急性胃肠炎暴发中GⅠ.5[P4]型诺如病毒的遗传进化分析

近年来,南京市急性胃肠炎暴发呈上升趋势,主要是由GⅡ型诺如病毒(norovirus,NoV)引起,GⅠ型较为少见.本研究通过对南京市输入性病例和本地性暴发急性胃肠炎疫情中GⅠ.5[P4]型NoV进行遗传进化分析,为本地疫情控制和处置提供科学依据.对两起暴发疫情采集的18份样本进行荧光定量RT-PCR检测,并对NoV阳性样本部分聚合酶区和衣壳蛋白区进行一步法RT-PCR扩增、测序,结合参考株进行序列比对和进化树分析.18份样本中,GⅠ型NoV阳性5份,其中4份扩增出条带,其N/S区域序列与2016-2018年已公布的GⅠ.5[P4]同源性高达99.0％以上.其部分聚合酶区同1987年之后检出的GⅠ.P4进化距离较近,变异不大.部分衣壳蛋白区在2003-2013年发生较为明显的进化,形成新的簇,期间在2008年又继续进化,慢慢趋于稳定.这是南京市首次在输入性病例和本地暴发疫情中均检出同源性极高的GⅠ.5[P4],该NoV虽然在聚合酶区和衣壳蛋白区并没有发生较大进化,但是通过重组已在亚洲地区人群特别是中国多个城市导致了急性胃肠炎流行.因此,该型病毒株将是本市今后监测的重点.     

2005～2008年广东省诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征

为研究广东省诺如病毒胃肠炎暴发疫情的分子流行病学特点,我们采集了2005～2008年期间24起急性暴发性胃肠炎患者的粪便和肛拭子标本,使用诺如病毒特异性引物,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经核苷酸序列测定以分析诺如病毒的基因型,同时收集急性暴发性胃肠炎患者的相关流行病学资料。结果显示:24起急性暴发性胃肠炎中19起由诺如病毒引起,时间主要集中在每年的10月至次年2月,2005年病毒胃肠炎暴发疫情是由GⅡ-3基因型病毒引起,主要为幼儿园和小学,发生地主要在内陆山区,2006年秋季疫情以后则均为GⅡ-4型的变异株2006b引起,主要为大学和社区,2007年疫情数比其他年份高1倍,发生地遍及广东全省。广东省诺如病毒变异株2006b在个别特殊的基因位点呈现出高度的地域一致性。随着诺如病毒流行株的基因型由GⅡ-3变为GⅡ-4型,广东省诺如病毒流行的强度大大增加,新出现诺如病毒变异株2006b引起的暴发波及地方多,涉及人群从低幼儿童为主扩展到全年龄组,表明GⅡ-4新变异株比其它毒株具有更高的侵袭力。     

安徽省急性胃肠炎疫情相关GⅡ.P17-GⅡ.17基因型诺如病毒分子特征研究

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是引起病毒性胃肠炎的重要病原体,本研究旨在对2015～2016年春季安徽部分地区暴发的急性胃肠炎(Acute gastroenteritis,AGE)疫情标本进行病原检测和分子分型,分析病原的基因特征。收集2015年3月至2016年5月9起AGE疫情流行病学信息和采集病例粪便、肛拭子样本。采用Real-time PCR检测NoVs核酸和RT-PCR扩增RdRp与VP1区基因序列,基因测序后应用BLAST比对和NoVs在线分型工具分析结果。7起疫情发生在中、小学校(77.78%,7/9),2起疫情发生在乡镇,发病人数中位数为6人,男女发病比例为1.41∶1,临床表现主要以恶心、呕吐/腹泻、腹痛为主。77份临床病例样本中检出66份NoVs核酸阳性,基因序列测定获得76条序列,39条序列为RdRp区GⅡ.P17基因型,37条序列为VP1区GⅡ.17基因型。基因进化树分析显示:2015～2016年安徽地区39条RdRp区NoVs GⅡ.P17基因型序列Cluster III进化簇III b分支,与2015年广东、海南、中国台湾地区参考毒株序列有较近的亲缘性关系,核苷酸同源性为99%～100%。37条VP1区NoVs GⅡ.17基因型序列都处在Cluster III进化簇上,其中28条序列属于III a进化分支,与山东2015年LX09株、2016年广东GZ2016-L492株、江苏zj019株、中国香港CUHK-NS-942株以及日本2015年AichiF101毒株序列有较近的亲缘性关系。新型GⅡ.P17-GⅡ.17基因型NoVs是引起2015年和2016年春季安徽部分地区AGE暴发的主要病原体,需加强病毒性胃肠炎流行病学调查与病原监测及分子分型鉴定工作。     

湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中诺如病毒的分子生物学特点初步研究

本文初步研究了湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中检出的诺如病毒的分子生物学特征。收集湖州市2008年和2009年2起非细菌性急性胃肠炎暴发疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行RNA多聚酶部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行纯化及序列测定,结合诺如病毒GI、GII各基因型参考株进行核苷酸序列遗传进化分析。结果2起疫情均同时检出了GI和GII型诺如病毒。随后对其中4份RNA多聚酶区扩增阳性的标本进行测序及序列分析,结果发现2008年检出的2株GI型诺如病毒均为GI/2基因型;而2009年检出的1株GI型诺如病毒为GI/3基因型,另一株GII型诺如病毒则与近些年欧洲和亚洲相继出现的遗传组GII的新基因型GIIb的各代表株同源性最高,为GIIb基因型。这说明湖州地区流行的诺如病毒存在很高的遗传多样性,并且不同时间流行的基因型也存在一定差异。这也是国内首次在急性病毒性胃肠炎暴发中检出诺如病毒GIIb变异株。     

湖州市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒胃肠炎疫情的病原分子特征分析

鉴定湖州市2017年11月3起急性胃肠炎疫情的病原,并对病原进行基因特征研究。收集3起疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行多聚酶和衣壳蛋白部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行序列测定和分子特征分析。同时收集疫情的相关流行病学资料。3起暴发疫情中15份标本经荧光PCR检测为GII型诺如病毒核酸阳性,其中9份标本成功测序。在线分型、系统进化和重组分析判定3起均是GII.P16-GII.2型重组株引起的诺如病毒感染聚集性疫情。系统进化分析显示,本研究中检出的GII.P16-GII.2与2016年底中国各地以及德国、法国检出的GII.P16-GII.2相聚在一起并区别于2016年以前的GII.P16-GII.2形成了一个相对独立的进化分支。提示2016年新出现的GII.P16-GII.2在多聚酶区和衣壳蛋白区都各自经历了一定进化获得了在人群中广泛流行的能力,具体机制有待进一步的研究。这也是首次在本地的诺如病毒胃肠炎疫情中检出GII.P16-GII.2重组株。     

2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒感染状况

目的 了解2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒的感染情况,及时掌握诺如病毒的流行趋势,提高防控能力。方法 对2015年大连市10家哨点医院采集的1 247份标本进行诺如病毒荧光定量RT-PCR检测。结果 诺如病毒核酸检测总阳性率为1.92%,其中GⅡ型 性率1.60%,GⅠ型阳性率0.32%。结论 大连市首次在急性胃肠炎病例中监测到GⅠ型诺如病毒,2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒感染以GⅡ型为主。     

西安市4起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的分子特征分析

诺如病毒（Norovirus,NoV）属于杯状病毒科诺如病毒属,能造成急性肠胃炎暴发,在全球流行广泛,但其在西安市的流行情况不明。为明确2018年10月西安市4起幼儿园急性肠胃炎疫情的病原及其基因特征,本研究采集了患者肛拭子,用实时定量PCR检出诺如病毒阳性核酸,对其扩增部分多聚酶区和衣壳区基因并测序。将所得序列上传分型网站以明确基因型,并用软件分析系统进化、重组位点和正选择位点。共检出GII组阳性核酸31份,测序成功25份。4起疫情均由GII.2[P16]型诺如病毒引起。疫情株扩增序列全长、部分多聚酶区和衣壳区的序列与2018年美国流行株（MK773571）的核苷酸同源性分别为99.8%、99.5%和100%。疫情株与GII.2[P16]型中国参考序列（KY421122、KY806296和MG763377）的核苷酸同源性为99.6%,氨基酸同源性为100%。重组位点约在基因组的5 075bp。疫情株基因组的1 613～1 790aa没有正选择位点。及时的流行病学、分子流行病学研究和全基因组测序对控制诺如病毒相关疫情是必要的。     

