双水相纯化的人肺腺癌和癌旁正常肺组织质膜蛋白质组差异分析

肿瘤标志物对于肺腺癌病人的临床诊断和预后具有重要意义. 本研究根据临床诊断选取人肺腺癌组织和癌旁正常肺组织为研究对象,采用差速离心联合双水相法纯化组织细胞质膜,运用同位素标记相对和绝对定量技术结合高效液相色谱 串联质谱技术,鉴定出肺腺癌组织和癌旁正常肺组织的差异蛋白质41种. 同癌旁正常肺组织相比,18个蛋白质在肺腺癌组织中表达上调,23个蛋白质在肺腺癌组织中表达下调. 生物信息学分析发现,差异质膜蛋白质FLOT1、CAV1和ITGB1均处于蛋白质相互作用网络的重要位置,可能参与了肺腺癌相关信号转导.利用蛋白质印迹和免疫组织化学染色验证,差异蛋白质FLOT1、CAV1和ITGB1在肺腺癌织和癌旁正常肺组织的表达情况,其验证结果与蛋白质组学研究结果一致. 研究结果对肺腺癌诊断标志物和肺腺癌癌变分子机理研究具有重要意义.     

人肺腺癌细胞A—549和正常细胞HBE的蛋白质组差异分析

为了研究人肺腺癌细胞A 5 49和正常细胞HBE的蛋白质组差异 ,用固相pH梯度双向凝胶电泳分离人肺腺癌细胞系A 5 49和正常细胞HBE的总蛋白质 ,银染显色 ,PDQuest 2 DE软件分析 ,对部分差异蛋白质点进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 (MALDI TOF MS)测定其胶内酶解后的肽质指纹图谱 ,用PeptIdent软件查询SWISS PROT数据库。结果获得了分辨率和重复性均较好的双向电泳银染图谱 ,图象分析探测到A 5 492 DE图谱的平均蛋白质点数为 (890± 38)个 ,HBE的平均蛋白质点数为 (75 7± 2 7)个 ,不同胶间蛋白质点的位置偏差在IEF方向为 (2 .85± 0 .48)mm ,在SDS PAGE方向为 (2 .6 9± 0 .37)mm。差异表达分析发现A 5 49和HBE图谱有5 35个蛋白质点相互匹配 ,其中A 5 49有 35 5个未被匹配 ,HBE中有 2 2 2个未被匹配 ;对A 5 49和HBE中的 18个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析 ,经数据库查询 ,初步鉴定为一些与物质代谢、细胞因子、信号转导有关的蛋白质。提示人肺腺癌细胞A 5 49和正常细胞HBE的蛋白质组具有差异 ,这种蛋白质组的差异分析有助于进一步研究肺腺癌的相关蛋白质及分子标记物     

人肺巨细胞癌蛋白质组的二维电泳和计算机图象分析

为优化用于蛋白质组研究的二维电泳技术和计算机图象分析技术 ,以及初步分析比较与肿瘤细胞转移相关的蛋白质 ,以人肺巨细胞癌 (PLA- 80 1 - D、C)高、低转移株作为研究对象 ,应用 IPG-phor进行第一向等电聚焦 ,随后 ,在 Protein IPG conversion Kit上进行垂直 SDS- PAGE的分离 .利用光密度仪对银染的凝胶扫描 ,通过 PDQuest软件进行蛋白斑点检测和配比 .结果表明 :(1 )应用 IPGphor,采用样品直接加入重泡胀溶液的形式 ,增大了溶解性 ,缩短聚焦时间、增大样品负荷量 (分析型 ) ,提高了分辨率 .(2 )比较宽 (p H=3～ 1 0 L)、窄 (p H=4～ 7L)范围 IPG胶条 ,窄 p H范围的 IPG胶条具有较高的分辨率 .(3)比较 PLA- 80 1 - C、D细胞蛋白图谱之间的差异 ,其相关系数为 0 .7339± 0 .0 2 91 ;仅在 PLA- 80 1 - C株出现的蛋白为 1 79个 .     

