基于rps4-trnS区序列的证据分析傅氏凤尾蕨和狭眼凤尾蕨的关系

对傅氏凤尾蕨(Pteris fauriei)和狭眼凤尾蕨(Pteris biaurita)的叶绿体rps4-trnS区序列进行PCR扩增和序列分析,再结合NCBI基因数据库中已发表的凤尾蕨科及其邻近类群的rps4-trnS区序列构建系统发育树来分析两者的亲缘关系。结果显示:傅氏凤尾蕨和狭眼凤尾蕨的rps4-trnS区序列未表现出明显差异。结合两者孢子体和配子体形态发育特征以及rps4-trnS区序列的证据,认为傅氏凤尾蕨和狭眼凤尾蕨为同种或为变种关系。     

云南铁角蕨与泸山铁角蕨的关系:来自叶绿体rbcL、trnL-F和rps4-trnS序列的证据

云南铁角蕨Asplenium yunnanense与泸山铁角蕨Asplenium lushanense的分类是一个悬而未决的问题。本文对云南铁角蕨与泸山铁角蕨及近缘类群的叶绿体rbcL基因和trnL-F、rps4-trnS基因间隔区序列进行PCR扩增和序列分析;并与已经发表的铁角蕨属植物的相应序列进行比较,发现云南铁角蕨与泸山铁角蕨的rbcL基因和trnL-F、rps4-trnS基因间隔区序列之间均未表现出差异,因此叶绿体DNA序列的证据不能将云南铁角蕨与泸山铁角蕨分开,从而从分予系统学方而证明云南铁角蕨与泸山铁角蕨是一对亲缘关系非常近的物种。     

用叶绿体rbcL和rps4-trnS区序列确定亚洲特有单型属——篦齿蕨属的系统位置

篦齿蕨属Metapolypodium Ching是亚洲大陆特有植物, 仅含篦齿蕨Metapolypodium manmeiense (Christ) Ching 1种, 分布于中国西南及其邻近地区, 其系统位置一直是一个有待解决的问题。本文用叶绿体rbcL和rps4-trnS区序列探讨篦齿蕨属的系统位置。我们对篦齿蕨及其近缘类群的叶绿体rbcL和rps4-trnS区进行PCR扩增和序列测定。用最大简约法、邻接法和贝叶斯推断法对自测序列结合由GenBank下载的rbcL和rps4-trnS区序列进行独立和联合的系统发育分析, 所构建的系统发生树的拓扑结构基本一致。结果显示: 篦齿蕨属与多足蕨属Polypodium L. emend. Ching的关系较疏远, 而与水龙骨属Polypodiodes Ching和拟水龙骨属Polypodiastrum Ching的成员聚成一个支系, 与栗柄水龙骨Polypodiodes microrhizoma (C. B. Clarke ex Baker) Ching的关系最近。根据本文的研究结果, 我们赞成秦仁昌1978年的分类系统, 即分别承认多足蕨属、篦齿蕨属、水龙骨属、拟水龙骨属和棱脉蕨属Schellolepis J. Sm.为独立的类群。根据分子系统学证据, 宜将栗柄水龙骨转移到篦齿蕨属中。     

线蕨属（水龙骨科）的系统发育研究：来自叶绿体rbcL和rps4-trnS序列的证据

线蕨属Colysis 植物主要分布于亚洲热带和亚热带地区,少数种类分布至非洲、澳大利亚(昆士兰)及新几内亚地区.自1849年成立以来,线蕨属的分类范畴和系统位置一直有待确定.本文利用叶绿体基因组的rbcL、rps4基因和rps4-trnS基凶间隔区序列,运用最大简约法和贝叶斯方法分析了线蕨属及其近缘类群的系统演化关系.研究结果显示:(1)线蕨属和薄唇蕨属Leptochilus(含似薄唇蕨属Paraleptochilus)组成一个支持率很高的单系分支(C-L Clade),但是薄唇蕨属的成员位于线蕨属的不同支系内,支持线蕨属和薄唇蕨属合并为一个属;(2)瘤蕨属Phymatosorus单独形成一个单系分支;(3)星蕨属Microsorum是一个多系类群,除Microsorium linguiforme、M.varians和M.pustulatum与马来群岛的Lecanopteris聚在一起外,其他的星蕨属成员均位于不同的支系上.本文的系统发育分析结果为线蕨属和薄唇蕨属的分类处理提供了分子系统学的证据.     

