水牛睾丸曲精细管蛋白质组双向电泳方法的建立及优化

建立并优化了沼泽型水牛睾丸曲精细管蛋白质分离的双向电泳体系,为后续水牛睾丸曲精细管蛋白质表达谱的鉴定和研究奠定基础。比较不同IPG胶条(线性与非线性)、胶条pH范围和蛋白质上样量这三个参数对双向电泳结果的影响。结果显示,采用上样量350μg的曲精细管总蛋白、24 cm且pH值4～7的线性IPG胶条能够更好地分离水牛睾丸曲精细管蛋白质,获得质量较好且分辨率较高的双向电泳图谱,得到大约486个蛋白点。双向凝胶电泳技术能够对水牛睾丸曲精细管蛋白质进行有效分离,并通过对双向电泳体系的优化可获得蛋白质点清晰且分辨率更高的双向电泳图谱。     

松材线虫全蛋白的提取及其双向电泳体系优化

目的:一种适用于双向电泳体系的松材线虫全蛋白提取方法的建立及其双向电泳体系的优化.方法:以松材线虫为实验材料,比较2种不同的蛋白提取方法,并对双向电泳中的IPG胶条长度、IPG胶条最适pH范围、上样量等3个方面的条件进行优化.结果:采用TCA-丙酮法提取的蛋白质浓度较高,达到2.18μg/μl.使用pH5 ～8、24cm的IPG干胶条,上样量为120μg,经双向电泳分离可得到背景清晰、分辨率较高的2 - DE图谱,能检测到2 000个左右清晰的蛋白点,含有相对丰富的蛋白信息量.结论:该实验所建立的松材线虫提取方法和优化体系可以为今后松材线虫蛋白质组学的研究奠定技术基础.     

适用于黄麻根部蛋白质组学分析的双向电泳技术

以黄麻品种'9511'幼苗为试验材料,研究其根部蛋白提取方法的得率及不同的蛋白样品溶解方法、电泳上样量和IPG胶条pH范围对双向电泳图谱的影响.结果表明:采用三氯乙酸(TCA)/丙酮沉淀法提取黄麻根部蛋白质,蛋白得率为80 mg/g;蛋白粉末溶解采用两次水化法,裂解液中含有7 mol/L尿素、2 mol/L硫脲、4% CHAPS、65 mmol/L DTT、0.2%载体两性电解质和1 mmol/L PMSF,能够较充分地溶解蛋白质,且制备的样品浓度能够满足双向电泳上样要求;上样量为400 μg时得到的图谱分辨率高、蛋白斑点分布均匀、清晰;等电聚焦(Isoelectrofocusing,IEF)采用pH 4～7、17 cm的IPG胶条时所得图谱质量最佳.研究表明,样品的制备及IEF有效除盐对获得理想的2-DE图谱非常关键;取材、染色等细节对2-DE的重复性影响很大.     

小菜蛾血淋巴蛋白质双向电泳技术体系的建立及优化

采用不同方法对小菜蛾Plutella xylostella(L.)血淋巴进行双向电泳研究,建立了一套适用于小菜蛾血淋巴蛋白质组分析的双向电泳体系。从样品处理方案、等电聚焦时间、染色方法等因素对小菜蛾双向电泳结果的影响进行了分析和优化。结果表明,TCA/丙酮沉淀法提取蛋白损失少,图谱均匀清晰,分辨率和重复性更高。不同长度胶条的最佳上样量不同,胶条长度为7、17、24cm时,最佳上样量依次为20～50μg、50～300μg、100～500μg,而聚焦时间则分别以24000、50000、65000vhr为宜。第二向聚丙烯酰胺凝胶的浓度以12%为宜,电泳后蛋白点呈均匀分布。银染的灵敏度明显高于考马斯亮蓝染色,可以检测出更多的蛋白点,但考马斯亮蓝染色在后续蛋白点质谱鉴定中具有优势。     

沙漠小球藻的蛋白双向电泳分析

为建立适用于小球藻(Chlorellasp.TLD6B)蛋白质组分析的双向电泳体系,该研究比较了TCA/丙酮沉淀法和Trisol提取法对小球藻蛋白的提取效果,不同pH梯度IPG胶条(pH3~10和pH4~7)、不同蛋白质上样量、不同聚焦程序对小球藻蛋白的分离效果。结果表明:(1)采用Trisol提取法可获得较高纯度蛋白,当选择24cm pH 3~10的线性IPG胶条时,上样量为500μg,聚焦80 000Vh效果最佳,可分辨蛋白点达726个;当选择24cm pH 4~7的线性IPG胶条时,上样量为1 000μg,聚焦80 000Vh效果最佳,可分辨蛋白点达1 230个。(2)该实验随机挑选了10个胶内蛋白点进行MALDI-TOF/TOF-MS鉴定分析表明,其中8个蛋白点鉴定成功,进一步说明Trisol提取法可适用于小球藻双向电泳分析。     

