高粱株高相关基因SbPH11分子标记的开发和应用

生物量是饲用高粱的重要性状,株高与生物量呈正相关性。本研究以237份高粱自交系关联群体为材料,筛选到株高关联基因SbPH11的两个功能性SNP位点,两个SNP位点组合的单倍型共3种：SbPH11-Hap1、SbPH11-Hap2和SbPH11-Hap3,SbPH11-Hap2所对应的高粱材料的株高极显著高于SbPH11-Hap1和SbPH11-Hap3所对应的高粱材料的株高,SbPH11-Hap1的高粱材料株高极显著高于SbPH11-Hap3的高粱材料株高。针对SbPH11的两个功能性SNP位点开发了KASP分子标记,利用该标记对30份高粱种质资源进行了基因分型和表型验证,结果证实开发的KASP分子标记可以准确地鉴定出SbPH11两个功能性SNP位点的基因型。该KASP分子标记可高效准确地预测不同高粱种质资源的株高类型,可应用于高粱株高的早期筛选和分子标记辅助选择育种。     

LALBA基因SNP与内蒙古白绒山羊经济性状的关联

利用PCR-SSCP和DNA测序技术检测452份内蒙古白绒山羊α-乳白蛋白(LALBA)基因单核苷酸多态性(SNP), 并分析SNP与产绒量、绒厚、绒长和体重性状的关联。结果表明, 仅P2引物位点存在SSCP多态, 其外显子3区域存在1个突变位点: M63868:g.1897T>C。内蒙古白绒山羊群体LALBA基因M63868:g.1897位点以TT型为主, T等位基因频率为0.983, 且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。方差分析表明, LALBA基因M63868:g.1897位点多态仅与产绒量存在显著相关(P=0.017); 1897位点TC基因型个体产绒量比TT基因型个体多产绒142.68 g, 高26.21%, 且差异显著(P<0.05)。因此, TC基因型可作为山羊产绒性状标记辅助选择的有效DNA标记。     

PNPLA3基因rs738409多态性与代谢综合症在中国人群中的研究

目的:研究中国人群中PNPLA3基因rs738409位点多态性与代谢综合征之间的相关性.方法:收集了381例二型糖尿病患者和380例正常人的血液样本,使用全血提取试剂盒从781份样本中提取全基因组DNA,并利用飞行质谱技术进行目标位点的SNP分型,将分型结果与各临床指标进行统计学分析.结果:①经SNP分型结果与二型糖尿病病例-对照的关联性分析,rs738409位点多态性与二型糖尿病无显著相关性(P=0.74).②经SNP分型结果与其他临床指标的统计分析,rs738409位点多态性与高密度脂蛋白水平(P=0.029),甘油三酯水平(P=0.021),总胆固醇水平(P=0.038)及谷丙转氨酶水平(P=0.004)显著相关.结论:rs738409位点多态性与二型糖尿病的发病无显著相关性,但它通过氨基酸替换影响了与其关系紧密的基因表达,进而影响机体内各因素代谢水平的改变.     

胡麻重组自交系脂肪酸含量的遗传分析

以油用品种陇亚8号和纤用品种阿里安为亲本构建的含有162个家系的胡麻重组自交系(Recombinant inbred lines,RIL)为研究材料,利用气相色谱法测定了该RIL群体的脂肪酸含量,对其遗传变异与分布特征进行了分析,并应用主基因+多基因混合遗传模型,对粗脂肪和5种脂肪酸含量进行了初步遗传分析,旨在为该RIL群体后续研究利用提供参考。结果表明,RIL群体的粗脂肪与脂肪酸含量存在广泛变异,表现超亲分离现象,其分布近似为正态分布,呈现数量性状连续变异的典型分布特征;运用主基因+多基因遗传模型分析结果表明,粗脂肪含量为3对等加性主基因遗传,主基因遗传率为85%;5种脂肪酸组成中,亚麻酸含量为2对重叠作用主基因遗传,主基因遗传率为36%;亚油酸含量为3对等加性主基因遗传,主基因遗传率为80%;油酸、棕榈酸和硬脂酸含量均表现为无主基因效应的多基因遗传;同时筛选出高油高亚油酸、高亚麻酸优良品系材料11份,为胡麻品质育种提供了新的材料。     

