基于高通量测序技术分析患病与健康虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)闭壳肌菌群多样性

本研究取自同一养殖海域不同浮筏养殖笼中健康和患脓包病虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)样品,健康虾夷扇贝样品标记为CK,患病样品分别标记为S1、S2和S3,使用Mi Seq高通量测序技术比较不同生存状态的虾夷扇贝的微生物组成与差异。结果表明:4个样品中菌群多样性表现为S3CKS1S2;4个样品中的细菌可归为24个门,主要门类有变形菌门、拟杆菌门、浮霉菌门、梭杆菌门、厚壁菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、绿菌门和绿弯菌门;在健康虾夷扇贝样品中,变形菌门占绝对优势,占整个菌群的95.9%,患病虾夷扇贝样品中,S1和S3中优势类群均为变形菌门,分别占整个菌群的80.4%和86.8%,S2中优势菌群为拟杆菌门,占56.9%。     

辽宁盘锦三角洲翅碱蓬根系及内生细菌群落多样性

【目的】翅碱蓬(Suaeda heteroptera)是一种典型的盐碱指示物,对重金属和石油污染的盐碱土壤有一定的修复作用,但是关于翅碱蓬根系与根系内生微生物之间的关系、微生物的多样性以及根系微生物在生物修复中所起作用的研究较少。本文以盘锦"红海滩"的翅碱蓬为例,研究翅碱蓬根系及根系内生细菌菌群种类和结构。【方法】通过传统的培养方法和非培养的高通量测序方法对翅碱蓬根系土壤样品、根系附着物样品以及根系匀浆样品中微生物群落多样性进行分析。【结果】传统方法共分离得到67株细菌,选择代表菌28株,根据其形态特征和生理生化特征,结合16S r RNA基因序列比对进行鉴定,它们分别属于盐单胞菌属(Halomonas)、海细菌属(Marinobacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、副球菌属(Paracoccus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、游动球菌属(Planococlus)、沙雷氏菌属(Serratia)、刘志恒菌属(Zhihengliuella)等。利用高通量测序技术对样品进行多样性分析,其中根系附着物样品的菌群丰度和多样性最高,依次分别为根系土壤样品和根系匀浆样品。3个样品中有效序列群落结构可分为12个门,包括酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿菌门(Chlorobi)、绿弯菌门(Chloroflexi)、蓝菌门(Cyanobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、变形菌门(Proteobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。根系匀浆样品中蓝菌门为优势门类,占整个菌群的42%,变形菌门为次优势类群,占33%。变形菌门在根系附着物样品中为优势门类,占46%,拟杆菌门为次优势门类,占16%。根系土壤样品中拟杆菌门为优势门类,占整个菌群的37%,次优势类群为变形菌门,占20%。【结论】翅碱蓬根系和内生菌具有丰富的多样性,其根系微生物可能会在重金属和石油污染土壤的生物修复中起一定的修复作用。     

添加不同益生菌对草鱼养殖水体菌群结构的影响

为评价添加不同益生菌对草鱼养殖水体菌群结构的影响,研究采用454焦磷酸测序技术分析其水体菌群结构。结果表明:添加益生菌后的处理组（枯草芽孢杆菌BS、光合细菌PSB和复合菌CB）其微生物多样性高于对照组（Control）。在门的水平,Control和CB样品中变形菌（Proteobacteria）为优势菌,PSB和BS中变形菌（Proteobacteria）和放线菌（Actinobacteria）所占比例差别不大。与Control相比,其他三组中拟杆菌（Bacteroidetes）和放线菌（Actinobacteria）都增加。对变形菌深入分析发现,在PSB,BS和 CB 样品中,-变形杆菌为优势菌,接下来是-变形杆菌纲、-变形杆菌纲和-变形杆菌纲。对拟杆菌分析发现,除对照外,其他样品中黄杆菌纲（Flavobacteria）为优势菌。在对照和处理组中,-变形杆菌、-变形杆菌、-变形杆菌和拟杆菌门在目的水平组成也有差异。以上结果表明,水体中添加益生菌能增加水体菌群多样性,改变菌群结构。       