不同分化程度的鼻咽癌细胞系质膜差异蛋白质组分析

本研究以CNE1和CNE2为材料,采用亚细胞蛋白质组研究方法研究不同分化程度鼻咽癌细胞系的差异蛋白质．首先用Percoll密度梯度离心法获得高纯度质膜,通过双向凝胶电泳分离、PDQuest软件分析后找出在肿瘤细胞中表达变化的蛋白质点,再用基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱（MALDI-TOF/TOF-MS）进行鉴定,共鉴定到9个具有2倍或2倍以上差异的蛋白质.这些表达差异的蛋白质参与了细胞分化、代谢及细胞信号传导过程．我们对其中5个蛋白质进行了实时定量PCR分析,对其中4个蛋白质的表达进行了免疫印迹验证．本试验为研究不同分化程度的鼻咽癌提供了一种蛋白质组研究方法,并且找到了galectin-1、annexin Ⅱ等一些可能与分化相关的蛋白质.这些数据对于研究鼻咽癌的生物学特性具有非常重要的意义．     

人肺腺癌细胞A549放射前后蛋白质组测定及分析

筛选了人肺腺癌细胞A549放射前后的差异蛋白质,并探讨了其在放射中的作用.用双向凝胶电泳对人肺腺癌细胞A549放射前后的蛋白质谱进行分析.寻找差异蛋白质.并用MALDI-TOF-MS进行蛋白质鉴定.检测出25个差异蛋白质点,对其中差异2倍以上的7个蛋白质点用MALDI-TOF-MS鉴定,鉴定出锰超氧化物歧化酶B亚型前体、角蛋白8、角蛋白9、dystrobrevin、不均一核糖核蛋白1(HNRPH1)、烯醇化酶1等6种蛋白质.用双向凝胶电泳筛选细胞系放射前后差异蛋白质,筛选的蛋白质与抗氧化、辐射防护、信号转导、RNA加工和转运、能量代谢及细胞凋亡有关,对于揭示放射的分子机制有一定的意义.     

应用二维电泳和质谱技术筛选喉癌及癌旁组织中的差异表达蛋白质

目的分离并鉴定喉癌和癌旁正常粘膜组织的差异表达蛋白质,为喉癌早期临床诊断、治疗提供新的有关的肿瘤生物学标记和靶标。方法收集5对人喉癌组织和对应的癌旁正常粘膜组织,提取组织总蛋白质,采用二维凝胶电泳技术分离蛋白并进行比较。选择在喉癌中明显差异表达的蛋白质点,进行质谱分析。结果获得了分辨率和重复性均较好的凝胶蛋白图谱。筛选出的在喉癌及癌旁正常粘膜组织中明显差异表达的10个蛋白质点,并成功鉴定。其中在喉癌组织中高表达的7个,低表达的3个。结论喉癌组织与癌旁正常粘膜组织蛋白存在明显的差异,筛选并鉴定出的这些蛋白质可能成为喉癌早期临床诊断、治疗的标志物和靶标。     

应用LCM和蛋白质组学技术筛选肺腺癌的差异表达蛋白质

为筛选肺腺癌(lung adenocarcinoma,AdC)发病相关蛋白质,首先采用激光捕获显微切割技术(laser capture microdissection,LCM)分别从AdC组织和正常支气管上皮(normal bronchial epithelium,NBE)组织中切割并收集AdC细胞和NBE细胞,再应用双向凝胶电泳技术(two-dimensional gel electrophoresis,2-DE)分离经LCM收集的细胞蛋白质,通过PDQuest软件分析差异表达的蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定差异表达蛋白质,组织芯片免疫组化方法检测差异蛋白质膜联蛋白A4(annexin A4)在30例AdC组织、配对的癌旁组织和淋巴结转移癌组织中的表达水平。研究结果显示,通过蛋白质组学方法建立了LCM收集的AdC和NBE细胞的2-DE图谱,质谱鉴定得到了33个差异表达蛋白质,其中21个蛋白质在AdC细胞中表达上调,12个蛋白质在AdC细胞中表达下调。组织芯片免疫组化结果显示,与癌旁肺组织相比,annexin A4在AdC组织中的表达水平显著上调,且在AdC淋巴结转移癌组织中的表达明显高于其原发癌组织。上述结果提示annexin A4与AdC的发病及淋巴结转移相关,有望成为诊断AdC及预测AdC转移的分子标志物。     

小鼠不同组织的差异线粒体蛋白质组研究

线粒体是真核细胞的重要细胞器, 它不仅具有合成ATP等普遍性功能, 也具备一定的组织特异性, 适应不同组织的生理功能需要. 为了鉴定组织相关性线粒体蛋白, 系统地分析和比较了C57BL/6J小鼠肝脏、肾脏和心脏线粒体蛋白质组. 通过双向凝胶电泳和MALDI-TOF/TOF质谱, 在这3种小鼠组织中共发现了87种组织特异的线粒体差异蛋白; 采用ICPL的定量蛋白质组方法和Western blotting技术, 进一步证实某些典型的组织特异性蛋白. 还通过实时定量PCR和Western blotting技术分析了6种具有代表性的组织差异线粒体蛋白质在线粒体内外的分布, 并结合激光共定位技术观察它们在相应组织活细胞内的表达与定位. 研究发现, 这些核基因编码的线粒体蛋白确有组织特异性分布和线粒体内外丰度差异特性. 本结果为组织特异性线粒体蛋白质的深入研究奠定了实验基础.     

