苎麻疫霉群体的RAPD分析*

利用从126个RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthoraboehmeriae菌株进行全基因组DNARAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29.4%,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

苎麻疫霉群体的RAPD分析

利用从126个RAPD(Random Amplifled Polymorphic DNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthora boehmeriae菌株进行全基因组DNA RAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29．4％,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

不同寄主来源寄生疫霉菌株的遗传变异分析

从300条RAPD随机引物中筛选出扩增多态性丰富的13条引物,对寄主来源不同的29个寄生疫霉（Phytophthora parasitica）菌株进行基因组DNA遗传变异分析。用筛选出的13条引物对供试菌株进行RAPD-PCR扩增,共产生139条RAPD条带,其中133条为多态性条带,多态检测率为95.7%。利用PopGene Version 1.31软件对供试菌株间的遗传距离进行聚类分析并构建系统树状图,供试29个菌株被划分为5个遗传聚类组,不同菌株间具有丰富的遗传变异。其中寄主为烟草(Nicotiana spp.)、腊梅(Chimonanthus praecox)、凤尾兰(Yucca gloriosa)和西番莲(Passiflora edulis)的菌株的遗传结构与其寄主来源具有明显的相关性,而寄主为刺槐(Sophora chinensis)和番茄(Lycopersicum esculentum)的菌株与其寄主来源的相关性较小,来源于不同寄主植物的菌株之间遗传距离较远。结果提示在寄生疫霉与其不同寄主植物的长期协同进化过程中,寄主对病原菌的遗传结构具有一定的影响。     

33株尖孢镰刀菌遗传多样性的ISSR分析

为明确尖孢镰刀菌种内各菌株间的遗传差异与亲缘关系,采用ISSR分子标记技术对33株地理来源不同的尖孢镰刀菌进行了遗传多样性分析.结果表明:利用筛选出的11条引物扩增出105条条带,其中多态性条带91条,多态性位点比例为86.7％;遗传相似性与聚类分析结果供试菌株间的遗传相似系数为0.606 ～0.962,平均0.756,当遗传相似系数为0.962时,供试的33株菌可被全部区分开.表明,尖孢镰刀菌基因组在SSR区域具有丰富的多态性.寄主来源相同的供试菌株间的遗传相似性与其地理来源有一定的相关性.     

21株马特组镰刀菌遗传多样性的ISSR分析

为明确马特组镰刀菌种间和种内的遗传差异与亲缘关系,本文利用ISSR分子标记技术对21个马特组菌株进行了遗传多样性分析.结果表明:利用筛选出的15条引物对3种供试菌株进行扩增,共扩增出239条条带,其中多态性条带230条,多态性位点比例为96.2％,平均每条引物产生条带数为15.3条.21个菌株间的遗传相似系数范围为0.494～0.933,平均为0.640.在遗传相似系数为0.593时,供试的21株马特组镰刀菌可明显分成2个ISSR类群(IG),IG-Ⅰ包括1～17号菌株,为Fusarium solani和F solani var.coeruleum;IG-Ⅱ包括18 ～21号菌株,全部为F.ventricosum.在遗传相似系数为0.933时,供试的21个菌株可被全部区分开.供试的镰刀菌基因组在SSR区域具有丰富的多态性;ISSR类群划分与菌种分类之间存在一定相关性,但与菌株的地理来源没有相关性;而同一类群中,不同菌株之间的遗传相似性与菌株的地理来源存在一定的相关性.同一地区同种寄主的相同菌种,其菌株间也存在一定的遗传差异.     

烟草黑胫病菌株亲缘关系的RAPD分析

从２２０个ＲＡＰＤ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＤＮＡｓ）随机引物中所选出的多态扩增性强的２１个引物对来源不同的刀个烟草黑胫病菌株进行全基因组ＤＮＡ遗传多样性分析和指纹构建。选用引物对受试菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增,共产生２４３条ＤＮＡ标记图带,其中１９１条为多态性图带,多态检测率为７８．６％。利用ＵＰＧＭＡ（ＵｎｗｅｉｇｔｈｔｅＰａｉｒ－ｇｒｏｕｐ　ＭｅｔｈｏｄＷｉｔｈＡｒｉｔｈｍｅｔｉｃ　Ａｖｅｒａｇｅ）软件对受试菌株间的遗传距离进行聚类分析构建系统树状图,受试对个菌株被划分为５个遗传聚类组即（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ）。结果证明供试菌株具有丰富的遗传多样性,虽各自的遗传背景差异显著,但其亲缘关系相近,遗传聚类组的划分与菌株的地理来源未有明显的相关性。     

