罗氏沼虾野田村病毒中国株RT-LAMP-LFD快速检测方法的研究

罗氏沼虾白尾病(White tail disease,WTD)是流行于罗氏沼虾苗种阶段的重要疾病,该病病原被确定为罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium rosenbergii Nodavirus,MrNV),为了建立罗氏沼虾野田村病毒中国分离株(MrNV-chin)的便捷、灵敏、特异的分子诊断方法,本研究根据罗氏沼虾野田村病毒RNA2基因保守序列的6个区域设计了4条特异性引物和1条检测探针,将环介导等温扩增技术与侧向流层析试纸(Lateral flow dipstick,LFD)相结合,建立了MrNV的RT-LAMP-LFD检测方法。结果表明,该方法的灵敏度是常规琼脂糖凝胶电泳的10倍;从核酸提取到检测结果判定仅需45min;反应特异性强,对其他虾类病毒WSSV、IHHNV、IMNV、TSV和YHV扩增结果均为阴性;操作简单,不需要复杂的仪器,在61℃水浴反应即可;利用LFD试纸显示结果,肉眼可直接观察判定。作为一种快速灵敏实用的分子诊断技术,该方法有利于罗氏沼虾白尾病的诊断与预防。     

罗氏沼虾诺达病毒的核酸检测及其部分序列分析

根据安替列群岛分离的罗氏沼虾诺达病毒株基因组序列(MrNV-ant),制备特异性核酸探针,设计特异性引物,用点杂交和RT-PCR的方法检测在中国境内分离的罗氏沼虾诺达病毒(MrNV-chin).点杂交的方法可以检测出少于26ng的患肌肉白浊症的组织样品中的病毒,或少于25ng的病毒RNA样品;RT-PCR可以检测出少于25pg的RNA样品.扩增的MrNV-chin RNA1序列长858个核苷酸,与MrNV-ant的核苷酸一致率为957%,两者翻译后的氨基酸序列的一致率为99.7%.扩增的MrNV-chin RNA 2序列长1121个核苷酸,与MrNV-ant的核苷酸一致率为92%,两者翻译后的氨基酸序列的一致率为93.2%.因此,MrNV-ant和MrNV-chin应属于同一种病毒的不同分离株.用两株罗氏沼虾诺达病毒的RNA聚合酶序列与其它6株诺达病毒RNA聚合酶序列比较后构建的进化树中,罗氏沼虾诺达病毒与Alphanodavirus的亲缘关系近于与Betanodavirus的亲缘,组成了一个新的分支.     

罗氏沼虾体内两种病毒颗粒的分离、纯化与核酸特性

从患肌肉白浊症状的罗氏沼虾幼苗体内分离纯化得到两种大小不同的病毒颗粒.这两种病毒颗粒均为对称的20面体结构,表面光滑,无囊膜,对氯仿不敏感.一种是直径为26nm～27nm的颗粒,在氯化铯中的密度为132g/cm3,病毒基因组含两段单链的RNA,分别为30kb和12kb,具有诺达病毒科成员的特征.一种是直径为14nm～16nm的颗粒,在氯化铯中的密度为133g/cm3,含有一段大小为09kb的单链RNA,拟为卫星病毒样颗粒或辅助病毒.     

罗氏沼虾四倍体诱导的研究

对罗氏沼虾卵子极体排出时间和第一次卵裂时间进行了观察,并在此基础上,采用热休克和细胞松弛素 B(C,B)两种诱导方法成功诱导出了罗氏沼虾四倍体。石蜡切片显示,当罗氏沼虾卵子完全成熟时,第一极体已经 排出。第二极体排出的时间约在受精后55min。经过雌性原核和雄性原核的联会,第一次卵裂的时间约在受精后 210-230min。设计了多种处理条件,其中热休克诱导罗氏沼虾四倍体的最好条件是:受精后210min,用40℃水温处 理胚胎1．5min,在这种条件下,最高可以得到35．86％的四倍体率;而C．B诱导罗氏沼虾四倍体的最好条件是:受精 后230min,用1．0mg/L的C．B处理胚胎10min,此时最高四倍体诱导率达33．78％。     

环介导等温扩增技术快速检测施罗氏弧菌(Vibrio shilonii)

