幽门螺杆菌的基因分型方法及其应用

近几年,有关幽门螺杆菌（ＨＰ）基因分型方法及其应用的研究取得了很大进展。基因分型方法包括：质粒分型、限制性内切酶分型（ＲＥＡ）、核糖分型、染色体ＤＮＡ脉冲场凝胶电泳（ＰＦＧＥ）分型、多聚酶链反应限制性内切酶消化（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）分型、任意引物ＰＣＲ（ＡＰ－ＰＣＲ）分型、ＰＣＲ单链构型多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）分型和核苷酸序列分析等。基因分型方法广泛用于ＨＰ的研究,如基因图的构建、感染复发、耐药机     

用系统进化树重建方法确定HCV基因分型的最佳区域

从系统进化树重建原理出发,比较了HCV常用的几个基因分型区域的分型效果,包括5′UTR、core、E1、E2和NS5B区,探讨最能代替全基因组基因分型的区域.结果发现以5′UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异.计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较,结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系.确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域.     

多位点测序分型技术在病原微生物分型鉴定中的应用

多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播分布情况进行追踪监控。目前,MLST技术已被广泛应用于原核病原菌及一些真核病原菌(如真菌)的分型鉴定中。主要对MLST技术的原理及其在一些常见病原菌分型鉴定中的应用进行了简要的阐述。     

分子流行病学：现代技术在微生物分型中的应用

分子生物学技术在细菌鉴别上的应用对临床病人的处理和流行病学调查都有重要作用。用于细菌分型的现代技术包括表型和基因型方法，它们已庄广泛应用于各种细菌的分型。就其分型性、重复性和分辨力而言，各有优、缺点，但以免疫印迹法、多聚酶链反应（ＰＣＲ）及核苷酸序列分析法较好，应在不同的要求和条件下分别采用。     

A族乙型溶血性链球菌emm基因测序分型的研究进展

emm测序分型是根据编码M蛋白的emm基因高变区核苷酸序列特异性将A族乙型溶血性链球菌分型的分子生物学技术。与传统血清学分型比较,具有准确,快速的特点,实验室间可方便,快捷地通过网络进行资料比较。在多价疫苗的构建和效能检测上将有很好的发展前景。     

广州地区嗜肺军团菌环境分离株的基因序列分型分析

摘要:【目的】研究广州市嗜肺军团菌的基因特征,对来自不同水域环境的嗜肺军团菌进行分子分型研究。【方法】选择嗜肺军团菌的7个基因flaA、asd、mip、pilE、mompS、proA和neuA 作为目的基因, 对在2006-2009年间广州地区分离的44株嗜肺军团菌进行PCR扩增和测序,并将核苷酸序列上传至欧洲军团菌病感染工作组（EWGLI）数据库进行比对,得到基因型别（Sequence type, ST）,对结果进行基因序列分型（Sequence-Based Typing, SBT）和系统进化分析。【结     

广州市公共场所中央空调冷却塔水中军团菌mip基因分型

【目的】研究广州市公共场所中央空调冷却塔水中军团菌的基因特征和优势型别。【方法】采用军团菌巨噬细胞感染力增强因子(Macrophage infectivity potentiator,mip)基因分型方法。提取广州市2008-2010年分离的140株(119株嗜肺,21株非嗜肺)军团菌基因组DNA,针对mip基因进行PCR扩增并测序,将核苷酸序列上传至欧洲军团菌感染工作组(EWGLI)数据库进行比对,得到mip型别,并构建系统发育进化树。【结果】140株军团菌均可扩增出700 bp左右的目的条带。119株嗜肺军团菌分为10个mip型别,L.pneumophila-phil-1为优势型别,占52.9%(63/119);21株非嗜肺军团菌分为6个mip型别,L.feeleii-D3131为优势型别,占47.6%(10/21)。【结论】广州市公共场所中央空调冷却塔水中军团菌具有多样性,mip分型技术可用于军团菌的快速基因分型。     

16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析

为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒（Hepatitis A virus,HAV）流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎（甲肝）暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征。本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因IA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81%～100%和99.23%～100%。与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001（蒙古国株）最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87%～99.81%和99.55%～99.95%;1条序列与HAJEF-K12（日本株）最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37%和99.91%。本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0%～0.03%;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18%～0.99%。16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选...     