安徽和黑龙江省大豆疫霉群体遗传结构的SSR分析

采用简单重复序列(SSR)的分析方法,对来自安徽和黑龙江省的大豆疫霉群体进行了遗传多样性分析。通过使用20对SSR引物对供试的83株大豆疫霉菌株进行PCR扩增,共得到109个SSR标记,全部为多态性标记,平均每对引物扩增出5.5条带。遗传变异与相似性分析表明,安徽群体具有更高的遗传变异度,安徽群体与黑龙江群体间遗传相似性较低;聚类分析显示,供试菌株在80%的相似性水平上可被区分为7个类群,且安徽群体分布于更多的聚类组中;Shannon-Wiener多样性指数也表明安徽群体的遗传多样性较黑龙江群体丰富。综合分析表明,本研究的结果不支持关于安徽的大豆疫霉可能来源于黑龙江的推测。     

辽宁省白头翁叶斑病菌的遗传多样性

白头翁叶斑病是近年来我国新报道发生的一种白头翁叶部病害,在辽宁省保护地白头翁生产中病害尤为严重.对采自辽宁省5个白头翁主产区的25株白头翁叶斑病菌(Ascochyta anemones)菌株及中国农业科学院惠赠的5个壳二孢属(Ascochyta spp.)菌株进行RAPD分析.结果表明:11条随机引物共扩增得到条带清晰并呈多态性的108条谱带,单个引物扩增DNA片段集中分布在200～ 2000 bp.采用NTSYS软件进行病原菌的聚类分析,发现供试的30株壳二孢菌的遗传相似系数为0.56～0.98,当相似系数为0.62时,30个菌株被划分为4个类群,说明辽宁省白头翁叶斑病菌具有丰富的遗传多样性.RAPD遗传聚类组群与白头翁叶斑病菌菌株的地理来源有一定的相关性,不同寄主来源的菌株之间存在明显的遗传差异.     

亚欧美栗疫病菌群体的遗传多样性

从 12 0个随机引物中筛选出条带清晰、主带明显、重复性好的 9个引物 ,对来自不同地域和寄主的 7个群体的 14 2个栗疫病菌菌株进行 RAPD分析。 9个引物共扩增出条带 12 4条 ,其中多态性条带 111条 ,多态性比率为 89.5 2 %。利用 Popgen3.2软件对供试群体进行遗传多样性分析和 UPGMA聚类。结果表明 ,中国地区 4个群体间的遗传相似性较大 ,与美国、意大利和日本群体间的相似性较小 ;美国和意大利群体间的遗传相似性较大 ,且它们与日本群体间的相似性大于与中国群体间的相似性。病原菌群体的遗传变异率为 0 .2 35 1,其中在地区水平上 ,82 .34%由群体内的变异引起 ,17.6 6 %由群体间的差异引起 ,群体间的基因流动值为 2 .3311;而在寄主水平上 ,则 79.4 2 %由群体内的变异引起 ,2 0 .5 8%由群体间的差异引起 ,群体间的基因流动值为 1.92 97     

华南瓜类疫霉的RAPD遗传多样性分析

为了解来自广东和广西的瓜类疫霉的遗传多样性,利用从180条RAPD引物中所筛选出的多态扩增性强、重复性好的12条引物,对分离自两省区的96株瓜类疫霉进行了全基因组DNA遗传多样性分析和指纹图谱构建。通过对供试菌株的RAPD-PCR扩增,共获得135条DNA标记谱带,其中124条为多态性谱带,多态检测率为91.9%。利用NTSYSpc Version2.1软件对供试菌株间的遗传距离进行聚类分析并构建系统树,以遗传相似系数0.81为阈值,将96个供试菌株划分为12个RAPD群,多数分离物之间遗传相似性较低,在DNA水平上存在显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。不同地区间菌株的遗传分化程度不同,分离自黄瓜的菌株遗传分化明显高于分离自冬瓜的菌株。RAPD群与菌株地理来源、分离寄主、致病力、交配型及甲霜灵抗性均无明显的相关性。     

