柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox．A16)病毒SHZH00—1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox．A16SHZH00—1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5’端非编码区(5’UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3’端非编码区长为83bp。Cox．A16SHZH00—1基因组的结构与Cox．A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AFl77911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97．5％,氨基酸同源性为98．8％;而与Cox．A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79．1％,氨基酸同源性为94．5％。Cox．A16SHZH00—1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80％。     

水稻条叶枯病毒基因组组分3的克隆与序列分析

利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,合成并扩增了水稻条叶枯病毒（ＲＳｔＶ）中国云南分离 物基因组组分３的全长ｃＤＮＡ。将ＰＣＲ产物克隆在载体ｐＣＲⅡ上,进行全序列测定。将所得核苷酸序列及其所推导的氨基酸序列与日本分离物Ｔ进行同源性比较,结果表明,在核苷酸水平上,两分离物的５’端非编码区序列相同,ｖＯＲＦ、ｖｃＯＲＦ及基因间非编码区序列的同源性分别为９７．６％、９６．８％及８７．６％,而３’端非编码区同源性为９８     

山羊关节炎脑炎病毒甘肃株全基因组克隆和序列分析

根据GenBank中发表的山羊关节炎脑炎病毒CAEV-CO株（caprine arthritis encephalitis virus-CO,CAEV-CO）的全基因组序列（序列号：NC-001463）,设计合成了7对引物,对CAEV甘肃株的全基因组进行了PCR扩增,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果表明,CAEV-甘肃株基因组全长为9186nt。与国际标准毒株CAEV—CO株相比,在编码区有12个碱基的缺失,二者的核苷酸同源性为91．0％;在非编码区有27个核苷酸的插人,核苷酸同源性为97．0％。gag、pol、蛋白Q、tat、env基因编码的氨基酸同源性分别为94．6％、94．7％、87．9％、94．7％和91．5％。     

庚型肝炎病毒5‘端非编码区cDNA的序列分析

为了解国CBV-C/HCV株的基因序列与国外分离株的同源性状况,对我国GBV-C/HCV的5’端非编码区（5’NCR）。cDNA进行了序列测定。参考国外发表的序列资料,在相对保守的5’NCR设计两对HGV特异性引物。采用热变性法提取云南省一个静脉吸毒者血浆中的GBV－C／HGVRNA逆转录为cDNA后进行巢式聚合酶链反应（PCR）扩增,获得238bp的片段。PCR产物纯化后直接经双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。与国外分离株比较,同源性为86.36％～90.9t％,微分区域变异较大。结果表明,所扩增片段属于GBV－C／HGV基因,所测序列可为引物设计据供依据。对核酸变异性分析有一定意义。     

北京等四地区呼吸道合胞病毒分离株G蛋白基因的比较分析

为了解我国不同地区呼吸道合胞病毒（ＲＳＶ）感染特征是否与基因变异有关,对北京、广州、长春和河北四个地区不同流行特征中分离的ＲＳＶ毒株的Ｇ蛋白基因进行了序列分析。结果表明,该Ｇ蛋白基因同国外Ａ型亚原型株（Ａ２株）间存在显著差异,Ａ２株同分离株间的核苷酸同源性为９２．７－９３．６％,氨基酸同源性只有８８．３－８９．９％。分离株间的核苷酸同湃性为９６．０－９８．９％,氨基酸同源性９２．６－９７．７％。氨     

呼吸道合胞病毒在北京地区分离株G蛋白的基因分析

从经单克隆抗体证实为Ａ亚型的北京地区呼吸道合胞病毒（ＲＳＶ）分离株Ｂ７９中,用ＲＴ－ＰＣＲＴ扩增出编码Ｇ蛋白的基因片段,克隆至载体ｐＴＺ１８Ｒ中,经核苷酸序列测定证明,我国北京地区分离的Ａ亚型株Ｂ７９与ＲＳＶＡ亚型原型株（Ａ２株）Ｇ蛋白基因的核苷酸同源性为９３．８％,核苷酸的有义突变率为６５％,由核苷酸推导出氨基酸序列的同源性为８９．６％,氨基酸的变异主要集中在胞外区一个高度保守区的两端,而胞内区     

油菜叶绿体核糖体蛋白基因rps7的克隆和序列分析

从甘蓝型油菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ ｃｖ．Ｈ１６５）叶绿体基因组克隆得到了编码核糖体蛋白的基因ｒｐｓ７。经序列分析得知，该基因编码区包含个核苷酸，编码一个分子量为２０ １０９ Ｄ、由１５５个氨基酸组成的蛋质。该基因的核苷酸和编码的氨基酸序列与烟草对应基因的同源性皆高达９７％；而与水稻对应基因的同源性为９０％和８４％。该基因不含内含子，没有典型的ＳＤ序列，但在５’端－２５～－２２位发现一个与     

