气调包装生鲜冷却牛肉贮藏中微生物多样性分析

【目的】分析普通包装和气调包装(65%O2和35%CO2)生鲜冷却牛肉在贮藏(4°C)过程中的微生物多样性。【方法】通过16S rDNA V3区PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)方法和16S rDNA克隆分析法研究生鲜冷却牛肉中微生物菌落结构及菌相变化规律。【结果】初始菌相主要有嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和假单胞菌属(Pseudomonas)。贮藏过程中,普通包装和气调包装生鲜冷却牛肉中优势菌均为Brochothrix和Pseudomonas。气调包装冷却牛肉中细菌种类较少,两种包装生鲜牛肉在贮藏前期菌相变化明显。【结论】不同包装冷却牛肉中微生物菌落结构有较大差异,气调包装中CO2对Pseudomonas等细菌起到了一定的抑制作用。     

不同日粮饲养黄牛的胃部微生物群落多样性比较分析

为分析不同饲料喂养对黄牛胃中微生物群落结构的影响,分别用芒草单一喂养和农家混合饲料喂养两年的黄牛为实验组和对照组。以瘤胃、蜂巢胃、重瓣胃和皱胃四个胃中的微生物为研究对象,采用原位包埋裂解法和脉冲场电泳（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）提取微生物总 DNA,脉冲场电泳（pulsed field gel elec-trophoresis,PFGE）。使用细菌16S rRNA 引物341F ／534R 及真菌18S rDNA 引物 NS1／GCFungi 进行降落 PCR 扩增。变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）对扩增产物进行区分,使用硝酸银染色。电泳扫描结果通过 Quantity one 软件进行分析,SPSS 软件进行数据统计。针对实验组和对照组瘤胃样品共性条带和特性条带测序并比对。结果表明：实验组与对照组细菌群落结构变化较大,UPGAM聚类图上被分为两支,相似性只有0．35。且香农多样性指数及条带丰度都明显少于对照组。真菌 DGGE 图谱条带差别不大,聚类图上显示实验组四个样品与对照组四个样品相似性在0．43～0．68之间。多样性及条带丰度在实验组与对照组之间差异0．0027～0．5999。测序结果,细菌与数据库中未培养细菌种类较为接近,而真菌中部分与已知菌种接近。芒草单一饲养对牛胃中的微生物群落结构具有极大的影响,对细菌的影响尤为明显。     

气调包装生鲜冷却牛肉贮藏的微生物种类变化

在冷却牛肉的贮藏过程中,微生物的生长繁殖是导致其腐败变质的主要原因。在低温冷藏条件下,大多数微生物的生长受到抑制,但仍有一些嗜冷菌可以生长繁殖,从而对冷却肉的品质及人类健康安全造成威胁。因此,研究和分析生鲜冷却牛肉中菌群构成及其演替规律,不但具有重要的     

市售冷却牛肉中主要细菌的常规分离与鉴定

利用常用纯培养的方法, 根据细菌的菌落形态、菌落颜色、革兰氏染色等常见特征, 从市售冷却牛肉中, 选取菌落形态差别比较明显的菌株共32株, 其中保鲜膜包装冷却牛肉样品共12株, 未包装冷却牛肉样品共20株; 同时选取两样品中的优势菌株各4株进行进一步的研究(8株细菌编号为：S01~S08, 其中S01~S04为未包装冷却牛肉样品; S05~S08为保鲜膜包装冷却牛肉样品), 通过ARDRA(Amplified ribosomal DNA restriction analysis) 以及16S rDNA 序列等进行分类研究, 确定该细菌的分类地位, 并结合形态、常规生理生化特性进行鉴定, 确定各细菌所属种。实验表明：S01为假单胞菌属中的恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida), S02为希瓦氏菌属下的(Shewanella cincia sp.), 而S03和S05为希瓦氏菌属下的腐败希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens), S04为窄食单胞菌属中的嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia), S06为嗜冷杆菌(Psychrobacter sp.), S07为葡萄球菌属中的松鼠葡萄球菌(Staphylococcu sciuri), S08为微杆菌属中的产左聚糖微杆菌(Microbacterium laevaniformans)。证明两样品的共有优势菌为希瓦氏菌属。通过对样品可培养微生物情况进行初步的调查分析, 为冷却肉加工工艺提供一定的理论基础。     

