CONSULTANT'S FORUM

Time-Varying Coefficient Models for the Analysis of Air Pollution and Health Outcome Data
Nous présentons un modèle à coefficient dépendant du temps pour étudier la relation entre exposition aiguë (à court terme) à la pollution atmosphérique et altérations de la santé. Ce modèle permet au risque relatif de varier en fonction du temps comme cela peut se produire en cas d'interaction avec la température ou de modification de la composition en polluants, par exemple en particules solides. Le modèle fournit une estimation lissée de ces effets dépendant du temps sans qu'il soit nécessaire de spécifier une forme paramétrique particulière. Cette forme est estimée à partir des données à l'aide de fonctions spline cubiques pénalisées. Nous développons des modèles de régression de Poisson dont les coefficients sont estimés soit en maximisant une quasi-vraisemblance par une procédure itérative de moindres carrés repondérés, soit par une approche bayésienne utilisant une méthode de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC). L'efficacité de ces approches pour estimer différents effets dépendant du temps est évaluée par simulations et les modèles sont appliqués aux données recueillies dans quatre villes pour l'enquête NMMAPS (Enquête Nationale Morbidité, Mortalité et Pollution Atmosphérique).     

REGULAR ARTICLES

Marginal Analysis of Correlated Failure Time Data with Informative Cluster Sizes
Nous nous intéressons à la modélisation de données de survie corrélées quand la connaissance de la taille des strates peut fournir une information sur le critère de jugement. Celle-ci est basée sur une approche de ré-échantillonnage au sein des strates et sur une méthode de fonction de score pondérée. Nous déterminons les propriétés asymptotiques pour les estimateurs de ré-échantillonnage au sein des strates dans le cadre d'un modèle à risques proportionnel de Cox. Nous établissons la convergence et la normalité asymptotique des estimateurs des coefficients de régression et la propriété de convergence faible des estimateurs de la fonction de base du risque cumulé. La méthode de fonction du score pondérée consiste à prendre l'inverse de la taille des strates comme poids dans la fonction de score. Nous procédons à des études de simulations pour déterminer et comparer le comportement des estimateurs pour des échantillons finis et appliquons les méthodes proposées à une étude dentaire.     

Estimating larger carnivore numbers from track counts and measurements

Résumé Avoir conscience de l'abondance des grands carnivores est très important pour la gestion de leur conservation. Cependant, l'évaluation directe des nombres de carnivores est souvent difficile, nècessitant beaucoup d'argent et de temps, ce qui importe que l'échantillonnage indirect est une alternative fiable et valable. Les techniques de recensement à distance se sont montrèes économiques, renouvelables, et objectives. Nous avons donc estimé le nombre de grands carnivores de six espèces dans une superficie assez petite au nord de l'Afrique du Sud, en comparant trois méthodes d'échantillonnage basèes sur des décomptes des traces et mesures: (i) une approche qualitative, où les individus furent identifiés de manière subjective en étudiant les différences dans les mesures des traces; (ii) une approche quantitative qui se sert de la forte corrélation linéaire de la densité des traces à la densité des carnivores démontrée dans d'autres études; et (iii) une approche quantitative qui impliquent des analyses répétées de la variance et des post-enquêtes sur les mesures des traces afin de disposer des données statistiques pour identifier les différences entre des services des traces. Les trois méthodes fournirent des résultats comparables qui semblent raisonnables et qui peuvent être une bonne indication du vrai nombre de grands carnivores dans la zone de l'étude. Les rèsultats étayent la fiabilité des estimations indirectes de l'abondance de grands carnivores basés sur les données des traces, et sont prometteurs pour des futures recherches et pour la conservation de ces animaux.     

DISCUSSION PAPER

R. L. Prentice, M. Pettinger, and G. L. Anderson          899
Statistical Issues Arising in the Women's Health Initiative
Nous proposons un bref panorama du plan de l'essai clinique et de l'étude observationnelle de la WHI, ainsi qu'un résumé des résultats obtenus à partir de la partie de l'essai clinique dévolue à la thérapeutique hormonale post-ménopause. Depuis son démarrage en 1992, la WHI a été confrontée à plusieurs questions de nature statistique pour lesquelles de plus amples développements méthodologiques étaient nécessaires. Parmi ceux-ci, la modélisation des erreurs de mesure, et des méthodes d'analyse pour l'évaluation de la diététique et de l'activité physique; des méthodes de surveillance d'essai clinique lorsque les traitements peuvent concerner plusieurs champs cliniques aussi bien en bénéfice qu'en réaction adverse; le plan d'étude et les procédures d'analyse pour des données génomiques et protéiques de dimension élevée; et aussi des procédures d'analyse de données de durée lorsque les rapports de risque dépendent du temps. Ce dernier point apparaît important pour comprendre les différences entre les résultats de l'essai clinique et ceux de l'étude observationnelle en ce qui concerne le traitement hormonal postménopause et la pathologie cardio-vasculaire.     