碎米蕨属的系统学研究——基于4种叶绿体DNA序列片段

碎米蕨属(Cheilosoria Trevis.)隶属碎米蕨类, 由于形态上的趋同进化, 使得该类群的系统分类一直存在争议。该研究对该碎米蕨属植物的4种叶绿体DNA序列片段(rbcL/matK/rps4/rps4-trnS)进行PCR扩增和序列分析, 再结合其它相关类群, 用贝叶斯法和最大似然法构建系统树并探讨其系统发育关系。结果表明, 碎米蕨属不是一个单系类群, 旧世界分布的碎米蕨属植物(薄叶碎米蕨除外)均聚在亚洲Cheilanthes群内, 与粉背蕨属(Aleuritopteris Fée)等类群形成不同亚支。该属孢子形态具有明显异质性。薄叶碎米蕨(Cheilosoria tenuifolia (Burm. f.) Trevis.)与亚洲其它碎米蕨属植物的系统位置相距甚远, 且与隐囊蕨(Notholaena hirsuta (Poir.) Desv.)聚为完全支持的分支, 两者可能均为大洋洲起源, 并属于另一类群。美洲和旧世界分布的碎米蕨属植物关系较远, 二者可能代表了不同的演化路线。     

杨树叶绿体3′rps12基因,rps7基因和ndhB基因片段的克隆及序列分析

通过烟草叶绿体相关序列设计引物 ,从杨树的叶绿体基因组中克隆出 2个相邻的DNA片段 .经分析发现 ,这 2个DNA片段包含核糖体蛋白 3′rps12、rps7基因和NADH脱氢酶第二亚基ndhB基因片段 .利用DNAMAN等软件 ,将扩增到的杨树叶绿体DNA片段与烟草、拟南芥、玉米和黑松的相关序列进行比较 ,证实所扩增的片段具有较高的保守性 ,尤其是在这 3个基因的编码区 ,同源性均在 90 %以上 .插入或缺失常发生在基因间隔区 ,同源性在 80 %左右 ;对其编码区所推导的氨基酸序列进行了比较 ,同源性均在 92 %以上 .首次克隆了杨树叶绿体的部分DNA序列 ,详细报道并分析了杨树 3′rps12、rps7基因和ndhB基因片段及其边界序列信息 .所报告的基因序列均已登录GenBank .     

rps4作为苔藓植物候选条形码的可行性:基于GenBank数据的分析

对于苔藓植物DNA条形码研究来说,目前已提议的可用片段只有rbcL和trnH-psbA,并且均具有一定局限性.本文基于GenBank中3,365条rps4序列,利用遗传距离法和分子系统学方法评价它作为苔藓植物候选条形码的可行性.结果显示:(1)rps4序列覆盖了藓纲96%的科和苔纲88%的科,具有通用性;(2)rps4物种分辨能力为73.0%,并且它在6个序列最丰富的苔藓植物属(Plagiochila,Tortula,Plagiomnium,Pyrrhobryum,Pogonatum,Grimmia)内的物种识别能力均高于rbcL-a在同属中的分辨能力;(3)GenBank中已经积累了大量已知物种米源的rps4序列,可为DNA条形码物种鉴定提供一个参考数据库.因此,本文建议将rps4作为苔藓植物候选DNA条形码.尤其是当rbcL和trnH-psbA在某个具体类群中无法取得理想的物种识别效果时,rps4可作为补充.     

