钙调素一级结构保守性和变异性的数量分析──Ⅰ全序列主要免疫反应位点和靶酶结合位点保守性和变异性的数量分析

用计算机为工具对３２种生物钙调素（ＣａＭ）一级结构的保守性和变异性进行了数量分析,结果表明ＣａＭ分子高度保守,其保守性强于同类生物的细胞色素ｃ,脊椎动物ＣａＭ间的同源性在９８％以上,被子植物ＣａＭ间以及被子植物与脊椎动物ＣａＭ间的同源性高于８８％;脊椎动物与单细胞藻类ＣａＭ间的同源性也在８０％以上。对亲源关系较近的物种,它们的ＣａＭ主要免疫反应位点和靶酶结合位点间的同源性大于全序列间的同源性;对亲源关系较远的物种,它们的ＣａＭ主要免疫反应位点和靶酶结合位点间的差异大于它们全序列间的差异。     

钙调素一级结构保守性和变异性的数量分析Ⅱ钙结合区和疏水穴保守性和变异性的数量分析

用计算机为工具对３２种生物钙调素（ＣａＭ）的四个钙结合区和两个疏水穴一级结构的保守性和变异性进行了数量分析。结果表明第一、二钙结合区（Ｎ端）比第三、四钙结合区（Ｃ端）更保守;即大多数物种ＣａＭ的第一、二钙结合区的同源性大于它们全序列间的同源性。而第三、四钙结合区则因亲缘关系和高低等生物而异,情况较复杂。Ｎ端疏水穴比Ｃ端疏水火保守,前者的同源性高于它们全序列间的同源性;而后者亦因亲缘关系及高低等生物而异规律不明显。     

钙调素一级结构保守性和变异性的数量分析Ⅱ钙结合区和疏水穴保守性和变异性的数量分析

用计算机为工具对３２种生物钙调素（ＣａＭ）的四个钙结合区和两个疏水穴一级结构的保守性和变异性进行了数量分析。结果表明第一、二钙结合区（Ｎ端）比第三、四钙结合区（Ｃ端）更保守;即大多数物种ＣａＭ的第一、二钙结合区的同源性大于它们全序列间的同源性。而第三、四钙结合区则因亲缘关系和高低等生物而异,情况较复杂。Ｎ端疏水穴比Ｃ端疏水火保守,前者的同源性高于它们全序列间的同源性;而后者亦因亲缘关系及高低等生物而异规律不明显。     

猪獾和黄鼬mtDNA物理图谱及位点变异性初探

本实验用ＡｐａⅠ,ＢｇｌⅠ,ＢｇｌⅡ,ＣｌａⅠ,ＥｃｏＲⅠ,ＥｃｏＲⅤ,ＨｉｎｄⅢ,ＨｐｅⅠ,ＰｓｔⅠ,ＰｖｕⅠⅡ,ＳａｃⅠ,ＳａｌⅠ等１２种限制性内切酶分析猪獾和黄鼬的ｍｔＤＮＡ限制性片段,并用双酶解法构建限制性内切酶图谱。结合以往积累的资料,我们对哺乳动物ｍｔＤＮＡ限制性位点在远缘物种间的保守性和变异性进行了初步讨论。     

10个近交系小鼠的微卫星位点分析及其在遗传监测中应用的探讨（一）

选用不同染色体上的８个微卫星位点,应用ＰＣＲ技术对１０个品系的近交系小鼠进行遗传分析,研究结果表明：在无任何亲缘关系的近交系小鼠品系之间,该８个微卫星位点均具有不同的等位基因。含有不同等位基目的微卫星位点所占的百分比从ＭＳＭ／ＭＳ与Ｃ３Ｈ／ＨｅＪ的１００％到（ＣｘＳ）Ｆ与Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ间的２５％,平均５６．７２％,在重组近交系间及重组近交系与亲本之间,此比率从（ＣｘＳ）Ｄ或（ＣｘＳ）Ｍ与ＢＡＬＢ／ＣＨｅＡ间的５０％到（ＣｘＳ）Ｄ或（ＣｘＳ）Ｍ与ＳＴＳ／Ａ,（ＣｘＳ）Ｄ与（ＣｘＳ）Ｍ间的２５％,此８个微卫星位点有可能做为在基因水平上进行近交系小鼠遗传监测的标记。     

新疆呼图壁种牛场地区优势植物K,Na,Ca,Mg,S的含量特征和数量分析

新疆呼图壁种子牛场地区草地２５种植物中的Ｋ,Ｎａ,Ｃａ,Ｍｇ,Ｓ在含量水平上Ｎａ＞Ｓ＞Ｋ＞Ｍｇ＞Ｃａ。不同植物种类Ｎａ,Ｓ含量差异较大,如盐节木,囊果碱蓬等Ｎａ,Ｓ含量分别达１０００００ｐｐｍ和３００００ｐｐｍ以上,而芦苇,獐茅草Ｎａ,Ｓ含量分虽在３００００ｐｐｍ和４０００ｐｐｍ以下;种间变异系数Ｎａ,Ｓ分别为９５．１０％,６３．１６％,Ｋ含量变异系数较小,为３４．４２％。同一种植物在不同地点Ｎａ     

