全基因组扫描寻找强直性脊柱炎的易感基因位点

为了寻找中国人群强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的易感基因位点,采用全基因组扫描法对9个强直性脊柱炎家系进行基因分型、参数连锁分析和非参数连锁分析。在参数连锁分析中,D6S276位点的最大LOD值为3．8821(0=0．0),精细分析显示距D6S276位点附近的D6S1691和D6S1618的LOD值分别为1．5717(0=0．1)及2．0056(0=0．1)。在非参数连锁分析中,位于D6S276附近的LOD值高达5．0623,非参数连锁分析的NPJ值为3．7561,最小P值为0．000233。上述结果提示,D6S276与强直性脊柱炎之间存在较强的连锁关系,D6S1691-D6S276-D6S1618区域可能存在强直性脊柱炎的易感基因位点。此外,D3S1292、D4S1535和D18S64的最大LOD值分别为1．2768(0=0．2)、1．1246(0=0．2)和1．1851(0=0．1),提示这些标记与AS之间存在一定的连锁关系。     

强直性脊柱炎的新易感基因识别研究

为了研究中国人群中TNFα基因与强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis,AS）病理发生的潜在关系,我们通过对中国南方75名AS患者的TNFα基因启动子进行扫描分析,发现-850处突变型T等位基因出现频率较高(39.3%)。经Case-Control研究发现TT突变基因型在AS组中的分布显著高于对照组(10.7% vs 2.1% ,P=0.003);突变型T等位基因携带者在AS组与对照组间分布差异极其显著(68.0% vs 21.4%,P=7.928×10－13)。按性别分组后,发现TX基因型和非TX基因型在AS组和对照组之间的分布差异同样具有统计学意义(男性:P=1.029×10-10;女性: P=0.001),此多态位点在男性和女性中都与AS发生存在显著性关联。经文献查新未见本突变位点在国内外有与AS存在相关的报道。本研究证实了我们的研究假设,TNFα基因启动子-850C→T的突变可能是AS发生的新易感基因。Abstract: To study the potential correlations between variances of TNFαgene and onset of ankylosing spondylitis in Chinese population, We scanned and analyzed the promoters of TNFαgenes in 75 AS patients from south of China and found –850 T mutation allele frequency rather high (39.3%).By case-control study, the distribution of TT genotype is significantly higher in AS patients than that in normal subjects (10.7% VS 2.1%,P=0.003); Mutation T allele has a remarkable difference between AS group and normal control (68.0% vs 21.4%,P=7.928×10－13). The difference in distribution of TX genotype and non -TX genotype is also significant statistically between different genders(male: P=1.029×10-10;female: P=0.001).The result suggests that this variation has a strong association with AS in males and females. No similar reports about the association between AS and the T mutation allele have been acquired. Therefore, our hypothesis can be supported by our results on the whole and the –850C→T mutation allele in the region on promoter of TNFαgene is likely one of susceptible genes to AS.     

吉林人群强直性脊柱炎6号染色体短臂上的HLA区域遗传易感基因定位研究

为了寻找中国人群中与强直性脊柱炎相关的新的易感基因及其所在位置, 在与强直性脊柱炎强连锁的6 号染色体短臂上的HLA基因区域内选取11个SNPs多态位点, 通过对中国吉林地区79名AS患者和132名正常对照者进行case-control分析, 发现TNF-a -850处TT突变基因型在AS组中的分布高于正常对照组（P=0.027）, 突变型T等位基因在AS组和正常对照组中的分布差异更为显著（P=0.002）。通过多位点之间的连锁不平衡分析发现, LTA基因、TNF-a基因、LST1基因和NCR3基因中的 5个SNPs多态位点之间存在连锁不平衡, 范围是15 kb, 在这5个SNPs多态位点组成的单体型中, TCTTC单体型在AS组和正常对照组中的分布有显著差异（c2=7.406, P=0.0065）,并且该单体型中含有具有统计学意义的TNF-a –850的突变型等位基因T。提示在LTA、TNF-a、NCR3和LST1 这4个基因构成的15 kb范围内可能存在增加AS患病易感性的位点, 可能是TNF-a –850 C→T突变, 也可能是在TNF-a –850附近的其他位点。     

