维吾尔药材红豆杉植物基原研究

从分子学角度探明维吾尔药材红豆杉的植物基原,为维吾尔药材标准化与维吾尔药产业化提供科学依据。采用试剂盒法提取红豆杉属植物及药材基因组DNA,PCR扩增ITS2片段,双向测序,应用Mega 6.0软件分析序列,计算种内及种间遗传距离,构建NJ鉴别树。红豆杉属植物ITS2序列长度为229~231bp,GC含量为59.13%~60.26%;西藏红豆杉与红豆杉及南方红豆杉种内种间K2P距离为0,与东北红豆杉、命叶红豆杉及曼地亚红豆杉种间K2P距离分别为0.012、0.013、0.015。NJ树结果表明,西藏红豆杉与红豆杉及南方红豆杉无法区分,与东北红豆杉、命叶红豆杉可区分;曼地亚红豆杉与其母本东北红豆杉聚在一起,无法区分。根据ITS2序列鉴定结果,西藏红豆杉与红豆杉、南方红豆杉可作为药材的同一基原,东北红豆杉可与曼地亚红豆杉作为同一基原,为维吾尔药材的真伪鉴别及质量标准提升提供基原鉴定依据。     

基于不同DNA序列对四数獐牙菜系统位置分析

以扁蕾属植物为外类群,基于trnL-trnF序列、rpl16序列以及 ITS序列,采用最大简约法对四数獐牙菜的系统位置进行了分析.结果显示:尽管在ITS系统发育树、trnL-trnF系统发育树和rpl16系统发育树中所用的种和数量有所不同,所得到的3种系统发育树的拓扑结构也不一致,但四数獐牙菜的系统位置在3种系统发育树中的结果基本一致.在trnL-trnF系统发育树中,四数獐牙菜与花锚属的H.elliptica、H.brevicornis和H.weddelliana形成了一个单系群;而在ITS和rpl16系统发育树中,四数獐牙菜与歧散獐牙菜先聚在一起,再与花锚属的植物聚为一支支持率较高的单系支.研究表明,四数獐牙菜与Anagalidium属的歧散獐牙菜的亲缘关系最近,其次是与花锚属的植物,而与獐牙菜属植物的亲缘关系较远.本实验系统发育的结果支持将四数獐牙菜从獐牙菜属中分出而归入Anagalidium属的观点.     

基于ITS2序列和HPLC指纹图谱鉴别琴叶榕及其近缘种CSCD

基于ITS2序列和HPLC指纹图谱建立琴叶榕及其近缘种的鉴别方法,为琴叶榕质量控制提供参考。采用MEGA6.0软件分析ITS2序列,计算K2P遗传距离,构建NJ树,ITS2 database在线分析二级结构。采用HPLC建立指纹图谱并测定补骨脂素和佛手柑内酯含量。琴叶榕ITS2序列长度210 bp,平均GC含量62.37%;近缘种的ITS2序列长度范围为218~232 bp,GC含量范围为60.25%~64.03%;琴叶榕种内K2P平均遗传距离小于琴叶榕与近缘种种间的平均K2P遗传距离;NJ树可将琴叶榕及其近缘种区分,且ITS2二级结构的臂数目、臂长度、臂上茎环数目、臂与臂的夹角均有明显差异。不同产地琴叶榕的HPLC指纹图谱相似度为0.902~0.981,确定10个共有峰,8号峰为补骨脂素、9号峰为佛手柑内酯,含量分别为1.01~4.80、0.96~4.88 mg/g;近缘种与琴叶榕对照图谱的相似度均小于0.807,全缘琴叶榕、条叶榕、粗叶榕的补骨脂素含量分别为0.38~0.63、1.08~1.32、2.45~14.73 mg/g,条叶榕、粗叶榕的佛手柑内酯含量分别为0.25~0.34、0.13~0.74 mg/g,全缘琴叶榕未检出佛手柑内酯。结果表明ITS2序列和HPLC指纹图谱可用于鉴定琴叶榕与近缘种,建立的HPLC指纹图谱简便,专属性强,重现性良好,为琴叶榕的质量评价提供了参考。     