立枯丝核菌第一融合群的遗传分化*

利用12个随机引物对来自云南省不同地理环境的立枯丝核菌RhizoctoniasolaniKühn第一融合群(AG-1)的13个菌株进行遗传分化关系的研究。结果表明受试菌株被标记的DNA谱带多态性检测率为100%,即受试菌株间几乎无同质的DNA谱带。利用UPGMA法构建分子系统树分析发现,遗传距离0.5将其划分为9个遗传聚类组,遗传距离0.86将其划分为6个遗传聚类组,而遗传距离0.95可将其划分为3个遗传聚类组。结果表明受试AG1融合群的13个菌株具明显的遗传分化。     

黑龙江省葫芦科白粉病菌RAPD分析

2010年采集黑龙江省不同生态区不同设施内的甜瓜、黄瓜、南瓜、西瓜等瓜类白粉病菌菌株17份,采用国际通用的瓜类白粉病菌生理小种鉴别寄主对17份白粉病菌进行了生理小种鉴定。根据13个鉴别寄主的抗感反应,初步确定黑龙江省葫芦科作物白粉病菌存在3个生理小种,即单囊壳白粉菌Podosphaera xanthii的生理小种1和生理小种N1号及一个新生理小种,其中生理小种1为优势小种。通过对13份白粉病菌的RAPD分析,从119个随机引物中筛选出10个条带清晰而且重复性好的引物,扩增得到157个位点,其中多态性位点为138个,多态性位点频率为97.89%,表明黑龙江省葫芦科作物白粉菌具有丰富的遗传多样性。利用NTSYS-PC软件进行数据分析,结果表明13个菌株之间遗传相似系数的变化幅度为0.52－0.75。根据遗传相似系数用类平均法（UPGMA）对其聚类,以遗传相似系数0.60为阈值,供试菌株可区分为4个类群。同是生理小种1的菌株部分聚到了同一类,新生理小种与部分生理小种1菌株聚到同一类,同是生理小种N1的两个菌株未聚到同一类;相同地理来源或相同寄主来源的白粉菌也未聚到一类。初步确定葫芦科白粉病菌致病性与DNA多态性不形成对应关系,菌株的遗传多样性与菌株地理来源、寄主来源及设施类型亦无明显的直接关系。     

Delineation of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi strains isolated in Tunisia by random-amplified polymorphic DNA analysis

Aims:  To investigate the genetic diversity of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi strains and to look whether these strains were distributed to geographical location.
Methods and Results:  Random amplification of polymorphic DNA (RAPD) was used to discriminate between 58 Tunisian strains and 21 strains from various other countries of P. savastanoi pv. savastanoi , the causal agent of olive knot disease. Isolates were separated into three groups by cluster analysis and principal coordinate analysis of RAPD fingerprint data obtained with three primers (OPR-12, OPX-7 and OPX-14). Group 1 contained isolates from the southeast of Tunisia and European strains. Group 2 comprised strains isolated from the north of Tunisia exclusively while group 3 encompassed the majority of isolates obtained from five orchards located in the centre of Tunisia.
Conclusions:  The results indicated that isolates of P. savastanoi pv. savastanoi were genetically distinct according to geographic regions. RAPD grouped isolates derived from the same orchard as identical.
Significance and Impact of the Study:  This is the first application of RAPD in the delineation of P. savastanoi pv. savastanoi strains.     