团水虱不同生长阶段肠道微生物多样性分析

为了解团水虱不同生长阶段的肠道微生物多样性,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建团水虱幼体、稚体和成体三个生长阶段肠道微生物的16S r RNA基因测序文库,分析三个样品中的菌群组成和生物多样性。结果表明,成体(T1)、稚体(T2)、幼体(T3)三个生长阶段肠道微生物样品共产生794个OTU,分别含646个、686个和156个OTU。分析显示,共检测到25个细菌门类,其中包括变形菌门、拟杆菌门、梭杆菌门等3个优势菌门。变形菌门为三个样品的共同优势菌,在幼体、稚体和成体中分别占51.7%、55.1%和51.6%;拟杆菌门为稚体(30.21%)和成体(38.57%)的次优势菌门,在幼体肠道内低于5%;梭杆菌门在幼体体内占37.8%,是幼体的次优势菌门,但在稚体和成体体内均低于2%。幼体与其他两个生长阶段的肠道细菌群落结构差异显著,与稚体和成体的共有OTU数量,占检测到的OTU总数的比例均低于25%。其中稚体肠道细菌有着最高丰富度及多样性,其Chao指数为697.15、Shannon指数为4.69,最低的Simpson优势度指数为0.035 1,而幼体肠道细菌丰富度和多样性最低。研究结果表明,团水虱肠道菌群种类丰富,幼体肠道菌群种类及其多样性与稚体、成体差异明显;菌群变化与各生长阶段团水虱生活习性关系密切。     

基于454焦磷酸测序分析虾夷扇贝外套膜菌群多样性

运用454焦磷酸测序技术分析了健康虾夷扇贝和缺刻症状虾夷扇贝外套膜细菌多样性,分别从健康和缺刻虾夷扇贝样品中获得20872和16333条有效序列.结果表明： 缺刻虾夷扇贝样品菌群丰度和多样性分别高于健康虾夷扇贝样品;两个样品中细菌可以分为8个门,即变形菌门、厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、浮霉菌门、螺旋体门和柔膜菌门,其中前7个门类的细菌在健康和缺刻虾夷扇贝样品中均有分布;在健康虾夷扇贝样品中,变形菌门占绝对优势,占整个菌群的97.7%,次优势类群厚壁菌门占0.8%;缺刻虾夷扇贝样品中,优势类群为厚壁菌门,占整个菌群的52.2%,次优势类群变形菌门占47.7%.     

主养“海蜇-缢蛏”生态养殖池塘细菌群落结构特征及其环境驱动因子

为了解海水生态养殖池塘细菌群落结构及其多样性变化,探讨环境因子对其影响,于2021年4月至8月应用16S rDNA高通量测序技术,分析比较了辽宁省东港市北井子镇主养“海蜇-缢蛏”生态养殖池塘水体和沉积物中细菌群落结构及其多样性差异,使用Spearman相关研究环境因子与门水平菌群间相互关系。结果显示,沉积物中细菌多样性指数明显大于水体中细菌多样性;水体与沉积物中细菌群落结构相似度低,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)和未分类的(unidentified bacteria)菌门为二者共有优势菌门,水体中变形菌门主要以α-变形菌(α-Proteobacteria)为主,而沉积物中主要以γ-变形菌(γ-Proteobacteria)为主。Spearman相关性分析表明,OTUs丰富度前10的菌群门类中,变形菌门、蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线杆菌门(Actinobacteriota)与总氮(TN)呈显著正相关(P<0.05),与总磷(TP)呈显著负相关(P<0.05);弯曲杆菌门(Campylobacterota)和未分类...     