绿绒蒿自然杂交种及其亲本cpDNA trnL- trnF 基因的遗传学分析

对自然杂交种Meconopsis× cookei 及其亲本红花绿绒蒿M. punicea 和五脉绿绒蒿M. quintuplinervia 的叶绿体DNA trnL- trnF 区进行了序列测定, 所得序列的长度为957～961 bp , 其中M. × cookei 的序列长度为960bp , 红花绿绒蒿为961 bp , 五脉绿绒蒿为957 bp。利用软件Clustal X 对所得序列进行排序和碱基比较, 排序后的序列长度为964 bp , 其中trnL intron 为512 bp , trnL 3′exon 为50 bp , trnL- trnF intergenic spacer ( IGS) 为361 bp , 还包括41 bp 的trnF 5′端片段。整个trnL- trnF 区序列共有25 个变异位点, 其中杂交种M. × cookei与红花绿绒蒿具有相同碱基的位点有21 个( 占84% ) , M. × cookei 与五脉绿绒蒿具有相同碱基的位点仅有1 个(占4% ) , 余下3 个位点( 占12%) 中, M. × cookei 的碱基与两个亲本均不相同。分析结果表明, 杂交种M. × cookei 的叶绿体基因trnL- trnF 来自红花绿绒蒿, 根据质体细胞质遗传的规律, 从而推测红花绿绒蒿为该杂交种的母本, 五脉绿绒蒿为其父本。     

nrDNA ITS和cpDNA rpl16基因测序法对六种鼠尾草的检测

为从鼠尾草属植物中鉴别丹参品种,采用基因测序方法,用核糖体核酸内转录间隔区基因(nrDNA ITS),编码核蛋白体大亚基多肽L16的基因(rpl16)及叶绿体DNA上包含trnL以及trnL和trnF间隔区的区域基因(trnL-trnF)的序列,检测六种鼠尾草属新鲜植物.由于nrDNA ITS和rpl16突变率较高,可以做为6种鼠尾草的基源鉴定标记,依此设计了两对特异引物,从6种鼠尾草中鉴定出丹参(Salvia miltiorrhiza)和云南鼠尾草(S.yunnanensis).但trnL-trnF突变率太低,未能用于鉴别.商品干燥中药材因加工和储藏的方式致使DNA降解严重,基因测序法难于应用.     

序列的证据

线蕨属Colysis植物主要分布于亚洲热带和亚热带地区, 少数种类分布至非洲、澳大利亚(昆士兰)及新几内亚地区。自1849年成立以来, 线蕨属的分类范畴和系统位置一直有待确定。本文利用叶绿体基因组的rbcL、rps4基因和rps4-trnS基因间隔区序列, 运用最大简约法和贝叶斯方法分析了线蕨属及其近缘类群的系统演化关系。研究结果显示: (1)线蕨属和薄唇蕨属Leptochilus (含似薄唇蕨属Paraleptochilus)组成一个支持率很高的单系分支(C-L Clade), 但是薄唇蕨属的成员位于线蕨属的不同支系内, 支持线蕨属和薄唇蕨属合并为一个属; (2)瘤蕨属Phymatosorus单独形成一个单系分支; (3)星蕨属Microsorum是一个多系类群, 除Microsorium linguiforme、M. varians和M. pustulatum与马来群岛的Lecanopteris聚在一起外, 其他的星蕨属成员均位于不同的支系上。本文的系统发育分析结果为线蕨属和薄唇蕨属的分类处理提供了分子系统学的证据。     

刺枝野丁香和穗花野丁香(茜草科)名称之合格发表

刺枝野丁香Leptodermis pilosa Diels var．acanthoclada Lo和穗花野丁香L．pilosa Diels vat．spicatiformis Lo发表时没指明模式,是不合格发表的名称。现通过指定模式,将它们的名称作合格发表。还对此2新变种及其近缘类群提供了分类检索表和地理分布图。     

Validation of names of Leptodermis pilosa var. acanthoclada and L. pilosa var. spicatiformis (Rubiaceae)

The names of Leptodermis pilosa Diels var. acanthoclada Lo and L. pilosa Diels var. spicatiformis Lo are invalid because no type specimens were indicated in the protologue when they were published. Two names are here validated at the rank of variety, with the specimens designated as types. A key to varieties in Leptodermis pilosa Diels and a distribution map of two new varieties and their relatives are provided.     