基于条形码ITS2序列的青天葵及其混伪品分子鉴别

通过分析青天葵及其常见混伪品的ITS2序列,建立青天葵新型真伪鉴别方法.采用植物基因组DNA提取试剂盒提取青天葵及其混伪品的叶片DNA,一对通用引物PCR扩增ITS2基因片段并直接双向测序.采用DNAMAN、ClustalX软件拼接比对序列,MEGA4.0软件构建NJ树,Schultz等建立的数据库和网站预测ITS2序列的二级结构.结果显示,获得的12条ITS2序列的长度范围为203-242 bp,GC含量范围为53.1％-71.8％.所有样品ITS2序列比对后的长度为249 bp,其中存在226个变异位点.青天葵种间K2P遗传距离(1.125)远大于种内K2P遗传距离(0.004).基于ITS2的序列的NJ树和二级结构均能直观地区分青天葵及其混伪品.     

基于ITS序列的新疆野苹果系统发育分析

利用PCR和DNA测序技术,获取3个居群新疆野苹果的ITS序列,并结合GenBank里已有的中亚地区的新疆野苹果、欧洲苹果、栽培苹果和东方苹果的ITS序列进行比对分析,利用MEGA5.0软件选择＂ Krima2-Paramenter＂核酸距离模式获得遗传距离矩阵,用邻接法（neighbor-joining,NJ ）进行独立的系统发育分析,结果显示,所有供试材料的ITS1的长度为209~224 bp,GC含量为66.1%~66.9%,ITS2的长度为201~290 bp,GC含量为65%~71.5%,遗传距离为0~0.21,进化树分为三支.新疆野苹果的遗传多样性与地理分布有正相关关系,不同居群之间存在基因交流.     

基于ITS序列分析钩苞大丁草九个居群的亲缘关系

该研究对我国西南地区钩苞大丁草(Gerbera delavayi)9个居群rDNA ITS序列进行PCR的扩增和检测序列,并以非洲菊(G.jamesonii)的ITS序列作为外类群,比较了序列之间的差异,同时分析了钩苞大丁草不同居群在地理距离与遗传距离之间的关系,构建了NJ系统发育树。结果表明:(1)钩苞大丁草9个居群的ITS序列全长介于600~700 bp之间,平均长度约为657 bp,其中,ITS1长度为243~246 bp,(G+C)含量为45.67%~46.80%之间,5.8S长度191~193 bp,(G+C)含量为58.60%~58.61%之间,ITS2长度为220~221 bp,(G+C)含量为57.00%~57.45%之间;ITS序列共有22个变异位点,ITS1序列(17个)、5.8S序列(2个)以及ITS2序列(3个)上均有变异。(2)地理距离与遗传距离有正相关(r2=0.652),序列间遗传分化距离为0.001 1~0.024 3,其中普洱居群与其他居群间遗传距离最大。(3)钩苞大丁草9个居群分成三个分支,普洱居群单独成支,丽江和洱源居群聚为一支,富源、武定、德昌、石林、新平和开远6个居群聚为一支。rDNA ITS序列可以用于钩苞大丁草群体遗传研究的分析,该研究结果为其保护性开发提供了参考依据。     

7种獐牙菜属药用植物形态组织学研究

本文报道了水灵芝(Swertia davidii Franch)、双斑獐牙菜(S.bimaculata(S.et Z.)HK.f.Thoms)、江浙獐牙菜(S.hickinii Burk)、贵州獐牙菜(S.koui-tchensis Franch)、大籽獐牙菜(S.macrosperma C.B.Clarke)、翼梗獐牙菜(S.nervosa Wall)、紫红獐牙菜(S.punicea Hemsl.)等7种獐牙菜属药用植物的药材性状、根茎叶的显微构造和解离组织及粉末特征,为合理开发和利用这一药物资源提供了鉴别依据,也为獐牙菜属植物的形态组织学研究提供了有价值的资料。     

中国库蚊属四十个种(亚种)的分子系统发育关系研究(双翅目:蚊科)