普通小麦小穗粒数性状全基因组关联分析

为发掘小麦小穗粒数相关基因位点,以384个重要小麦品种（系）组成的自然群体为材料,利用3个环境获得的表型和55K SNP芯片分型数据进行全基因组关联分析。结果发现,142个SNP和小穗粒数显著关联,解释的表型变异范围为3.27%～6.09%。有8个SNP在2或3个环境下与小穗粒数显著关联,其中AX-109986855、AX-109875224和AX-109843323位于2D染色体523.12～526.25 Mb区段,AX-111054388和AX-110671159在2B染色体上物理距离仅0.62 Mb。这8个SNP位点中,每个SNP的2个等位变异在3个环境的小穗粒数均达到显著水平（P<0.01）,例如,2D染色体上AX-109843323位点G/G等位变异在3个环境的平均小穗粒数分别比C/C等位变异增加0.32、0.37和0.39粒。8个SNP位点的优异等位变异在供试材料的分布比例为5.20%～76.80%,其中7个优异等位变异的分布频率低于45.00%。进一步分析小穗粒数优异等位变异对穗粒数的影响,发现8个SNP位点具有优异等位变异的材料穗粒数（48.45～53.61粒）明...     

中华绒螯蟹MSTN基因SNPs多态性及与生长性状的关联分析

为研究中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肌肉生长抑制素基因(myostatin, MSTN)的多态性及其与生长性状的相关性, 对中华绒螯蟹3个群体(育种群体、大赛群体、野生群体)共321个个体MSTN基因的多态性进行筛选, 发现该基因的第1外显子存在3个多态性SNP位点(S1: C714T; S2:G729A; S3:G753T), 均为处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)的中、高度多态性位点。利用一般线性模型分析3个位点及其基因型组合与生长性状的相关性, 发现S1位点对中华绒螯蟹的体重和壳长等生长性状有显著影响(P≤0.05), 而其余2个位点与生长性状无显著关联性。结果表明S1位点的TT基因型对中华绒螯蟹的生长最为有利, 可作为分子标记辅助育种的候选标记。     

胡麻重组自交系脂肪酸含量的遗传分析北大核心CSCD

以油用品种陇亚8号和纤用品种阿里安为亲本构建的含有162个家系的胡麻重组自交系(Recombinant inbred lines,RIL)为研究材料,利用气相色谱法测定了该RIL群体的脂肪酸含量,对其遗传变异与分布特征进行了分析,并应用主基因+多基因混合遗传模型,对粗脂肪和5种脂肪酸含量进行了初步遗传分析,旨在为该RIL群体后续研究利用提供参考。结果表明,RIL群体的粗脂肪与脂肪酸含量存在广泛变异,表现超亲分离现象,其分布近似为正态分布,呈现数量性状连续变异的典型分布特征;运用主基因+多基因遗传模型分析结果表明,粗脂肪含量为3对等加性主基因遗传,主基因遗传率为85%;5种脂肪酸组成中,亚麻酸含量为2对重叠作用主基因遗传,主基因遗传率为36%;亚油酸含量为3对等加性主基因遗传,主基因遗传率为80%;油酸、棕榈酸和硬脂酸含量均表现为无主基因效应的多基因遗传;同时筛选出高油高亚油酸、高亚麻酸优良品系材料11份,为胡麻品质育种提供了新的材料。     

甘蓝型油菜每角果粒数全基因组关联分析

为挖掘甘蓝型油菜每角果粒数显著关联单核苷酸多态性（SNP）位点及相关候选基因。本研究以300份甘蓝型油菜自交系为试验材料,对甘蓝油菜每角果粒数进行一年两地表型考察,并结合该群体前期开发的201 817个SNPs标记,采用一般线性模型（GLM）和混合线性模型（MLM）进行全基因组关联分析（GWAS）,此外,对性状显著关联SNP位点两侧100 kb区域内相关候选基因进行功能预测。300份甘蓝型油菜每角果粒数在两地均表现出广泛的表型变异,筛选出2份每角果粒数较多的油菜种质资源。基于GLM模型检测到39个与油菜每角果粒数显著关联SNPs,采用MLM分析发现,两地共检测到的3个每角果粒数显著关联SNPs位点均在GLM检测到。8个位点附近找到CIK,ERF022和EDE1等19个拟南芥已报道角果籽粒发育相关的同源基因。研究结果有助于解析甘蓝型油菜每角果粒数的遗传基础,为研究每角果粒数的调控机制、指导每角果粒数的遗传改良奠定基础。     

玉米低密度育种芯片开发及在种质资源评价中的应用

SNP基因分型芯片是分子育种的重要工具,高密度SNP芯片往往存在标记冗余、价格高、目标性不强等问题,是分子育种走向常规化、规模化的主要限制因素之一.本研究介绍了一款新开发的低密度育种芯片,并就芯片在种质资源评价中的价值进行了分析.首先,对37份玉米自交系进行10×重测序,获得了18.2 Mb的SNP标记,从中挑选208...     

