免疫共沉淀结合基因芯片对m_3G帽子结构RNA的分离鉴定

目的:通过免疫共沉淀和基因芯片技术,建立一种RNA 5'端帽子结构的鉴定方法。方法:利用m3G帽子结构的特异性抗体对线虫的总RNA进行免疫共沉淀,为线虫127个非编码RNA设计探针,制备了检测基因芯片,对其帽子结构进行鉴定,并对RNA的转录进行分析。结果:37个非编码RNA被分离鉴定为含有m3G帽子结构,与其它物种已发现m3G帽子的RNA比较,结果基本一致。结论:免疫共沉淀结合基因芯片技术对非编码RNA 5'端帽子结构分离鉴定的方法是可行有效的。此方法特异性强,灵敏度高,对大规模RNA帽子结构的鉴定、新RNA的发现和RNA功能的鉴定都具有一定的参考和应用价值。     

C6/36细胞上登革2型病毒受体的免疫共沉淀

本文利用差速离心方法提纯的登革2型病毒、抗登革病毒单抗、病毒受体、耦合有G蛋白的琼脂糖珠之间特异性结合的作用,利用免疫共沉淀方法从C6/36细胞中分离鉴定出分子量约为35kDa受体蛋白;并用糖蛋白染色方法否定了此蛋白的糖基化特征.     

利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs

长链非编码RNAs（long noncoding RNAs, lncRNAs）可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在细胞内广泛结合lncRNAs对其发挥调节作用,仍需进一步证实。本研究通过RNA结合蛋白免疫沉淀技术联合高通量测序（RNA binding protein immunoprecipitation-high throughput sequencing, RIP-Seq）的方法在人肝癌细胞株HepG2中,鉴定与人抗原R（human antigen R, HuR）蛋白相结合的lncRNA分子,并进行了初步的验证。首先,通过HuR-RIP实验分离与HuR蛋白结合的RNA分子,然后高通量测序及生物信息学分析。根据分析结果,鉴定出HepG2细胞中361条与HuR蛋白结合的lncRNAs分子,包括基因间lncRNA（large intergenic noncoding RNA, LincRNA）、内含子lncRNA、与编码基因正义链有重叠的lncRNA和与编码基因反义链有重叠lncRNA（antisense lncRNA）等。并进一步通过RIP-qPCR技术,对其中20条LincRNA分子进行了定量检测,验证测序结果。在HepG2细胞中敲低HuR基因表达,发现这些LincRNA分子中,11条LincRNA分子表达水平显著降低（P＜0.05）,2条LincRNA显著升高（P＜0.05）,剩余7条LincRNA表达量未发生变化（P＞0.05）。本研究结果说明,HuR在细胞内可以广泛结合lncRNA分子,并且可能对结合的lncRNA分子的表达量产生影响,这也为进一步研究这些lncRNA的功能和HuR调控网络的研究提供了基础。     

鲍曼不动杆菌感染HeLa细胞与YY1互作的差异蛋白鉴定

[目的]鉴定鲍曼不动杆菌感染HeLa细胞前后与YY1互作的差异蛋白。[方法]用脂质体转染法在HeLa细胞中过表达YY1;之后用Co-IP技术捕获与YY1相互作用的蛋白质；最后利用高效液相色谱质谱联用技术鉴定互作差异蛋白。用GO注释和KEGG分析预测蛋白质的功能。[结果]经Co-IP和蛋白银染发现鲍曼不动杆菌感染组和YY1捕获组与IgG组比较在45～55 kDa和70～100 kDa处有明显的差异条带；质谱结果显示YY1捕获组的特有蛋白有81个，GO注释和KEGG分析表明这些差异蛋白定位于细胞核及核膜，具有RNA结合功能，主要参与了RNA剪切的生物学过程；与IgG组和YY1捕获组比较在鲍曼不动杆菌感染组中获得了SFRS4、CPSF2、LUC7L2和U2AF65这些差异蛋白。GO注释和KEGG分析表明这些差异蛋白定位于细胞核散斑，具有RNA结合功能，主要参与了mRNA剪切和核输出的生物学过程。[结论]鲍曼不动杆菌感染的HeLa细胞中与YY1作用的蛋白均参与了RNA剪切过程，提示鲍曼不动杆菌很可能利用这些蛋白来调节YY1,为进一步研究鲍曼不动杆菌与YY1的相互作用机制奠定了基础。     