【目的】对在中国有分布的库蚊属Culex种(亚种)的COⅠ序列和ITS2序列进行测序,构建和讨论这些种(亚种)的分子系统发育关系。【方法】测定了库蚊属20个种(亚种)的COⅠ和ITS2序列,并从NCBI数据库中下载了库蚊属另外20个种(亚种)的COⅠ和3个种(亚种)的ITS2序列。对库蚊属40个种(亚种)的COⅠ序列和其中23个种(亚种)的ITS2序列进行碱基构成、种间遗传距离和饱和度分析,并对COⅠ+ITS2序列进行ILD(incongruence length difference)检验。分别使用2种分子数据集(COⅠ和ITS2)的核苷酸序列,用最大似然法(ML)、贝叶斯法(BI)、邻接法(NJ)和最大简约法(MP)推断这些种的系统发育关系。通过Kishino-Hasegawa(KH)和ShimodairaHasegawa(SH)检验评估这4种系统树间的差异,确定最为合理的系统发育树。【结果】本研究新测序获得20种(亚种)的COⅠ和ITS2序列的长度范围分别为625~685 bp和300~559 bp。COⅠ和ITS2序列在库蚊属成对蚊种间的遗传距离分别是0.002~0.198和0.006~1.807。库蚊属23个种(亚种)的COⅠ+ITS2序列的ILD检验结果显示,数据集具有不相容性,因此COⅠ+ITS2序列不适用于这些种(亚种)的系统发育研究。经KH和SH检验显示,4种系统发育树中,基于COⅠ序列构建的BI树最为合理,而基于ITS2序列构建的MP树最为合理。基于COⅠ核苷酸序列所构建的BI树显示,除幼小库蚊Cx.infantulus和短须库蚊Cx.brevipalpis外,各亚属间成员聚类结果与传统的形态学归类结果吻合;路蚊亚属Lutiza和包蚊亚属Barraudius都归入库蚊亚属Culex内;梅蚊亚属Maillotia和新库蚊亚属Nexoculex聚为一支;库状蚊亚属Culiciomyia、真黑蚊亚属Eumelanomyia和簇角蚊亚属Lophoceramyia均显示为单系。基于ITS2序列所构建的MP树显示,各亚属间和种(亚种)间关系混乱。【结论】重建的分子系统发育树表明库蚊亚属不是一个单系群。在重建库蚊属系统发育关系时,相较于ITS2和COⅠ+ITS2,COⅠ是更为理想的分子标记。本研究构建的分子系统发育关系为中国库蚊属中各亚属和各种(亚种)之间的亲缘关系的研究奠定了基础。     

滇重楼的psbA-trnH条形码分子鉴定研究

为探讨滇重楼药材鉴定新方法,本研究通过对重楼样品提取基因组DNA,PCR扩增叶绿体psb A-trn H序列并进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接数(neighbor-joining tree)进行结果分析。研究表明,叶绿体psb A-trn H片段在滇重楼种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.007,而滇重楼与其它重楼种间平均K2P遗传距离为0.025,滇重楼种间最大K2P遗传距离明显小于滇重楼与重楼属其它种内的最小K2P遗传距离。中药材DNA条形码鉴定系统比对和NJ树鉴定结果均表明psb A-trn H序列可区分滇重楼及其同属物种,且具有较好的稳定性和准确性,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。     

滇重楼的psbA-trnH条形码分子鉴定研究北大核心CSCD

为探讨滇重楼药材鉴定新方法,本研究通过对重楼样品提取基因组DNA,PCR扩增叶绿体psb A-trn H序列并进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接数(neighbor-joining tree)进行结果分析。研究表明,叶绿体psb A-trn H片段在滇重楼种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.007,而滇重楼与其它重楼种间平均K2P遗传距离为0.025,滇重楼种间最大K2P遗传距离明显小于滇重楼与重楼属其它种内的最小K2P遗传距离。中药材DNA条形码鉴定系统比对和NJ树鉴定结果均表明psb A-trn H序列可区分滇重楼及其同属物种,且具有较好的稳定性和准确性,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。     

“藏茵陈”的基原植物和药用亲缘学

详细比较藏药"藏茵陈"基原植物川西獐牙菜及其混淆品(代用品)抱茎獐牙菜、紫红獐牙菜、四数獐牙菜、红直獐牙菜、大籽獐牙菜、狭叶獐牙菜和椭圆叶花锚的外部形态特征及化学成分,澄清了这一类群在分类上的混乱,发现川西獐牙菜与紫红獐牙菜在习性,花部特征,种子形态和化学成分组成等方面相似性最高,印证了核基因ITS序列的结果。同时分析"藏茵陈"混淆的原因是多种来源和形态相似性造成的,讨论了"藏茵陈"鉴定的方法。通过对獐牙菜属系统关系的分析,提出紫红獐牙菜作为川西獐牙菜替代品的理论依据。     