DISCUSSION PAPER

C.-F. Burman and C. Sonesson              664
Les plans adaptatifs permettent, en cours d'étude, de modifier le plan d'expérience initial de façon importante. La taille de l'échantillon, en particulier, peut être réévaluée au vu de données intermédiaires ou d'informations extérieures à l'essai. Dans les plans adaptatifs standard, on associe ces modifications à un test pondéré qui garantit le contrôle de l'erreur de première espèce. Cette méthode, cependant, viole des principes de base de la statistique inférentielle. C'est ainsi que, dans un exemple portant sur des données indépendantes issues de la loi normale N (μ, 1), un test adaptatif peut rejeter l'hypothèse nulle μ≤ 0, alors même que la moyenne des observations est négative. Nous en concluons que les plans adaptatifs, au moins dans leur forme la plus générale où l'on recourt à un test pondéré, ne sont pas valides. Nous discutons plusieurs modifications possibles de cette méthodologie des plans adaptatifs, en nous concentrant sur la recherche de solutions satisfaisantes quant aux tests d'hypothèses.     

REGULAR ARTICLES

Line Transect Methods for Plant Surveys
En raison de la nécessité de bien quantifier la diminution de la biodiversité, on observe actuellement un regain d'intérêt pour les méthodes de suivi de l'abondance des plantes. Les suivis par transects constituent une méthode efficace de suivi pour de nombreuses espèces. Mais dans certaines circonstances, la méthode ne fonctionne pas bien, par exemple quand les sites d'étude sont petits, quand les plantes ont des distributions très agrégées, ou quand les plantes qui se trouvent sur la ligne ne sont pas facilement détectables. Pour résoudre ces problèmes, nous utilisons une stratégie basée sur des transects croisés combinés à des méthodes qui exploitent l'information additionnelle que fournissent de tels plans expérimentaux. Cette méthode est illustrée avec des données provenant d'une colonie de primevères coucou.     

REGULAR ARTICLES

Dans ce papier, nous proposons un modèle hiérarchique bayésien prenant simultanément en compte les effets liés au support (i.e. la puce) pour détecter les gènes différentiellement exprimés. Nous montrons comment interpréter et utiliser les informations obtenues pour définir la liste des gènes nécessitant des investigations supplémentaires. Nous montrons empiriquement que la prise en compte des effets de support influençant les niveaux d'expression est nécessaire et nous explorons différentes fonctions non linéaires dans notre approche modèle-dépendante de normalisation des données. Notre modèle inclus des variances gène-spécifiques mais impose des contraintes relatives à la structure hiérarchique. La validité du modèle est discutée sur la base de contrôles prédictifs a posteriori. Modéliser les effets de support (la normalisation) simultanément avec les niveaux d'expression conduit à moins de résultats faussement positifs. Pour optimiser le choix de la liste de gènes d'intérêt, nous proposons de combiner plusieurs critères (par exemple la variation relative et l'expression totale) dans une variable indicatrice pour chaque gène. La distribution a posteriori de ces variables indicatrices est utilisée pour définir la liste de gènes d'intérêt, prenant ainsi en compte l'incertitude sur l'estimation des paramètres. Dans une application sur des données de souris invalidées, les annotations de Gene Ontology sur- et sous-représentées parmi les gènes de la liste choisie sont en accord avec les prévisions biologiques.     

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Determining the Effective Sample Size of a Parametric Prior
Nous présentons une définition de la taille d'échantillon efficace d'une loi a priori paramétrique dans un modèle bayésien, et proposons des méthodes pour calculer la taille efficace d'échantillon dans différents cas. Notre approche construit en premier une loi a priori choisie pour être vague dans un sens convenable, et met à jour cette loi a priori pour obtenir une suite de lois a posteriori correspondant à chacune des gammes de tailles d'échantillon. Nous calculons ensuite une distance entre chaque distribution a posteriori et la distribution a priori paramétrique, définie en terme de courbure du logarithme de chaque distribution, et la loi a posteriori minimisant la distance définit la taille d'échantillon efficace pour la loi a priori. Pour les cas où la distance ne peut pas être calculée de façon analytique, nous fournissons une approximation numérique basée sur une simulation de Monte Carlo. Nous fournissons en général des lignes de conduite pour l'application, illustrons la méthode dans plusieurs cas standards où la réponse est évidente et l'appliquons dans quelques cas moins standards.     