【背景】近年来,珊瑚白化事件频有发生,面临着严重衰退。由气候变化引起的珊瑚病原菌快速增殖是导致珊瑚白化的主要因素之一。施罗氏弧菌是枇杷珊瑚的致病菌,能侵入珊瑚虫体内而使珊瑚白化死亡。【目的】优化并建立一种钙黄绿素显色法快速检测珊瑚致病菌施罗氏弧菌的环介导等温扩增(Loop-mediatedisothermalamplificaiton,LAMP)检测技术。【方法】以枇杷珊瑚致病菌施罗氏弧菌为研究对象,针对施罗氏弧菌的rpoD (RNA polymerase subunit D)基因设计6条特异性扩增引物,建立LAMP检测体系并检测其特异性和灵敏度,同时对LAMP法、常规PCR和荧光定量PCR3种检测方法进行比较分析。【结果】供检测的10个样品菌株中,施罗氏弧菌反应结果为阳性,呈亮绿色,其他9株包括阴性对照(灭菌水为模板)反应结果为阴性,呈浅橙黄色;同时,所建立的钙黄绿素-LAMP方法最低检测限度为3.641×10~3 cps/mL,具有与荧光定量PCR等同的灵敏度和准确性,是常规PCR最低检测限度的0.1%;此外,通过模拟野外海水样品检测发现,钙黄绿素-LAMP方法对海水样品中施罗氏弧菌的检测限度可达1.3×10~2 CFU/mL。【结论】建立的钙黄绿素-LAMP检测技术具有很好的特异性、灵敏度和准确性,其操作方法简单、方便,无需昂贵仪器,适用于野外现场珊瑚致病菌施罗氏弧菌的快速检测。     

罗氏沼虾与克氏原螯虾血细胞的比较研究

对罗氏沼虾与克氏原螫虾血细胞的分类与组成进行了染色观察比较研究。根据染色后光镜下血细胞的核质比、颗粒的大小和数量等来对血细胞进行分类,罗氏沼虾与克氏原螯虾的血细胞均可分为透明细胞、半颗粒细胞和颗粒细胞三类;其血细胞浓度分别为1.02±0.21×10⁷ Ind·ml^-1和0.85±0.15×10⁷Ind·ml^-1。2种虾血细胞的颗粒形态存在显著差异;透明细胞、半颗粒细胞和颗粒细胞占血细胞总量的百分比在罗氏沼虾为21.3±6.3%,45.7±2.5%,33.0±6.8%:在克氏原螯虾为12.0±5.8%、49.5±5.1%和38.5±9.5%。     

犬瘟热病毒RT-LAMP检测方法的建立和初步应用

目的利用环介导等温扩增（LAMP）技术建立一种检测犬瘟热病毒感染的新方法。方法根据GenBank中NP基因序列,设计4条LAMP特异性引物,对反应条件、特异性、可视化效果和应用效果进行研究。结果在60℃等温的条件下、1 h内可完成RT-LAMP扩增过程;特异性和可视效果良好;对63份临床标本进行检测,阳性检出率为71.4%（45/63）,检出率高于RT-PCR的63.5%（40/63）。结论建立的RT-LAMP检测方法,显示了较高的特异性和敏感性,而且兼具高效、快捷、可视化的优势,为临床检测犬瘟热病毒感染提供了一种快速简便的新途径。     

鹅副黏病毒环介导等温扩增快速检测方法的建立及应用

参照GenBank中登录的鹅副黏病毒(gallinacean paramyxovirus,GPMV)序列(AY325797),针对GPMV的F基因保守区域设计了4条引物,通过优化反应条件,建立了检测GPMV的逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),并进行了特异性试验、敏感性试验及临床样本检测.结果显示,建立的RT-LAMP方法对GPMV阳性样品扩增产物的电泳呈特征性梯状条带,而鸭瘟病毒(DPV)、鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)、鸭肝炎病毒(DHV)、鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer)、鸭源沙门氏菌(Salmonella anatamu)、鸡马立克病毒(MDV)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的扩增产物电泳后均无扩增条带.建立的RT-LAMP方法对GPMV的最低检出量为9.5 fg的cDNA模板,敏感性比常规RT-PCR方法高1 000倍.表明建立的RT-LAMP方法特异性强、敏感性高.对6份临床样本的检出率为100％ (6/6),与常规RT-PCR的符合率为100％.     

