λDNA/HindⅢ片段在凝胶中的电泳性质分析:离子效应及其它

本文以λDN/HinaⅢ片段(2.0kbp至23.1kbp)为材料,研究在各价态金属离子作用下DNA片段在凝胶中电泳迁移率的变化规律.离子效应使DNA聚合链的挠性增大,末端距与持久长度减小,从而使电泳迁移率随离子强度的增加而减小;同时这种离子效应又是价态依赖的.DNA电泳行为的离子效应与Hervet关于DNA聚合键在凝胶中的电泳理论模型分析一致.同时尝试应用现代多聚电解质理论对电泳离子效应的半定量分析也得到了满意的结果.本文还对凝胶浓度、电场强度、以及分子量诸因素对DNA电泳性质的影响进行了实验研究与讨论.     

改良聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA

本文介绍了应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA的改进方法。与以往方法相比,本方法从配制凝胶储备液,无需封口的水平灌胶,适当地提高电泳的电压梯度,采用改良银染法检测,省却凝胶固定,银染法DNA的纯化方法,及溴化乙锭染色法的操作等一系列改进措施,使聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA的操作得到简化,更便捷,并减小了对人与环境的毒害作用。     

链分离凝胶电泳技术

由于某些原因,(例如,用Maxam—Gibert方法测定序列;与低含量RNA杂交。)有时需要获得双链相互分离的DNA分予片断。通常采用的方法是让变性的DNA在中性琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳。许多DNA片断的两条互补链在凝胶中有不同的迁移率,其原因尚不清楚。     

有效分离1kDa分子量环脂肽的电泳方法

目的：建立一种有效分离1kDa分子量环脂肽的电泳方法。方法：针对1kDa分子量环脂肽的特点,对凝胶的组分和比例、凝胶的聚合速度等电泳条件进行了优化。结果：改进凝胶组分和比例,使得浓缩胶为7％T、3％C,夹层胶为12％T、3％C,致密胶为16．5％T、6％C;并在胶中加入尿素和甘油;同时加大APS的量使聚合速度加快。由此得到的环脂肽电泳条带清晰、平稳、紧凑,显示分子量为1．05kDa,与质谱结果吻合。结论：新建立的Tricine—SDS—PAGE是一种有效的分离1kDa分子量环脂肽的电泳方法。     

两性物质对DNA电荷逆转及凝聚的影响

聚赖氨酸(poly lysine,PL)能使DNA发生电荷逆转及凝聚,而在溶液中加入两性物质增加溶液的介电常数后,DNA发生电荷逆转的临界浓度及DNA的凝聚状态都会发生改变。作者通过动态光散射与原子力显微镜技术,研究了不同介电常数及不同培育时间下,PL对DNA电荷逆转及DNA的粒径与形态的影响。结果表明,PL浓度在10 mg/L时,DNA的电泳迁移率为0.2×10-4cm2/V·S左右,然而,当在溶液里加入1 mol/L的两性物质6-羧基己酸后,DNA的电泳迁移率变为-0.4×10-4cm2/V·S左右,说明两性物质阻碍DNA发生电荷逆转。随着两性物质浓度的增加,DNA的粒径变大,且培育时间越长,变大的越多。最后,通过原子力显微镜观察两性物质对DNA凝聚形态的影响,发现PL本身会使DNA凝聚物的尺寸变小,加入两性物质后,DNA凝聚物的尺寸反而变大。说明两性物质对DNA的凝聚形态也有影响。     

聚丙烯酰胺凝胶固定核酸方法及其应用

固相核酸已被广泛用于DNA/cDNA微阵列、固相PCR及其它核酸与生物分子检测的传感技术中.和硬质玻璃载片相比,三维聚丙烯酰胺凝胶作为固定核酸的载体具有结合核酸容量高、利于反应的类似液相环境和较少的空间效应等优点.综述了丙烯酰胺凝胶作为固定核酸载体的发展历史.着重介绍了丙烯酰胺修饰核酸直接聚合固定的方法以及在DNA芯片、焦测序、固相PCR(克隆)、及全基因组测序等核酸分析中的应用.     