油棕种壳厚度控制基因SHELL的SNP分子标记开发

油棕属棕榈科多年生木本油料作物,果实含油量高达50%,且单位面积产油量高,享有"世界油王"美誉。油棕果实由外果皮、中果皮、内果皮(种壳)、种子四个部分组成,产油部分主要是中果皮和种子,其中种壳厚度是影响果实含油量的重要因素。SHELL基因控制种壳厚度,是一类MADS-box同源基因,SHELL基因在厚壳种和无壳种中的变异主要是第一个外显子上的两个SNP位点。该研究根据两个SNP位点进行特异标记开发,根据已知的油棕SHELL基因的序列,设计了4对SNP引物。4对SNP引物以2个SNP位点设计,每个SNP位点设计2对SNP标记,并均在引物3'端第二位引入强错配碱基。以2份薄壳种油棕材料和2份厚壳种油棕材料DNA为模板,扩增筛选油棕SHELL基因SNP引物。通过PCR扩增发现,设计的SHELL基因特异SNP标记EgSh(N)-f/EgSh(SNP)-2r能够鉴别油棕厚壳种和薄壳种。再用24株油棕树进行特异性验证,发现该标记能较准确地判断油棕的厚薄壳。该研究结果表明SNP标记EgSh(N)-f/EgSh(SNP)-2r可用来进行油棕种质资源早期分子鉴定,为高产油棕品种选育提供了技术支撑。     

张掖市不同海拔地区5个胡麻品种品质特性比较分析

胡麻是甘肃省主要经济作物之一,海拔2 400 m以下的河西地区为甘肃高产区。为探明张掖不同海拔高度对胡麻品质特性的影响和不同胡麻品种的最佳种植区域,利用近红外品质分析仪,分析了张掖市4个不同海拔地区5个胡麻品种的常规品质指标、饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸的含量差异。结果表明：蛋白质、粗脂肪、膳食纤维、棕榈酸、十七碳酸、豆蔻酸、二十四碳酸、油酸和α-亚麻酸含量的品种和海拔间互作效应极显著(P<0.01);山嵛酸、棕榈油酸、顺-11-二十碳一烯酸、亚油酸、γ-亚麻酸和顺-11,14,17-二十碳三烯酸含量随海拔高度不同,变化较小,稳定性好。在高含油量育种目标的基础上,兼顾高三大主要不饱和脂肪酸（α-亚麻酸、油酸和亚油酸）、低两大饱和脂肪酸（棕榈酸和硬脂酸）以及高蛋白质等其他品质育种目标的角度考虑,在张掖市甘州区、高台县巷道镇和民乐县三堡镇、民乐县六坝镇,最适宜种植的胡麻品种分别是5-9812-2-1、09-3-11、张亚2号。不同海拔高度对胡麻各品质指标具有重要影响,张掖市作为优质胡麻籽生产基地,可利用不同胡麻品种适宜种植区域不同,大力发展胡麻籽品质育种和胡麻籽综合开发等。     

SNaPshot技术检测滩羊双羔群体中与多胎性状相关SNP研究

对我国地方品种滩羊双羔群体进行SNP检测和多胎性状相关性研究,促进SNPs在双羔家系分子育种中的应用。从实验前期SNP筛选的基础上,利用候选基因飞行质谱法最终确定3种基因13个SNP位点作为候选位点,对滩羊双羔群体的多胎位点进行多态性检测,分析群体差异性,筛选多羔候选基因。关联分析表明:13个位点中有5个位点与多胎性能有关,3种遗传模型也被证实,但BMPR1B基因构建的单倍型却与多胎性能无关。本研究旨在为滩羊双羔分子标记本品种选种选配等分子辅助育种技术提供参考,保护与可持续利用地方家养动物稀有种质遗传资源,加快优质多胎肉羊的发展。     

