微生物基因组会议介绍

2001年1月28～31日在美国加州Morterey市由美国微生物学会及基因组研究所(TIGR)联合召开了微生物基因组会议.到会代表约350人,来自美、德、英、瑞典、以色列、俄罗斯、斯洛伐克、法国、加拿大、巴西、荷兰、奥地利、比利时、澳大利亚、日本、韩国、丹麦、墨西哥、新西兰、泰国及我国大陆和台湾共22个国家和地区,可见对这一领域的重视程度.会议不分组,口头报告全部以大会方式进行.主要分为以下4个主题:基因组项目;比较基因组与进化;功能基因组与相关技术;生物信息等.同时有85份墙报展示.     

酵母基因组工程

酿酒酵母染色体的人工合成突破了真核生物基因组重新设计与合成,将引发基因组工程研究新的高潮.本文以酵母基因组工程为例,对"自上而下"和"自下而上"两种不同策略的基因组工程研究取得的最新进展进行综述,并展望其发展前景和趋势.     

盐皮质激素的非基因组作用及其机制

盐皮质激素(以醛固酮为代表)是调节机体水盐代谢的重要甾体激素,有着重要的生理、病理功能,阐明其作用机制具有重要的基础和临床意义.现已明确,醛固酮的作用有经典的基因组作用和快速的非基因组作用.关于前者,人们已有较多的评述,本文旨在综述近年来有关醛固酮非基因组作用及其可能分子机制的研究进展.目前的研究表明,醛固酮既可能通过膜受体,又可能通过核受体发挥快速非基因组作用.非基因组作用可以激活细胞内多种信号转导通路.另外,非基因组作用与基因组作用之间还存在整合和交互对话的途径.     

小麦和水稻叶绿体基因组进化中核苷酸替代的种属特异性

以玉米叶绿体基因组为参照序列,采用三序列比较法系统分析了小麦和水稻分化过程中叶绿体基因组核苷酸替代的发生方式.结果表明,小麦中存在(A+T)/(G+C)替代偏差,水稻则无,该差异对小麦和水稻分化后叶绿体基因组G+C含量产生不同的影响,替代使小麦叶绿体基因组G+C含量降低、水稻叶绿体基因组G+C含量表现增加.无论在编码区、非编码区,还是不同功能基因区,小麦叶绿体基因组转换与颠换的比值都显著低于水稻.小麦和水稻叶绿体基因组进化中核苷酸替代呈现种属特异性.     

科学家公布最新的人类基因组图谱

新华网北京 2月 1 2日专电 (记者谢培 ,毛磊 ,姜岩 ) :继去年 6月 2 6日科学家公布人类基因组“工作框架图”之后 ,中、美、日、德、法、英等 6国科学家和美国塞莱拉公司今天联合公布人类基因组图谱及初步分析结果 .来自科技部和中国科学院的消息说 ,这次公布的人类基因组图谱是在原“工作框架图”的基础上 ,经过整理、分类和排列后得到的 ,它更加准确、清晰、完整 .对它的初步分析表明 ,人类基因组由31 .647亿个碱基对组成 ,共有 3万至 3.5万个基因 ,比蚯蚓仅多 1万个 ,比果蝇多 2万个 ,远小于原先 1 0万个基因的估计 .另外 ,科学家还发现…     

群体基因组学方法:从经典统计学到有监督学习

群体遗传学的一个主要研究目标是理解突变、自然选择、遗传漂变、群体结构和数量变化等进化力量如何共同影响基因组中的遗传变异.通过分析DNA序列多态数据,可以推测曾经作用于基因组的各种力量,进而探讨生物演化的过程.近年来,随着第二代DNA测序技术的快速革新,群体遗传学进入了基因组学时代,相关的方法在不断发展,并可将群体基因组学方法分为经典统计学方法和新兴的机器学习方法.前者包括经典群体遗传学统计量、单一统计量或多统计量联合检测自然选择、群体历史与自然选择的联合估计以及基于溯祖树和祖先重组图的方法.后者主要基于有监督学习,为群体基因组时代的大数据分析带来了全新范式.本文从理论基础出发,全面回顾了群体基因组学方法发展变化的历程,着重介绍了该领域的最新进展,并就未来的发展方向进行了展望.     

单粒干燥大豆种子基因组DNA提取的有效方法

大豆基因组DNA的提取是进行大豆分子生物学研究的基础.以大豆干燥的种子为材料,将SDS法和CTAB法结合在一起并进行了一定的改进,有效的提取了基因组DNA.通过电泳、紫外分光光度计检测和ISSR标记分析验证这种方法是提取大豆干种子基因组DNA的有效方法.     

支原体基因组中ori和ter位点的松弛平衡

支原体(Mycoplasma)是一类没有细胞壁的特殊细菌, 其基因组较小, 公认支原体经历了较大规模的消减进化. 在消减进化中基因组复制起点(ori)和终点(ter)之间的平衡很可能被破坏. 由于支原体基因组中的复制起点和终点用常规方法如GC Skew等不易确定, 因此本研究采用Z曲线检加以测, 并据此计算出支原体基因组中复制起点和终点的距离. 我们发现, 支原体基因组多数处于不平衡的状态. 这可能是由于支原体的特殊生存环境所致. 在其生存环境中, 竞争压力较小, 基因组无需快速复制以争夺生存资源, 从而在长期进化后复制起点和终点之间失去了平衡.     

支原体基因组中ori和ter位点的松弛平衡

支原体(Mycoplasma)是一类没有细胞壁的特殊细菌, 其基因组较小, 公认支原体经历了较大规模的消减进化. 在消减进化中基因组复制起点(ori)和终点(ter)之间的平衡很可能被破坏. 由于支原体基因组中的复制起点和终点用常规方法如GC Skew等不易确定, 因此本研究采用Z曲线检加以测, 并据此计算出支原体基因组中复制起点和终点的距离. 我们发现, 支原体基因组多数处于不平衡的状态. 这可能是由于支原体的特殊生存环境所致. 在其生存环境中, 竞争压力较小, 基因组无需快速复制以争夺生存资源, 从而在长期进化后复制起点和终点之间失去了平衡.     

一种适于PCR反应的快速提取食用菌基因组DNA的方法

目的:建立一种以食用菌菌丝体和子实体为原材料的快速提取其基因组DNA的方法,从而提高基因组DNA的提取效率,为食用菌分子生物学提供便利.方法:分别以平菇黑平王的菌丝体和子实体为材料,快速提取其基因组DNA,并以此为模板进行ITS序列扩增.结果:采用方法提取的基因组DNA结构完整,无明显拖尾现象,浓度大约为10ng/μl,以此为模板能够获得预期的ITS条带.结论:该方法具有简便、快速、经济、无污染等优点,提取的基因组DNA适用于PCR反应等分子生物学研究,提高了提取效率,可作为高通量的提取方法.