbE 基因、编码 H7 抗原的 fliC 基因以及编码毒力因子的eaeA 基因为靶基因,选择3对引物,建立并优化了检测大肠杆菌 O157:H7 的多重 PCR 体系,扩增产物分别为291 bp、625 bp,368 bp,采用30株细菌验证了该多重 PCR 具有特异性.PCR 检测的灵敏度在 DNA 水平上达到91.35 Pg;在存在干扰菌鼠伤寒沙门氏(Salmonella typhimurium)的情况下,当起始污染量为1.4 CFU/mL时,37℃培养6 h即可检出.在30份肉类样品中,有3份检出了大肠杆菌 O157:H7.本研究建立的多重 PCR 方法可特异、灵敏地实现对大肠杆菌 O157:H7 的检测.     

大熊猫轮状病毒PCR检测方法的建立及应用

轮状病毒是威胁大熊猫健康的主要病原微生物之一。为了对大熊猫轮状病毒进行快速、方便且准确地检测,研发适合于基层饲养单位和保护区的检测方法是非常有必要的。本研究通过合成大熊猫轮状病毒Vp7基因序列,构建了PUC-VP7的重组质粒,并将其作为阳性对照对大熊猫轮状病毒样本进行PCR检测和分析。结果表明,在进行PCR扩增分析时,该质粒和病毒cDNA二者均在340 bp处出现了特异性条带。此外,对收集到的45份大熊猫粪便样本进行轮状病毒抗原检测时,其中2份样品在340 bp处出现条带,该基因片段与大熊猫轮状病毒CH-1株的相似性为99.89%。本研究构建的PUC-VP7质粒不但可以作为大熊猫轮状病毒PCR检测中的阳性质控品,而且还能有效地促进该PCR病毒检测技术在基层饲养单位和保护区的推广和应用。     

环介导等温扩增技术在食品中痢疾志贺氏菌快速检测

【目的】探讨、优化基于环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测常规食品中感染性痢疾志贺氏菌的方法。【方法】在NCBI数据库中搜索获取志贺氏菌的特异性基因高度保守区,设计3对LAMP反应引物,建立、优化该LAMP可视化检测方法,并评价其特异性、灵敏度,同时与PCR检测方法和传统检测方法对比,进行结果统计分析。【结果】5株志贺氏菌标准菌株样品均检测为阳性,11株非志贺氏菌标准菌株样品均检测为阴性,无交叉反应。最低检验限为1.6×101 CFU/反应(或1.6×101 CFU/m L),且经比较,LAMP检测灵敏度比PCR检测高出1个数量级。通过对161份实际样品和人工污染样品进行检测,LAMP检测与传统方法检测结果具有较高的一致性。【结论】LAMP具有检测过程快速简便、检测结果稳定、可靠的特点,适用于对常规食品中感染性痢疾志贺氏菌的高效、快速检测需求。     

变性高效液相色谱检测沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌

应用多重PCR 反应(multiplex PCR,mPCR)结合变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)技术建立食品中沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7的快速检测方法.以编码沙门氏菌的fimY基因、编码空肠弯曲菌的gyrA基因和编码肠出血性大肠杆菌O157:H7的rfbE基因为靶基因,选择3对引物,建立并优化了快速鉴别沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7的多重PCR体系,扩增产物分别为284、159和499 bp,并验证了该多重PCR具有特异性.沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7标准菌株稀释成不同梯度,做灵敏度检测.试验结果表明该方法有很好的特异性,且灵敏度高,检测限可达到:沙门氏菌1.5 CFU/ml、空肠弯曲菌15 CFU/ml、肠出血性大肠杆菌O157:H7 15 CFU/ml.在随机采集的226份冷冻鸡肉类样品中,检出了7份样品为沙门氏菌阳性、10份为空肠弯曲菌阳性、1份为肠出血性大肠杆菌O157:H7阳性.研究建立的多重PCR-DHPLC方法可特异、灵敏地实现对沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7的快速检测.     

实验大鼠泰泽菌检测方法的比较研究

目的　比较实验大鼠泰泽菌检测方法─nested PCR、IFA、免疫抑制诱发试验 触片染色镜检和组织病理学诊断。方法　根据泰泽菌 16SrDNA合成引物 ,对 16个菌株作nested PCR扩增并进行特异性、敏感性试验、验证。将此PCR应用于 2 0只免疫抑制Wistar大鼠和 5只非免疫抑制SD大鼠泰泽菌检测 ,并作IFA、常规细菌学检测和组织病理学诊断。结果　nested PCR中仅有泰泽菌出现 196bp特异性扩增条带 ;而 15株非泰泽菌均未出现此扩增条带。该PCR能检出 10pg泰泽菌DNA。将此PCR应用于大鼠泰泽菌检测 ,结果未检出阳性样品。nested PCR与常规细菌学检测、组织病理学诊断结果相一致。采用IFA方法 ,以购得的大鼠泰泽菌抗原片对上述 2 5份大鼠血清进行检测 ,结果有 6份血清产生非特异性反应。结论　采用IFA对动物群进行筛查出现阳性结果 ,须采用免疫抑制诱发试验、PCR和组织病理学诊断技术组合进一步验证。本研究建立的nested PCR方法 ,特异、敏感、快速 ,结合组织病理学诊断技术对实验动物泰泽菌感染可做出精确诊断。