使用SPE软件筛选绿尾虹雉微卫星引物及其在亲缘关系鉴定上的应用

圈养绿尾虹雉Lophophorus lhuysii多为一雄配多雌,但由于雄鸟更换,雌鸟产蛋期交错,且无特定产蛋位,导致亲子关系难以确认。本研究从绿尾虹雉基因组中广泛筛选微卫星位点,得到13对引物。采用微卫星PCR引物特异性鉴定程序（SPE）对引物序列进行评估,排除1例PCR产物长度相近的特殊多位点扩增。利用获得的12个微卫星标记在18份绿尾虹雉蛋壳/羽毛DNA样品中进行遗传多样性分析,同时以其中15份蛋壳样品（2018—2019年搜集）为检材,进行了亲缘（同胞）关系鉴定。结果表明,这12个微卫星标记可用于绿尾虹雉亲缘关系的鉴定,对提高小种群的维持能力,保持种群遗传多样性具有重要意义。     

白颈长尾雉生物学研究进展及展望

白颈长尾雉(Syrmaticus ellioti)是地栖生活的大型森林鸟类, 为我国特有珍稀鸟类。由于白颈长尾雉栖息地片段化与丧失, 导致该物种种群数量减少及局部地区种群灭绝, 为有效保护该物种。国内外学者针对白颈长尾雉生态学和生物学开展了大量研究。文章从种群生态、栖息地、迁移及活动区、食性及觅食、繁殖生态、遗传及生理、濒危原因与保护对策等方面对白颈长尾雉的研究成果进行了综述。同时, 对白颈长尾雉下一步的研究工作提出了建议。     

茶园黑刺粉虱(Aleurocanthus spiniferus)种群的RAPD多样性

用RAPD技术对华东地区7个茶园的黑刺粉虱种群进行遗传结构分析。从40个随机引物中筛选出9条具特异性的引物,扩增出248条长度约为200～2000bp的DNA条带,其中199条多态性条带,多态性为80．24％。经Popgene软件分析,黑刺粉虱种群平均水平的多态位点百分比（P砚）为48．33％,Nei＇s基因多样性（HE）为0．2910,Shannon＇s多态性信息指数（日）为0．4442,表明黑刺粉虱种群遗传多样性丰富;各种群问遗传分化程度（Gst）较高,达0．3749,其中PPL以福建武夷山区的九龙山种群（JLS）最高,达77．42％,其次为安徽九华山种群（JHS）的65．73％;而且两种群的HE,H等遗传指标均较高。以NTSYSpc软件包,基于Nei＇s遗传距离对昆虫个体进行UPGMA和NJ法聚类分析,构建分子系统树,并进行多维标度分析（MDS）。系统树显示：同一种群的个体优先聚类,遗传相似度高的种群依次聚类。多维标度分析也显示：浙江杭州、富阳和绍兴3种群集中分布,安徽宣城种群靠近该3种群;而九华山种群则与武夷山区的九龙山种群聚拢;福建金山种群独立成簇。多维标度分析与聚类分析结果一致。认为粉虱种群间的遗传距离与地理距离之间存在相关性;两个山地种群的多样性有别于其它种群,是因为山地环境和气候引起粉虱适应性的生态地理分化。     

笼养黑颈长尾雉和白颈长尾雉代谢产热特征及体温调节(英文)

采用封闭式流体压力呼吸仪,在5～35℃的环境温度范围内测定了黑颈长尾雉(Syrmaticushumiae)和白颈长尾雉(Syrmaticusellioti)的代谢率(MR)、热传导(C)和体温(Tb)等指标,探讨了其代谢产热特征。结果显示:黑颈长尾雉和白颈长尾雉的热中性区(TNZ)分别为24.5～31.6℃和23.0～29.2℃。在5～35℃的温度范围内,黑颈长尾雉和白颈长尾雉能保持稳定的体温,分别为(40.47±0.64)和(40.36±0.10)℃;在热中性区内,黑颈长尾雉和白颈长尾雉的平均基础代谢率(BMR)分别为(1.36±0.84)和(2.03±0.12)mLO2/(g.h),分别是体重预期值的77%和86%。在下临界温度以下,黑颈长尾雉和白颈长尾雉的最小热传导分别是(0.12±0.01)和(0.17±0.01)mLO2/(g.h.℃),分别是体重预期值的119%和124%。这两种鸟的生理生态学特征是:黑颈长尾雉和白颈长尾雉都具有较低的代谢率,较高的体温和热传导,能较好地适应南方湿热的气候特征。     