聚丙烯酰胺凝胶电泳在分离小分子物质中的应用

SDS-PAGE将SDS所带的大量阴性电荷和聚丙烯酰胺凝胶的高分辨率相结合,使蛋白自身的电荷被大量的阴性电荷所淹没,这样蛋白在电泳时的迁移率仅与其分子大小有关。蛋白电泳时凝胶的孔径大小和电泳介质对不同大小分子的分辨率有不同的影响,特别对相对分子量小于10000的低分子量蛋白,常规的电泳方法完全不能分辨,国外报道的尿素、缓冲液浓度及聚丙烯酰胺中的单体和双体的比例对蛋白的分辨率有较大的影响,但将几种不同因素进行综合研究,未见报道。     

甲醛诱导的磷酸化减弱Tau蛋白与DNA相互作用

异常磷酸化Tau蛋白是神经纤维缠结的主要成分,也是老年痴呆的典型病理特征之一.本实验室前期报道了Tau蛋白具有保护DNA的作用,但磷酸化对Tau与DNA相互作用的影响需要进行探索,这对于揭示Tau蛋白异常磷酸化与神经细胞死亡之间的关系具有一定的参考价值.本文采用甲醛孵育N2a细胞,引起了细胞内Tau蛋白的过度磷酸化.实验结果进一步显示,甲醛孵育组的细胞核内磷酸化Tau蛋白与DNA非共定位存在,而对照组细胞核内Tau蛋白与DNA存在一定程度的共定位现象.电泳迁移率实验检测GSK-3β催化的磷酸化Tau蛋白与DNA的结合情况,可以观察到磷酸化减弱了Tau蛋白与DNA的相互结合.这些结果表明,异常磷酸化可以使Tau蛋白丧失对DNA的保护作用,这可能是Tau蛋白异常磷酸化引起DNA损伤甚至细胞死亡的原因之一.     

电泳后凝胶中DNA的回收方法

本文根据文献和笔者近年来的研究工作,分述电泳后凝胶中核酸的洗脱、回收方法及其优缺点,以供从事这方面工作的同行参考。一、电泳回收法(一)柱状电泳洗脱法1.从聚丙烯酰胺凝胶中洗脱:Allet等于1973年报告以内切酶RI切割λDNA,用梯度     

PAGE技术对韭菜ISSR-PCR产物指纹检测效果的影响

PAGE技术是以聚丙烯酰胺凝胶作为载体的一种区带电泳检测技术,包括控制聚丙烯酰胺凝胶浓度、聚合速度、均匀度、着色度、干净度和凝胶漂移等技术环节。在分析各技术环节影响因素的基础上,系统地总结了各技术环节对韭菜ISSR扩增产物电泳指纹检测效果的影响。     

染色质免疫沉淀法筛选转录因子Nanog调控的目的基因

目的：利用染色质免疫沉淀法筛选转录因子Nanog调控的目的基因。方法：用甲醛固定胚胎干细胞,利用超声将其染色质随机断裂成0.5～1.0kb的染色质片段,通过免疫沉淀富集与Nanog结合的DNA片段,回复交联后分离纯化DNA片段,最终用凝胶迁移阻滞实验验证Nanog与DNA片段的结合。结果：我们发现fzr为Nanog调控的目的基因,并通过电泳迁移率变动分析证明了二者的结合。结论：Fzr在细胞周期调控中发挥重要作用,这为阐明Nanog的作用机理奠定基础。     

DNA多分子缩合理论模型

在多分子缩合的实验研究基础上,本文以Tanford的递次结合模型为基础,建立了DNA多分子缩合的理论模型.此模型描述了缩合粒子的多分子结合特性,并预测缩合粒子的聚合数分布.模型的理论分布与作者用电镜获得的统计实验分布符合一致.同时,由于一组参量可同时拟合两种不同DNA长度的复曲面分布曲线,因而从理论上阐明缩合粒子的尺度独立于DNA的分子量.此外,还以高斯分布对复曲面的聚合数分布进行了模拟与比较.     

康氏木霉中调控纤维素酶形成的两个调控因子的克隆及功能性分析

锌指蛋白ACEI和Xyrl是里氏木霉中调控纤维素酶和木聚糖酶形成的两个调控因子,它们能竞争性结合木聚糖酶基因xynl的启动子.为进一步研究ACEI和Xyr1调控纤维素酶基因表达的机制,本研究利用PCR技术扩增康氏木霉ACEI和Xyr1 DNA结合区的基因序列,并使其在大肠杆菌中得到表达.凝胶迁移率移动试验表明ACEI和Xyrl的DNA结合区均可与纤维素酶基因cbh1启动子的287 bp序列特异性结合.提示ACEI与Xyr1不仅能竞争性结合xynl启动子,也能竞争性结合cbhl启动子.     

