原型（祖先）森林登革病毒与外溢感染

摘要：登革病毒是蚊源性病原,保持于森林（非人灵长类/森林蚊子）和地方性流行（人类/城市/家周蚊子）循环中。由蚊媒介的人?人的传播在亚洲和美洲是病毒循环的通用方式,而在西非森林循环占优势。登革病毒的地方性流行方式源于森林登革病毒对家周/城市蚊子的适应。在2004?2007年,马来西亚在登革1型流行中分离到1株原型森林登革1型病毒。该病毒与哨猴株间外膜基因序列——核苷酸序列相似性>99%,氨基酸序列相似性99%。在55位点上仅有1个氨基酸差异,猴株是缬氨酸,人株是异白氨酸。病毒能被流行登革病毒1型感染的患者血清中和。该病毒的罕见分离表明来自只限于森林循环的一种有限的外溢感染。估计患者株序列进化率是5.2×10-4取代/位点/年。1965年在尼日利亚从发热患者分离到3株森林病毒,遗传发生树表明不同于地方流行登革病毒并均在森林登革病毒区块内,表明外溢流行。埃及伊蚊在西非森林中表现偏动物倾向,在登革病毒森林扩大循环中的作用有限。     

原型(祖先)森林登革病毒与外溢感染

登革病毒是蚊源性病原,保持于森林(非人灵长类/森林蚊子)和地方性流行(人类/城市/家周蚊子)循环中。由蚊媒介的人-人的传播在亚洲和美洲是病毒循环的通用方式,而在西非森林循环占优势。登革病毒的地方性流行方式源于森林登革病毒对家周/城市蚊子的适应。在2004-2007年,马来西亚在登革1型流行中分离到1株原型森林登革1型病毒。该病毒与哨猴株间外膜基因序列——核苷酸序列相似性97%,氨基酸序列相似性99%。在55位点上仅有1个氨基酸差异,猴株是缬氨酸,人株是异白氨酸。病毒能被流行登革病毒1型感染的患者血清中和。该病毒的罕见分离表明来自只限于森林循环的一种有限的外溢感染。估计患者株序列进化率是5.2×10-4取代/位点/年。尼日利亚1965年从发热患者分离到3株森林病毒,遗传发生树表明不同于地方流行登革病毒并均在森林登革病毒区块内,表明外溢流行。埃及伊蚊在西非森林中表现偏动物倾向,在登革病毒森林扩大循环中的作用有限。     

浙江省登革热暴发疫情的病原学和分子生物学研究

2004年浙江省慈溪市发生了由输入病例引起的登革热暴发,共报告病例113例。为查明病因,从分子水平分析流行毒株的生物学特征,对疑似患者血清测定了登革病毒IgM和IgG抗体,并用C6/36和BHK-21细胞分离登革病毒。同时采用RT-PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后又分别进行序列测定,并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果表明,从患者血清中检测到登革病毒IgM和IgG抗体及登革I型病毒核酸;从18份疑似患者血清中分离到10株登革I型病毒;浙江登革I型分离株(ZJ/07/04)与登革I型夏威夷株、广东株和泰国株的E基因氨基酸同源性分别为96.3%、98.8%和99.2%,而与登革Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68.3%、77.5%和62.8%。基因进化树显示浙江省登革病毒分离株与泰国株亲缘关系最近,在进化树的同一分支上。从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该次疫情的病因为由泰国输入的登革I型病毒。     

登革病毒流行株的分离鉴定及其毒力位点变异研究

目的:从登革热患者血清中分离登革病毒,鉴定流行株的血清型及其毒力。对其中两分离株E基因进行序列测定,分析其可能的毒力位点变异。方法:采集临床诊断为登革热患者急性期血清91份,接种于C6/36细胞分离病毒,应用间接免疫荧光法鉴定及分型。并通过乳鼠脑内接种和空斑试验,测定分离株的毒力。扩增2株分离株E基因,克隆到pGEM-T载体进行序列测定,分析变异位点。结果:在91份血清中经2~3次传代分离出8株病毒,鉴定为登革1型病毒。在E蛋白影响毒力的3个区段中,两分离株有3处存在变异。结论:推测此次广州地区流行登革热可能由DEN 1型病毒感染引起,流行株的毒力较弱。毒力减弱可能和其基因位点变异有关。     