小鼠中血清因子结合位点位置分布及保守性的生物信息学分析

目的：血清反应因子在与心血管相关的疾病基因调控方面的作用越来越重要。血清反应因子识别的结合位点CArG元件因其重要的基因调控作用近年来随之备受关。本研究目的是揭示血清因子结合位点的位置分布与功能的关系及CArG元件内部各个住点的保守性。方法：本研究应用生物信息学方法结合遗传学方法对小鼠中CArG元件的位置分布、位点替换率及G0分类进行深入研究。结果：结果表明,71％的功能CArG元件分布在转录起始位点上游,且距离转录起始位点越近,CArG元件的数量越多。保守性分析发掘出元件内部的替换冷点、热点及替换规律。GO分类结果显示,CArG依赖性基因多为信号转导和细胞骨架蛋白。结论：上述研究结果将为准确预测候选CArG元件提供重要理论基础,同时也将为更为深入阐述SRF的调控模式奠定基础。     

植物microRNA的保守性及其分布的分析

MicroRNA(miRNA)是真核生物中具有重要调控作用的小分子非编码RNA。本文对miRNA官网miRBase数据库Release 22.1中隶属于植物界的绿藻门、苔藓植物门、蕨类植物门、裸子植物门、被子植物门共计82个物种的miRNA进行了统计分析。miRBase共收录植物miRNA 前体8 615个,成熟miRNA 10 414条,隶属于2 892个miRNA家族。绿藻门miRNA与其他4个门miRNA无同源性;对其他4个门植物miRNA的保守性进行研究,发现存在于2个植物门的miRNA家族有26个,属于中度保守miRNA家族;14个miRNA家族存在于3个及3个以上植物门中,属于高度保守miRNA家族,其中7个miRNA家族系苔藓、蕨类、裸子和被子植物共有,是植物中最保守的miRNA。分析表明,超过30个miRNA家族的植物有35种。进一步对40个中度或者高度保守miRNA在35种植物中的分布进行研究,发现miRNA家族及其成员在物种间的分布存在较大的差异。这些分布上的差异一方面反映不同植物中miRNA的研究深度不同,另一方面也反映出miRNA在植物进化过程中的适应性调整。研究不同植物中miRNA家族的分布,可在miRNA水平为植物早期进化同源性的研究提供分子依据。     

植物microRNA的保守性及其分布的分析

MicroRNA(miRNA)是真核生物中具有重要调控作用的小分子非编码RNA。本文对miRNA官网miRBase数据库Release 22.1中隶属于植物界的绿藻门、苔藓植物门、蕨类植物门、裸子植物门、被子植物门共计82个物种的miRNA进行了统计分析。miRBase共收录植物miRNA 前体8 615个,成熟miRNA 10 414条,隶属于2 892个miRNA家族。绿藻门miRNA与其他4个门miRNA无同源性;对其他4个门植物miRNA的保守性进行研究,发现存在于2个植物门的miRNA家族有26个,属于中度保守miRNA家族;14个miRNA家族存在于3个及3个以上植物门中,属于高度保守miRNA家族,其中7个miRNA家族系苔藓、蕨类、裸子和被子植物共有,是植物中最保守的miRNA。分析表明,超过30个miRNA家族的植物有35种。进一步对40个中度或者高度保守miRNA在35种植物中的分布进行研究,发现miRNA家族及其成员在物种间的分布存在较大的差异。这些分布上的差异一方面反映不同植物中miRNA的研究深度不同,另一方面也反映出miRNA在植物进化过程中的适应性调整。研究不同植物中miRNA家族的分布,可在miRNA水平为植物早期进化同源性的研究提供分子依据。     

豚鼠小肠EC细胞的免疫细胞化学和银染法的比较研究

本实验利用同一切片标本,在光镜水平上,对豚鼠小肠ＥＣ细胞进行了免疫细胞化学和不同银染法的比较研究。实验结果显示,全部Ｍａｓｓｏｎ－Ｆｏｎｔａｎａ亲银染色阳性细胞均呈ＰＡＰ染色阳性;另一方面,小部分（１５％）Ｇｒｉｍｅｌｉｕｓ嗜银染色阳性细胞却表现为亲银染色和ＰＡＰ染色双阴性。以上结果表明,在显示ＥＣ细胞上,亲银染色具有很高的特异性,因此仍不失为一种经济和实用的方法;嗜银染色显示ＥＣ细胞,尽管其敏感性稍高于亲银染色法,但不具有免疫细胞化学与亲银染色技术那样明显的特异性。     