人胃癌组织及胃正常组织氨基酸差异研究

对 2 2例胃癌组织及其癌边组织、胃正常组织氨基酸进行了测定。发现胃癌组织氨基酸总量低于癌边组织氨基酸总量 ,癌边组织氨基酸总量又低于胃正常组织氨基酸总量。癌中组织与癌边组织相比有 8种氨基酸明显降低 ,P <0 .0 1 ;其中三种为人体必需氨基酸 ,三种为生糖氨基酸。胃癌组织与胃正常组织相比 3种生糖氨基酸明显降低 ,P<0 .0 5。结果表明 :胃癌组织存在明显的氨基酸代谢异常     

昆虫差异蛋白质组: 进展和展望

黑腹果蝇Drosophila melanogaster、家蚕Bombyx mori、意大利蜜蜂Apis mellifera和冈比亚按蚊Anopheles gambiae等昆虫的基因组测序已经基本完成,蛋白质组学技术将是阐明这些基因组功能的重要工具。本文综述了应用差异蛋白质组学技术在昆虫诱导性免疫、抗性机制和分子病理研究方面取得的一些成果：（1） 细菌、真菌、脂多糖或机械损伤诱导的昆虫血淋巴或血细胞来源细胞系的蛋白质表达的改变; （2） Bt抗性昆虫中肠刷状缘膜和抗锥虫采采蝇Glossina morsitans唾液腺多种蛋白质表达的改变; （3）化学农药处理和姬蜂Chelonus inanitus携带的多分DNA病毒引起的昆虫蛋白质组的变化。最后讨论了昆虫差异蛋白质组学研究的瓶颈与对策。     

胃癌与癌旁组织miRNA差异表达谱的研究

目的研究胃癌中表达失调的miRNA及其生物学功能,从而进一步阐明miRNA在胃癌发生中的分子机制。方法将总RNA加ploy（A）尾后进行反转录PCR扩增特异miRNA,使用QuantityOne软件进行定量分析,计算每对样本胃癌与癌旁组织比值（T／NRatio）,使用SAM软件进行统计分析。MTT法检测miR-21和miR-17-5p对胃癌细胞系生长的影响。结果在8对胃癌及癌旁组织样本中对237个miRNA进行了表达谱分析。对于检测到表达的161个miRNA,使用SAM软件进行统计分析,确认22个在胃癌中表达上调,2个在胃癌中表达下调（FDR=0．0963）。进一步通过生长抑制试验证实在胃癌组织中表达异常增高的miR-21和miR-17-5p对胃癌细胞的生长有明显的促进作用。结论这些在胃癌中异常表达的miRNAs具有成为新一代胃癌标记物的潜力,能够为胃癌的精确诊断分型提供依据,同时针对这些靶点可以开发新的核酸治疗技术,通过抑制或增强其功能来达到治疗胃癌的目的。     

蚕豆萎蔫病毒纯化和病毒蛋白质及RNA组份分析

属蚕豆萎蔫病毒（ＢＢＷＶ）血清ＩＩ型的分离物Ｂ－９３４接种昆诺藜,采收的病叶先用含蔗糖的高浓度磷酸钾盐缓冲液,后用ＴｒｉｔｏｎＸ－１００处理,成功地提取了大量病毒粒子,提纯病毒得率为１３４ｍｇ／ｋｇ病叶,提纯病毒在电镜下可观察到大量球状病毒粒子,直径约２５ｎｍ,提纯的ＢＢＷＶ经甘油梯度超离心后在可观察到３个组份,分别称Ｔ,Ｂ和Ｍ组份,其中Ｔ为空壳蛋白,Ｂ和Ｍ为核蛋白,各组份经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ测定,     