DENV2海南分离株NS1全序列测定和生物信息学分析

目的:对登革病毒2型海南分离株NS1全序列进行测定和生物信息学分析,了解其系统 进化和分子流行病学特征.方法:采用RT-PCR法扩增D2-Hainan全长NS1基因,将其克隆入载 体pPIcZáB,测序,采用相关软件进行生物信息学分析.结果:获得D2-H ainan株NS1全长基 因1056bp,其序列与登革病毒2型NGC株的同源性为95%.系统进化树分析显示该毒株与登革 病毒2型China04株的亲缘关系最近.初步分析了NS1蛋白的氨基酸序列特征和二级结构.结论:登革病毒流行株存在地域性和复杂性,对D2-Hainan株NS1基因及其编 码蛋白信息特征的了解,有助于进一步研究其基因特征与病毒毒力的关系.     

国内首次自患者标本中同时分离的登革2型和3型病毒的鉴定

采用间接免疫荧光方法 ,检测患者血清标本中的抗登革病毒IgM和IgG抗体 ;同时将病人急性期血清接种C6 36细胞进行病毒分离。从分离的病毒悬液中提取RNA ,进行RT PCR扩增和序列测定。结果显示 ,该患者血清中存在抗登革病毒的IgM和IgG抗体。从病人血清中分离的病毒 ,经RT PCR和序列测定证实为登革 2型和 3型病毒的特异序列。表明该患者为登革 2型和 3型病毒混合感染     

海南岛125株登革病毒的分离与鉴定

1985年9月儋县发生一次由Ⅱ型登革病毒引起的登革热和登革出血热的爆发流行,至1986年10月疫情已由儋县波及本岛十县二市。根据记载,国外登革热流行期间,常伴多个型别登革病毒同时传播。为掌握本岛此次登革热流行时除Ⅱ型病毒外,是否尚有其他型别流行,于1986年1月至10月登革热流行期间,取十县二市278例急性期病人血清,接种C6/36白纹伊蚊细胞系,进行病毒分离,共获得125株病毒。均用抗登革     

我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析

本研究对我国两株登革2型病毒D2-43株、D2-04株的基因组进行了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序列进行了比较分析,结果表明D2 43株与D2-04株基因组全长约为10 723nt,核苷酸序列的同源性为95.1%,氨基酸序列的同源性为97 6%,不存在特别的高变区.这两株序列中共有83个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中21个差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的E糖蛋白第126位氨基酸由Glu(D2-04株)→Lys(D2-43株)的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神经毒力的改变.对结构糖蛋白E基因的聚类分析表明D2-43株与新几内亚株、台湾87株及菲律宾83株亲缘关系较近,D2-04株与牙买加株及巴西90年分离株的亲缘关系较近,表明我国存在不同起源的登革2型病毒感染.     

我国登革 4型病毒 B5株基因组全序列的测定及分析(英文)

 对我国登革 4型病毒 B5株 (D4- B5)基因组进行全序列测定及分析 ,为研究病毒基因组结构与功能的关系及研制新型登革疫苗奠定基础 .根据登革 4型病毒 81 4669株的序列设计特异引物 ,通过 RT- PCR扩增出 D4- B5株不同长度的片段 ,分别克隆到 p GEM- T载体 ,将挑取的阳性克隆进行 PCR、酶切鉴定及序列测定 .结果显示 ,D4- B5株的基因组全长 1 0 665nt,5′和 3′非编码区分别为 1 0 1 nt和 40 3nt,中间一个长 1 0 1 61 nt的开放读码框架 ,编码 3387个氨基酸 .与 D4- 81 4669株比较 ,两者核苷酸序列同源性为 93.0 8% ,氨基酸序列同源性为 96.58% .D4- B5株的基因组全序列与 D4- 81 4669株类似 ,但也有较大差异 .同源进化分析表明 ,D4- B5株的基因型为 型 ,与登革 4型病毒菲律宾分离株亲缘关系较近 .这是首次报道的我国登革 4型病毒分离株基因组全序列 ,对研究病毒基因组结构与功能的关系 ,探讨我国毒株的地理来源及研制适合我国人群的新型登革疫苗具有一定的意义 .     

