基于12S rRNA和16S rRNA基因序列探讨中国蚤蝇科部分属间的系统发育关系

基于线粒体12S rRNA和16S rRNA基因序列联合分析,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建了中国蚤蝇科14属的系统发育树.结果表明:联合分析序列总长度为819 bp,其中可变位点277个,简约信息位点200个;A+T平均含量为77.7%,具A、T偏倚性.系统发育分析显:中国蚤蝇科为单系发生,分为蚤蝇亚科和裂蚤蝇亚科两个单系群.蚤蝇亚科内脉蚤蝇属、锥蚤蝇属和刺蚤蝇属亲缘关系较近,栅蚤蝇属与栓蚤蝇属亲缘关系较近;裂蚤蝇亚科中虼蚤蝇属与裂蚤蝇属互为姐妹群,寡蚤蝇属与伐蚤蝇属互为姐妹群.     

小鲵科线粒体16S rRNA基因序列分析及其系统发育

To study the phylogeny of Hynobiidae, we amplified DNA fragments of 470 bp 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene on mitochondrial DNA from Ranodon sibiricus and Ranodon tsinpaensis. PCR products were cloned into PMD18 T vector after purification. These sequences were determined and deposited in the GenBank (accession numbers: AY373459 for Ranodon sibiricus, AY372534 for Ranodon tsinpaensis). By comparing the nucleotide differences of 16S ribosomal RNA sequences among Liua shihi, Pseudohynobius flavomaculatus and Batrachuperus genus from GenBank database, we analyzed the divergences and base substitution among these sequences with the MEGA software. The molecular results support that B. tibetanus, B. pinchonii and B. karlschmidti are classified into three valid species. Liua shihi has closer phylogenetic relationships to Ranodon tsinpaensis than to other species. More our results reveal that Pseudohynobius flavomaculatus is not a synonym of Ranodon tsinpaensis. [Acta Zoologica Sinica 50 (3) : 464 - 469,2004].     

从18S rRNA基因序列探讨盾腹吸虫的系统发育关系

盾腹亚纲吸虫被认为是寄生扁形动物中古老的类群,包括盾腹科、多萼科、裂杯科和皱腹科,科间系统发育关系尚存争议。本研究收集GenBank数据库中所有的盾腹吸虫18S rRNA基因序列,测定了三种盾腹吸虫的相应序列,分别采用最大简约法和最大似然法构建分子系统发育树。结果显示,多萼科的分类地位不成立,多萼属应还原到盾腹科;盾腹科的盾腹亚科和杯盾亚科均非单系,吸槽列数可能是平行进化特征,不能反映盾腹科各亚科间的系统发育关系。建议将具有边缘器的吸槽型腹吸盘,以及不具边缘器的吸杯型和皱褶型腹吸盘分别鉴定为盾腹科、裂杯科和皱腹科种类的共裔性状。     

基于18S rRNA基因序列的直翅目主要类群系统发育关系研究

基于78种直翅目昆虫的18S rRNA基因全序列构建了直翅目各主要类群间的系统发育关系。本研究的结果支持直翅目的单系性,但不支持蝗亚目和螽亚目各自的单系性;直翅目下除蜢总科和蝗总科外各总科的划分多数与Otte系统相一致;蜢总科的单系性得不到支持;蝗总科的剑角蝗科、斑腿蝗科、斑翅蝗科、网翅蝗科和槌角蝗科5科均不是单系群,各物种间的遗传距离差异不大,应合并为一科,即蝗科;本研究支持将Otte系统中蚱总科和螽蟖总科下各亚科级阶元提升为科级阶元;18S rRNA基因全序列可以作为划分科级阶元的工具,当位于同一分支上互成姐妹群的类群间的遗传距离超过1%时,这几个类群属于不同的科;但由于其在进化上的保守性,18S rRNA基因只能用于纲目等高级阶元间关系的研究,而由其获得的总科以下阶元间的关系并不可靠。     