玉米早期花药蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析

蛋白质磷酸化修饰是调控其功能的一种重要方式。植物有性生殖过程在农作物产量形成和物种繁衍过程中起着重要作用。作为植物雄性生殖器官的花药,其正常生长发育对于保证形成功能性配子(花粉)以及完成双受精过程至关重要。本研究以重要农作物玉米(B73)为材料,利用Nano UHPLC-MS/MS质谱技术对玉米早期发育的花药在蛋白质组和磷酸化蛋白质组水平进行全面分析,以探究玉米花药发育过程中的蛋白调控网络和磷酸化修饰调控网络。在蛋白质组学分析中,共鉴定到了3 016个多肽,匹配到1 032个蛋白质上。通过Map Man分析,预测到了一些和花药发育相关的蛋白质,例如受体激酶(GRMZM2G082823_P01、GRMZM5G805485_P01等)。另外,在磷酸化蛋白质组学研究中,通过对Ti O2亲和层析富集到的磷酸化多肽进行质谱分析,检测到了257个磷酸化多肽,匹配到210个蛋白质上。我们的数据揭示了玉米花药发育过程中的223个磷酸化位点。与已发现的玉米中的86个磷酸化蛋白质(植物蛋白磷酸化数据库(P3DB):http://www.p3db.org/organism.php)相比,其中203个磷酸化蛋白和218个磷酸化位点为首次揭示。进一步生物信息学分析表明:磷酸化在14-3-3蛋白质、激酶、磷酸酶、转录因子、细胞周期和染色质结构相关的蛋白质介导的玉米早期花药发育过程中起着重要的调控作用。总之,本研究首次在蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学水平研究了玉米早期花药发育的蛋白质调控网络,不仅丰富了玉米蛋白质和磷酸化修饰蛋白质数据库,并为利用遗传学和生物化学手段深入研究玉米花药发育的分子调控机理提供了基础。     

乳腺癌组织及正常乳腺组织基因表达差异分析

[目的]基于GEO数据库中乳腺癌相关基因表达谱芯片,探讨乳腺癌组织及正常乳腺组织基因表达差异.[方法]收集2016年10月～2017年10月于医院进行乳腺癌根治术患者乳腺癌组织及其对应正常乳腺组织,共213对样本.GEO数据库提取乳腺癌相关基因表达谱芯片数据,根据筛选基因对应基因差异倍数(FC)对数值,定义表达上调和下...     

乳腺癌癌旁组织特异性表达基因分析

癌症研究中常用癌旁组织(normal tissues adjacent to the tumour, NAT)作对照,而癌旁组织与无肿瘤的正常组织的基因表达谱是有差异的。癌旁组织特异性表达基因的存在通常会干扰传统的转录图谱研究,然而目前关于癌旁与无肿瘤组织的基因表达谱差异的研究相对较少。本研究对14例乳腺癌患者的癌组织、癌旁组织和对侧正常乳腺组织样本进行高深度RNA测序和分析,发现癌旁组织相比对侧正常乳腺组织有102个差异表达基因。基因富集和蛋白-蛋白互作分析揭示这些差异表达基因显著富集在肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor,TNF)和上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)等癌症相关的基因集中。通过比较癌旁组织与癌组织、癌旁组织与对侧正常乳腺组织的转录图谱,发现23个癌旁组织特异性高表达的基因,即癌旁特异性激活(tumour-adjacent specific activation, TASA)基因。这些基因显著富集在TNF基因集中,其中15个是新发现的基因。结果表明,TASA基因在乳腺癌癌旁组织中普遍存在,并且与免疫系统的TNF信号有关。癌旁中存在类肿瘤型表达模式的基因,这些基因可能与肿瘤形成有关,但是往往在肿瘤-癌旁成对研究中被遗漏。     

帕金森病和正常人外周血单个核细胞的蛋白质组差异分析

目的:通过研究帕金森病和正常外周血单个核细胞(PBMC)的蛋白质组差异,初步探讨外周免疫系统与帕金森病的病理联系.方法:用固相pH梯度双向凝胶电泳分离人帕金森病和正常单个核细胞总蛋白质,考马斯亮蓝染色,PDQuest 2-DE软件分析,对部分差异蛋白质点进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)测定其胶内酶解后的肽质指纹图谱,用Mascot查询系统查询SWISS-PROT数据库.结果:获得了分辨率和重复性均较好的双向电泳考染图谱,对其中的21个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析,经数据库查询,初步鉴定为一些与蛋白降解、抗氧化应激、信号转导、细胞骨架、细胞周期调控等有关的蛋白质.结论:建立了帕金森病PBMC的双向凝胶电泳图谱,提示帕金森病和正常的PBMC的蛋白质表达具有差异.     