基于nrDNA ITS序列的广西十大功劳属植物的亲缘关系分析

以广西区6种十大功劳属植物为材料,采用PCR直接测序法测定其nr DNA ITS序列,以Gen Bank中的察瓦龙小檗的序列为外群对照,利用MEGA2.1软件构建7种植物的系统发育树,分析它们的亲缘关系。结果表明:(1)十大功劳属广西区6种植物的ITS序列长度在691~692间,ITS中G+C含量的变化范围为40.52%~42.67%,序列间的遗传分化距离为0.000~0.028,平均值为0.017;(2)NJ、MP、ME聚类树的分支趋势一致,六种十大功劳属植物都聚为一支,都以高支持率(96%以上)将小果十大功劳、阔叶十大功劳和十大功劳聚在一起,然后再和其他3种十大功劳属植物相聚,说明6种十大功劳的亲缘关系都比较近,但小果十大功劳,阔叶十大功劳和十大功劳这3个种的亲缘关系最为密切;(3)在6种十大功劳植物中,分布海拔相同以及分布区域有重叠的种类先相聚,可见这些物种的亲缘关系密切。     

３种獐牙菜属植物花蜜腺的发育解剖学研究

獐牙菜属的红直獐牙菜、抱茎獐牙菜和四数獐牙菜３种植物花蜜腺都属花被蜜腺,其结构相似,均由分泌表皮和产蜜组织组成,为结构蜜腺,是花冠其部薄壁组织恢复分和能力形成的,分泌表皮无气孔器,原蜜汁由蜜腺周围的维管束提供,经产蜜组织加工后,由分泌表皮外薄的角质层泌出。四数獐牙菜花蜜腺裸露,凸起,而另２化蜜腺凹限为囊状、;红直獐牙菜为脱落蜜腺、而抱茎獐牙菜和四数獐牙菜为宿存蜜腺,其花蜜腺的性状基本印证了３种獐牙菜属植物的系统位置。     

獐牙菜亚族植物的系统发育分析

獐牙菜亚族(subtribe Swertiinae)是龙胆科(Gentianaceae)中分类处理较困难的一个亚族。为探讨该亚族各属之间和属内的系统关系,选取了该亚族86种及变种,采用ML和BI方法对样本的叶绿体基因mat K和rbc L片段进行分析,构建了该亚族的系统发育树,用马尔科夫蒙特卡洛算法(MCMC)的分子序列贝叶斯分析推算了该亚族的关键演化时间点。结果显示:①龙胆亚族和獐牙菜亚族各自为单系,且互为姐妹类群;②獐牙菜属、假龙胆属、肋柱花属和喉毛花属均不是单系群,各属的种在系统发育树上互有交叉,特别是獐牙菜属的多个种分别聚到不同的支上,与其它属是并系关系;③獐牙菜亚族49个种在约4 Ma开始形成;④分子数据支持何廷农分类系统对于獐牙菜亚属和多枝亚属的属间划分,部分支持多枝亚属下多枝组和宽丝组的划分;⑤异型花属、獐牙菜属、假龙胆属、喉毛花和肋柱花属的属间分类以及獐牙菜属肉根亚属密花组的系统位置仍需进一步讨论。     

獐牙菜属生药形态组织学的研究Ⅰ.

作者较系统地研究了国产獐牙菜属生药和形态组织学特征。对其进行了详细描述并给出了性状鉴别和显微鉴别的检索表、比较表以及组织特征图。首次测量了叶的栅表比、气孔指数与气孔数。研究结果为该类生药的准确鉴定、质量评价及资源的开发利用提供了详实的科学依据。本文首先报告其中的5种,即:獐牙菜Swertia bimaculata;西南獐牙菜S. cmcta;狭叶獐牙菜S. angustifolia;紫红獐牙菜S.punicea;以及显脉獐牙菜S. neruosa。     

獐牙菜属植物花蜜腺形态及解剖学

在扫描电镜下观察了獐牙菜属Swertia L.10组30种植物花蜜腺的数目,位置,形态和附属物等特征;同时还利用光镜对各组代表种的蜜腺结构进行了解剖学观察。结果表明獐牙菜属花蜜腺外部形态多种多,但在组与组之间无明显间断,演化序列呈梯度变化;内部结构基本相同,为不具维管束的结构蜜腺,且均为淀粉型蜜腺。因此,从花蜜腺的角度不支持将獐牙菜属划分为小属的观点,同时,还结合其它证据讨论了花蜜腺特征的演化趋势。     