西双版纳黄瓜Cs-Psy1基因的序列特征与表达分析

西双版纳黄瓜是我国特有的果肉橙黄色的黄瓜变种资源,不同种质间的β-胡萝卜素含量差异明显。PSY是胡萝卜素生物合成途径中的第1个限速酶。本文以西双版纳黄瓜为试材,分别克隆西双版纳黄瓜八氢番茄红素合成酶(Cs-PSY1)的DNA和c DNA序列,结果显示,DNA长2797 bp,包含5个内含子和6个外显子,c DNA序列长1385 bp,编码421个氨基酸。Psy1推测的氨基酸序列包含该家族的2个特征序列,保守性很高。该蛋白为不稳定蛋白,无明显疏水区,未预测到跨膜结构;系统进化分析结果显示,西双版纳黄瓜的Cs-PSY1蛋白与甜瓜的同源性较高;与栽培黄瓜深度测序材料"9930"和"GY14"的序列进行比较分析,结合115份黄瓜重测序结果,共发现5个SNP,其中2个位于起始密码子上游27 bp处和971 bp处,3个位于内含子区域。其中SNP4在重测序的19份西双版纳黄瓜中的突变率为100%,在96份栽培黄瓜中的特异性为5.3%。转录因子结合位点预测结果显示,在普通栽培黄瓜该位点处存在一个CTAG motif,在西双版纳黄瓜中该位点突变后则不存在该motif。利用实时荧光定量PCR技术分析Cs-Psy1的表达量变化趋势,结果表明,在黄瓜不同果实发育时期,该基因的表达量均呈现先上升后下降的趋势,在西双版纳黄瓜中表达量变化的差异明显,在授粉后50 d达到最大值,是果实发育初期表达量的8倍多,是同时期普通黄瓜的4倍多,而普通黄瓜表达量的总体变化相对平缓。西双版纳黄瓜果实内果皮的表达水平明显高于中果皮,最高相差约5倍,普通黄瓜差异不明显。从上述研究结果推测Psy1基因可能影响西双版纳黄瓜的β-胡萝卜素积累。     

Differentiation of Three Varieties of Rhizoctonia circinata; var. circinata, var. oryzae and var. zeae on the Basis of Cellular Fatty Acid Composition

Cellular fatty acid analysis was employed to differentiate three varieties of Rhizoctonia circinata ; var. circinata , var. oryzae and var. zeae . Eight fatty acids including myristic (14 : 0), pentadecanoic (15 : 0), palmitic (16 : 0), palmitoleic (16 : 1  cis 9), stearic (18 : 0), oleic (18 : 1  cis 9), linoleic (18 : 2  cis 9,12) and linolenic (18 : 3  cis 9,12) acids were present in isolates of all three varieties of R. circinata . Heptadecanoic acid (17 : 0) was detected in isolates of R. circinata var. zeae but not in isolates of R. circinata var. circinata or R. circinata var. oryzae . Palmitic, oleic and linoleic acids were the major fatty acids found, comprising 94–98% of the whole-cell fatty acid content. The remaining fatty acids were present in small amounts. Based on the composition (%) of fatty acids, isolates of R. circinata var. circinata , R. circinata var. oryzae and R. circinata var. zeae were clearly differentiated into three groups as shown by principal component and cluster analyses. This finding agrees well with the grouping of R. circinata into three varieties based on differences in colony morphology of the vegetative state. In principal component and cluster analysis, isolates of R. circinata var. circinata from Japan and Alaska were indistinguishable.     

