慢病毒与哺乳动物宿主的协同进化

选取部分哺乳动物代表类群为例,构建病毒及宿主因子基因树并与宿主物种树进行拓扑结构比较,探讨感染哺乳动物的慢病毒与宿主的协同进化.结果表明慢病毒Pol酶基因以及部分宿主因子的进化与宿主的进化历史相同,提示慢病毒可能随哺乳动物的基因组垂直进化,或其首次感染哺乳动物是一次较古老的事件.     

寨卡病毒及其与宿主蛋白相互作用研究进展

寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)作为一种新出现的蚊媒病原体,与成人格林-巴利综合征(Guillain–Barré syndrome,GBS)、新生儿小头畸形以及神经系统缺陷等疾病有关。2016年世界卫生组织将寨卡疫情列为国际关注的公共卫生突发事件,近年来关于ZIKV病原学、流行病学、感染与致病、抗病毒免疫应答、疫苗与药物的研究越来越多,为有效防控该病提供了理论依据和具体实践。本文就ZIKV蛋白组成及相应功能、感染周期、ZIKV受体及ZIKV-宿主相互作用等的最新研究进展进行综述,旨在正确认识和深入理解ZIKV致病与机体抗病相关机制,为设计有效的预防或治疗疫苗或药物提供参考资料。     

杆状病毒与昆虫宿主相互作用的研究进展

杆状病毒与昆虫宿主相互作用是一种基本的分子和生态问题, 不仅在农业上, 而且在真核表达系统、 基因治疗、 蛋白表面展示 系统以及基因工程疫苗等方面都有重要的实际应用。杆状病毒还是一种很有潜力的病毒杀虫剂, 而且对环境来说是安全的。研究这些相互 作用也产生了许多重要和有价值的发现。杆状病毒生命循环中存在两种不同形式的病毒, 即包埋型病毒粒子(occlusion derived virus, ODV) 和出芽型病毒粒子(budded virus, BV)。ODV包裹于多角体中, 主要负责宿主的原发感染; 而BV由感染的宿主细胞释放后引发继发 感染。病毒侵染起始于敏感的昆虫宿主食用了污染包涵体病毒的植物。在宿主中肠的碱性环境中, 多角体溶解释放ODV, ODV与宿主肠道 柱状上皮细胞细胞膜融合, 通过内吞体进入细胞。之后核衣壳从内吞体中逃脱并被转运到细胞核。病毒转录和复制在细胞核进行, 新生 的BV粒子从基底膜出芽引起全身感染。杆状病毒与宿主细胞相互作用包括从病毒结合和进入时的相互作用, 到宿主基因表达调节, 以及 修饰与调节细胞和机体所发生的生理和防御的相互作用的复杂和微妙的机制。本文主要以杆状病毒侵染昆虫宿主的过程为线索, 总结和评 述了杆状病毒与昆虫宿主相互作用方面研究的最新进展, 特别是杆状病毒基因在病毒入侵过程中所起的作用。     

口蹄疫病毒与宿主细胞的相互作用研究进展

口蹄疫病毒（FMDV）导致了偶蹄动物口蹄疫的发生,它是一类有着自身特点的RNA病毒。首先,FMDV衣壳蛋白VP1识别结合宿主细胞膜上的整联蛋白等受体,以内吞的方式进入细胞,利用宿主细胞成分完成病毒蛋白的合成。这些新合成的L^pro、2C和3C^pro等病毒致病因子进一步抑制宿主基因的转录和翻译,诱导细胞凋亡和白噬,并抑制干扰素介导的一系列先天性和获得性免疫反应。宿主则在病毒侵染细胞的初期,利用病毒识别受体等来识别病毒并诱导合成干扰素等细胞因子,介导多种免疫反应以清除病毒。病毒和宿主两者在持续的利用和较量中完成疾病的发生和痊愈等。其次,不断发现的病毒受体、结合基序、致病因子及宿主细胞的多种免疫调节因子将成为相关领域新的研究内容。综上,开发高效安全疫苗、增强自身免疫力及利用RNAi直接抑制病毒RNA等便成为现代FMDV防治的主要内容。     