中国蚌科线粒体16S rRNA序列变异及系统发育

首次测定了中国淡水贝类———蚌科 (Unionidae) 1 3个属代表种类的线粒体 1 6SrRNA部分序列。用Clustal X排序软件进行 1 6SrRNA序列的对位排列 ,序列总长度为 30 5— 32 0bp。通过Mega 2 0软件对所得线粒体 1 6SrRNA片段序列进行比较 ,共发现 1 0 8个碱基存在变异 ,其中包括 77个简约信息位点 ,并用“Pairwisedistance”计算了各属间的相对遗传距离。以贻贝为外类群 ,采用Mega 2 0软件中的“Neighbore Joining”法得到惟一一个分子系统树 ,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1 0 0 0循环检验。结果表明 :分布于中国的蚌科形成三个明显的类群 ,第一个类群 ,包括帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 ;第二个类群 ,由矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属组成 ;第三个类群只包括无齿蚌和冠蚌两个属。由此可以看出 ,它们有可能分别隶属于三个不同的亚科 ,即小方蚌亚科 (帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 )、无齿蚌亚科 (无齿蚌属和冠蚌属 )和珠蚌亚科 (矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属 ) ,由此证明小方蚌亚科在中国的存在 ,并且 ,对几个属的分类位置作了调整。其中鳞皮蚌属和蛏蚌属原来属于无齿蚌亚科 ,根据线粒体 1 6SrRNA的结果 ,前者应该放     

蝗总科部分种类16S rDNA的分子系统发育关系

将自测的我国直翅目蝗总科8科8个种和从互联网GenBank中检索到相关物种的线粒体基因组：16S rDNA序列片段进行同源性比较,计算核苷酸使用频率,并构建分子系统树。在获得的480bp的序列中。A T约占70．7％,G C为29．3％,颠换取代(transversion)的速率大于或接近转换取代(transition)的速率,其中188个核苷酸位点存在变异。研究结果表明：在直翅目蝗总科有差异的188bp中,属内种间的碱基序列差异仅为1．5％,科内属间为3．5％～3．6％,科间差异为4．8％～15．8％,亚目间差异达到15．2％～25．6％。分子系统树表明：科内的属和属内的种均优先聚在一起;蝗总科8科的起源关系为：锥头蝗科→瘤锥蝗科→癞蝗科→斑翅蝗科→剑角蝗科→网翅蝗科和槌角蝗科→斑腿蝗科;锥头蝗科与瘤锥蝗科关系较近,是蝗总科内最原始的类群;槌角蝗科和网翅蝗科互为姐妹群,与最进化的斑腿蝗科关系较近;蚤蝼科为独立的一支,最先分出,似为一个亚目,与现用的分类系统有明显差别;哈螽科(螽嘶总科)和蟋蟀科聚在一起为剑瓣亚目(Ensifera),蚱科和蝗总科的8科组成短瓣亚目(Caehfera),同现用的分类系统。     

基于12S,16S和28S rRNA基因序列的中国小毛瓢虫属系统发育分析

【目的】小毛瓢虫属Scymnus Kugelann昆虫主要捕食蚜虫、蚧虫等害虫,是一类经济上重要的天敌昆虫。目前针对小毛瓢虫属的系统发育研究尚属空白,亚属之间的系统演化关系尚不明确,为了建立合理的分类系统,亟需对小毛瓢虫属的亲缘关系进行研究和探讨。【方法】以华南农业大学馆藏的小毛瓢虫属5亚属共44种为研究对象,采用PCR技术对12S, 16S和28S rRNA基因的部分序列进行扩增;运用MEGA 7.0分析了小毛瓢虫属内12S, 16S和28S rRNA基因的碱基组成,基于K2P模型计算了小毛瓢虫属44种的种间遗传距离;采用最大似然法(maximum-likelihood, ML)和贝叶斯推断法(Bayesian-inference, BI)构建该属的系统发育树。【结果】扩增获得小毛瓢虫属44种的12S rRNA基因序列平均长度为356 bp, 16S rRNA基因序列平均长度为351 bp, 28S rRNA基因序列平均长度为315 bp;序列分析表明,12S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为38.8%, 43.5%, 11.9%和5.8%, 16S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为37.6%, 40.3%, 14.4%和7.7%, 28S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为26.7%, 18.3%, 31.4%和23.5%;基于联合序列分析的种间遗传距离为0.004～0.276,平均遗传距离为0.115。系统发育分析结果表明,小毛瓢虫属为单系起源,而小毛瓢虫亚属Scymnus(Scymnus) Kugelann、毛瓢虫亚属Scymnus(Neopullus) Sasaji、小瓢虫亚属Scymnus(Pullus) Mulsant和拟小瓢虫亚属Scymnus(Parapullus) Yang均为并系起源。【结论】基于12S, 16S和28S rRNA基因序列的小毛瓢虫属系统发育分析显示传统的形态学分类体系与基于分子数据分析的结果部分不一致,这表明应该对该属内各亚属的鉴别特征进行全面检视,筛选并确立各亚属的形态指标,同时也表明该属内的亚属分类单元需重新厘定。     