基于CRISPR基因文库筛选前列腺癌中的RNA结合蛋白及其功能性研究

<正>RNA在细胞生命活动中发挥着重要作用,既能作为遗传信息的传递者,又能作为重要的结构和功能性分子,参与RNA转录、蛋白质翻译、基因表达调控等生物学进程。RNA一经转录,通常就会和多种特异性的RNA结合蛋白相结合,其命运和功能受到后者的严密调控。因此,RNA结合蛋白对于RNA     

建立基于RNA免疫共沉淀技术的鼠疫耶尔森菌Hfq蛋白相关sRNA的体内验证方法

目的：建立RNA免疫共沉淀方法,为鼠疫耶尔森菌Hfq蛋白相关非编码小RNA（sRNA）提供体内验证方法。方法：首先在RNA结合蛋白Hfq下游加入Flag标签,用Flag标签抗体进行免疫共沉淀,获得蛋白-RNA复合物,然后从沉淀的蛋白-RNA复合物中分离得到纯化的RNA;通过Western印迹检测各步骤Hfq蛋白的表达,再利用Northern印迹检测目的sRNA--RyhB1和RyhB2。结果：构建了带有Flag标签的RNA结合蛋白Hfq的载体,此载体转导入hfq缺失株后与鼠疫菌野生株的生长曲线无明显差异;通过RNA-蛋白免疫共沉淀技术鉴定出已知与鼠疫菌Hfq蛋白结合的2个sRNA--RyhB1和RyhB2。结论：建立了利用RNA-蛋白免疫共沉淀鉴定与鼠疫菌Hfq蛋白结合的sRNA的技术,为细菌sRNA的验证、功能研究和体内蛋白质与RNA相互作用研究提供了有利工具。     

利用自身免疫病人血清鉴定新的中心体蛋白质组分

与其他亚细胞结构相比, 中心体由于其分离和纯化方面的困难使其蛋白质组学研究一直处于滞后状态. 通过免疫荧光证明特异性识别中心体的6名自身免疫病人的自发抗血清被用来鉴定它们相应的抗原即中心体蛋白. 利用细胞全蛋白的Western blot检测血清后, 从Western blot膜上每条单独条带上洗脱结合的抗体, 并确定产生中心体特异性荧光染色的抗体洗脱来源. 通过免疫沉淀获得并通过质谱鉴定该抗体相应的抗原蛋白, 共鉴定出6种中心体蛋白, 包括2种已知的中心体蛋白和4种未知定位或未见中心体定位报道的蛋白. 这些蛋白涉及细胞周期调控、信号转导通路、分子伴侣和代谢酶类, 反映了中心体功能的多样性.     

增强子RNA的功能特性及其在人类疾病中的重要调控作用

增强子是基因组上一段可以被转录调控蛋白识别并结合的区域,作为顺式调控元件和启动子共同参与基因转录过程。增强子在激活状态下,打开局部染色质并暴露DNA基序以吸引转录因子,从而进一步招募RNA聚合酶产生一类非编码RNA,即增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)。eRNA可促进增强子与启动子特异性染色质远程互作参与基因转录调节,或与转录因子等调控蛋白结合促进基因转录,具有多样的功能和调控机制,从而在细胞的发育和分化、疾病发生发展等众多生物过程中起重要作用。该文就e RNA特性、功能、鉴定、数据库资源,以及eRNA在人类神经系统疾病、癌症、免疫代谢类疾病、心血管疾病等中的功能作用研究进展作一系统综述,探讨eRNA的未来研究方向,及在疾病中作为潜在治疗靶点的可能及目前存在的挑战。     