复杂疾病的遗传易感基因区域的精细定位

以单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism, SNP)为遗传标记, 采用全基因组关联研究(Genome-wide association studies, GWAS)的策略, 已经在660多种疾病(或性状)中发现了3800多个遗传易感基因区域。但是, 其中最显著关联的遗传变异或致病性的遗传变异位点及其生物学功能并不完全清楚。这些位点的鉴定有助于阐明复杂疾病的生物学机制, 以及发现新的疾病标记物。后GWAS时代的主要任务之一就是通过精细定位研究找到复杂疾病易感基因区域内最显著关联的易感位点或致病性的易感位点并阐明其生物学功能。针对常见变异, 可通过推断或重测序增加SNP密度, 寻找最显著关联的SNP位点, 并通过功能元件分析、表达数量性状位点(Expression quantitative trait locus, eQTL)分析和单体型分析等方法寻找功能性的SNP位点和易感基因。针对罕见变异, 则可采用重测序、罕见单体型分析、家系分析和负荷检验等方法进行精细定位。文章对这些策略和所面临的问题进行了综述。     

强直性脊柱炎发病机制的研究进展

强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)是以侵犯中轴骨关节为主的慢性进行性疾病,同时尚可累及内脏及其他组织[1].     

与宁夏人群强直性脊柱炎关联的新基因淋巴毒素-α(LTA)的识别

淋巴毒素-α(Lymphotoxin-alpha,LTA)基因与系统性红斑狼疮、银屑病及类风湿性关节炎的遗传性有关,但目前还未有关于LTA基因与强直性脊柱炎(Ankylosing spondylitis,AS)关联的报道。文章采用病例-对照设计,在宁夏人群中对人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)的Ⅲ类基因约58 kb区域进行了高密度标志的基因组扫描,在33个SNPs及其单倍型中,仅定位于LTA基因中的SNPs组成的TCC单倍型的分布在病例-对照间比较有统计学意义(P=0.0005)。在宁夏群体(病例组:300,对照组:385)中发现,LTA基因中的rs909253 T/C多态性在AS患者中出现的频率显著高于正常对照(28.5%vs 19.7%,P=2×10-6)。结果表明LTA基因变异和AS易感性之间存在相关性,由此识别LTA基因可能与宁夏人群AS关联。     

2型糖尿病易感基因的连锁和关联研究

2型糖尿病（T2DM）是由于胰岛素抵抗和β细胞分泌缺陷导致高血糖的一种复杂多基因疾病。遗传因素在T2DM的发生发展中起着重要的作用,其遗传率估计为70％～80％。鉴定2型糖尿病基因将有助于阐明其发病机制,发展更好的诊断、预防和治疗策略。2型糖尿病易感基因的鉴定方法主要有候选基因关联研究和全基因组连锁分析。有3种类型的候选基因：功能候选基因、图位候选基因和表达候选基因。虽然许多候选基因与T2DM的关联分析已经进行,但多数都没有得到一致的重复,过氧化物酶体增殖物激活受-γ,体和β-细胞ATP敏感性钾通道基因是目前最好重复的基因。迄今为止,T2DM的全基因组扫描已在20多个不同的群体中进行,包括欧洲人、美国白人、墨西哥裔美国人、美国本地印度人、非洲裔美国人和亚洲人,这些研究鉴定了一些与T2DM相关的QTLs区域。与T2DM显著和证实连锁的区域包括1q25、2q37．3q28、3p24、6q22、8p23、10q26、12q24、18p11、20q13等,与T2DM提示连锁的区域有1q42、2p21、2q24、4q34、5q13、5q31、7q32、9p24、9q21、10p14、11p13、11q13、12q15、14q23、20p12、Xq23等。鉴定这些区域的T2DMQTLs基因及其作用机制是未来的主要挑战。把DNA微阵列和蛋白质组学技术结合起来应用于传统的连锁分析和关联研究,研究基因-基因间、基因-环境间的互作和多个基因对T2DM的加性效应和综合作用,进一步加强国际协作,T2DM的遗传机制可望在不远的将来得到阐明。本文总结了2型糖尿病基因鉴定的现状,重点在一些得到重复的区域和未来的展望。     

新冠肺炎遗传易感基因的研究进展

新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染人体后,个体间存在显著不同的新冠肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)临床症状。机体遗传因素在新冠病毒感染后的临床转归过程中发挥重要的作用。以全基因组关联研究(genome-wide association studies, GWAS)为代表的遗传关联研究方法,已成功鉴定了多个与新冠肺炎相关的易感基因,为新冠肺炎防诊治措施的研发提供了理论基础。本文综述了新冠肺炎遗传易感基因的研究进展,包括多种表型、多个人群、多种遗传变异类型的新冠肺炎全基因组关联研究以及易感基因区域的精细定位研究等,旨在为新冠肺炎遗传易感基因的后续研究提供参考。     