呼吸道合胞病毒北京地区分离株G蛋白的基因分析

从经单克隆抗体证实为Ａ亚型的北京地区呼吸道合胞病毒（ＲＳＶ）分离株Ｂ７９中,用ＲＴ－ＰＣＲ扩增出编码Ｇ蛋白的基因片段,克隆至载体ｐＴＺ１８Ｒ中。经核苷酸序列测定证明,我国北京地区分离的Ａ亚型株Ｂ７９与ＲＳＶＡ亚型原型株（Ａ２株）Ｇ蛋白基因的核苷酸同源性为９３．８％,核苷酸的有义突变率达６５％。由核苷酸推导出氨基酸序列的同源性为８９．６％。氨基酸的变异主要集中在胞外区一个高度保守区的两端,而胞内区和跨膜区相对保守。本文探讨了我国北京地区ＲＳＶ分离株的Ｇ蛋白基因同原型株之间的变异,在疫苗研制中的意义。     

庚型肝炎病毒（HGV）NS5区部分基因的克隆和cDNA序列测定

用RT－PCR技术从一例献血员血清标本中扩增出HGV非结构区的部分基因片段,克隆后测定。cDNA序列。该序列与国外三株HGV的核苷酸同源性在90％以上;与GBV—A和GBV—B的同源性分别为44．7％和33．17％;与已发表的23个HCV全序列的相应序列比较,同源性均小于40％。结果表明,克隆的病毒株为HGV中国株。同时,用RT—PCR检测了河北固安和南京地区的115份HCV感染者标本．HGVRNA阳性率为3．47％。表明我国某些特殊人群中HGV感染率较高,是一个不容忽视的问题。     

番茄花叶病毒外壳蛋白基因及3‘端非编码区的克隆,序列分析及其表达

根据已报道的番茄花叶病毒Ｌ株系序列人工合成引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增并克隆了我国番茄花叶病毒分离物的外壳蛋白ＣＰ基因及３‘端非编码我。序列测量结果表明,所得ｃＤＮＡ共长６８２个核苷酸,其中ＣＰ基因含４８０个核苷酸,编码１５８个氨基酸,３’端非编码区含２０２个核苷酸,其核苷酸序列与ＴｏＭＶ－Ｌ株系具有９９．５％的同源率。     

HGV RNA基因组感染HepG2细胞的研究

为了观察HGV RNA基因组在HepG2细胞中的复制和表达并建立HGV感染的细胞模型,体外转录制备HGV RNA基因组,Lipfectamin介导转染HepG2细胞。取HGV RNA阳性培养上清液传代感染HepG2细胞,采用RT-PCR、免疫组化和Western blot等技术检测HGV在HepG2细胞中的复制和表达。HepG2细胞地转染后24h便可在培养上清液中检测到HGV负链RNA,传代感染的细胞及培养上清液中可检测到HGV正、负链RNA。在90d内传代20余次,均能检测到HGV的复制。免疫组化和Western blot可检测到 HGV E2蛋白在感染细胞中的表达。HGV感染细胞经冻存后复苏,仍能检测到HGV RNA。故HGV RNA基因组能够在HepG2细胞中复制和表达,此细胞模型有可能用于HGV的复制与感染防治的研究。     

HGV感染者的随访研究

采用ＲＴ－ｎＰＣＲ和合成肽包被的ＥＬＩＳＡ法对ＨＧＶ感染者进行随访研究和动态观察。２／１４ＨＧＶＲＮＡ和抗ＨＧＶ均阳性者３年后阴转;３／５单项抗－ＨＧＶ阳性者３年后阴转;２／７单项ＨＧＶＲＮＡ阳性者３年后阴转。２６例检出ＨＧＶ感染指标的献血员３年随访时仅１例ＡＬＴ为１４２。６例ＨＧＶ感染者１年动态观察显示,４例受血者１年内抗ＨＧＶ阳转,但仅１例受血者受血后２周时出现一过性ＡＬＴ升高。该研究证实ＨＧＶ可以经血传播并在体内有长期携带的趋势。６例ＨＧＶ感染者的动态观察未见ＨＧＶＲＮＡ或抗－ＨＧＶ与ＡＬＴ有相关。提示ＨＧＶ对肝脏的致病性较弱或致病需要辅助因子存在,应进一步加强ＨＧＶ的致病性研究和新型肝炎病毒的研究     