黄瓜花叶病毒山东株(CMV-SD)RNA2全长cDNA克隆的构建及全序列分析

分别利用５’ＲＡＣＥ和３’ＲＡＣＥ确定了ＣＭＶＳＤＲＮＡ２的５’和３’末端序列,在此基础上,利用ＲＴＰＣＲ得到了ＲＮＡ２的５’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２５和３’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２３,并通过拼接构建了ＲＮＡ２全长ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２Ｆ。通过对ｐＣ２５和ｐＣ２３进行序列测定,得到了ＲＮＡ２的全序列。序列分析结果表明ＣＭＶＳＤＲＮＡ２由３０４８ｎｔ组成,其中存在２个部分重叠的阅读框ＯＲＦ１（７９～２６５２ｎｔ）和ＯＲＦ２（２４１４～２７４６ｎｔ）,分别编码８５８ａａ的２ａ蛋白和１１１ａａ的２ｂ蛋白,并在２ａ蛋白的序列中发现了动植物病毒复制酶所特有的两个保守序列。该株系ＲＮＡ２核苷酸序列与分属ＣＭＶＩ亚组的Ｆｎｙ株系和ＩＩ亚组的Ｑ株系ＲＮＡ２的核苷酸序列同源性分别为９１７％和７５６％;２ａ蛋白的氨基酸序列同源性分别为９３８％和６７７％,２ｂ蛋白的氨基酸序列同源性分别为８３０％和５１３％。同源性比较的结果表明ＳＤ株系属于ＣＭＶＩ亚组。     

Moricandia与芸苔属植物亲缘关系的研究

Ｍｏｒｉｃａｎｄｉａ是十字花科中唯一的具Ｃ３Ｃ４植物的属。为向十字花科芸苔属（Ｂｒａｓｉｃａ）作物中转移Ｃ３Ｃ４等重要性状提供基本信息,从可交配性和ＲＦＬＰ指纹图谱两个角度研究了Ｍｏｒｉｃａｎｄｉａ与芸苔属作物间的亲缘关系。结果表明：Ｍｏｒｉｃａｎｄｉａ与芸苔属作物间的可交配性很低,仅从Ｍ．ａｒｖｅｎｓｉｓ×甘蓝型油菜的１０５枚培养子房中获得４个杂种苗。用２３个甘蓝型油菜核ＤＮＡ探针和４个甜菜线粒体ＤＮＡ探针检测了芸苔属作物和ＭｏｒｉｃａｎｄｉａＣ３Ｃ４植物间ＤＮＡ限制性内切酶位点多态性。Ｍｏｒｉｃａｎｄｉａ与芸苔属物种间的同源性很高,其中白菜型油菜与Ｍ．ｎｉｔｅｎｓ之间在核基因组上的相似性甚至大于它与同属的甘蓝型油菜间的相似性。ＭｏｒｉｃａｎｄｉａＣ３Ｃ４物种与芸苔属作物在核ＤＮＡ和细胞质ＤＮＡ间的高度同源性,揭示了通过有性杂交或原生质体融合及染色体间重组的途径向栽培种转移重要基因的可能性。     

基于位点保守性参量和位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点

目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法。方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测。结果:利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明5种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%。结论:与已有的三种预测转录因子结合位点的软件进行比较,PWMSA算法明显优于其他三种算法,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别提高了0.25和0.22。     

二价金属离子和二硫键还原剂对黑鱼肝膜生长激素受体 …

二价金属离子Ｃａ＾２＋、Ｍｇ＾２＋和Ｍｎ＾２＋能增加重组鱼生长激素（ｂｒＧＨ）与黑鱼肝膜生长激素受体（ＧＨＲ）的相互作用,其最适浓度为８－１２ｍｍｏｌ／Ｌ。在这一浓度范围,Ｃａ＾２＋、Ｍｇ＾２＋和Ｍｎ＾２＋能分别使专一结合提高到无二价阳离子存在时的２３０％、１８０％和２００％。通过Ｅａｄｉｅ－Ｓｃａｔｃｈａｒｄ作图对Ｃａ＾２＋结合位点进行动态学分析证明ｂｒＧＨ－受体复合物存在一个低亲和的Ｃａ＾２＋     