一种适用于双向电泳分析的高效真菌线粒体提取及蛋白质制样方法

用液氮冷冻研磨法破碎真菌菌丝细胞,通过差速和蔗糖密度梯度离心分离纯化板栗疫病菌线粒体,所得线粒体产率(质量比)约为1/10~4。电子显微镜观察和蛋白印迹表明,所制备的线粒体完整性好,没有检测到其它细胞成分的污染。使用膜蛋白裂解液溶解线粒体制备蛋白样品,将蛋白样品200μg上样于pH3~10,24cm的非线性胶条进行等电聚焦,电聚焦后再进行第二向SDS-PAGE电泳分离,经银染获得重复性好、背景清晰、分辨率高(680±15个蛋白质点)的凝胶图谱。随机选择10个蛋白质点进行质谱分析,9个获得有效注释,均为线粒体特异性蛋白质,表明所制备的蛋白样品非常适合双向电泳分析及其后续的质谱鉴定。     

雪莲愈伤组织蛋白质提取及双向电泳分析

以产自西藏绵头雪莲为材料,分别采用TCA/丙酮法、尿素法和酚法,提取雪莲愈伤组织蛋白质并进行双向电泳,对蛋白产量和纯度以及电泳图谱进行比较。结果表明:(1)酚法较TCA/丙酮法和尿素法获得的蛋白质更纯,杂质少,蛋白点多且分辨率较高,在二维电泳图谱中背景清晰,横纹和纵纹较少。(2)对酚法提取的蛋白质样品进行上样量的比较结果显示,17cm胶条500μg上样量二维图谱的背景和蛋白点分布较好。(3)用0℃处理雪莲愈伤组织12h,利用建立的双向电泳体系分析结果发现,有33个蛋白点比常温(23℃)上调1.5倍表达,有5个蛋白点的表达下调2倍。(4)质谱鉴定结果表明,低温诱导的蛋白包括NADP-依赖型异柠檬酸脱氢酶、腺苷高半胱氨酸酶、抗性RPP8类蛋白、蛋白点gi|13129470、α-微管蛋白,分别与新陈代谢、植物防御、能量代谢、细胞的结构蛋白相关。     

甜瓜叶片中Rubisco的去除及双向电泳体系的优化

为降低Rubisco的干扰,建立适合于甜瓜叶片蛋白质的双向电泳技术,本文比较了不同全蛋白提取方法和上样量对双向电泳的影响。结果表明,Mg/NP-40/PEG3350/TCA/丙酮提取法可去除样品中绝大多数的Rubisco,使低丰度蛋白得以检测,适合后续分析。以该法提取的蛋白,采用600、800、1000和l200μg四种上样量进行双向电泳,上样量为l000μg的样品用pH3～10的IPG胶条,在2-DE胶上分辨出质量好、数量多的蛋白质点（562个）。因此,Mg/NP-40/PEG3350/TCA/丙酮法是适合甜瓜叶片蛋白质提取的方法,l000μg是最适上样量。     

黄瓜叶片胞间隙蛋白质双向电泳体系的建立

以黄瓜种质‘PI088’幼苗为材料,提取胞间隙液,制备蛋白样品,通过对不同IPG胶条、等电聚焦条件、分离胶浓度、上样量等条件的探索,建立适合黄瓜叶片胞间隙蛋白质组的双向电泳体系.结果显示:(1)用pH 3～10的非线性IPG胶条,等电聚焦时间为70 000 Vh,分离胶浓度为10％,上样量为800 μg时,能够得到较好的2-DE图谱.(2)利用所建立的双向电泳体系找到了对照及接种霜霉菌后2d的黄瓜叶片胞间隙差异蛋白,其中的12个上调表达点和10个下调表达点的表达量变化在1.5倍以上.并选取一个差异点成功进行了质谱分析.(3)质谱分析结果显示,所找的差异点为一种酸性的几丁质酶,等电点为4.27.可见,采用所建立的双向电泳体系可获得分辨率高、重复性好的2-DE图谱并能很好地用于质谱分析.     