不同养殖场林麝肠道微生物组成和功能的差异

肠道疾病是养殖林麝(Moschus berezovskii)常见疾病。动物肠道微生物伴随宿主进化并与胃肠道构成了复杂的微生态系统。为探究不同饲养环境对圈养林麝肠道微生物组成和功能的影响,本研究对采自国内5个不同养殖场的215份粪便样品进行了16S rRNA基因高通量测序,对比分析不同养殖场林麝肠道微生物组成、多样性和功能的差异。结果显示,厚壁菌门和拟杆菌门是未喂食复合益生菌的祁连县养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门,而喂食复合益生菌的甘肃两当县和陕西凤县的4家养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门为厚壁菌门和变形菌门。不同养殖场林麝肠道菌群组成、优势菌门、优势菌属、潜在致病菌、代谢及疾病相关功能均有显著差异。祁连县养殖场林麝肠道微生物的α多样性和疾病相关功能表达量显著低于其他养殖场,并以肠型2为主,其主导菌为厚壁菌门、UCG-005和拟杆菌属;两当县和凤县的4家养殖场林麝肠道菌群潜在致病菌相对丰度较低。本研究推测食物组成差异可能是导致不同养殖场林麝肠道微生物差异的主要因素,复合益生菌的使用可能是导致α多样性和潜在致病菌下降的重要因素。该结果可为林麝的人工养殖和有效管理提供科学依据,也对人工饲养...     

云南文山铝土矿区微生物多样性初步研究

目的对云南文山铝土矿区矿石样品中的细菌多样性进行研究。方法采集云南文山铝土矿矿石样品,利用16SrRNA高变基因序列构建细菌基因文库,建立系统发育树,初步探究该矿区细菌多样性。结果文山铝土矿区矿石样品中细菌的主要菌群包括变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,其中优势菌群为变形菌门的细菌。结论云南省文山铝土矿区的矿石样品中存在丰富的细菌,且种群多样性较好。     

北京市妫水河底泥微生物群落结构特征

微生物对外界环境变化较为敏感,常被作为指示生物用于监测和反映水质情况。为满足延庆世园会和冬奥会举办对妫水河水质的调控要求,探讨妫水河底泥微生物群落结构特征及环境因子对其分布的影响。基于妫水河12个不同断面的水样和底泥样品,进行了水质、底泥理化性质分析,并对底泥的微生物群落结构特征进行了研究。结果表明,妫水河中、下游水体水质COD、NH~+_4-N、TN超标,其中上覆水TN含量与底泥TN含量呈极显著正相关(P=0.914);MiSeq高通量测序发现,妫水河底泥微生物共检出70门228纲1168属,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、绿菌门(Chlorobi)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)是妫水河底泥微生物群落结构中的主要菌门,在各个样品中相对丰度之和均占84%以上,其中变形菌门为第一优势门,占比达到45.3%—69.1%,而不同断面样品的优势菌属有所不同。妫水河底泥微生物群落丰度总体较高,多样性也相对较高,其中世园段D7点Ace丰富度指数和Shannon多样性指数均较其他点位低,分别为2673和6.56。RDA(redundancy analysis)分析表明,底泥氨氮和温度是影响其微生物群落结构的主要因子(F=2.92,P=0.038;F=2.81,P=0.014),妫水河底泥的优势反硝化菌属为脱氮单孢菌属和硫杆状菌属,其丰度与NH~+_4-N、水温呈正相关,同时与DO呈负相关。研究结果对妫水河水生态环境保护和水质管理提供数据支撑及理论指导意义。     

温州市境内城市河流底泥氨氧化菌富集培养物微生物群落结构分析

【背景】城市河流底泥含有丰富的微生物资源,底泥表面更是硝化作用的主要位点之一,其表面微生物在河流生态系统氮的转化过程中发挥着重要作用。【目的】以温州市境内的城市河流水系温瑞塘河茶山段舜岙河和横江河的4条河道作为采样点,比较分析4种不同环境下城市河流表层底泥氨氧化菌富集培养物的微生物群落结构。【方法】通过野外采样及室内培养对底泥中氨氧化功能菌进行富集培养,采用高通量测序技术分析微生物群落的组成、丰度和多样性。【结果】富集培养后主要优势类群为变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。4个样品共涉及氨氧化细菌3个属,分别为亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、亚硝化螺菌属(Nitrosospira)、亚硝化球菌属(Nitrosococcus),涉及氨氧化古菌1个属为Nitrososphaera,其中所有样品均以Nitrosomonas为主。不同底泥富集样品氨氧化微生物可操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)组成存在明显差异,栽种有水生植物的河道底泥样品DA2具有最高的氨氧化细菌OTU数量和相对丰度,而存在生活餐饮污染的河道底泥样品DA4具有最高的氨氧化古菌OTU数量和相对丰度;相较于滞留水体,采自相对流动水体的富集样品DA2、DA4具有更高的氨氧化微生物OTU数量和相对丰度。【结论】阐述了4种不同环境下城市河流底泥氨氧化菌富集培养物微生物群落结构的多样性,确定了富集培养之后的优势类群,为氨氧化微生物培养源的选择提供了参考,也为城市河流底泥中氨氧化菌进一步的筛选分离及其生理生态特征的研究提供了科学依据。     