An anti-history of a non-people: Kurds, colonialism, and nationalism in the history of anthropology

L'auteur de cet article cherche à contester certains aspects de l'histoire révisionniste de la discipline anthropologique qui avait cours dans les années 1960 et que l'on peut accuser, avec ironie, d'une surestimation autocentrée de la puissance de l'Occident impérial alors même qu'elle démasquait l'influence plus ou moins voilée de celui-ci sur l'ethnographie et la pratique anthropologique. Centrant son approche sur le cas de l'anthropologie des Kurdes, l'auteur suggère que non seulement les textes ethnographiques occidentaux ont eu relativement peu d'influence sur le discours général concernant les Kurdes, mais que la récente décision des maisons d'éditions kurdes d'Istanbul de traduire et de republier ces ouvrages indique dans quel domaine beaucoup de Kurdes sentent aujourd'hui encore un «projet colonial>>à l'œuvre. Le rôle et le développement de l'anthropologie en Turquie vient encore compliquer le problème, avec des dizaines d'années d'étude de l'inclusion du discours ethnographique dans les projets modernistes occidentaux de transformation politique.     

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Random Effects Modeling Approaches for Estimating ROC Curves from Repeated Ordinal Tests without a Gold Standard
Estimer la pertinence d'un diagnostic médical constitue une difficulté majeure en l'absence d'un test de référence (gold standard). Quoique la littérature scientifique abonde en la matière pour les tests diagnostiques répétés binaires, elle s'avère beaucoup plus pauvre en travaux applicables aux tests ordinaux. A cela fait exception le travail de Zhou et al. (2005), proposant une méthodologie pour estimer des courbes ROC sans gold standard, à partir des données répétées issues de tests diagnostiques ordinaux. Mais cette méthodologie repose sur l'hypothèse d'indépendance des résultats aux tests, conditionnellement au vrai diagnostic. Je propose donc ici des approches de modélisation à effets aléatoires intégrant la dépendance des tests ordinaux entre eux, et je montre, au travers de résultats asymptotiques et de simulations, toute l'importance de bien prendre en compte cette dépendance. Ces modélisations, ainsi que l'importance de la dépendance entre les tests, sont illustrées par une réanalyse des données présentées par Zhou et al. (2005) sur le cancer utérin.     

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The DNA Database Search Controversy Revisited: Bridging the Bayesian--Frequentist Gap
Deux quantités différentes ont été proposées pour mesurer l'évidence dans les cas où un suspect est identifiéà partir d'une base de données de profils ADN. Le rapport de vraisemblance, habituellement développé dans le cadre bayésien, est préféré par de nombreux experts du domaine. La règle dite np a été suggérée sur des arguments fréquentistes par l'American National Research council (NRC) et Stockmarr (1999). Ces deux quantités différent considérablement et sont à la source d'une controverse sérieuse sur l'utilisation des bases d'ADN. Bien que plusieurs auteurs aient critiqué ces différentes approches, une explication claire sur le pourquoi de ces différences observées n'a jamais été proposée. Dans cet article, nous montrons que le degré de signification P dans un contexte fréquentiste est approximativement égal au résultat de la règle np . Nous soutenons cependant qu'une procédure plus raisonnable consiste à utiliser une stratégie de test conditionnel qui génère un P directement lié aux probabilités a posteriori ainsi qu'un rapport de vraisemblance. Cette façon d'aborder le problème construit un pont entre les approches bayésienne et fréquentiste et indique également que la règle np ne doit pas être utilisée pour quantifier l'évidence.     

Caractéristiques Ultrastructurales du Cortex et des Membranelles du CiliéEspejoia mucicola (Oligohymenophora, Hymenostomata, Tetrahymenina)

RESUME. L' étude détaillée du cortex et des organelles buccaux adoraux d' Espejoia montre que ce Cilié possède une organisation ultrastructurale comparable à celle des Tétrahyméniens. Tout en restant conforme au plan général d'organisation de ces derniers, des variations spécifiques décelées tant au niveau du cortex d'une part, que des membranelles, d'autre part, font ressortir des affinités trés marquées pour le genre Glaucoma et autres Ciliés voisins. En conséquence, en nous appuyant en outre sur les données récentes de la morphogenèse, nous confirmons la position d' E. mucicola parmi les Tetrahymenina, dans la famille des Glaucomidae.     