我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析

本研究对我国两株登革２型病毒Ｄ２－４３株、Ｄ２－０４株的基因组进　行　了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序　列进行了比较分析,结果表明Ｄ２－４３株与Ｄ２－０４株基因组全长约为１０　７２３ｎｔ,核苷酸序列的同源性为９５．１％,氨基酸序列的同源性为９７．６％,　不存在特别的高变区。这两株序列中共有８３个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中２１个　差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的Ｅ糖蛋白第１２６位氨　基酸由Ｇｌｕ　（Ｄ２－０４株）→Ｌｙｓ（Ｄ２－４３株）的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神　经　毒力的改变。对结构糖蛋白Ｅ基因的聚类分析表明Ｄ２－４３株与新几内亚株、台湾８７株及菲律　宾　８３株亲缘关系较近,Ｄ２－０４株与牙买加株及巴西９０年分离株的亲缘关系较近,表明我国存　在不同起源的登革２型病毒感染。     

福建省白纹伊蚊中登革病毒的分离与鉴定

近年来福建省登革热(Dengue fever,DF)输入性病例持续存在,且登革热的主要传播媒介白纹伊蚊在全省内广泛分布,为了解福建省福州市登革热的媒介白纹伊蚊携带登革病毒(Dengue virus,DENV)状况,2017年10月7日在福州市台江区元一花园小区内开展伊蚊监测,采用双层叠帐法捕获255只白纹伊蚊蚊体研磨液上清提取核酸后用实时荧光RT-PCR法检测DENV特异性核酸,将检测阳性的蚊体研磨液上清接种C6/36细胞进行病毒分离,成功分离到1株DENV病毒株mosquito13/Fujian/2017;经实时荧光RT-PCR法鉴定所分离病毒株的血清型为I型;利用型特异性引物通过RT-PCR扩增病毒E基因并测序进行分子遗传特性分析;E基因核苷酸和氨基酸同源性分析显示,该毒株与2017年10月17日同小区本地登革热病例血清中分离得到的登革毒株E基因序列完全一致,与越南2014年分离株KT825033/Vietnam/2014核苷酸(99.7%)和氨基酸(99.8%)同源性最高;系统进化树分析表明所分离登革病毒毒株的基因型为I型,与东南亚地区的越南,泰国,柬埔寨等国家进化关系相近,可能输入来源于东南亚国家。本研究证实了登革热外潜伏期的存在以及白纹伊蚊在登革热疫情传播过程中的媒介作用,提示在登革热的防控工作中媒介登革病毒监测、检测的重要性,也提示福建省需要加强输入来源监测,特别是东南亚入境人员的监测。     

2006年广州登革热病原体的分离鉴定及其生物学性质的观察

目的：对2006年广州流行登革热病原进行分离鉴定及生物学性质研究。方法：采用传代蚊细胞微量培养方法对2006年广州登革热病原进行分离,并通过脑内途径观察其对乳鼠的致病性;经间接免疫荧光和RT-PCR技术,对患者血清标本中的病毒特异抗体及新分离的病原体进行检测和鉴定;将此次分离的病原体与1980年分离的同型毒株进行生物学性质比较。结果：从57份患者血清标本中分离出10株病毒,在传代蚊细胞中可产生稳定的细胞病变并对乳鼠致病;其基因组为登革1型病毒特异的RNA分子,经鉴定为登革1型病毒;此次分离的登革1型病毒与1980年分离的同型毒株在致细胞产生病变的时间和严重程度,蚀斑的大小、形态以及致乳鼠发病的时间等生物学性质上有所不同。结论：2006年广州流行登革热病原为登革1型病毒,且与1980年分离的同型毒株在生物学性质方面存在明显差异。     