不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响, 实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明, 不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验: P>0.05), 其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等; 属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等; 但各优势菌群在个体间的丰度差异较大, 且在成虾阶段趋于保守, 属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验: P<0.05)。在门水平上, 优势菌群较为一致, 包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾, 表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上, 成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(Flavobacterium)、拟杆菌属和氢噬胞菌属(Hydrogenophaga), 这些菌属可以帮助机体进行多种营养代谢, 成虾肠道中与碳水化合物代谢相关的菌群多于幼虾。PICRUSt功能预测显示, 在克氏原螯虾肠道中, 营养代谢功能相关的菌群相对丰度最高, 而成虾肠道菌群代谢碳水化合物的功能显著高于幼虾。实验表明, 在野外虾塘养殖下的克氏原螯虾的肠道菌群不论是在群落多样性、物种丰度还是菌群功能预测上, 都未体现出性别间的差异, 且肠道菌群的个体差异较大; 但在不同生长阶段间, 克氏原螯虾肠道微生物的群落多样性、丰度及功能都有显著差异, 相比于幼虾, 成虾肠道菌群多样性降低, 多种代谢功能升高。     

海水混养池塘虾蛤肠道与养殖环境的微生物多样性

【背景】海水混养池塘环境微生物以及动物肠道微生物的群落结构已有研究,但对混养环境中多品种动物肠道与环境微生物群落的关系尚未见报道。【目的】研究海水虾蛤混养环境中微生物多样性以及与养殖动物健康之间的关系。【方法】采用Illumina高通量测序技术测定冬季莆田市北江养殖区2个混养池塘中水体、底泥以及虾蛤肠道的菌群结构。【结果】同一池塘水体与底泥之间、不同池塘水体或底泥之间的微生物结构存在一定的差异;同一养殖区2个混养池塘虾与蛤肠道微生物结构之间具有极高的相似性,与养殖环境存在显著的差异。微生物多样性和丰富度差异很大,表现出底泥水体肠道;虾蛤肠道微生物以厚壁细菌和γ-变形细菌为主;池塘水体以放线菌、α-变形细菌以及拟杆菌为主,底泥以γ-变形细菌和δ-变形细菌为主。养殖动物肠道微生物主要优势种为乳球菌属和假单胞菌属,池塘环境内存在较高丰度的黄杆菌类潜在致病菌,而在虾和蛤的肠道中基本未检出。2个池塘底泥硫还原细菌含量较高,增加了底质产生硫化氢等有害物质的风险。【结论】比较混养池塘中水体、底泥以及虾蛤肠道三者之间微生物群落结构的差异,揭示虾、贝混养模式微生物与养殖环境的关系,为池塘养殖虾、贝疾病防治和混养结构的优化提供参考。     