鹿科动物线粒体控制区序列分析与系统进化

通过测定鹿科麂亚科中的小麂、赤麂和黑麂的线粒体全基因组,从而定位它们的控制区,并从GenBank获得鹿科另外3个亚科9种动物的线粒体控制区全序列。利用MEGA软件计算了各物种控制区序列的碱基组成、遗传距离和遗传相似度,通过比较序列同源性,以羊线粒体控制区序列为外群,构建NJ分子系统树,探讨了鹿科4个亚科12种动物的系统进化关系。序列分析表明,鹿科12种动物控制区序列的碱基长度在909～1049bp之间,A T含量约占62．06％,其中363个核苷酸位点存在变异(约占34％)。系统进化关系结果表明：(1)以线粒体控制区构建的鹿科12种动物分子系统树基本与NCBI分类一致;(2)美洲鹿亚科驼鹿属驼鹿在鹿科这12种动物中处于最为原始的地位;(3)小麂比赤麂和黑麂更为原始;(4)獐亚科獐属的獐与美洲鹿亚科狍鹿属的狍鹿和美洲狍鹿聚为一支。     

海参核糖体基因间隔区2(ITS2)的克隆及序列分析

为探讨刺参科海参和海参科海参的系统进化关系,本研究通过PCR技术获取19种刺参科和海参科海参的ITS2序列,从NCBI上获取瓜参(C. salma)的ITS2序列。结果表明ITS2序列具有长度多态性,从318 bp (绿刺参)到591 bp (白尼参属)。海参属的ITS2序列长度多态性高,ITS2的GC含量从56.7%(糙海参)到70.6%(瓜参)。海参ITS2序列保守性不高,仅有48个保守位点,其余均为变异位点。基于ITS2的系统进化树结果显示进化树主要分成两支,一支包括海参科的4个属:海参属、白尼参属、辐肛参属和格皮氏海参属。辐肛参属和格皮氏海参属为姐妹关系,二者聚在一起后与白尼参属聚为一支,随后再与海参属聚在一起。白尼参属和辐肛参属为单系,海参属为复系。另一支为C. salma和刺参科。梅花参属与刺参属聚为一支后,再与仿刺参属聚在一起,3个属都是单系。在20种海参中,S. naso与B. argus的遗传距离最大(6.415)。刺参属中,S. monotuberculatus和S. horrens遗传距离最近(0.012),海参属中,糙海参与H. fuscopunctata的遗传距离最大(3.24)。本研究为从分子水平上研究海参科和刺参科之间的系统进化关系奠定了基础。     

基于ITS序列分析仲彬草属植物的亲缘关系

以旱雀麦为外类群,用PAUP 4.0b10软件并采用最大简约法和邻接法对11份仲彬草属物种的ITS区序列进行系统发育分析,两种方法得到的系统发育树基本一致。结果表明:(1)整个ITS序列长度变异范围为596~601 bp;G C含量在所有ITS中的变化范围为61.20%~62.44%;序列间的遗传分化距离为0.003~0.033,平均值为0.015;(2)疏花仲彬草和塔克拉干仲彬草2个物种聚为一支,位于系统发育树的底部,在最大简约法和邻接法分析中分别获得78%和82%的自展支持率,它们之间的亲缘关系较近;(3)形态相似、地理分布一致的物种有聚在一起的倾向,表现出较近的亲缘关系;(4)ITS区序列分析的结果与细胞学、形态学的研究结果基本一致,因此ITS区序列分析能反映仲彬草属种间关系。     

7种獐牙菜属植物花粉形态的研究

本文应用光学显微镜和扫描电子显微镜,对龙胆科(Gentianaceae)獐牙菜属(Swertia L.)7种植物(獐牙菜Swertia bimaculata(S.et z.)HK.f.Thoms.、水灵芝S.davidii Franch.、江浙獐牙菜S.hickinii Burkill.、贵州獐牙菜S.kouitchensisFranch.、大籽獐牙菜S.macrosperma C.B.Clarke.、翼梗獐牙菜S.nervosa Wall.、紫红獐牙菜S.punicea Hemsl.)的花粉形态作了比较观察,找出了它们的鉴别特征,阐明了獐牙菜属植物花粉的外壁外层表面纹饰的三种类型为条纹—网状、网状和瘤状雕纹。