登革Ⅱ型病毒经白纹伊蚊滞育卵的传递

采用C6/36细胞培养分离病毒的方法检测感染登革Ⅱ型病毒的白纹伊蚊Aedes albopictus滞育卵孵化的F₁代蚊虫感染率,从第一个生殖营养周期子代蚊虫中未分离到病毒,第二与第三生殖营养周期子代蚊虫最低感染率没有显著性差异（χ²=0.01,P＞0.0 5）,感染子代的批阳性率为9.1%,最低感染率为1∶330;间接免疫荧光检测结果表明感染登革Ⅱ型病毒的白纹伊蚊滞育卵孵化的子代成蚊能通过叮咬将登革病毒传播给敏感乳鼠。这些研究结果表明登革病毒能在媒介滞育卵内存活并传至子代,子代蚊虫能通过叮咬敏感宿主水平传播病毒。     

登革2型病毒乳鼠神经毒力相关位点的研究

pDVWS501为含有登革2型病毒全长cDNA的质粒, 可利用感染性转录体技术恢复为有活力的病毒MON501. 将MON501注射乳鼠脑内可引发脑炎症状, 其E蛋白的62, 203位分别为Glu, Asn. 采用OL-PCR方法把pDVWS501 E62位氨基酸突变为Lys, 得到质粒TB62; E203位氨基酸突变为Asp, 得到质粒TB203. 将pDVWS501, TB62和TB203酶切后体外转录得到全长登革2型病毒转录体, 应用电穿孔技术转染BHK-21细胞, 7天后收毒. RT-PCR证实有登革2型病毒存在, 接种C6/36细胞, 3~5 d可使其产生典型病变. 测定突变区域的序列, 结果表明得到了恢复病毒MON501和E62, E203位点突变的重组病毒HFT62, HFT203. 3株病毒均在其基因组5′端加“G”, 3′端则与登革2型病毒野生株相同. 分别将3株病毒稀释至10⁵~ 10² TCID₅₀, 经脑内途径注射1日龄乳鼠, 发现与MON501相比, HFT62, HFT203在同一稀释度发病乳鼠的个数减少, 发病时间延长且差异显著, 表明E62, E203可能是登革2型病毒乳鼠神经毒力相关位点.     

001基于3种抗原以IgM捕获酶联免疫吸附试验对登革病毒血清分型

登革热是由黄病毒科的登革病毒引起，并影响全世界热带和亚热带城镇的地方性病毒流行病。近年来，登革热及更严重的登革出血热和登革休克综合征已成为分布更广的公共卫生问题和重点流行病。登革病毒有4个不同血清型，初次感染后，对同型登革病毒可导致终身保护性免疫，而对再次感染其他3型登革病毒，     

浙江地区鼬獾和犬源狂犬病病毒分离株全基因组测序与分析

测定浙江地区狂犬病病毒分离株(鼬獾和犬)全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1~2日乳鼠分离狂犬病病毒,RT-PCR反应测定浙江地区狂犬病病毒分离株全基因组核苷酸序列,并进行编码蛋白和序列相似性比较及种系发生分析。测序获得狂犬病病毒浙江淳安鼬獾分离株F02、F04和松阳犬分离株D01、D02全基因组核苷酸序列信息:基因组全长11 923和11 925 nts,前导序列Leader长58nts,5个ORF为:NP(1 353 nts);PP(894 nts);MP(609 nts);GP(1 575 nts);LP(6 386 nts),N-P-M-G间隔序列长2、5、5 nts;G-L基因间的伪基因Ψ长423 nts;Trailer尾长70 nts。核酸BLAST及多重序列比对分析显示浙江地区4个狂犬病病毒分离株的全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征;中国毒株之间特别是浙江同种动物狂犬病病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,浙江病毒全基因组序列编码蛋白氨基酸序列相似性高于核苷酸序列相似性,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变;浙江病毒负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异,5个编码蛋白仅表现较少的序列变化;浙江病毒与本研究选择的代表性引用街毒株或者来自街毒的减毒株的变异位点和变异类型相似,多重序列相似性的比较和种系发生分析显示所分离的狂犬病病毒浙江街毒株均属于基因1型,具有较独特的中国地域性特点,故本研究中的浙江地区分离株极有可能是自然界中固有的街毒株。     