溴代阻燃剂污染底泥与未污染底泥中细菌群落结构之比较分析

【目的】通过免培养的分子生物学方法,比较受溴代阻燃剂污染严重的河流底泥和与未污染水库底泥中细菌多样性差异,解析二者间细菌群落结构,为污染河流的治理与生物修复提供相关的理论依据。【方法】从中国贵屿溴代阻燃剂污染区练江底泥样品和未污染水库底泥样品中分别提取微生物总DNA,用细菌通用引物27F和1500R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因文库。用HhaⅠ和HinfⅠ2种限制性内切酶对克隆子进行扩增产物rDNA的限制性酶切分析(ARDRA),挑取不同的操作分类单元OUT中的克隆进行测序并构建系统发育树,比较代表克隆子的基本分类类群和生物多样性构成。【结果】未污染水库底泥中细菌群落组成主要包括变形细菌门(Proteobacteria)的α、β、γ和δ4个亚门、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和厚壁菌门(Firmicutes)。优势菌是酸杆菌,占文库克隆的30.2%。污染河流底泥中细菌群落组成包括变形细菌门(Proteobacteria)的α、β、δ和ε4个亚门、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿菌门或拟杆菌门(Chlorobi orBacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、待定菌群candidatedivision OP01、candidate division OP08和candidate division WS3的相似菌。优势菌是ε-变形细菌和绿弯菌,占文库克隆的44.9%。【结论】受溴代阻燃剂污染河流底泥中的细菌群落具有较高水平的多样性,与未污染底泥有显著区别,主要体现在ε-变形细菌和绿弯菌在细菌群落中具有优势地位。这种优势种群的改变可能与污染物的过度富集具有一定的相关性,对于我们进一步探索和了解溴代阻燃剂的微生物修复具有一定的指导意义。     

明代古沉船饱水木材的原核微生物多样性分析

微生物是引起饱水木材降解劣化的主要因素之一。本文利用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析明代"南澳Ⅰ号"古沉船船体饱水木材样品的原核微生物群落多样性,探讨饱水木材的原核微生物降解机制。结果表明:饱水木材样品与沉积物中的原核微生物种群丰富,且在含量上存在一定差异。在门水平上存在7个共有的优势菌门,分别为变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和奇古菌门(Thaumarchaeota)。海底现场取的木材样品的菌群种类相似,存在丰富的厌氧、可以降解木材的菌群,但是含量存在着明显的差异;海底沉积物的细菌多样性及含量与木材样品存在明显的差异。脱盐过程中的木材样品含有大量好氧的铁氧化细菌(Ferritrophicum,8%)和脱硫菌(Desulfurivibrio,5.27%),可能参与铁硫元素的转化。结果表明原核微生物多样性是饱水木材保护过程中需重点关注的问题。     

巴丹吉林沙漠盐湖微生物多样性

【目的】研究内蒙古巴丹吉林沙漠碱性盐湖中的原核生物多样性及其与环境因子之间的关系。【方法】利用分子生物学方法构建16S rRNA基因克隆文库,对盐湖中的嗜盐碱微生物进行系统发育分析;利用R语言绘图,对不同盐湖的微生物群落结构进行对比研究。【结果】该区域盐湖含盐量很高,矿化度达165g/L-397 g/L。同时,水体呈强碱性,p H均在10以上。三个湖的盐度和p H值等理化参数有梯度变化,因此微生物多样性和群落结构存在明显差异。整体而言,细菌的多样性大于古菌。样品中含有的主要的细菌门类为γ-变形菌亚门(Gammaproteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、疣微菌门(Verrucomicrobia),古菌则全部属于广古菌门(Euryarchaeota)中的盐杆菌科(Halobacteriaceae)。【结论】盐度是决定细菌群落结构的主要因素,古菌群落结构则由多种环境因素综合影响。一些已知的嗜盐碱菌,如Roseinatronobacter spp.、Halohasta spp.等,可以生活在比其盐度和碱度生长范围更高的极端盐碱环境中。此外,样品中还含有大量未培养的嗜盐碱细菌和古菌,对进一步开发极端盐碱环境中的微生物资源有重要意义。     

宜春温泉水体与泉底沉积物细菌多样性分析

研究宜春富硒温泉水体与泉底沉积物的细菌群落多样性。利用高通量测序技术分析泉水与沉积物中细菌群落结构与多样性。温泉水中主要的细菌类群为变形菌门和拟杆菌门,而在沉积物样品中的主要优势菌群为OP1、蓝细菌、浮霉菌门和绿弯菌门。细菌在属分类水平上,温泉水中优势菌群为不动杆菌属、假单胞菌属、水栖菌属、Thermosynechococcus、鞘脂杆菌属和金黄杆菌属等。沉积物样品细菌中优势菌群属于未知物种,在数据库中并没有相关的注释信息;其中已知的优势菌属为Candidatus acetothermum、Thermosynechococcus、亚热栖菌属、不动杆菌属。宜春温汤富硒温泉水体与沉积物中存在着丰富的微生物群落且组成差异性很大,该研究为了解与发掘温泉微生物菌种资源具有重要价值。     