昆明地区儿童感染的GⅡ型诺如病毒分子分型研究

了解昆明地区诺如病毒在儿童中的流行特征和分型特点.统计整理昆明地区哨点医院,2018年6月-2019年10月内的1588例通过荧光定量PCR鉴定为诺如病毒(Norovirus,NV)阳性的病例资料,包括检测时间、年龄及性别,分析流行病学特征.收集到其中荧光定量结果显示病毒相对含量较高的485份儿童腹泻标本,通过逆转录PCR方法成功获得107-ORF1和94-ORF2基因序列信息,进一步进行分子分型.昆明地区2018年11月开始,检出NV的病例逐步增加,至2019年1月,NV检出率开始降低.NV相关性腹泻的易感人群为3岁前幼儿,其中1岁以下患儿占40％,1岁～3岁患儿占56％,其余3岁～16岁患儿仅占4％.分子分型结果显示,流行株根据ORF1分为GⅡP16、GⅡP12、GⅡ31三种亚型,依据ORF2的结果,属于GⅡ.4、GⅡ.2、GⅡ.3个分支.Tajima中性检验预测RdRp(GⅡ.P16),RdRp(GⅡ.P31),VP1(GⅡ.3),VP1(GⅡ.3)的 D 值分别为-2.03,-1.51,0.14,-1.13,其中大部分D值小于0.其中VP1(GⅡ.3)的D值为正值,有别于其他大部分预测结果,原因可能是样本量不足,需要在未来扩大样本量开展研究.NV对儿童的感染率在各年龄组间存在差异,在3岁以下儿童感染NV患病率较高.病毒呈季节性流行,主要集中在11月到次年2月.针对儿童患者,昆明地区同时流行3种不同基因型病毒株,优势流行株为GⅡ.P31-GⅡ.4.对突变频率较高的样本进行分析,其基因进化不遵循中性模型,需要进一步对病毒间基因重组进行分析.     

2017-2021年北京市丰台区诺如病毒腹泻的流行病学特征分析

为了解北京市丰台区诺如病毒感染者的流行病学特征及相关食品暴露风险,预防诺如病毒的感染和健康教育提供依据。本研究纳入2017-2021年北京市丰台区食源性疾病监测数据,采用描述性流行病学方法对诺如病毒感染者的流行病学特征、临床症状和食品暴露因素进行分析。2017-2021年丰台区共采集612份腹泻临床标本开展诺如病毒检测,诺如病毒检出率为19.6%(120/612),其中GⅠ检出率为4.7%(29/612),GⅡ检出率为14.9%(91/612)。丰台地区全年均有诺如病毒检出,不同季度的诺如病毒检出率的差异具有统计学意义(χ²=17.838,P<0.05),第一季度和第二季度的检出率显著高于第三季度。不同性别、年龄组和职业间诺如病毒检出率差异均无统计学意义(χ²=0.331,P=0.565)、(χ²=10.541,P=0.194)、(χ²=14.606,P=0.054)。出现恶心(24.35%,56/230)和呕吐(33.54%, 55/164)症状患者中诺如病毒检出率差异有统计学意义(χ     

2010-2013年上海长宁地区成人轮状病毒急性胃肠炎的分子特征

为研究上海长宁地区成人轮状病毒急性胃肠炎的分子特征,收集2010年6月-2013年12月长宁区定点医院成人急性胃肠炎患者的粪便标本1 554份,采用酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbentassay,ELISA)进行A组轮状病毒检测,多重聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行B组和C组轮状病毒检测.结果显示,1 554例患者的平均年龄为(46.19±15.59)岁,其中男性691例、女性863例.共检出轮状病毒200株,检出率为12.87％.18～39岁组的轮状病毒检出率为9.15％,40～59岁组为15.58％,60～79岁组为15.16％,≥80岁组为18.57％.A组轮状病毒基因型检测结果显示,G型以G9亚型最多(29.82％),P型以P[8]亚型最多(77.19％),GP组合以G9P[8]最多(25.73％).结果提示,2010-2013年上海长宁地区成人轮状病毒急性胃肠炎在就诊患者中以中老年多见,基因型以G9P[8]最多.     

威斯康星州暴发类诺沃克病毒感染性胃肠炎

2001年6月27日、28日威斯康星州公共卫生部接到2个地方卫生部门的通知：威斯康星州北部的两个夏令营营地(A和B)中暴发了胃肠炎。这篇报告对这两次暴发的调查作了总结，证明了NLV为人—人间传染，强调清洁各方面环境的重要性以及在营地内使用洗手设备的有效性。     

贵州省2011年急性胃肠炎诺如病毒的哨点监测及其基因特征分析

为了解贵州省2011年诺如病毒的基因型,监测了2011年5月至12月于贵州省人民医院就诊的急性胃肠炎病例,收集粪便标本,采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(Real-time RT-PCR)初步鉴定,并对阳性株的VP1基因区克隆及测序。检测标本70份,GⅠ型诺如病毒阳性1株,阳性率1.43%,GⅡ型诺如病毒阳性34株,阳性率48.57%,获得7份GⅡ型诺如病毒VP1基因序列,3株为GⅡ.4亚型,为新型变异株(GⅡ4 2011),与GⅡ4 2006b变异株的亲缘关系最近,有1个氨基酸位发生了回复突变;4株为GⅡ.3亚型,分为2个基因簇,1簇与2008～2009年韩国株(HM635118)及上海株(GU991355)的亲缘关系最近,1簇与2010年日本株(AB629943)及2007年印度株(EU921389)等的亲缘关系最近,有4个氨基酸位点易发生回复突变。     