大鼠肝再生过程中肝细胞质膜微区差异蛋白质鉴定与分析

动物肝是具有极强再生能力的器官,研究并阐明肝再生的机制可为肝移植等与肝损伤相关的疾病治疗提供理论依据.质膜包括“脂筏(lipid rafts)”和“质膜微囊(caveolae)”的微区,具有参与胞吞胞饮、信号转导、运输胆固醇等重要功能.肝再生过程中,肝质膜微区脂筏蛋白质受到内部调控的影响会发生改变. 捕获脂筏微区信号蛋白分布的变化,对于理解和阐明肝再生过程中信号通路途径有重要意义.本研究应用成熟的大鼠2/3肝切除模型结合蔗糖密度梯度离心法,提取假手术组与肝再生组大鼠肝细胞质膜,并进一步纯化获得质膜微区蛋白质.通过SDS-PAGE分离以及ESI-Q-TOF质谱鉴定,对获得的质膜微区蛋白质进行差异分析. 结果显示,有30个微区蛋白质差异表达,其中13个上调、17个下调.生物信息学分析表明,所鉴定到的蛋白质主要参与细胞增殖、程序性死亡、细胞凋亡等调控,同时涉及到与肝再生密切相关的血管生成等信号通路.本文为质膜微区蛋白质的研究提供了方法上的参考以及相关基础数据,为后续临床肝再生的研究奠定了一定的基础.     

乳腺增生组织蛋白质组的凝胶内差异显示电泳分析 `

目的：建立具有高分辨率和稳定性的乳腺增生组织蛋白质组的双向电泳图谱,并对其进行差异蛋白质组分析。方法：取乳腺增生病患者增生部位及正常部位乳腺组织,匀浆提取乳腺组织总蛋白,分别用Cy3或Cy5标记,每一对Cy3和Cy5标记样品都与一个Cy2标记的内标等量混合,上样于同一胶中进行电泳分离,经不同光激发下扫描得到不同样品的蛋白质组图谱。所获得的图谱经DeCyder软件进行分析。结果：在乳腺增生病增生的组织中,有12个蛋白质表达水平显著增加,另外3个蛋白质表达水平显著下降。结论：利用DIGE技术可以作胶内时比分析,也可以根据内标消除胶与胶之间的差异,提高统计的可信度;分析所得的15个差异蛋白质可能与乳腺增生疾病的发生与发展有关。     

正常与脑缺血大鼠的脑皮质蛋白质差异分析鉴定

Wistar大鼠随机分为正常组和模型组,采用改进的线栓法制备模型,在规定的时间点快速断头取脑,分离脑皮质组织,提取蛋白质后双向电泳展示,以ImageMaster 2D Elite v301软件对2_DE图谱进行差异表达分析,目标蛋白点用基质辅助激光解析电离质谱测定肽质量指纹图进行鉴定。线粒体应激70蛋白前体、血小板活化因子乙酰基水解酶Ibβ亚单位、ADP核糖基化因子蛋白3、电压依赖性阴离子选择通道蛋白1、泛素C末端水解酶同工酶L1、突触结合蛋白等11个蛋白在模型6h组表达上调,谷胱甘肽S-转移酶omega 1、 谷胱甘肽S-转移酶P、Cu-Zn超氧化物歧化酶、 ATP合酶D链、G蛋白β亚单位1、微管蛋白β链15、苹果酸脱氢酶等15个蛋白在模型6h组表达上调。胆绿素还原酶B、细胞因子A4前体为模型组新出现点,腺苷酸激酶同工酶1在模型组消失,Thiore doxin peroxidase 1在模型组分为2个点。以双向电泳技术得到分辨率较好的电泳图谱,并初步鉴定脑缺血后差异表达蛋白,为深入研究缺血性脑损伤病理机制奠定了基础。     

不同发育阶段草鱼肾脏蛋白质组差异的初步分析

为了研究草鱼在不同发育阶段抗病能力差异的发育遗传学原因,以1龄草鱼和3龄草鱼的免疫器官肾脏为材料研究其在蛋白质组水平的差异。提取1龄草鱼和3龄草鱼肾脏的全蛋白,用二维聚丙烯酰胺凝胶电泳进行蛋白质的分离,染色后,扫描成像,经PDQUST软件分析,分别检测到大约900个蛋白质点。这些蛋白质点主要分布在pH4.5-7之间,其分子量大部分在66.2kDa以下。在3龄草鱼中检测到了3个在1龄草鱼中没有的差异蛋白质点,和20个上调、下调的差异点。经MALDI-TOF质谱分析和数据库搜索,证明在3龄草鱼肾脏中上调的差异点中有4个是与免疫或肾脏发育相关的蛋白质。这些初步的研究结果提示草鱼在不同发育阶段抗病能力的差异可能具有其发育遗传学基础。