高速DNA序列分析

高速DNA序列分析是人类基因组研究的关键技术．文章对高速DNA序列分析方法如阵列毛细管电泳、超薄层凝胶板电泳、质谱、杂交法、原子探针法、流动单分子荧光检测法等新进展进行了评论．     

甜樱桃品种SSR-PCR反应体系的优化

以甜樱桃品种那翁为试材,研究了樱桃SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响,并比较了采用聚丙稀酰胺凝胶及琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异.结果表明:在PCR反应体系中,DNA最适浓度30～45 ng;Mg2+的最适浓度范围为1.5～3.0 mmol/L;dNTP最适浓度为0.2～0.3 mmol/L;引物的最适浓度为0.3～0.4 μmol/L;Taq聚合酶在20 μl反应体系中宜加入0.5 U.利用此反应体系,对24份樱桃代表资源进行了SSR反应,用6%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测,扩增产物在100～250 bp之间,不同品种间DNA谱带多态性丰富.琼脂糖电泳检测的DNA多态性不如聚丙稀酰胺凝胶丰富.     

上槽泄露导致双向电泳凝胶高分子量区域垂直拖尾

本文探讨了电泳系统上槽泄露引起双向电泳凝胶蛋白点纵向拖尾问 题.上槽泄露导致上槽SDS损耗,电流增大以及局部温度升高从而导致双向 电泳凝胶高分子量区域蛋白点纵向拖尾.上槽泄露与上槽设计存在不足,使 用者不适当操作以及上槽维护不良有关.对Ettan DALT six电泳系统而言, 一旦出现上槽泄漏问题,建议更换改良后的新版上槽.电泳过程中应避免上 槽泄露,SDS的不足或损耗,电流过大和电泳液温度过高.     

碘化钾梯度离心在制备噬菌体DNA中的应用

通过氯化艳梯度离心除去细菌DNA及细 菌残渣来分离纯化噬菌体颗粒是一种方便而有 效的方法〔ZJ。其唯一缺点是氯化艳价格昂贵。 Blin等人〔13报道说,可用碘化钾梯度离心法从 琼脂糖电泳凝胶中回收DNA, Smith 13,发展了 Blin法,在碘化钾溶液中加人I MM Na2S20,以 防止碘离子的氧化,使DNA稳定不受干扰。 最近,我们把该法应用于分离纯化兄噬菌体的 重组体DNA,结果表明在噬菌体颗粒的梯度 离心纯化过程中,完全可以用碘化钾替代氯化 艳。     

琼脂糖凝胶直接杂交法

DNA印迹(Southern blot)杂交法是研究DNA分子结构,变异及其组成的一种分子生物学技术。自1975年闻世以来,在分子生物学,遗传学及分子病毒学等研究领域得到广泛应用,对这些学科的发展起了重要作用。由于该技术均需要首先将电泳后已变性的DNA从琼脂糖凝胶转移至支持膜上,因此,实验结果的好坏很大程度取决于吸印的效果,同时也受支持物     

植物组织中蛋白质及同功酶的聚丙烯酰胺凝胶盘状电泳

聚丙烯酰胺凝胶电泳是鉴定蛋白质、酶的有力工具,是生物化学研究上不可缺少的实验技术。聚丙烯酰胺凝胶是一种合成的凝胶,是由丙烯酰胺单体和交联剂甲义丙烯酰胺在催化剂的作用下聚合而成的大分子。不同的甲义丙烯酰胺在和丙烯酰胺浓度可制成孔径不同大小的电泳基质。电泳时蛋白质混     

铅、铬胁迫对大弹涂鱼血细胞遗传损伤的彗星实验检测

通过彗星实验研究重金属Pb、Cr对大弹涂鱼的外周血细胞的影响。用不同浓度的Pb、Cr对大弹涂鱼外周血细胞进行1 h的染毒后通过单细胞凝聚电泳检测DNA损伤情况。结果表明国标浓度的Pb（0.005 mg/L）、Cr（0.05 mg/L）对大弹涂鱼外周血细胞均无明显影响;而国标10倍、100倍和1000倍浓度的Pb或Cr胁迫均会造成血细胞DNA损伤,且离子浓度与血细胞DNA的损伤程度间均存在＂剂量-效应＂,即浓度越高,DNA损伤越严重。因此大弹涂鱼血细胞可作为评价重金属遗传损伤毒性效应的敏感性生物标志物。