白蜡属种间杂交子代木质素含量变异及FmPAL核苷酸多态性关联分析

研究水曲柳（Fraxinus mandshurica）×大叶白蜡（Fraxinus rhynchophylla）、水曲柳×小叶白蜡（Fraxinus sogdiana）和水曲柳×绒毛白蜡（Fraxinus velutina）的3个杂交组合与母本自由授粉子代木质素含量的遗传变异及FmPAL核苷酸多态性相关性,为水曲柳遗传育种和定向改良奠定基础。以东北林业大学帽儿山林场白蜡属种间杂交组合及母本自由授粉子代共176个无性系的水曲柳当年新生枝为材料,测定木质素的含量,进行木质素含量差异、变异参数及均值比较分析,并对木质素及其合成相关基因PAL进行分子水平的联合分析。结果表明：白蜡属各杂交组合间木质素含量差异极显著,各杂交组的木质素含量均与母本自由授粉子代水曲柳差异显著。其中大多数杂交子代水曲柳的木质素含量高于母本水曲柳木质素平均含量。本研究中的水曲柳群体的PAL基因单倍体多样性值达到了0.999 7,属高水平,证实了FmPAL基因具有较高的变异,且存在3个单核苷酸多态性（SNP）位点与木质素含量显著相关。主要结论：水曲柳各杂交组合的木质素含量存在显著性差异,FmPAL基因中SNP位点与木质素含量显著相关。     

桃的花型性状相关SNP位点挖掘与候选基因分析

桃的花型分为铃型和蔷薇型,铃型花朵小且边缘卷曲,蔷薇型花朵大且完全展开,蔷薇型重瓣花是观赏桃育种者追求的主要目标性状之一。目前,与桃铃型/蔷薇型花型性状连锁的分子标记研究较少,限制了桃的花型性状分子标记辅助育种进程。为了鉴定与桃花型关联的单核苷酸多态性（SNP,single-nucleotide polymorphisms）位点并挖掘候选基因,本研究通过对199份桃品种进行重测序,获得了1042687个SNP。采用一般线性模型对桃花型性状进行全基因组关联分析（GWAS,genome wide association study）,获得7个与目标性状显著关联的位点,其中2个位于2号染色体,5个位于8号染色体。进而对8号染色体的3个SNP进行竞争性等位基因特异性PCR(KASP,kompetitive allele-specific PCR)分型,在5个F1群体中进行进一步验证。χ2验证结果表明：Chr.8:14484624 bp与桃花型性状显著关联。5个F1群体基因型和表型的对应关系表明,Chr.8:14484624 bp准确率最高,为93.46%。组织特异表达结果显示,在上述定位区间内...     

斑点叉尾GHRH基因3个SNPs位点及其单倍型组合与生长性状的关联分析

研究旨在探讨生长激素释放激素基因（Growth hormone-releasing hormone,GHRH）对斑点叉尾鲖（Ictalurus punctatus）生长性状的影响。采用DNA混池测序法筛选GHRH基因的单核苷酸多态性（Singlenucleotide polymorphisms,SNPs）位点,使用SNaPshot法将筛选到的SNPs多态性位点进行分型,并对这些位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在GHRH基因内含子区域共检测到4个SNPs位点,并成功地对3个位点进行了分型,3个位点间均不存在强连锁不平衡;3个SNPs位点在176尾斑点叉尾鲖中形成了6种有效单倍型。关联分析表明SNP位点g.6301 GA的AA基因型的体质量显著性地高于AG和GG型（P0.05）,比群体的平均体质量高14%。单倍型组合H1/H4和H1/H5个体的体质量和体长极显著性地高于其他单倍型组合（P0.01）,体质量比群体平均体质量分别高30%和15%,体长比群体平均体长分别高7%和6%。研究为斑点叉尾鲖生长性状分子标记辅助选育和QTL定位提供了参考依据。     

基于重测序信息的金针菇菌株资源遗传多样性及群体结构分析

通过对来自国内外的28份金针菇菌株资源的重测序共计检测到SNP位点1 241 583个,InDel位点623 670个。通过筛选分型,1 474个高质量SNP标记（多态信息含量指数PIC介于0.101-0.966之间）被用于金针菇资源群体多样性和结构分析。经计算,菌株间遗传距离在0.057-0.631之间。UPGMA进化树拓扑结构显示栽培菌株是其与野生菌株混合分支的一个亚支,自然栽培和工厂化栽培菌株可各自聚成一支,符合金针菇育种历史。群体结构结果显示金针菇种质资源包含5个亚群。主成分分析显示菌株在二主分之间的位置及互相间距离基本符合进化树分类、群体结构和遗传距离。本研究为金针菇分子标记和基因型的确定提供序列基础,也为后续资源保护利用、重要农艺性状的基因定位和基于分子标记的聚合育种提供理论依据。     