On vegetable love: gardening, plants, and people in the north of England

La comparaison du corps humain à une machine est une métaphore dominante dans la pensée occidentale depuis le Siècle des Lumières au moins. À partir de recherches menées dans le Nord de l'Angleterre auprès de jardiniers, l'auteure explore un autre ensemble d'associations. Elle examine les implications des pratiques et connaissances du jardinage en Angleterre qui mettent l'accent sur des parallèles réciproques entre le corps et l'intentionnalité des humains et ceux des plantes. Bien que les humains ne soient pas assimilés aux végétaux, les plantes sont intégrées dans une vision du monde qui n'est pas rigoureusement mécaniste. L'auteure examine les implications qu'aurait une approche «simplement>> métaphorique de ces liens entre plantes et personnes et avance qu'il faut, pour les décrire, un cadre théorique dont l'espace analytique irait au-delà de la métaphore.     

BIOMETRIC PRACTICE

The Skill Plot: A Graphical Technique for Evaluating Continuous Diagnostic Tests
Nous présentons ici le ≪ Skill Plot ≫ (graphe d'aptitude), une méthode d'aide à la décision, immédiatement exploitable, conçue pour les tests diagnostiques. Contrairement aux courbes ROC, une telle courbe d'aptitude permet un examen visuel aisé du seuil ou de la règle de décision optimal pour un test diagnostique. Le ≪ Skill Plot ≫ et le test qui lui est associé permettent également de juger si les diagnostics basés sur le seuil ainsi obtenu sont meilleurs qu'une imputation naïve (diagnostics tous estimés positifs ou tous négatifs). La mesure d'aptitude facilite ici la comparaison directe de l'utilité prédictive de deux classifications, comme l'aire sous la courbe est la statistique d'intérêt dans l'analyse ROC. Nous démontrons par ailleurs que le seuil issu du ≪ Skill Plot ≫ est équivalent au seuil obtenu par optimisation des rapports de cotes a posteriori dans le cadre de la théorie bayésienne de la décision. Enfin, nous présentons et discutons brièvement une méthode permettant de construire l'intervalle de confiance de ce seuil optimal.     

READER REACTION

Sensitivity Analysis: Distributional Assumptions and Confounding Assumptions
Dans la présentation de diverses méthodes pour évaluer la sensibilité des résultats de la régression à une variable de confusion non mesurée, Lin et al. (1998) utilisent une hypothèse d'indépendance conditionnelle pour en déduire des relations algébriques entre l'effet de la véritable exposition et l'effet de l'exposition apparente dans un modèle réduit qui ne contrôle pas la variable de confusion non mesurée. Néanmoins, Hernán et Robbins (1999) ont noté que si les covariables mesurées et la confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt, alors la principale supposition d'indépendance conditionnelle qui est utilisée pour en déduire les relations algébriques ne peut pas se produire. Un résultat particulier de Lin et al. n'est pas reliéà la supposition d'indépendance conditionnelle mais seulement à des suppositions concernant l'additivité. Il peut être montré que cette dernière supposition est satisfaite pour une famille entière de distributions même si les covariables mesurées et la variable de confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt. Ces considérations clarifient le contexte approprié dans lequel des techniques d'analyse de sensibilité pertinentes peuvent être appliquées.     

READER REACTION

A Note on Testing Separability in Spatial-Temporal Marked Point Processes
Dans l'analyse du risqué environnemental, il est usuel de supposer l'indépendance stochastique (ou séparabilité) entre les traces associées aux événements aléatoires d'un processus spatio-temporel. Schoenberg (2004, Biometrics 60, 471–481) a proposé plusieurs tests statistiques de cette hypothèse, et a utilisé des données simulées pour en évaluer la performance. Il a obtenu un test de type Cramer-Von Mises, puissant pour détecter des écarts graduels à la séparabilité, mais non uniformément puissant sur une classe large de modèles alternatifs. Nous présentons une approche semi-paramétrique pour modéliser les hypothèses alternatives de séparabilité, et obtenons une statistique de score test. Nous montrons une relation entre ce score test et certaines des statistiques proposées par Schoenberg. Plus précisément, toutes sont des versions différentes des statistiques pondérées de Cramer-Von Mises. Ceci éclaire les causes des ressemblances et des différences entre les performances des tests. Nous insistons également sur certaines difficultés au contrôle du risque d'erreur de première espèce dans le test des résidus de Schoenberg.     