基于线粒体ND1和16S rRNA基因序列探讨中国蝴蝶12科的系统发育关系(鳞翅目: 双孔次亚目: 蝶类)

对中国12科共32种代表蝶类的ND1基因和16S rRNA 基因进行了序列测定（包括新测30种ND1基因和9种16S rRNA基因）和比较分析, 同时采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了12科蝶类的系统发育树, 探讨了其高级分类群的系统发育关系。序列分析的结果显示: 经比对处理后的两个基因总长度为869 bp, 其中保守位点373个, 可变位点496个, 简约信息位点375个; A+T的平均含量为80.2％, 明显高于C+G的平均含量19.8％。分子系统树表明: 蛱蝶科不是单系群; 珍蝶类、斑蝶类和喙蝶类位于蛱蝶科内; 粉蝶科和凤蝶科具有共同祖先。据此建议: 绢蝶科应归入凤蝶科; 蚬蝶科归入灰蝶科; 珍蝶类、斑蝶类和喙蝶类作为蛱蝶科中的亚科, 眼蝶类从蛱蝶科中分离出来独立成科。另外, 环蝶类的系统分类地位还有待于进一步研究。     

地衣芽孢杆菌16S rRNA基因的TD-PCR扩增及系统发育分析

运用16SrRNA基因序列分析了中国工业微生物菌种保藏管理中心(CICC)保存的30株地衣芽孢杆菌的系统发育关系,结果显示:24株菌株位于地衣芽孢杆菌系统发育分支;3株菌株位于蜡状芽孢杆菌-苏云金芽孢杆菌系统发育分支;1株菌株位于枯草芽孢杆菌系统发育分支;2株菌株与其它地衣芽孢杆菌菌株间序列同源性为96.4%~97.4%,明显低于其它地衣芽孢杆菌菌株间同源性,分类地位不明确,有待进一步讨论。通过比较分析16SrRNA基因5′端500bp、3′端500bp以及其全基因的系统发育树,表明16SrRNA基因5′端500bp可以很好的代表全基因序列进行系统发育研究,可用于区分地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌以及蜡状芽孢杆菌分支。     

嗜盐古细菌的系统发育分析

用“Clustalw”和“PHYLIP”程序包分析嗜盐古细菌16S rRNA序列,建立了嗜盐古细菌的系统发育树。比较分析的结果进一步支持了以前的结论,即嗜盐古细菌在自然系统分类上应被分成嗜盐菌科的6个属。此系统发育分析方法不仅体现了在嗜盐古细菌属一级分类上的优势,而且还可能被用作一种相应于以《伯杰氏细菌系统分类手册》(第三卷)为基础的嗜盐古细菌种一级分类上的代换方法。实际上,这种系统发育分析方法比其他建立在表型特性基础上的分类系统更真实地反映了嗜盐古细菌内的亲缘关系。该方法的其他运算细节在本文中也进行了讨论。     

基于18S rRNA基因序列分析唇口目苔藓动物主要类群的系统发生关系

对隶属于3亚目、5次目、20科、23属共25个种类的唇口目(裸唇纲)苔藓虫18S rRNA基因部分序列进行了序列测定.结合从GenBank中获得的该类群其它7个种类的18S rRNA基因同源序列,以序列分析软件对其序列组成和变异进行了比较分析;同时,以羽苔虫(被唇纲)和管孔苔虫(窄唇纲)为外类群,以邻接法和最大简约法重建了它们的系统发生树,分析了该目主要类群系统发生关系.序列分析结果显示:经比对后序列长度为884 bp,其中保守位点241个,可变位点643个,简约信息位点357个;A,T,C和G 4碱基平均含量分别为23.8%、22.8%、24.4%和28.9%.分子系统树表明:本研究所有有囊类构成1个单系群,其中檐胞次目的几种苔虫位于皮壳次目内部;无囊类形成1个多系群,其中的亚目级(新唇口亚目)和次目级分类阶元(枝室次目、假软壁次目和隐壁次目)也都为多系发生,这些结果与前人的分子系统学研究结果大体一致,而与传统的形态分类体系间存在明显的冲突.     

凤蝶亚科(凤蝶科,鳞翅目)16S rRNA基因的分子系统发生分析

对15种凤蝶亚科蝶类线粒体16S rRNA基因部分序列进行了测定,并结合GenBank中其它相关类群的序列,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法构建凤蝶亚科的分子系统树,探讨该亚科各类群间的系统发生关系.结果表明,燕凤蝶族构成凤蝶亚科蝶类系统树基部的一个独立分支;燕凤蝶族和裳凤蝶族为单系发生,且裳凤蝶族聚在凤蝶族内部;喙凤蝶族的单系性尚不能确定.综合分子系统学、形态学及寄主植物等相关证据,推测斑凤蝶类为凤蝶族中早期分化的一支;较之裳凤蝶类,斑凤蝶类可能更早从二者最近的共同祖先中分化出来.     