罗氏沼虾胚胎发育的研究:Ⅰ.胚胎外部结构形态发生

罗氏沼虾的胚胎发育过程可准确地分为卵裂期、囊胚期、原肠期、前无节幼体期、后无节幼体期、前状幼体期和状幼体期七个时期。在２８℃水温条件下,胚胎发育的全过程约需４８０小时。     

鸭瘟病毒LAMP可视化检测方法的建立

目的:建立一种快速、简便、特异性高的鸭瘟病毒(DPV)环介导等温扩增(LAMP)检测方法。方法:根据Gen Bank中DPVUI6基因的保守序列设计一套特异性引物,并对反应条件进行优化,建立DPV的LAMP可视化检测方法。结果:建立的LAMP方法对其他鸭常见病原体无扩增反应;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;敏感性可达0.1fg,是常规PCR方法的100倍;扩增反应只须在常规水浴锅中进行,可在1 h内完成。结论:建立的DPV LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,可用于DPV感染的快速检测。     

口蹄疫病毒RT-LAMP检测方法的建立

利用逆转录环介导等温核酸扩增技术(RT-LAMP),建立了口蹄疫病毒快速检测方法,同时评价了该方法的灵敏性和特异性。结果表明,根据口蹄疫病毒多聚蛋白基因保守区段设计的LAMP引物能够在65℃下,1 h内实现目标核酸区段的大量扩增,检测结果可直接用肉眼判断。该检测体系具有极高的特异性,只能检测到目标病毒,与其他类似病毒如猪水泡病病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒等无交叉反应,可检测到10-5稀释度的目标病毒核酸量,比普通RT-PCR的灵敏性高100倍,比荧光PCR高10倍。     

应用等温环介导扩增方法检测蜜蜂残翅病毒的研究

本文的目的在于建立用于临床检测残翅病病毒(Deformed wing virus,DWV)的等温环介导扩增技术(Loopmediated isothermal amplification,LAMP),为该疾病的预防和控制提供理论依据。在DWV基因保守序列设计4条引物,探究LAMP扩增的最优条件,并与常规的PCR(polymerase chain reaction)检测方法进行比较。建立的LAMP方法检测下限为0.89 pg,灵敏度比PCR高100倍而且特异性好。临床检测显示建立的LAMP方法可行、准确、方便、灵敏。针对DWV的LAMP建立的检测方法为养蜂生产第一线检测和预防DWV提供了技术支持,有一定的应用价值。     

鸡新城疫病毒RT-TaqMan-LAMP检测方法的建立及应用

【背景】新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)的传染可能会引发作为二类传染病之一的新城疫(Newcastledisease,ND),给养禽业带来巨大的经济损失,因而早期、精准的NDV筛查是防治ND暴发的关键。【目的】针对新城疫病毒(NDV)建立结合TaqMan探针的反转录环介导等温扩增技术(RT-TaqMan-LAMP)快速检测方法。【方法】根据NDV F基因序列设计特异性引物组和TaqMan探针,以重组质粒pMD-NDV-F为阳性标准品优化反应条件,验证该方法的特异性、灵敏性和重复性,同时与国家标准(GB/T16550—2020)中推荐的RT-qPCR方法比较,对70份实际样本进行验证。【结果】最佳反应条件为61℃60 min。引物和探针最优浓度：1.6μmol/L (FIP/BIP)、0.2μmol/L (F3/B3)、0.8μmol/L (LF/LB)、0.2μmol/L (GTP)。最低检测限为1.651×102 copies/μL,灵敏性是LAMP方法的100倍。无非特异性扩增,与禽流感病毒(avian influenza virus, AIV...     

H5N1禽流感病毒环介导等温扩增快速检测方法的建立

目的：建立H5N1禽流感病毒环介导等温扩增（LAMP）快速检测方法。方法：从GenBank中获得H5N1禽流感病毒血凝素（HA）基因序列,应用DNAStar软件MegAlign程序分析其序列,利用PrimerExplorerV3软件在序列保守区域设计LAMP引物,即外引物、内引物和环引物,同时以所克隆的阳性质粒为模板,对试验中的几个重要参数进行优化。结果：LAMP检测方法对H5N1禽流感病毒的灵敏度达到4～6个拷贝,其引物对于H1、H9亚型禽流感病毒和新城疫病毒无非特异性扩增,表现出良好的H5亚型特异性。结论：建立的H5N1禽流感病毒环介导等温扩增快速检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,为快速检测禽流感病毒提供了新方法和新思路。     