狼疮La蛋白的分子生物学研究进展

狼疮La蛋白,又叫La核糖核蛋白、La自身抗原或干燥综合征B型抗原,是原发性干燥综合征的特异性自身抗原之一。La蛋白拥有多种结构和运输元件,可定位于不同的亚细胞部位与RNA相互作用。通常I丑蛋白主要存在于细胞核内,作为RNA聚合酶Ⅲ的转录因子,与RNA聚合酶Ⅲ转录新生产物结合,调节其转录终止,在转录后发挥分子伴侣作用,稳定RNA前体并促进其正确折叠,帮助其进行加工处理。La蛋白还可以与一类拥有内部核糖体进入位点的细胞内mRNA和病毒RNA结合,调节这类RNA的表达翻译;也可在细胞凋亡时被颗粒酶B酶解,产生特异性酶解片段,诱导特异性抗La自身抗体和干燥综合征的生成。我们就I丑蛋白的分子生物学方面的近期研究进展进行综述。     

微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1与肌球蛋白Ⅵ相互作用的鉴定

为鉴定微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1在肝脏组织的功能,采用GST pull-down结合质 谱技术,检测该蛋白在肝脏中的结合蛋白,结果提示,肌球蛋白Ⅵ与HSPC300/hHBRK1共沉降,Western 印迹杂交证实了质谱的结果．构建HSPC300/hHBRK1原核表达载体,诱导并获得了His-hHBRK1融合蛋白．利用免疫共沉淀证实hHBRK1与肌球蛋白Ⅵ存在相互作用,激光共聚焦检测显示hHBRK1与肌球蛋白Ⅵ在肺癌95D细胞的胞浆共定位,提示其相互作用可能是直接结合．肌球蛋白Ⅵ参与细胞迁移、高尔基分泌泡的运输和维持高尔基体稳定性等作用．hHBRK1与肌球蛋白Ⅵ相互作用,为微丝相关蛋白HSPC300/hHBRK1参与细胞迁移和胞内物质运输提供了进一步佐证．     

Moving RNA moves RNA forward

Cell communication affects all aspects of cell structure and behavior, such as cell proliferation, differentiation, division, and coordination of various physiological functions. The moving RNA in plants and mammalian cells indicates that nucleic acid could be one of the various types of messengers for cell communication. The microvesicle is a critical pathway that mediates RNA moving and keeps moving RNA stable in body fluids. When moving miRNA enters the target cell, it functions by altering the gene expression profile and significantly inhibiting mRNA translation in recipient cells. Thus, moving RNA may act as a long-range modulator during development, organogenesis, and tumor metastasis.     

Catalytic RNA and RNA Splicing

The capacity of Watson-Crick base-pair complementarity to directinformational transactions basic to gene expression has longbeen appreciated. Among RNA molecules, it mediates mRNA-tRNAcodon-anticodon pairing and the 16S rRNA-mRNA Shine-Dalgarnointeraction. More recently, we have come to realize that therole of RNA may transcend that of intermolecular recognition,per se, to include catalysis. Following the tour-de-force studiesof the self-splicing Tetrahymena rRNA precursor, the stage isnow set for the primary role of RNA to be revealed in nuclearpre-RNA splicing, which is catalyzed by a large ribonucleoprotein(RNP) complex in the cell nucleus, called the spliceosome. Theremoval of introns from nuclear pre-messenger RNA (pre-mRNA)shares fundamental properties with certain RNA self-splicingreactions. It therefore seems likely that the major catalyticstrategies in nuclear pre-mRNA splicing are carried out by thesmall nuclear RNAs (snRNAs), which are major constituents ofthe spliceosome.     

非编码RNA和RNA沉默

生物体内存在大量的非编码RNA ,它们形态各异 ,功能也千差万别 ,在生物的生长、发育、分化进程中扮演着不同的角色 ,尤其是siRNA ,它是RNA沉默的诱因。RNA沉默是真核生物特有的现象 ,它需要一系列因子的参与 ,其中RNA依赖性的RNA聚合酶是沉默起始的关键 ,Dicer酶是形成siRNA的基础 ,而RNA沉默诱导复合体 (RSIC)等是发生RNA沉默“链式反应”的关键因子