HLA-B27与强直性脊柱炎免疫学机制的研究进展

强直性脊柱炎是与HLA-B27有明确相关性的自身免疫性疾病,其发病过程包括了微生物和宿主的相互作用、免疫细胞对MHC-I类分子的识别以及细胞因子网络的失平衡等方面.未折叠蛋白应答反应参与了强直性脊柱炎发病过程,并且下游IL-23/IL-17轴的激活可能在发病过程中起重要作用.未折叠蛋白反应和IL-23/IL-17轴是研究强直性脊柱炎发病机制和防治措施的新靶点.     

《自然-遗传学》：科学家发现强直性脊柱炎新易感基因

近日,中山大学附属第三医院风湿免疫科专家通过与国内12家医院合作,完成了基于我国人群的全基因组强直性脊柱炎（简称AS）易感基因筛查研究。发现该疾病两个新的易感基因位点,同时确认了HLA-B27基因与强直性脊柱炎发病风险的相关性。该项成果已发布于国际顶级杂志《自然-遗传学》（Nature Genetics）。     

强直性脊柱炎生物治疗的现状及新进展

强直性脊柱炎是一种以脊柱病变为主的慢性痫,累及骶髂关节,引起脊柱强直和纤维化,造成不同程度的眼、肺、肌肉、骨骼病变,属自身免疫性疾病。强直性脊柱炎的致病机制仍未完全明了,但在治疗方面,生物治疗策略取得了可喜的新经验,生物药物展现出良好的应用前景。,     

人白细胞抗原HLA-B27在强直性脊柱炎中的临床意义

目的:探讨人白细胞抗原HLA-B27在强直性脊柱炎(AS)中的临床意义,及联合检测HLA-B27、C反应蛋白(CRP)和红细胞沉降率(ESR)的意义。方法:对18例AS患者、24例腰背痛患者和21健康体检者的血液标本进行HLA-B27、CRP、ESR检测,并比较其HLA-B27阳性率。结果:与健康对照组比较,AS组的3项指标均高于对照组(P0.05),且AS组HLA-B27阳性率均高于另外2组(P0.05)。结论:HLA-B27在强直性脊柱炎诊断中具有重要意义,与其具有高度疾病相关性,联合检测HLA-B27及CRP比联合检测HLA-B27及ESR更有利于疾病诊断。     

强直性脊柱炎新骨形成机制研究进展

强直性脊柱炎（Ankylosing spondylitis, AS）是以骶髂关节和脊柱病变为主的炎性疾病。其特征性病理表现为炎症和新骨形 成。近年来使用肿瘤坏死因子（Tumor necrosis factor,TNF）抑制剂控制AS 炎症已卓有成效,却无法阻止影像学进程,其病理性新 骨形成可致残,严重影响患者健康生活,但其机制尚不完全清楚。目前研究认为复杂的新骨形成机制与Wnt/beta-catenin信号通路及 其调控因子、炎症介质密切相关。本文结合当前国内外的研究就AS 新骨形成机制进展展开综述,为深入研究新骨形成机制提供 新思想。     

人类身高的遗传学研究进展

人类身高是由环境和遗传因素共同决定的,遗传学研究发现遗传因素对身高差异的影响更大。身高是典型的多基因遗传性状,科研人员试图运用传统的连锁分析和关联分析寻找和发现对人类身高具有显著影响的常见DNA序列变异,但进展缓慢。近年来,随着基因分型和DNA测序技术的发展,人类身高的遗传学研究取得了很多突破性进展。全基因组关联分析(GWAS)的应用,发现和证实了上百个与人类身高相关的单核苷酸多态性位点(SNPs),拓展了人们对人类生长和发育的相关遗传学认识,同时也为研究人类其他复杂性状提供了理论依据和借鉴。本文综述了人类身高的遗传学研究进展,探讨了目前该研究领域所存在的问题和未来发展方向,以期为今后人类身高相关的遗传学研究提供参考和借鉴。     