不同提取方法及上样量对牡丹试管苗茎基部蛋白双向电泳的影响

为建立一套适合于牡丹试管苗茎基部蛋白的双向电泳技术,以便更好地利用蛋白质组技术研究牡丹试管苗不定根的发生机理,本研究比较了三种不同蛋白质提取方法对双向电泳结果的影响,并在蛋白质上样量方面进行了比较。结果表明,乙酸铵/甲醇酚提取法所得2-DE图谱的蛋白点很少,仅检测到45个,且较模糊,有明显的拖尾现象,分辨率很低;乙醇/乙醚丙酮法所得的蛋白点也较少(101个),较模糊,且横竖纹干扰较大;三氯乙酸/丙酮法所得蛋白点数较多,可检测到434个清晰的蛋白点,且形状规则,重复性好,适合后续分析,操作也较为简便。用三氯乙酸/丙酮法提取蛋白,采用800μg、1000μg和1200μg三个不同的上样量进行双向电泳,在上样量为1200μg时(IPGpH3～10,24cm),蛋白质在12%SDS-PAGE胶上得到了较好的分离,在2-DE图谱上可分辨出562个蛋白点。因此,三氯乙酸/丙酮法是较适合于牡丹试管苗茎基部蛋白质提取的方法,1200μg是较为合适的上样量。     

莲种子蛋白质提取方法比较与双向电泳分析

莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)不仅是重要的水生蔬菜作物之一,而且是进行基础研究的好材料。本文采用4种蛋白质提取方法(新型TCA/丙酮法、传统TCA/丙酮法、改良的Tris-HCl法、Tris-饱和酚法)并结合双向电泳技术,对莲子蛋白质提取方法进行筛选与优化。双向电泳实验结果显示,所得蛋白质图谱与莲种子蛋白质组成分布特点一致。通过PDQuest软件分析表明,新型TCA/丙酮法适用于莲子叶和胚芽组织的双向电泳蛋白质提取,而传统TCA/丙酮法则适用于莲胚轴组织双向电泳的蛋白质提取。研究结果为进一步利用质谱进行莲子蛋白质组研究奠定了基础。     

DMSO, an Organic Cleanup Solvent for TCA/Acetone-Precipitated Proteins, Improves 2-DE Protein Analysis of Rice Roots

Protein extraction is a critical step in a two-dimensional electrophoresis (2-DE)-based proteomic analysis. Dimethyl sulfoxide (DMSO), a small organic molecule, is widely used as a solvent in biological sciences. In this study, we modified the cleanup step of the commonly used trichloroacetic acid (TCA)/acetone method of protein extraction by using 20?% DMSO/acetone as a solvent to wash TCA?Cacetone-precipitated pellets. The improved protocol (TCA/acetone?CDMSO) was compared with the TCA/acetone and phenol extraction method based on the protein yield, the number of spots, and resolution on 2-DE maps. TCA/acetone?CDMSO washing increased protein yield, and improved the resolution in 2-DE with less background, streaking, and smearing. This method also produced the highest number of protein spots. To our knowledge, the present study is the first to use DMSO as a cleanup solvent for TCA/acetone-precipitated proteins to enhance their quality prior to 2-DE.     

西花蓟马蛋白的提取及双向电泳体系的建立

【目的】蛋白样品的制备是获得良好双向凝胶电泳(2-DE)图谱的前提,建立合理的西花蓟马蛋白的双向电泳体系,获得分辨率较高、重复性较好的图谱,能够为后续的研究提供有力支撑。【方法】实验以西花蓟马成虫为实验材料,对比了饱和酚法、TCA/丙酮法和直接裂解法3种蛋白提取方法,从中选出最适宜双向电泳分析的一种蛋白提取方法。【结果】3种方法蛋白提取率差异显著,直接裂解法蛋白提取率最高,饱和酚法的蛋白提取率最低;3种方法的SDS-PAGE条带数差异不明显;TCA/丙酮法的双向凝胶图谱效果最好,蛋白点最多。【结论】TCA/丙酮法能够有效去除西花蓟马蛋白中的干扰物质,是最适合西花蓟马双向凝胶电泳的蛋白提取方法,为后续西花蓟马在蛋白组学方面的研究奠定了基础。     

An Optimized Trichloroacetic Acid/Acetone Precipitation Method for Two-Dimensional Gel Electrophoresis Analysis of Qinchuan Cattle Longissimus Dorsi Muscle Containing High Proportion of Marbling

Longissimus dorsi muscle (LD) proteomics provides a novel opportunity to reveal the molecular mechanism behind intramuscular fat deposition. Unfortunately, the vast amounts of lipids and nucleic acids in this tissue hampered LD proteomics analysis. Trichloroacetic acid (TCA)/acetone precipitation is a widely used method to remove contaminants from protein samples. However, the high speed centrifugation employed in this method produces hard precipitates, which restrict contaminant elimination and protein re-dissolution. To address the problem, the centrifugation precipitates were first grinded with a glass tissue grinder and then washed with 90% acetone (TCA/acetone-G-W) in the present study. According to our result, the treatment for solid precipitate facilitated non-protein contaminant removal and protein re-dissolution, ultimately improving two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) analysis. Additionally, we also evaluated the effect of sample drying on 2-DE profile as well as protein yield. It was found that 30 min air-drying did not result in significant protein loss, but reduced horizontal streaking and smearing on 2-DE gel compared to 10 min. In summary, we developed an optimized TCA/acetone precipitation method for protein extraction of LD, in which the modifications improved the effectiveness of TCA/acetone method.     