原纤维蛋白1 C末端的系统发育和活性位点预测生物信息学分析

人前原纤维蛋白1 (profibrillin-1, FBN1)经过弗林蛋白酶(furin)酶切后得到成熟的原纤维蛋白-1和C末端多肽白脂素(asprosin),白脂素是新发现的参与调解糖代谢的热点激素。本研究采用整合生物信息学方法,对FBN1 C末端的系统发育和白脂素的功能位点进行分析,探究白脂素在糖代谢相关疾病发生中的分子机制。从UniProt数据库中搜索物种FBN1序列信息并进行比对;通过blastp方法检索脊椎动物FBN1 C末端氨基酸,构建进化树和进化轨迹,进行系统发育生物信息学分析;运用I-TASSER构建白脂素三级结构预测模型;运用COFACTOR和COACH法进行白脂素的配体活性位点分析。本研究发现：脊椎动物FBN1 C末端具有Furin酶识别位点(R-X-K/X-R)的高保守性,进化树结果显示FBN1 C末端蛋白有26个高保守位点,白脂素活性位点预测为“4RL”和“MAN”。本研究首次揭示原纤维蛋白1 C末端蛋白可能在脊椎动物中广泛存在,分析了白脂素的功能和结构的关系,为其在糖代谢性疾病中的功能机制研究和治疗提供新的思路。     

小鼠中血清因子结合位点位置分布及保守性的生物信息学分析

目的:血清反应因子在与心血管相关的疾病基因调控方面的作用越来越重要。血清反应因子识别的结合位点CArG元件因其重要的基因调控作用近年来随之备受关。本研究目的是揭示血清因子结合位点的位置分布与功能的关系及CArG元件内部各个位点的保守性。方法:本研究应用生物信息学方法结合遗传学方法对小鼠中CArG元件的位置分布、位点替换率及GO分类进行深入研究。结果:结果表明,71%的功能CArG元件分布在转录起始位点上游,且距离转录起始位点越近,CArG元件的数量越多。保守性分析发掘出元件内部的替换冷点、热点及替换规律。GO分类结果显示,CArG依赖性基因多为信号转导和细胞骨架蛋白。结论:上述研究结果将为准确预测候选CArG元件提供重要理论基础,同时也将为更为深入阐述SRF的调控模式奠定基础。     

喀喇昆仑,昆仑山地区植物元素含量的区域分异和数量分析

对喀喇昆仑昆仑山地区８７种植物２１个元素含量及区域分异的研究表明,Ｃａ、Ｃｒ、Ｃｄ、Ｆｅ、Ｖ含量比高等植物含量偏高,Ｐ,Ｐ的含量偏低,同种植物在不同地点元素含量有差异,盐柴荒漠植物中Ｎａ,Ｋ,Ｍｇ,Ｐ含量较高;高山草甸、冰缘植被植物Ｂ,Ｃ,Ｆ,Ｖ,Ｔ含量较高,各植被类型植物元素含量Ｎａ／Ｋ差异最大,Ｃａ／Ｍｇ较小,Ｆｅ／Ａｌ差异最小,其变异系数分别为１５３．５、２０．５和１５．９％。     

蛋白质序列和结构的保守性与其功能的关系

以蛋白质酪氨酸磷酸酶为模型,通过序列和结构的比较,对蛋白质序列、结构的保守性与其和进化的关系问题进行了研究。结果显示,虽然在酪氨酸磷酸酶超家族分子的序列中,仅有３个与其催化功能密切相关的残基是高度保守的,但它们功能结构域的核心拓扑结构却明显类似,其中存在着βａβ和βａβａ。２个保守的结构单元;此外,它们活性位点的拓扑结构也极其相似,因此,在保持蛋白南功能方面具有重要作用的残基是高度保守的,而具维持     

人类基因组盒式外显子和内含子保留的可变剪接位点预测

信使RNA的可变剪接是真核生物有别于原核生物的基本特征之一,信使RNA前体的可变剪接极大地丰富了高等真核生物蛋白质的多样性,并与生物体的组织特异性密切相关。文章对人类盒式外显子和内含子保留的一些基本特征进行了统计;根据剪接位点附近的单碱基、碱基二联体和三联体的保守性等特征,利用基于多样性指标的二次判别法,对盒式外显子和内含子保留的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测。交叉检验结果表明,盒式外显子供体端和受体端的识别精度分别达到93％、84％以上的水平;内含子保留供体端和受体端的识别精度分别达到89％、81％以上的水平。     

新疆呼图壁种牛场地区13种优势植物水溶性盐分的含量特点及数量分析

通过对新疆呼图壁种牛场地区１３种耐盐植物水溶性盐分含量的分析,结果阐述了盐分分布和积累的特点：１）大部分植物在盐分含量水平上是：Ｎａ＾＋〉Ｋ＾＋〉Ｍｇ＾２＋〉Ｃａ＾２＋,Ｃｌ＾－〉ＳＯ４＾２－〉ＨＣＯ３＾－〉ＣＯ３＾２－,Ｎａ＾＋超过２００００μｇ／ｇ,Ｃａ＾２＋不足８００μｇ／ｇ;Ｃｌ＾－达４．１６％,ＣＯ３＾２－仅为０．１１％。全盐量平均为２５．８１％;２）ＣＯ３＾２－、ＨＣＯ３＾－和Ｃａ＾２