小花三脉紫菀和狭叶三脉紫菀的区别:形态学和细胞学证据

产自湖北神农架的狭叶三脉紫菀Aster ageratoides var. gerlachii (Hance) Chang一直被各种文献和有关标本馆误定为小花三脉紫菀A. ageratoides var. micranthus Ling。我们对二者进行了野外采集和形态学、细胞学的比较研究,分析了导致错误鉴定的原因,重新确定了二者的界限。小花三脉紫菀无横走地下茎,这一性状具有重要的分类学价值。核型研究发现,小花三脉紫菀为二倍体,2n=2x=18=18m,核型属1A型;狭叶三脉紫菀则是四倍体,2n=4x=36=32m+4sm (2SAT),核型属2A型。二变种的染色体数目、核型均为首次报道。狭叶三脉紫菀在湖北为新分布记录。     

漳州水仙ZDS 基因cDNA克隆及其表达分析

采用RACE技术从漳州水仙‘金盏银台’Narcissus tazetta var. chinensis花器官总RNA中克隆ZDS的cDNA序列,用相关软件进行序列分析,并利用实时荧光定量技术检测ZDS基因在各水仙品种不同花器官的表达。序列分析表明,ZDS基因cDNA全长2189 bp,其中包含69 bp 5'非编码区,395 bp 3'非编码区,1725 bp编码区（编码574个氨基酸,分子量约63.6 kDa）,命名为Ntzds （GenBank登录号: EU573238）,其编码的氨基酸序列（ACB87206.1）与喇叭水仙（CAA12062.1）、葡萄（XP_002277348.21）和温州蜜柑（ABC33728.1）ZDS基因编码产物的相似性分别为97%、85%和83%。实时荧光定量PCR分析表明,Ntzds基因在漳州水仙‘金盏银台’、‘Minnow’、‘Fortissimo’中均有表达,且同一品种中副冠的表达量高于花瓣;随着花色的加深,其转录水平也逐渐趋高。     

牛尾蒿两变种精油的化学成分

本文以气相色谱质谱计算机联用的方法分析了牛尾蒿原变种Artemisia dubia var. dubia及无毛变种B A. dubia var. subdigitata精油化学成分,共鉴定出82种化合物,其中萜类50种,芳香类12种,脂肪族类20种。经比较研究表明,这两变种的精油中有39种化合物(27 种萜类,5种芳香类和7种脂肪族类化合物)相同,而它们的差别在于牛尾蒿无毛变种中二环、三环倍半萜、芳香类及脂肪族类化合物的类型比原变种多。从精油的萜类化学组成特点来看,这两个变种的萜类化合物环化程度比蒿亚属植物高,而与龙蒿亚属植物相近。因此,这两个变种归属于龙蒿亚属较合适。     

Chemical Constituents of Essential Oil of Two Varieties of Artemisia dubia Wall. ex Bess.

The essential oil of Artemisia dubia var. dubia and dubia var. subdigitata were analysed by GCMS and a tatal of 82 compounds including 50 terpenoids, 12 aromatics and 20 aliphatics were identified, among which variety dubia and var. subdigitata contained 54 and 67 compounds respectivey. Comparative studies indicate that 39 compounds (27 terpenoids, 5 aromatics and 7 aliphatics) were shared by the two varieties. The difference in constituents of essential oil between the two varieties is that more types of biocyclic and tricyclic sesquiterpenes, aromatics and aliphatics were shown inA. Dubia var. subdigitata than A. dubia var. dubia. Compositionally, the terpenoids in essential oil of the two varieties were endowed with a higher degree of cyclization than those of the species from Subgen. Artemisia, but similar to those of the species from Subgen. Dracunculus. Thus the assignment of the two varieties in Subgen. Dracunculus was consistent with the phylogeny of the genus Artemisia.     

泰国雨久花属（雨久花科）一新变种——窄叶鸭舌草

描述了泰国雨久花属Monochoria C.Presl一新变种:窄叶鸭舌草M.vaginalis var.angustifolia G.X.Wang。该新变种与原变种鸭舌草M.vaginalis var.vaginalis都具有类似的总状花序,但前者的叶片为窄披针形,3-7×0.3-2.0cm,叶片宽长比在0.1-0.4之间,叶基部裂片最长不超过2mm,总状花序具花3-7朵,而原变种鸭舌草的叶片较宽,为卵心形或心形,4-9×2-8cm,叶片宽长比在0.5-0.95之间,叶基部裂片最长可达到2cm,总状花序