用于双向凝胶电泳分析的奶牛乳清蛋白样品制备方法的比较

为建立适用于双向凝胶电泳分析的奶牛乳清蛋白的制备方法,分别比较了直接裂解法、三氯乙酸-丙酮法,Trizol法和2-D clean up kit法对奶牛乳清蛋白提取效率和双向凝胶电泳图谱的影响.用2-D Quant Kit试剂盒测定蛋白浓度,分别用十二烷基磺酸钠 聚丙烯酰胺凝胶电泳和双向凝胶电泳进行奶牛乳清蛋白的分离.蛋白定量结果表明,2-D clean up kit法产率最高,直接裂解法、三氯乙酸-丙酮法次之,trizol法产率最低;十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳结果表明,2- D clean up kit法提取的蛋白质量最高;双向电泳图谱分析表明,2-D clean up kit法得到的蛋白图谱与另外3种方法相比,检测到的蛋白点最多,图谱背景清晰,分辨率最高.结果提示,2-D clean-up法相对最适合于双向凝胶电泳分析奶牛乳清蛋白样品的制备,尤其对一些低丰度高分子量蛋白的分离效果较为明显.     

灵芝子实体原基双向电泳和总蛋白质提取方法的建立

比较了Tris-饱和酚法和三氯乙酸(TCA)/丙酮沉淀法对灵芝子实体原基总蛋白质的提取效果。用Image Master 2D Platinum6.0软件分析两种方法所提蛋白质的双向电泳图谱,分别得到565和273个蛋白质点;(TCA)/丙酮沉淀法在碱性端低分子量区域有些蛋白质斑点存在拖尾现象,Tris-饱和酚法能有效去除样品中的盐分,使蛋白质的聚焦效果更好,蛋白点数增加。Tris-饱和酚法可做为灵芝子实体原基总蛋白质的提取方法并为其他药用真菌总蛋白质的提取提供参考,同时为本实验室后续研究灵芝双向性固体发酵雷公藤的蛋白差异表达奠定了基础。     

缺铁逆境胁迫下水稻叶片蛋白的双向电泳及其蛋白质组图谱分析

水稻幼苗经缺铁胁迫诱导分别处理1、3、5天后,用酚法和TCA/丙酮法提取叶片中的可溶性蛋白进行双向电泳分析,从而研究在缺铁条件下叶片中蛋白表达的动态变化规律.结果显示1.不同pH IPG胶条分离蛋白的效果不同.用pH3-10的IPG胶条进行双向电泳,经考马斯亮蓝染色后,可在胶面上检测到大约450个蛋白点,其中约有89%的蛋白是酸性蛋白.如果用pH4-7的IPG胶条进行双向电泳,则可检测到大约600个蛋白点,其中有29个蛋白是上调表达,1个蛋白是下调表达,5个蛋白是诱导特异表达.2.不同方法提取的可溶性蛋白质量不同.TCA法简单易操作,似乎对于碱性蛋白的抽提效果更好,在2-DE图像上,减性端显示的蛋白点多;但此方法所得蛋白的再溶性差.酚法提取的蛋白再溶性好,所抽提的蛋白量较大,纯度较高.     

巴两橡胶树胶乳黄色体蛋白提取及双向电泳方法初探

巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)的黄色体在胶乳凝固和保护植株过程中有重要作用。本文比较使用三氯醋酸/丙酮(TCA/ ACE)、Tris缓冲液、磷酸缓冲液提取橡胶树胶乳黄色体总蛋白的双向电泳效果。确定一种适合双向电泳的蛋白提取方法。结果表明Tris缓冲液提取法得到的双向电泳图谱可以达到300个,尤其是低丰度蛋白呈现性较好,适合提取黄色体蛋白以进行双向电泳。     

适用于盐生植物的双向电泳样品制备方法

比较了三氯乙酸,丙酮沉淀法（TCA）、三氯乙酸沉淀法（E-TCA）和酚抽法（Phe）3种方法对盐生植物盐角草（Salicornia europaea L．）总蛋白的提取效果。3种方法分别得到579、343和535个蛋白点;TCA和E-TCA法所得图谱均存在严重的横向纹理,Phe法所得图谱则背景干净,基本上没有纹理。说明Phe法不仅能很好地提取盐角草蛋白,而且能有效去除样品中的盐分。对Phe法的提取液进行了改进,所得图谱背景更加清晰,蛋白点数增加。为其他盐生植物以及嗜盐微生物蛋白质的提取提供了重要参考。