河北承德地区两个温泉中细菌的多样性分析

通过构建16S rDNA克隆文库,对承德地区两温泉中的细菌多样性水平及系统发育关系进行了初步研究。研究表明:68°C的A11文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属5个细菌类群,分别为Firmicutes(6.25%)、Deinococcus-Thermus(25.0%)、Gammaproteobacteria(12.5%)、Betaproteobacteria(50.0%)、Alphaproteobacteria(6.25%);而74.5°C的A12文库仅属于一个细菌类群:厚壁菌门(Firmicutes)。两温泉中细菌多样性的差异表明,温度是影响温泉中细菌多样性水平的重要因素。此外,A11文库中克隆的16S rDNA序列与许多已知的可产色素的好氧菌相似性很高,而A12文库中的细菌多数为专性厌氧或兼性厌氧型,其中厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)中的Anoxybacillus flavithermus可以作为研究泉华形成的理想材料。     

污水处理活性污泥微生物群落多样性研究

为研究污水处理活性污泥微生物多样性,提取了活性污泥宏基因组DNA,并采用细菌通用引物27F和1492R扩增了上海污泥厂活性污泥细菌16S rDNA片段,构建了细菌16S rDNA克隆文库,并对该文库中的微生物群落进行了分析。共获得200条高质量序列并建立系统发育树,结果显示活性污泥主要的细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)(91.9%)、厚壁菌门(Firmicures)(4.6%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(2%)、绿弯菌门(Chloroflexi)(0.5%)、硝化螺菌门(Nitrospirae)(1%)。其中,明显的优势菌群为Alcaligenes feacalis(55%)、Pseudomonas aeruginosa(12.8%)和Stenotrophomonas(12.8%),优势菌的产酶能力在活性污泥中显示生态修复功能菌的作用。     

不同发育阶段杉木人工林对土壤微生物群落结构的影响

采用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE),分析土壤细菌16S rDNA和土壤真菌28SrDNA特异性片段多态性,研究了不同发育阶段杉木人工林对土壤微生物群落结构的影响.结果表明:土壤微生物群落结构随着杉木人工林的发育年龄而改变,杉木人工林土壤微生物群落多样性和丰富度随杉木生长发育显著增加(P<0.05),但均显著低于次生阔叶林(P<0.05);聚类分析表明,不同发育阶段杉木人工林土壤真菌群落相似性均<60%,而土壤细菌群落相似性最高可达65%,由此可推测不同发育阶段杉木人工林土壤真菌群落结构变化较土壤细菌群落结构变化剧烈;相关性分析表明,不同发育阶段杉木人工林土壤速效氮、碳氮比与土壤微生物群落多样性显著相关(P<0.05).本研究表明,长期种植单一杉木人工林能够通过改变土壤理化性质来影响土壤微生物群落组成,进而影响森林生态系统养分循环,导致人工林林分生产力下降.     

长庆油田延9低渗透油藏微生物群落研究

目的:研究长庆油田延9低渗透油藏微生物群落,为实施微生物提高原油采收率提供指导和依据。方法:长庆油田延9油藏三口不同油井(柳28-46、柳28-47和柳27-45)的油水样品建立16S rDNA克隆文库进行研究。结果:构建了柳28-46、柳28-47和柳27-45油井样品的微生物基因克隆文库,其分类操作单元(OUT)数分别为21、20和20个;序列分析比对表明,3口井的共同的优势微生物菌群为铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginos),分别占各文库的32.8%、32%和42.9%,它是最常见最主要的采油功能菌之一。此外硫酸盐还原菌(SRB)和铁细菌也处于优势地位,它们是原油开采中的有害菌。结论:延9低渗透油藏微生物群落和其潜在功能的分析为开展微生物提高石油采收率应用提供了良好的基础资料。     