深圳地区环境水体和人群中诺如病毒监测与分析

【目的】检测深圳地区环境水体和人群的诺如病毒(No Vs),探讨其是否在两者之间循环传播。【方法】2014年3月至2015年2月检测24份深圳茅洲河河水标本和287份腹泻患者粪便标本。河水标本经过混合纤维素酯膜和PEG法二次浓缩后提取核酸,粪便标本无需浓缩,稀释离心后直接提取核酸。应用实时荧光逆转录PCR初步分型,RT-PCR扩增ORF2保守区域衣壳蛋白(VP1)基因后测序确定亚型、分析不同来源病毒的同源性;同时建立基因进化树,进一步分析不同来源No Vs的亲缘关系。【结果】在河水标本和腹泻患者粪便标本中,No Vs阳性率分别为23.1%和17.4%,其中上下游河水标本阳性率分别为8.3%和41.7%,河水中No VGI型和No VGII型的阳性率为16.7%和8.3%。扩增阳性样本发现茅洲河水中检出No V主要是GI.6型,其次是GII.4 Sydney_2012型,而从腹泻胃肠炎患者粪便标本中检出No Vs主要是No VGII.4Sydney_2012型和少量的GII.3型。同时期水体和人群粪便标本来源的No VGII.4 Sydney_2012型VP1基因相似性98.2%–100.0%。【结论】No VGII.4 Sydney_2012型是深圳地区主要的流行株。No Vs在环境水体和人群中于某种程度上存在循环传播。     

2010年深圳地区诺如病毒的基因分型

了解2010年深圳地区诺如病毒的基因型别及分子流行病学特点。 用诺如病毒特异性引物（GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR）,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析。 85份阳性标本中有79株诺如GⅡ型和6株诺如GⅠ型,其中55株为GⅡ/4(2006b)型,16株为GⅡ/4(2008variant)型,2株为GⅡ/1型,4株为GⅡ/5型,2株为GⅡ/11型,1株为GI/4型,2株为GI/5型,3株为GI/6型。 2010年深圳地区诺如病毒的主要型别是GI和GⅡ,并且以GⅡ/4型为主,流行优势株为GⅡ/4（2006b）。     

贝类中人源诺如病毒污染净化技术研究进展

人源诺如病毒是全球引起人急性胃肠炎的食源性病原体之一.牡蛎、贻贝等贝类消化腺组织中含有诺如病毒受体类似物,可从污染水体中富集高浓度病毒,因此,生食或食用加工不当的受污染贝类极易造成诺如病毒感染.污染贝类的净化处理技术已成为诺如病毒防控领域中的研究热点,例如消杀试剂、臭氧处理工艺、新型非热消杀技术以及最近报道的具有抗病毒...     

1989－1994年中国脊髓灰质炎病毒的分子流行病学

１９８９～１９９４年中国发生的脊髓灰质炎流行,疫情开始集中于华东、中南地区,后期趋于南部沿海一带。对近百份来自１８个省、市、自治区脊灰病毒流行期间标本的分子生物学特征分析,发现流行主要由脊灰病毒Ⅰ型野毒株引起,未发现Ⅱ型野毒株,但１９９３年在新疆分离到１株Ⅲ型野毒株。Ⅰ型野毒株中共存在４个基因型病毒,其中ＣＨＮＰ１－Ｒ９１型病毒为这几年流行中新产生的重组病毒,在ＶＰ１／２Ａ区含有一段疫苗株序列,另一段野毒株序列很可能来自ＣＨＮＰ１－ＪＸ８９型病毒。这两个基因型病毒分布在全国大部份地区。病毒核酸的亲缘关系研究还证明,９２～９４年流行在南方沿海一带的脊髓灰质炎,主要由９１年产生的重组病毒引起。此研究揭示了各地区、各基因型病毒与疫情之间的流行病学关系及传播模式。     

人诺如病毒最新研究进展

人诺如病毒(Human noroviruses,HuNoVs)是杯状病毒科(Caliciviridae)的一种单股正链RNA病毒,它是导致全球急性非细菌性肠胃炎暴发的主要病原体之一。自1972年美国学者Kapikian利用透射电镜首次观察到首株诺瓦克病毒(Norwalk virus,NV)以来,该病毒在全球范围内多次广泛流行。据报道,全球每年有超过1亿人因感染HuNoVs而发病,其临床症状主要为恶心、呕吐、腹痛和腹泻,多数患者表现为自限性,但也会导致少数婴幼儿、老人和免疫缺陷患者发展成重症,甚至死亡。HuNoVs引起的疫情暴发给全球的公共卫生安全带来了较大的威胁。本文将对HuNoVs的病原学及流行病学、体外培养体系、动物模型、免疫反应和疫苗研发的最新研究进展进行概述。