庚型肝炎病毒转基因小鼠的建立

利用受精卵原核显微注射的方法,产生了含有ＨＧＶ结构蛋白Ｃ、Ｅ１、Ｅ２及部分非结构蛋白ＮＳ２、ＮＳ３的转基因小鼠。得到１０只ｆｏｕｍｄｅｒ小鼠,其中有３只ｆｏｕｎｄｅｒ小鼠与正常小鼠交配后得到了整合有外源基因的Ｆ１代阳性小鼠。ＲＴ－ＰＣＲ的结果显示,外源基因可在ｆｏｕｎｄｅｒ小鼠及Ｆ１代小鼠的血液有核细胞及肝细胞内转录;组织病理学检查显示,某些转基因小鼠的肝细胞出现了水样变、脂肪变性及轻微炎性反应等     

庚型肝炎病毒转基因小鼠的建立

利用受精卵原核显微注射的方法,产生了含有HGV结构蛋白C、E1、E2及部分非结构蛋白NS2、NS3的转基因小鼠.得到10只founder小鼠,其中有3只founder小鼠与正常小鼠交配后得到了整合有外源基因的F1代阳性小鼠.RT-PCR的结果显示,外源基因可在founder小鼠及F1代小鼠的血液有核细胞及肝细胞内转录;组织病理学检查显示,某些转基因小鼠的肝细胞出现了水样变、脂肪变性及轻微炎性反应等病理学改变,但与同一品系的正常小鼠相比,转基因小鼠血清转氨酶无明显升高.     

荧光素标记的庚型肝炎病毒基因探针的制备及应用

参考国内外已完成测序的庚型肝炎病毒（ＧＢＶＣ／ＨＧＶ）基因序列,选取毒株间系列较保守的基因片段,并合成与之互补的核苷酸序列（Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ）,用末端转移酶将荧光素Ｎ６ｄｄＡＴＰ标记该片段,制成庚肝病毒基因探针。在严格控制温度的条件下,与固定于硝酸纤维膜（ＮＣ膜）上血清斑点杂交,洗膜后与抗荧光素碱性磷酸酶（ＡＰ）结合,加底物后化学发光自显影判断结果。该方法检测与套式逆转录聚合酶链反应（ＮｅｓｔｅｄＲＴＰＣＲ）检测结果的阳性符合率为８８．２％,阴性符合率为１００％;并且与其他相关病毒基因无交叉反应,具有较好的特异性与灵敏性。其检测结果比ＥＩＡ法检测庚肝病毒抗体更具临床意义。     

庚型肝炎病毒NS5 cDNA片段的表达及其免疫原性的研究

一段长度为880 bp的庚型肝炎病毒cDNA在大肠杆菌BL21(DE3)菌株中得到表达。此cDNA被插入到表达质粒pGEX-5X-1中,位于编码日本血吸虫谷胱甘肽硫转移酶（GST）的DNA序列下游,并与GST处于同一阅读框。用乳糖在37℃下诱导表达出以包涵体形式存在的GST-NS53融合蛋白,并用脲溶法提取了该蛋白;在20℃诱导时,表达出的蛋白大部分可溶,用谷胱甘肽Sepharose-4B亲和层析柱对可溶性的融合蛋白进行了纯化。免疫印迹实验证明,此融合蛋白能被庚型肝炎病人的血清和自制的抗GST血清特异性地识别。用PCgene软件对NS53氨基酸序列的亲水性和抗原决定簇进行了分析。本研究为庚型肝炎ELISA诊断试剂研制打下了基础。     

庚型肝炎病毒NS5 cDNA片段的表达及其免疫原性的研究

一段长度为880bp的庚型肝炎病毒cDNA在大肠杆菌BL21（DE3）菌株中得到表达。此cDNA被插入到表达质粒pGEX-5X-1中,位于编码日本血吸虫谷胱甘肽硫转移酶（GST）的DNA序列下游,并与GST处于同一阅读框。用乳糖在37℃下诱导表达出以体形式存在的GST－NS53融合蛋白,并用脲溶法提取了该蛋白;在20℃诱导时,表达出的蛋白大部分可溶,用谷胱甘肽Sepharose－4B亲和层析柱对可溶性的融合蛋白进行了纯化。免疫印迹实验证明,此融合蛋白能这臾型肝炎病人的血清和自制的扩GST在汪有特异性地识别。用PCgene软件对NS53氨基酸序列的亲水性和抗原决定簇进行了分析,本研究为庚型肝炎ELISA诊断试剂研制打下了基础。