饵料对鳡肠道微生物多样性的影响

通过PCR-DGGE指纹分析并结合克隆、测序对饲喂人工配合饲料和冰鲜鱼两种不同饵料的鳡肠道微生物群落结构及多样性差异进行了比较研究。摄食配合饲料和冰鲜鱼的鳡肠道样品中分别检测到21条和17条清晰的DGGE指纹条带; 进一步的克隆、测序及BLAST比对分析表明, 21条测序谱带与GenBank数据库中已知微生物的同源性为98%100%。配合饲料饲养鳡肠道微生物特有条带代表种群主要为魏斯氏菌(Weissellakoreensis)等, 冰鲜鱼饲养鳡特有条带代表种为威斯康星米勒菌(Moellerella wisconsensis)等。从PCR-DGGE指纹相似性来看, 不同饵料饲养鳡的肠道细菌组成差异较为明显, 相似性仅为11.9%42.6%。鳡肠道菌群的DGGE 指纹图谱中条带的H'指数(Shannon-Weiner 指数)最高为配合饲料饲养鳡第Ⅴ组样本, 达到2.84, 最低的为冰鲜鱼饲喂下的鳡第Ⅵ组样本, 为2.46。研究结果表明, 投喂人工配合饲料和冰鲜鱼会对鳡肠道菌落产生影响, 可为鳡饲料的开发提供一定的基础依据。此外, 两类鳡的肠道群落PCR-DGGE指纹图谱有助于这两种鳡产品的跟踪和肠道益生菌研究。     

16S rDNA克隆文库方法分析太岁样品中细菌的多样性

通过构建16S rDNA克隆文库的方法,分析太岁样品中细菌的群落结构及多样性。太岁样品中的细菌归属于4个门9个目,优势类群依次是芽胞杆菌目(Bacillales,33.01%)、柄杆菌目(Caulobacterales,32.04%)和伯克霍尔德氏菌目(Burkholderiales,12.62%);优势属为短波单胞菌属(Brevundimonas,30.10%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,29.13%)和食酸菌属(Acidovorax,7.77%)。并且其中的5个目中含有未培养的细菌,红杆菌目(Rhodobacterales)、伯克霍尔德氏菌目和红环菌目(Rhodocyclales)的11个克隆子的细菌16S rDNA序列同源性低于97%。研究表明太岁样品中细菌多样性较丰富,且蕴藏着许多未知的微生物资源。     

微生物分子生态学技术在湖泊微生物多样性研究中的应用

微生物是湖泊生物圈物质循环和能量流动的主要参与者,在湖泊的生态系统中起着重要的作用。但是,湖泊中存在着大量不可培养的细菌,利用传统的培养技术,无法对湖泊微生物的多样性进行深入而全面的研究,而不依赖培养的分子生物学技术的发展为此方面研究开辟了新的路径。微生物分子生态学作为分子生物学与微生物生态学交叉产生的学科,在研究湖泊微生物多样性方面已经得到了广泛的应用。主要综述了变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,末端限制性酶切片段长度多态性技术(T-RFLP),16SrDNA克隆文库技术等微生物分子生态学技术在研究湖泊微生物多样性方面的应用情况。     