基于16S rRNA基因序列对织纹螺属的分子系统学分析

研究利用线粒体16S rRNA基因序列片段,对织纹螺属6亚属11种动物进行分子系统学分析。结果显示,种内遗传距离(0～0.007)与种间遗传距离(0.019～0.088)无重叠,这表明线粒体16S rRNA基因能较好地反映织纹螺种间的亲缘关系; 而亚属内遗传距离(0.018～0.031)与亚属间遗传距离(0.028～0.083)存在重叠,表明线粒体16S rRNA基因不能对一些贝壳形态相似的亚属进行区分。同时,确定了疑难种灰白织纹螺Nassarius(Zeuxis)canaliculatum的分类地位,并与相似种西格织纹螺N.(Z.)siquijorensis进行了对比; 确认了秀丽织纹螺Nassarius(Hima)festivus应属于Hima亚属;建议保留单型亚属Varicinassa的有效性。     

从16S rRNA基因序列初步探讨拟壁钱属和壁钱属蜘蛛系统发生关系

拟壁钱属Oecobius和壁钱属Uroctea蜘蛛之间系统发生关系存在一定的争议.为从分子水平探讨两属间系统发生关系,本研究测定了5科6种蜘蛛的16S rRNA基因部分序列,并联合来自GenBank的8科8种蜘蛛16S rRNA基因序列数据重建分子系统树.结果表明,拟壁钱属和壁钱属间遗传距离(28.1%)明显大于复杂生殖器类(Entelegynae)蜘蛛属间遗传距离的平均值(22.9%);与目前大多数文献把拟壁钱属和壁钱属并在一个科的观点相反,本研究重建的系统发生树显示两属不是姊妹群.作者建议把拟壁钱属和壁钱属分别重新划回拟壁钱科Oecobiidae和壁钱科Urocteidae.系统发生树还验证了简单生殖器类(Haplogynae)蜘蛛、复杂生殖器类蜘蛛各自的单系性以及筛器类(Cribellate)蜘蛛的多系发生,同时本文的结果还对圆网蛛类(Orbiclariae)单系发生及RTA类群单系发生的有效性提出了质疑.     

几种蚊虫线粒体DNA-16SrRNA序列及其相互关系的研究

测定我国尖音库蚊复合组4亚种（尖音库蚊、淡色库蚊、致倦库蚊和骚扰库蚊）、三带喙库蚊、白纹伊蚊和中华按蚊的线粒体DNA 16S rRNA基因（mtDNA-16S rRNA)序列,发现我国尖音库蚊复合组4亚种mtDNA-16S rRNA序列基本一致,长度为555bp(554bp),GC含量为25．41％。该序列与其他3种蚊虫在种间存在差异,与三带喙库蚊的种间差异为0．54％;与白纹伊蚊的种间差异为5．77％;与中华按蚊的种间差异为9．62％。分子系统关系分析表明该序列与传统分类系统的同属或同亚科种类近似性相一致。     

苔藓动物18S rRNA基因的分子系统发生初探

本文对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的18SrRNA基因进行了PCR扩增和序列测定。结合已知的其它苔藓动物（包括内肛动物和外肛动物）以及腕足动物和帚虫的相应序列,运用分子系统学方法,研究苔藓动物门的系统发生关系,结果表明,外肛动物和内肛动物构成苔藓动物分子系统树中的二大平行支;本文测定的大室膜孔苔虫与Giribet等测定的膜孔苔虫在系统树中的位置间隔较远。结果也支持外肛动物包含被唇纲和裸唇纲两大类群的形态划分,而关于裸唇纲特别是唇口目内部的系统发生关系。分子数据的分析结果和形态分类之间的分歧有待于进一步研究。     

PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS OF THE FRESHWATER ALGA BOLDIA ERYTHROSIPHON (COMPSOPOGONALES, RHODOPHYTA) BASED ON 18S rRNA GENE SEQUENCES

The nuclear small-subunit ribosomal DNA sequence from the freshwater red alga Boldia erythrosiphon Herndon emend Howard et Parker was determined. Phylogenetic analysis confirms the positioning of this species within the bangiophycidean order of the Compsopogonales. The results strongly suggest that occupation of freshwater habitats by marine red algae has happened at least twice during red algal evolution.