尼罗罗非鱼ghrelin基因的多态性及其与生长性状相关SNP位点的筛选

为了研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长激素促分泌素基因(ghrelin)的多态性及其与生长的相关性, 研究以两个尼罗罗非鱼群体(快长群体和基础群体)的DNA样本各40份为模板, 通过PCR扩增和测序获得ghrelin基因序列。通过Dnasp v5和MEGA 5.0分析序列多态性、筛选有效SNP 位点; 采用Snapshot法对两个群体子代ghrelin基因中SNP位点进行基因分型, 然后分析SNP位点基因型与生长性状的相关性。结果表明, 快长群体ghrelin基因中的单核苷酸变异位点数(S)比基础群体要少, 而核苷酸多态性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)要略高于基础群体。共筛得3个有效SNP 位点(S1、S2和S3), 均分布于第1个内含子中。遗传结构分析表明, 3个SNP 位点在两个群体的子代中均为低度多态性位点(PIC0.25), 但处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05);快长群体子代中3个SNP 位点的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数均小于基础群体子代的相应值, 3个SNP 位点的遗传多样性参数、基因型和基因频率在同一群体中高度一致, SNP 位点之间完全连锁。两个群体子代中3个SNP 位点处的优势基因型相同, 但快长群体子代中优势基因型频率要明显大于基础群体子代中相应基因型频率。对两个群体子代的生长性状与SNP基因型进行关联性分析的结果表明,尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)在不同基因型中存在显著差异(S1:GG AG, S2:TT AT, S3:AA AT)(P0.05)。D1双倍型(S1:GG, S2:TT, S3:AA)所对应的尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)显著高于D2双倍型(S1:AG, S2:AT, S3:AT)。以上结果表明, 尼罗罗非鱼ghrelin基因3个SNP 位点完全连锁, D1双倍型与快长性状密切相关, 可作为尼罗罗非鱼分子标记辅助育种的候选标记。     

利用紧缩线性模型和贝叶斯模型对猪总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联研究

全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测,共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象,而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model(GAPIT程序包)、Bayes CPi(GenSel软件)进行第1和第2胎次总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联分析。从两种分析方法所得结果中各取最显著的50个SNP位点进行比较:对于第1胎次总产仔数,两种方法分析结果存在31个重合SNP位点,对于第1胎次产活仔数,有20个重合SNP位点;且两种统计分析结果中最显著的SNP位点都在另一方法中得到验证。与第1胎次总产仔数显著关联的SNP位于1、2、3、7、13、16和18号染色体,与第1胎次产活仔数显著关联的SNP位于1、3、4、13和16号染色体上的11个区域内。在1、3、13和16染色体上共有5个区域同时与这两个性状显著关联。与第2胎次总产仔数和产活仔数显著关联的区域主要位于7、10、12、13、14和16号染色体的6个重叠区域内。     

血痕Chelex 100抽提DNA用于人类TNF-α基因启动子区SNP分型

建立快速、简便的血样本采集及DNA抽提方法,可用于大规模的分子流行病学调查及群体遗传学研究。采用无菌纱布为载体取血,Chelex100快速抽提DNA,用TaqMan MGB探针对人类TNF-α基因启动子区-857（C／T）位点进行SNP分型。344份血样均得到明确的分型结果,获得的荧光信号强,本底低。深圳地区汉族群体-857位点基因型频率分别为：cc为0.78,ct为0.21,tt为0.01。血痕Chelex100抽提DNA为大规模血样本的采集,DNA的抽提提供了有效的手段。     

中国主要花生品种品质性状关联分析

以来自全国的136个花生主要育成品种及育种骨干亲本作为供试群体,测定其蛋白质含量、脂肪及油酸含量等性状。选用64个均匀分布在复合遗传图谱不同遗传连锁群上多态性较好的SSR标记进行多位点扫描。通过标记的基因型值,利用Structure软件对群体进行结构划分并得到结构划分的矫正Q值,采用Tassel 软件中GLM（Q）方法将供试花生品种连续3年的品质性状与SSR标记进行关联分析。结果表明：①依据基因型数据对材料群的结构划分,供试群体最终可被划分为5个亚群,依据群体特点和结构分析可以表明供试的花生材料是适合关联分析的;②通过关联分析,共发掘与2010年、2011年、2012年品质性状显著关联的SSR位点分别有18个、31个、26个;③通过综合分析,能够连续3年重复检测出与品质性状关联的SSR位点4个,共计等位变异位点40个。