石油污染对土壤微生物群落多样性的影响

土壤中的微生物主要有细菌、放线菌、真菌三大类群,微生物在石油污染的土壤中发挥着维持生态平衡和生物降解的功能。文中以四川省遂宁市射洪县某废弃油井周围不同程度石油污染土壤为供试土壤,首先对各组供试土壤的基本理化性质进行测定分析;然后采用平板菌落计数法测定了供试土壤中三大类微生物数量的变化,结果表明:相比未被污染的对照土壤,石油污染的土壤中细菌、放线菌、真菌数量均减少,并且土壤中可培养微生物的数量与土壤含水量呈正相关;再采用454焦磷酸测序技术对土壤中的细菌群落多样性及变化进行16S rRNA基因分析。在所有供试的4个土壤样品中,共鉴定出不少于23 982个有效读取序列和6 123种微生物,相比于未被污染的对照土壤,石油污染土壤中细菌的种类更加丰富,主要优势门类为酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门、浮霉菌门和变形菌门。但不同土壤样品中优势菌群的群落结构有所差异,石油污染的土壤中,酸杆菌门、放线菌门和变形菌门的数量最多,未被石油污染的土壤中,放线菌门、拟杆菌门和变形菌门的数量最多。     

厌氧脱氮系统中微生物群落结构研究

[目的]研究厌氧氨氧化耦合异养反硝化脱氮系统中的微生物群落。[方法]采用聚合酶链式反应、克隆等分子生物学方法,通过构建16S rDNA克隆文库,进行同源性分析和系统发育树构建。[结果]从克隆文库中随机挑选的100个克隆子中有79个阳性克隆子,共分为17个操作单元,该基因文库的多样性覆盖率为87%,Shannon–Weiner指数为3.89,Simpson指数为0.92。经过比对发现这些微生物主要被划分为三个门类:变形菌门、拟杆菌门和绿菌门。其中变形菌纲所占比例为76.5%,包括α-proteobacteria、β-proteobacteria和γ-proteobacteria,拟杆菌门和绿菌门细菌所占比例分别为17.6%和5.9%。[结论]反应器内细菌多样性较丰富,包括变形菌门、拟杆菌们和绿菌门细菌,其中变形杆菌在该脱氮系统中是最主要的菌群。另外,反应器内可能存在部分未知细菌,有待进一步研究。     

运动对非酒精性脂肪肝患者肠道菌群的影响研究进展

越来越多的研究表明,非酒精性脂肪肝的发病与肠道菌群失衡有关,主要表现为增加的拟杆菌门,降低的厚壁菌门,以及拟杆菌与厚壁菌比值的升高,是菌群失衡加剧了非酒精性脂肪肝,还是脂肪肝加剧了菌群失衡是未知的。本综述从肠道菌群的角度,探明运动干预预防或者逆转NAFLD的机制。研究方法:系统综述。结果:运动能够增加肠道微生物的多样性,增加厚壁菌门的数量,降低拟杆菌门的数量。结论:以肠道菌群为靶点的运动干预,可以成为治疗NAFLD的便捷有效手段,本系统综述有利于理解运动干预预防NAFLD的肠道微生物机制。     

祁连山天然气水合物赋存区钻孔细菌多样性

分析了青海省祁连山冻土区天然气水合物赋存区DK-6钻孔的4个样品,对岩心样品进行处理提取微生物总基因组,采用PCR构建了细菌16S rDNA基因文库,4个文库包括44个OTU,其中有厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形杆菌门(Proteobacteria)(包括α-、β-和y-变形杆菌亚群)、放线菌纲(Actinobacteria)和异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)5类,煤、泥岩、粉砂岩等不同岩性的微生物群落之间显示出较大的组成差异,优势菌不同.细菌菌群多样性随采集点地质环境不同而有较明显的变化,天然气水合物含量、水含量、有机质含量等环境因素对冻土区天然气水合物赋存区中细菌菌群有一定的影响.4个样品中存在的微生物大部分可以代谢有机烃类,在天然气水合物环境的特殊条件下,外界环境因素制约了微生物的种类.