Investigation of bacterial community diversity in water of Zoige Alpine Wetland

Spatial isolation is currently thought to represent one of the major factors resulting in bacteria genetic variation and population abundance. The bacterial diversity in a distinct environment Zoige Alpine Wetland located in the northeast of the Qinghai-Tibetan Plateau with the altitude 3400 m on average aroused our great attention. This area belongs to Qinghai-Tibetan cold climate zone with the mean annual temperature about 1 °C. Although several studies on bacterial diversity in Qinghai-Tibetan Plateau had been reported, there is no report on wetland water in this area. In this work, six water samples were collected and the water qualities including COD_Cr, NH₄⁺-N, NO₃^--N, NO₂^--N, TN, TP, TOC were investigated, of which results indicated that more than 80% samples sorted as II–V class of surface water sources according to the National Water Quality Standard of China (GB3838-2002). Comparison of bacterial communities among the six samples was analyzed by DGGE of PCR-amplified 16S rDNA with universal bacterial primer sets. The profiles demonstrated that samples from the Flower Lake had more DNA bands than the Conservatory Station inferring higher diversity. In addition, the samples from the same environment shared similar compositions of bacterial communities. Bacterial community composition and predominant bacteria were analyzed by 16S rDNA clone library. The dominant group was Proteobacteria (51.6% of the total clones, which contained 24.2% alpha proteobacteria, 14.5% beta proteobacteria and 12.9% gamma proteobacteria). And the Bacteroidetes added to 17.7%, Verrucomicrobia to 4.8%. More than 24.2% of the total clones showed high similarity to uncultured bacteria. The above work provides some information on bacterial diversity for special site of spatial isolation.     

Investigation of bacterial community diversity in water of Zoige Alpine Wetland

Spatial isolation is currently thought to represent one of the major factors resulting in bacteria genetic variation and population abundance. The bacterial diversity in a distinct environment Zoige Alpine Wetland located in the northeast of the Qinghai-Tibetan Plateau with the altitude 3400 m on average aroused our great attention. This area belongs to Qinghai-Tibetan cold climate zone with the mean annual temperature about 1 °C. Although several studies on bacterial diversity in Qinghai-Tibetan Plateau had been reported, there is no report on wetland water in this area. In this work, six water samples were collected and the water qualities including COD_Cr, NH₄⁺-N, NO₃^--N, NO₂^--N, TN, TP, TOC were investigated, of which results indicated that more than 80% samples sorted as II–V class of surface water sources according to the National Water Quality Standard of China (GB3838-2002). Comparison of bacterial communities among the six samples was analyzed by DGGE of PCR-amplified 16S rDNA with universal bacterial primer sets. The profiles demonstrated that samples from the Flower Lake had more DNA bands than the Conservatory Station inferring higher diversity. In addition, the samples from the same environment shared similar compositions of bacterial communities. Bacterial community composition and predominant bacteria were analyzed by 16S rDNA clone library. The dominant group was Proteobacteria (51.6% of the total clones, which contained 24.2% alpha proteobacteria, 14.5% beta proteobacteria and 12.9% gamma proteobacteria). And the Bacteroidetes added to 17.7%, Verrucomicrobia to 4.8%. More than 24.2% of the total clones showed high similarity to uncultured bacteria. The above work provides some information on bacterial diversity for special site of spatial isolation.     

16S rDNA克隆文库法探索转基因香石竹对土壤细菌群落的影响

【目的】通过研究转基因香石竹对土壤细菌群落的影响,为转基因香石竹的环境安全性评价提供依据。【方法】通过构建16S rDNA克隆文库,分析种植转基因和非转基因香石竹的土壤中细菌的群落结构组成。【结果】转基因和非转基因香石竹土壤中,共有的菌群有变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria),其中α-变形菌门、β-变形菌门、浮霉菌门为优势菌群;而在放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)及未培养菌(Uncultured bacterium clone)等菌群存在部分差异。【结论】通过16S rDNA克隆文库方法揭示了转基因香石竹的土壤中细菌多样性十分丰富,其栽培对土壤细菌群落结构影响有限。     

应用16S rDNA克隆文库法分析有机物料腐熟菌剂细菌组成

应用16SrDNA克隆文库法对有机物料腐熟菌剂A和B样品中的细菌组成进行分析研究。结果表明,样品A有14个OTU,主要是融合乳杆菌(Weissella confusa)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus),其比例分别占总克隆文库的28.6%、30.4%和23.2%;样品B有43个OTU,主要是布氏乳杆菌(Lactobacillus buchneri)、香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)和耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans),占总克隆文库的比例分别为18.03%、18.86%和13.12%;所得出的结果均与产品标注存在差异,样品A未提及细菌的种类,而样品B只标注短小芽孢杆菌。研究表明这一方法在微生物菌剂细菌组成分析及其质量检测中具有良好的应用前景。