胆固醇代谢紊乱的遗传学研究进展

心血管病已成为威胁我国人群健康的首要疾病,而胆固醇代谢紊乱是心血管病发生发展的重要危险因素之一。近年来高通量技术的推广和群体基因组学的发展极大地促进了复杂性状(或疾病)易感基因或突变的发现,为深入解析胆固醇代谢紊乱的遗传学病因提供了机会。文章整合传统遗传分析和近期GWAS筛查的结果,对胆固醇代谢紊乱的分子遗传研究进展进行了综述,结合通路富集分析揭示胆固醇代谢紊乱的功能背景,以期更好地理解胆固醇代谢紊乱致病的分子机制,为其防治提供线索。     

HLA-B27分子及其与强直性脊柱炎关联的研究进展简

HLA-B27是MHCI类分子,因而具有MHCI类分子的相关生物学特性。在正常免疫状态下,HLA-B27分子执行对内源性抗原如肿瘤及病毒的免疫监视及杀伤功能;但在机体免疫状态出现异常的情况下,它又可能成为引发自身免疫性疾病的主要相关因素,其中最为著名的是其与强制性脊柱炎（As）的关联研究。我们首先概述了HLA—B27分子正常免疫学功能的研究进展,然后对其在AS相关性研究中的进展进行了总结和分析。通过对上述两方面的综述与分析,全方位展示HLA-B27在执行免疫学功能和引发免疫病理性改变方面的作用,为全面认识和深入研究HLA-B27分子的生理与病理学作用提供坚实的基础。     

Novel non-HLA-susceptible regions determined by meta-analysis of four genomewide scans for ankylosing spondylitis

We identified novel non-HLA-susceptible regions for ankylosing spondylitis (AS) by applying the genome-search-metaanalysis (GSMA) method to combine the previous four AS genomewide scan studies including 479 families with 1175 affected individuals. Three original genomescans were mainly analysed for Caucasian families and one analysed for Han Mongolian families. Ten bins had both Psumrnk and Pord <0.05, suggesting these bins most likely contain AS-linked loci. The 10 bins are 6.2, 16.3, 6.1, 3.3, 6.3, 16.4, 10.5, 17.1, 2.5 and 2.9. The most significant result of linkage was on chromosome 6p22.3-p21.1 (bin 6.2, Psumrnk <0.000417), where HLA loci are located. By addition of a genome scan of Chinese origin, our GSMA result further confirmed the HLA loci as the greatest susceptible region to AS and suggested that non-HLA loci chromosome 16q, 3p, 10q, 2p, 2q and 17p, may also contain AS-linked loci. The novel loci identified in our result give hints to further studies.     

传染性疾病的遗传易感性

传染性疾病是威胁人类健康的主要疾病类型之一。传染病的发生、发展是致病微生物、宿主的遗传因素与环境相互作用的结果。大量以单核苷酸多态性（SNP）为遗传标记,基于家系或无关群体的连锁和关联分析,已绘制出传染性疾病易感性的基因图谱。目前易感性的研究主要集中在疟疾、获得性免疫缺陷综合征、乙肝和严重急性呼吸系统综合征等传染性疾病。     

The Molecular Mechanism of Long Non-Coding RNA MALAT1-Mediated Regulation of Chondrocyte Pyroptosis in Ankylosing Spondylitis

Long non-coding RNAs (lncRNAs) may be important regulators in the progression of ankylosing spondylitis (AS). The competing endogenous RNA (ceRNA) activity of lncRNAs plays crucial roles in osteogenesis. We identified the mechanism of the differentially expressed lncRNA MALAT1 in AS using bioinformatic analysis and its ceRNA mechanism. The interaction of MALAT1, microRNA-558, and GSDMD was identified using integrated bioinformatics analysis and validated. Loss- and gain-of-function assays evaluated their effects on the viability, apoptosis, pyroptosis and inflammation of chondrocytes in AS. We found elevated MALAT1 and GSDMD but reduced miR-558 in AS cartilage tissues and chondrocytes. MALAT1 contributed to the suppression of cell viability and facilitated apoptosis and pyroptosis in AS chondrocytes. GSDMD was a potential target gene of miR-558. Depletion of MALAT1 expression elevated miR-558 by inhibiting GSDMD to enhance cell viability and inhibit inflammation, apoptosis and pyroptosis of chondrocytes in AS. In summary, our key findings demonstrated that knockdown of MALAT1 served as a potential suppressor of AS by upregulating miR-558 via the downregulation of GSDMD expression.