不同来源鼠李糖乳杆菌的随机扩增多态DNA分析

[目的]建立鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus,Lr)菌株之间的分子鉴别方法并分析不同分离株之间的遗传多样性.[方法]从56份采集自中国新疆和田和广西巴马瑶族自治县的长寿老人粪便样本中分离得到的乳酸菌中,经生理生化分析和API 50CHL试验条鉴定,获得10株Lr.对10株Lr分离株和1株Lr标准株ATCC7469进行了随机扩增多态DNA分析,从50条随机引物中筛选到5条在菌株水平上具有鉴别力的引物P14、OPG28、OPG25、P7和P4并建立和优化了Lr菌株RAPD指纹图谱扩增方法.根据RAPD结果计算菌株间的遗传相似系数并进行聚类分析.[结果]获得了清晰稳定的DNA指纹图谱,扩增产物大小在100～2000bp之间,菌株间呈现显著的DNA多态性,不同来源的Lr分离株的遗传相似系数在0.581～0.935之间,在相似系数0.80水平上可以将11株Lr菌株分为5个类群,其中分离自新疆和田的Lr菌株归在类群B和类群C,而分离自广西巴马瑶族自治县的Lr菌株归在类群D和类群E.[结论]应用RAPD方法对Lr菌株进行分子鉴别是可行的,不同来源的Lr之间存在着较大的种内遗传多态性和不同的亲缘关系.     

胶孢炭疽菌的种内遗传多样性研究*

应用RAPD分析对广东不同果树上的胶孢炭疽菌的种内遗传多样性进行研究。结果表明:除部分芒果上的菌株外,20个来源于不同果树上的胶孢炭疽菌都以较高的相似系数聚为一个大群(群I)。说明尽管胶孢炭疽菌具有复合种的性质,但在一定的地理范围内,其遗传背景还是相近的,表现出种的典型特征。6个芒果菌株组成3个小群,且与群I的亲缘关系较远,其分类地位有待进一步明确。     

RAPD和ISSR标记对水稻化感种质资源遗传多态性的分析

运用RAPD和ISSR技术分析水稻化感种质资源的遗传多态性。从供试材料中筛选到具有多态性的RAPD引物12条,ISSR引物7条。RAPD引物共扩增到85条清晰的多态性条带,多态性条带比率为69．4％。ISSR引物共扩增到34条清晰的多态性条带,多态性条带比率为53．0％。对两种标记结果进行UPGMA聚类分析,结果极其类似,呈极显著的正相关(r=0．74)。聚类结果表明,地理位置相近的品种聚为一类。部分具有较强化感作用潜力的水稻品种亲缘关系很近,表明控制其化感作用性状的基因可能是等位的相同基因。而部分化感作用潜力差异显著的水稻品种聚为一类,这是由于人类在长期高产品种的定向选择过程中,水稻化感作用性状不被注意而丢失,遗传基础日益狭窄的原因。     

链格孢属小孢子种的RAPD分析*

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternariasolani、A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0.44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0.25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0.31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassicicola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

RAPD-PCR analysis of Staphylococcus aureus strains isolated from bovine and human hosts

Staphylococcus aureus is one of the most important pathogens in humans and animals. In this study eighty strains were analyzed by RAPD-PCR to assess the genetic relationship between S. aureus isolates from bovine and human hosts. Results were compared with those obtained by biotyping. Fifty-two percent of the S. aureus isolates belonged to a host specific biotype (human, bovine and poultry). Bovine and human ecovars were the most prevalent. Dendrogram obtained by RAPD results showed that all the isolates clustered into eleven groups (A-K) at a relative genetic similarity of less than 30% when analyzed with the three primers. Group A clustered 95% of the human host isolates and the remaining groups (B-K) clustered the bovine host isolates. Principal coordinate analysis also showed that the isolates could be arbitrarily divided into two groups, bovine and human, by the second coordinate. Only 9 isolates (11%) were not clustered into these groups. The genetic diversity among the S. aureus isolates from bovine hosts is relatively low compared to that of isolates from human hosts. There were no statistically significant differences among isolated from bovine and human hosts. This study shows that RAPD-PCR assayed with three primers can be successfully applied to assess the genetic relationship of S. aureus isolates from different hosts.     

应用RAPD标记对斜生褐孔菌菌株亲缘关系的分析

采用RAPD技术对采集不同地区的8个斜生褐孔菌野生菌核分离得到的菌株亲缘关系进行研究,获得了斜生褐孔菌不同菌株的DNA指纹图谱。结果显示:12个引物共扩增出167条带,其中101条为多态性带,多态性比率为60.5%,同一培养时期的各菌株间RAPD图谱表明菌株间存在一定的种内及地理来源差异。若以遗传距离0.508为结合线,可将供试菌株划分为三大类,BCX01、BCX02归为一类,JL01、JL02、JL03、JL04、JL05归为一类,HLJ01单独聚为一类。