云南省登革3型病毒全基因组序列特征研究

为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点。采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析。结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株)。经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707nt),其开放读码框(95~10 265)编码3 389个氨基酸。基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因II型(genotype-II),瑞丽分离株均为基因I型(genotype-I),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系。版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75%~99.91%(99.40%~99.91%)和99.21%~99.68%(98.78%~99.57%),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21%~94.34%(97.88%~98.14%)和93.81%~93.98%(97.12%~97.67%)。与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变。本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因II型,瑞丽市2016年流行的DENV-3为基因I型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区。本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化。     

五株登革病毒的分离鉴定及E基因序列分析

登革病毒作为一种重要的蚊媒传播病毒,威胁全球人类健康,及时甚至实时了解病毒的变异和流行病学规律,对科学防控登革热具有重要意义.因此,本研究利用广东省深圳市发现的登革热患者血清进行病毒分离、鉴定及囊膜蛋白E基因的扩增、测序及生物信息学分析病毒E基因进化特点.结果显示,应用Vero和C6/36细胞培养法从登革热病患血清中分离获得5株登革病毒,利用MEGA7软件对囊膜蛋白E的核苷酸和氨基酸序列进行分析显示,5株均属血清Ⅱ型登革病毒,其中输入性SZ926株和本地株SZ38株同源性为99.5％,均与泰国16681经典毒株关系密切,可能衍生于同一祖先;SZ868株和SZ871株为境外输入性病患分离株,两株病毒核苷酸同源性达到99.9％,说明两株病毒可能源于同一毒株;SZ29株与新几内亚的New Guinea C毒株同源性为99.8％,显示出进化保守、稳定传播的特点.基因型分析显示,SZ926和SZ38为基因型Ⅲ型,SZ868和SZ871为基因型Ⅳ型,SZ29为基因型Ⅰ型.本研究成功分离获得5株血清Ⅱ型登革病毒,分属于3个基因型,且不同基因型的E基因整体变异较低,而且我国存在多种基因型感染的潜在威胁,必须加强防范意识和研究力度.     

鲤春血症病毒中国分离株糖蛋白基因和氨基酸序列的初步解析

2002～2004年间从国内养殖鲤科鱼类和观赏鱼类中分离出8株鲤春血症病毒(SVCV)。根据SVCV参考株 全序列,设计引物,用逆转录聚合酶链式反应扩增出8株SVCV糖蛋白编码基因片段,并对扩增产物进行了克隆和 序列测定。用生物信息学方法对测得的序列进行分析,结果8个国内分离株的糖蛋白基因序列与参考株的基因序 列相似性均在92％以上,8个国内分离株之间基因序列相似性均在97．7％以上;8个国内分离株之间糖蛋白推导 出的氨基酸序列相似性均在94．5％以上,与参考株氨基酸序列相似性在92．9％-94．9％之间。系统发育树分析结 果表明,SVCV国内分离株与USA株、980451株、980528株和970469株的进化方向一致,与其它SVCV毒株在进 化方向上不同。8个毒株有19个共同的酶切位点,推导出的氨基酸序列中有10个亲水区、10个可能的抗原位点 和10个跨膜蛋白区域,其峰值基本一致。对SVCV国内分离株的糖蛋白6个功能位点(天冬酰胺糖基化位点、精 氨酸-甘氨酸-天冬氨酸序列、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪氨酸磷酸化位点和肉豆蔻酰 基化位点)进行了初步分析。     

登革病毒包膜蛋白的原核表达及免疫原性研究

登革病毒感染引起的登革热和登革出血热/登革休克综合征是目前流行最为广泛的虫媒病毒病,但其发病机制不明,也无疫苗和特异性抗病毒药物用于防治。登革病毒包膜蛋白(E蛋白)在病毒致病和免疫过程中发挥重要作用。本研究构建了登革病毒2型E蛋白基因的重组质粒E/pGEX-6P-1,并优化表达条件,获得登革病毒E蛋白的高效可溶性表达;用谷胱甘肽琼脂糖凝胶4B亲和层析柱纯化,获得纯度较高的蛋白。该蛋白具有较好的免疫原性,免疫小鼠后可获得高效价抗体。本研究为进一步了解登革病毒E蛋白的功能及其在相关疾病中的应用奠定了基础。