罗氏沼虾幼体精氨酸激酶基因的cDNA克隆及其在双顺反子病毒感染后的表达特征

为探求罗氏沼虾精氨酸激酶（Macrobrechium rosenbergii arginine kinase,MrAK）基因特征和与病毒感染的相关性,研究通过AK基因mRNA全长克隆,并采用QPCR检测病毒感染前后不同时间点罗氏沼虾幼体AK基因的转录差异。最终克隆得到的AK序列全长为1740 bp（GenBank:KT970484）,其开放阅读框包含1068个碱基,编码356个氨基酸;同源性分析显示MrAK基因编码区蛋白与多齿新米虾、南极磷虾、鲑鱼海虱和安氏伪镖水蚤的同源性分别为97%、82%、83%和79%;系统进化树分析表明,该基因与多齿新米虾的AK聚在同一分支簇,而蟹、对虾和螯虾聚在另一分支;氨基酸结构分析表明,其存在一个可能的ATP:胍基磷酸转移酶的活性位点（Cys286-Pro287-Thr288-Asn289-Leu290-Gly291-Thr292）;病毒感染罗氏沼虾幼体后,其AK基因表达在第9h开始出现显著性上调,在12h时达到峰值,随后开始降低。以上研究结果表明,AK基因在无脊椎甲壳动物中存在多样性,其蛋白结构存在保守性,并且其在罗氏沼虾病毒感染过程中起到潜在的能量供给调节作用。     

快速检测中药材乌梢蛇LAMP方法的建立

乌梢蛇作为一种名贵中药材,市面上伪品较多,干燥熏黑处理后的样品,更是真伪难辨。本研究致力于开发一套基于环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)为基础的快速筛查乌梢蛇的方法。本研究以乌梢蛇12srRNA基因序列为基础设计并筛选出1套LAMP引物。通过调整反应条件,建立了对乌梢蛇LAMP的检查方法。结果显示,62℃下连续反应15min左右出现典型的"S"型荧光吸收曲线,实现了对乌梢蛇12srRNA基因序列的特异扩增。根据LAMP灵敏度高的特点,本研究简化了DNA的提取方法,缩短了检测的时间。相对于常规的PCR方法,本研究建立的以快速DNA提取为基础的乌梢蛇LAMP快速筛查方法具有简单、快速、灵敏、对设备要求低等特点,适用于对中药材乌梢蛇的快速筛查。     

罗氏沼虾不同群体线粒体COI基因的序列差异和遗传标记研究

利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾（Macrobrachiumrosenbergii）线粒体DNA的COI基因,测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明,缅甸原种F1代遗传多样性最为丰富,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性相对贫乏。在长度为498bp的基因片段中,共检测到10个多态性核苷酸位点（占2.01%）,17只个体具有5种基因型,3群体各自的平均核苷酸位点差异分别为0.88%、0.07%和0。UPGMA分子系统聚类树显示,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传关系最近,其单倍型混杂聚成一支,而缅甸原种F1群体相对独立为另外一支。COI基因可以作为区分两分支群体的遗传标记。     

环介导等温扩增联合横向流动试纸条快速检测创伤弧菌检测方法的建立

环介导等温扩增技术(LAMP)与横向流动试纸条(LFD)检测联合应用,建立了一种新的快速、便捷的创伤弧菌检测方法。针对创伤弧菌的外膜蛋白TolC基因设计6条特异性引物和1条异硫氰酸荧光素(FITC)标记的探针。生物素标记的LAMP扩增产物能够特异性地与FITC标记的探针杂交,杂交产物经LFD检测。优化后的扩增温度和时间为63℃反应35 min,加上细菌基因组DNA提取步骤,完成检测仅需要80 min。LAMP-LFD方法可特异性地检出创伤弧菌,对哈维氏弧菌等9种水产品常见病原菌的检测均呈阴性;对纯细菌培养物的检测灵敏度为3.7×102 CFU/mL或7.4 CFU/反应,是利用外引物建立的常规PCR检测的100倍。结果表明,该方法能够准确、快速、灵敏地检出创伤弧菌,可应用于创伤弧菌污染的水产品的检测。