登革病毒基因组核苷酸序列与血清学分型的相关性研究

为证明登革病毒基因组核苷酸序列与病毒血清学分型的相关性,本文以病毒全基因组和病毒5'末 编码区,E蛋白,NS1蛋白和3'末端非编码区四个基因区段分别进行病毒型间比较。比较结果表明病毒全基因组和病毒的各个基因区段均明显分为相互独立的4个分支,与病毒血清型分型完全吻合,不存在型间重组的现象。文章进一步分析了各型登革病毒型内核酸序列的相似性和型内病毒重组的可能性。     

金黄色葡萄球菌的流行病学分型

金黄色葡萄球菌引起的医院获得性感染问题至今仍备受国内外有关部门重视。控制感染的一个重要策略就是弄清传染源及传播途径，中断菌株在敏感病人之间或无症状携带者与病人之间的传播，这样的流行病学研究依赖于有高鉴别力的分型系统来辨别菌株的相关性。本文就金葡菌传统的基于表型的噬菌体分型、血清学分型、耐药谱分型、凝固酶分型以及新兴的质粒分型、染色体ＤＮＡ脉冲电泳分型、核糖分型和全细胞蛋白图谱分型等分子生物学分型方法作一综述。     

登革病毒基因组核苷酸序列与血清学分型的相关性研究

为证明登革病毒基因组核苷酸序列与病毒血清学分型的相关性,本文以病毒全基因组和病毒5′末端非编码区,E蛋白,NS1蛋白和3′末端非编码区四个基因区段分别进行病毒型间比较.比较结果表明病毒全基因组和病毒的各个基因区段均明显分为相互独立的4个分支,与病毒血清型分型完全吻合,不存在型间重组的现象.文章进一步分析了各型登革病毒型内核酸序列的相似性和型内病毒重组的可能性.     

汉坦病毒的基因分型及其序列分析

为了探讨从核苷酸水平耐汉坦病毒进行分型,设计两对型特异性引物,采用反转录和聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,对亚太地区１８株汉坦病毒进行了扩增鉴定,并对其中７株汉坦病毒的ＰＣＲ产物进行了测序分析。ＰＣＲ的分型结果表明,Ⅰ型引物只能扩增血清Ⅰ型病毒的ｃＤＮＡ;Ⅱ型引物也只能扩增血清Ⅱ型病毒,其间无交叉反应。采用巢式ＰＣＲ和限制性内切酶验证了ＰＣＲ产物的特异性。序列分析结果表明,Ｒ３６Ｍ片段Ｇ１区的核苷酸序列与血清Ⅰ型病毒代表株７６－１１８的同源性为７８．４％,而与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性为６８．１％;Ｒ３６与汉坦病毒序列同源性的成对比较结果也表明,Ｒ３６与血清Ⅰ型病毒的同源性均高于血清Ⅱ型病毒;Ｌｅａｋｅｙ虽然能被Ⅱ型引物扩增,但其序列与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性仅为４４．９％,故不属于血清Ⅱ型病毒。上述研究结果表明,反转录聚合酶链反应能对多数汉坦病毒准确分型,但最终结果尚有赖于序列分析。     

用生物信息学方法确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域

从Genbank中筛选出15条对各成熟肽区域有分别对5'UTR区,core区,E1区,E2区及NS5B区建系统进化树.结果发现以5'UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异.计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较.结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系.用生物信息学方法,比较丙型肝炎病毒的5个常用的基因分型区域,确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域.     