READER REACTION

M. J. Faddy and D. M. Smith          1112
Modeling the Dependence between the Number of Trials and the Success Probability in Binary Trials
Un modèle pour essais binaires reposant sur une généralisation bivariée du processus de Poisson pour le nombre de succès et le nombre d'essais avec des probabilités de transition dépendantes des nombres cumulés de succès et d'essais est utilisé pour ré-analyser des données récemment publiées de Zhu, Eickhoff et Kaiser (2003, Biometrics 59, 955–961). Cette modélisation admet des distributions différentes pour les nombres d'essais et les nombres de succès conditionnellement au nombre d'essais qui généralisent les distributions binomiales et de Poisson, sans certaines des restrictions apparentes dans le modèle mixte beta-binomial-Poisson de Zhu et coll. (2003). Quelques différences très marquées apparaissent entre les résultats de cette analyse et ceux décrits dans Zhu et coll. (2003).     

ACETYLCHOLINESTERASE DU MUSCLE, DE LA MOELLE EPINIERE ET DU CERVEAU DE GYMNOTE

Résumé— Dans le but d'étudier la localisation cytologique de I'AChE dans divers tissus de Gymnote, nous avons préparé un antisérum anti-AChE en utilisant une préparation commerciale partiellement purifiée, contenant une forme globulaire de l'AChE G _p. Cet antisérum réagit dans le test de double diffusion avec l'enzyme purifié G _p, mais également avec la forme globulaire spontanée G _b, ainsi qu'avec les trois espèces 'natives' asymétriques A , C et D . Nous avons mis en évidence l'existence de ces quatres formes G _b, A , C et D dans des extraits de cerveau, de moelle épinière et de muscle de Gymnote. La forme globulaire G _b est particulièrement abondante dans la moelle épinière et à un moindre degré, dans le cerveau. La distribution des espèes est identique dans le muscle et l'organe électrique. Grâce à notre antisérum, nous avom Iocalisé par immunofluorescence indirecte l'AChE dans les terminaisons nerveuses sur le muscle, dans le cytoplasme de certains neurones situés dans le centre moteur de la décharge (moelle épinière) et au voisinage du noyau central de la décharge (cerveau).     

READER REACTION

On the Nonidentifiability of Population Sizes
Lorsqu'un modèle de mélange non paramétrique est utilisé pour prendre en compte l'hétérogénéité des probabilités de capture entre individus, la taille de la population n'est pas identifiable (Link 2003). Holzmann et al. (2006) ont discuté des conditions sous lesquelles une sous-famille de distribution de mélange est identifiable. Link (2006) a montré que la non-identifiabilité peut se produire dans des sous-familles identifiables. Je démontre qu'il existe une sous-famille dans laquelle chaque distribution de mélange est déterminée par son mélange et que la taille de la population admet une limite inférieure qui peut être utilisée pour construire un intervalle de confiance.     

REGULAR ARTICLES

Marginalized Models for Moderate to Long Series of Longitudinal Binary Response Data
Les modèles marginalisés (Heagerty, 1999) permettent l'inférence basée sur la vraisemblance lorsqu'on s'intéresse à des modèles marginaux de régression pour des données longitudinales binaires. Deux modèles de ce type sont le modèle de transition marginalisée, et le modèle à variable latente marginalisée. Le premier reflète la dépendance sérielle intra-sujet au sein des mesures répétées avec des termes de transition dans le modèle, tandis que le deuxième suppose l'échangeabilité ou la non-décroissance de la dépendance de la réponse avec des intercepts aléatoires. Dans cet article, nous étendons la classe des modèles marginalisés en proposant un modèle simple unifié décrivant à la fois la dépendance sérielle et la dépendance au long terme. Ce modèle est particulièrement utile dans des analyses longitudinales avec un nombre de mesures répétées par sujet modéré ou large, où aussi bien les formes sérielles et échangeables de la corrélation de la réponse peuvent être identifiées. Nous décrivons des approches bayésiennes et au maximum de vraisemblance pour l'estimation des paramètres et pour l'inférence, et nous étudions les caractéristiques opérationnelles pour de grands échantillons, sous deux types de mauvaise spécification du modèle de dépendance. On analyse les données de l'étude longitudinale de schizophrénie de Madras (Thara, 1994).