辛德毕斯病毒蛋白质结构与功能的研究进展

本文在中国预防医学科学院病毒学研究所病毒基因工程国家重点实验室合作完成. 辛德毕斯病毒(Sindbis virus)属于披膜病毒科(Togaviridae)甲病毒属(Alphavirus).该病毒无论在病毒形态、病毒结构与病毒复制等方面均集中体现了动物病毒的许多具有普遍性的基本特性.因此对该病毒的研究,尤其是病毒功能蛋白质结构与功能的研究不仅能够回答该病毒本身的分子致病机理,而且从中得出的信息对于其它动物病毒的研究也具有借鉴意义[1].近年来,通过对辛德毕斯病毒各功能蛋白质的晶体结构的研究,对其结构与功能的关系积累了大量材料,取得重要进展,本文概述如下.     

长非编码RNA与蛋白质的相互作用

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸但缺乏蛋白质编码潜力的调控型RNA。lncRNA在真核生物基因组中广泛转录,并且能够在多种层次以灵活的方式对基因表达进行调控。lncRNA能够与染色质修饰复合物及转录因子等蛋白质相互作用,这种相互作用提高了基因表达调控的灵活性和复杂性。本文将介绍部分具有代表性的lncRNA-蛋白质相互作用及其在基因表达调控中的作用。     

与甲型流感病毒NP蛋白相互作用的宿主因子的筛选与分析

筛选与甲型流感病毒（Influenza A virus,IAV）NP蛋白相互作用的人类宿主蛋白,并对其进行分析,为抗流感病毒新药的研发提供依据。利用蛋白质芯片技术,将两张HuProtTM 20K芯片分别与实验组（NP蛋白）和对照组（灭活生物素）样本杂交孵育,扫描芯片读取数据。计算各位点的原始信号强度I(I=F635 Median/B635 Media)用于数据分析,并进行Z-Score标准化处理,筛选出芯片上两重复位点均满足Z-Score≥3的蛋白,即认为该蛋白与样本相结合。对NP样本特异性结合蛋白进行GO、KEGG分析,计算这些蛋白在各组内两原始信号强度的均值IMean及组间比值IMean＿Ratio（实验组＿vs＿对照组）,筛选出IMean＿Ratio≥1.4的NP显著特异结合蛋白,将实验组显著特异结合蛋白导入Human proteome map、VirHostNet3.0数据库,在malacards数据库中检索Influenza,将得到的流感相关蛋白与显著特异结合蛋白进行比较分析。筛选出NP宿主蛋白176种,GO分析结果显示,这些蛋白主要是作为结合蛋白参与剪接过程。KEGG富集分...     

水产动物的病毒基因组及其病毒与宿主的相互作用

水产养殖是近30年来世界上增长最快的农业生产方式,但病毒已成为严重威胁水产养殖可持续发展的传染性病原.近10年来,已从水产动物中鉴定出大量不同的病原病毒,解析了100多株水产动物病毒的基因组及其遗传特征,并开始对这些病毒与宿主的相互作用有了系统和深入的认识.本文在作者20多年研究积累的基础上,重点评述水产动物的重要病毒如虹彩病毒、疱疹病毒、呼肠孤病毒和弹状病毒的基因组遗传信息特征以及这些病毒-宿主相互作用的研究进展.     

植物翻译控制肿瘤蛋白的分子结构特征与功能预测分析

翻译控制肿瘤蛋白(The translationally controlled tumor protein,TCTP)是一类广泛存在于动物、植物及酵母中的,在进化上高度保守、与其它任何蛋白家族均未显示出明显的序列同源性的蛋白.采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的拟南芥(Arabidopsis thaliana)、牵牛(Ipomoea nil)、草莓(Fragaria x ananassa)、橡胶树(Heveabrasiliensis)、南瓜(Cucurbita maxima)、卷心菜(Brassica oleracea)的翻译控制肿瘤蛋白的核苷酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质的二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和分析.结果 表明,该基因的全长包括5'、3'非翻译区和一个开放读码框,其编码的蛋白是一个无跨膜结构域,不具转运肽的亲水性蛋白,包括一个β-折叠核心区和一个主要的α-螺旋区,不规则卷曲散布于整个蛋白质中,具有TCTP-1和TCTP-2两个特征结构域.