HIV-1分型技术进展

建立发展大规模、准确、快速、经济的HTV-1分型技术对于及时监测HTV-1流行状况，预测流行趋势，制定科学的防治策略具有重要的参考价值。该文就近年来HTV-1基因分型、血清学分型、表型分型等分型技术的发展及其优缺点做一综合比较。     

不动杆菌属的分型研究

本文综述了用于不动杆菌属的１２种分型方法,认为生物分型和抗菌谱分型简便易行,细胞包膜蛋白图谱分型特异性较强,质粒分型不太稳定,脂肪酸分型敏感性差,血清分型和酯酶分型尚需进一步研究,分子生物学分型具有广阔的前景。目前主张联合分型。     

东亚飞蝗病原褪色沙雷氏菌的分型分析

对东亚飞蝗的致病性菌褪色沙雷氏菌进行分型研究,为东亚飞蝗的生物学防治研究或可构建基因工程菌的候选菌株。利用血清型分型与脉冲场凝胶电泳分型方法对不同地区及个体的病死蝗虫中分离的10株细菌与模式菌株(ATCC 13880)进行了分析。结果显示,由不同地区及个体中分离得到的褪色沙雷氏菌同源性存在差异性,基因分型相似性在64%~100%之间,存在不同程度的亲缘关系。本试验丰富了褪色沙雷氏菌的生物学性状内容,也为对褪色沙雷氏菌的检验与进一步深入研究提供了具有参考价值的资料。     

铜绿假单胞菌分型研究进展

铜绿假单胞菌（特别是多重耐药菌株）是引起医院内感染,甚至大规模暴发流行的重要条件致病菌,本文对铜绿假单胞菌流行病学研究常用的两种分型方法（表型分型法及基因分型法）的研究现况和进展进行了简要介绍。     

父儿传播的HBV初步基因分型及变异株检出

为了研究父儿传播的ＨＢＶ基因型别与变 朱,以选择笃配偶无任何ＨＢＶ标志的男性ＨＢＶ携带者及其ＨＢＶ ＤＮＡ最性胎儿为对象,用双脱氧链末端终止法检测父儿ＨＢＶ Ｓ基因４５１～６６０段核苷酸序列。结果４对父儿无论在核苷酸水平带是在氨基酸水平均一致,其中１对在１２６位父儿均有氨基酸替代,别外２对父亲无变异,１例胎儿在１１３、１１４、１３１、１４３位,另１例仅在１４３位有氨基酸替代。根据当前的基因分型方法     

流感嗜血杆菌的分型研究

目的分析同济医院分离的流感嗜血杆菌的生物学分型及荚膜基因分型,了解本地区分离的流感嗜血杆菌的主要流行株。方法2012年1月1日至2012年12月31日从华中科技大学同济医学院附属同济医院分离流感嗜血杆菌100株。根据脲酶、吲哚和鸟氨酸脱羧酶试验对流感嗜血杆菌进行传统的生物学分型,分为Ⅰ～Ⅷ八个生物型。回顾患者病史资料,分析生物学分型和流感嗜血杆菌所引起的疾病之间的关系。用流感嗜血杆菌荚膜编码基因（bexA）和a—f型特异性荚膜基因设计引物,采用PCR技术对流感嗜血杆菌进行荚膜基因检测。通过生物学分型和荚膜基因分型结果的比对,探讨两者之间的关联。结果分离的100株流感嗜血杆菌生物学分型结果如下：Ⅲ型6株,Ⅳ型28株,Ⅴ型1株,Ⅵ型54株,Ⅶ型11株。未分离到Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅷ型。分析患者的临床诊断,发现主要流行株Ⅵ型流感嗜血杆菌主要引起患者肺炎（包括支气管肺炎和新生儿肺炎）和支气管炎（包括毛细支气管炎和喘息性支气管炎）。荚膜基因分型结果显示,未分离到b型和b-型流感嗜血杆菌。共分离到1株f型,其余99株均为无荚膜抗原的不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜分型之间无明显的相关性。结论该院分离的流感嗜血杆菌主要为生物型Ⅵ型。回顾患者病史,发现Ⅵ型主要引起肺炎和支气管炎。荚膜基因分型显示,本地区分离的流感嗜血杆菌主要为不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜基因分型之间无明显相关性。     

淋病奈瑟菌基因分型进展

淋病奈瑟菌表型分型方法的局限性限制其在该菌分型方面的应用。近年来,一系列该菌基因分型方法的建立弥补了表型分型方法的不足。各种基因分型方法,如Opa分型法、Por分型法、脉冲场凝胶电泳等有着各自不同的基因分型基础、应用范围及优缺点等。本文就近年来新发展的最主要的该基因分型方法作一简要介绍。