笼养白颈长尾雉和黑颈长尾雉冬季能量代谢的比较研究

采用全部收粪法试验、代谢试验和统计分析,对不同日龄组白颈长尾雉（Syrrnaticus ellioti）和黑颈长尾雉（Syrmaticus humiae）的能量代谢进行对比研究,表明冬季3～4年种鸡组白颈长尾雉和黑颈长尾雉每只每天平均摄入能分别为（461．90±129．06）KJ和（425．67±61．24）KJ,能量代谢率分别为（87．14±1．56）％和（89．66±1．09）％;210日龄组白颈长尾雉和黑颈长尾雉每只每天平均摄入能分别为（492．78±160．41）KJ和（560．59±133．18）KJ;能量代谢率分别为（84．83±2．25）％和（86．98±1．26）％,这说明冬季黑颈长尾雉的能量代谢率高于白颈长尾雉。     

再引入黑颈长尾雉夏季栖息地选择

2008年6～7月,在广西岑王老山国家级自然保护区采用样带法对再引入黑颈长尾雉(Syrmaticus humiae)的栖息地选择进行了研究。共测定了7条样带上的22个栖息地样方和17个对照样方的24个生态因子。结果表明,再引入黑颈长尾雉的夏季栖息地偏向于选择海拔低、坡位低、乔木较低和灌木较高、落叶盖度较大、灌木层盖度大、草本高且盖度大的阔叶林、针阔混交林或者针叶林;逐步判别分析的结果显示坡位、草本层盖度是重要的生态因子,由这两个变量构成的方程在对栖息地和对照区进行区分时,正判率可以达到77.3%,这种选择与黑颈长尾雉的隐蔽条件和食物密切相关。     

云南黑颈长尾雉分布及栖息地类型调查

黑颈长尾雉是鸡形目鸟类中的濒危物种,分布局限于印度东北部、缅甸北部、泰国西北部和中国西南部。在中国,该雉仅栖息于广西西部和云南中部、西部及南部地区。１９９２年至１９９５年在云南对黑颈长尾雉的分布及栖息生境进行了专门的调查,共有１３县１８个地点记录到黑颈长尾雉分布。通过访问还获得一些可能有黑颈长尾雉分布但需进一步证实的地点。黑颈长尾雉在云南的栖息生境主要有热带季雨林、亚热带常绿阔叶林、暖温性针叶林、     

云南黑颈长尾雉(Syrmaticus humiae)分布及栖息地类型调查

黑颈长尾雉是鸡形目鸟类中的濒危物种,分布局限于印度东北部、缅甸北部、泰国西北部和中国西南部。在中国,该雉仅栖息于广西西部和云南中部、西部及南部地区。１９９２年至１９９５年在云南对黑颈长尾雉的分布及栖息生境进行了专门的调查,共有１３县１８个地点记录到黑颈长尾雉分布。通过访问还获得一些可能有黑颈长尾雉分布但需进一步证实的地点。黑颈长尾雉在云南的栖息生境主要有热带季雨林、亚热带常绿阔叶林、暖温性针叶林、暖热性针叶林和落叶阔叶林等５种类型。栖息地丧失和高强度狩猎是导致黑颈长尾雉濒危的主要原因,如欲有效保护该物种,不仅要注意保护其栖息地,更要严格控制非法狩猎。     

基于ISSR和RAPD标记的4个夏蜡梅种群的遗传多样性研究

利用ISSR和RAPD技术对4个夏蜡梅种群25个单株的遗传多样性进行研究。从60条简单重复序列引物中筛选出了10条引物在25个个体中共检测到62个可重复的位点,其中多态位点为41个,总的多态位点百分率为65.60%;从60条寡居核苷酸引物中筛选出了10条引物共扩增出52个位点,其中多态性位点31个,多态性位点的百分率为57.50%。Shannon指数估算的夏蜡梅群体总遗传多样性为0.3737,各群体平均遗传多样性为0.1645。Nei’s指数估算的夏蜡梅群体总遗传多样性为0.2528,各群体平均遗传多样性为01117;物种水平的有效等位基因数为1.4473,平均值为1.1972。4个自然群体的基因分化系数Gst=05297,即总的变异中有52.97%的变异存在于群体间,而群体内的遗传变异占总变异的47.03%,群体间遗传距离平均值0.2187。也表明了夏蜡梅4个群体间出现了遗传分化。夏蜡梅群体间的基因流较低,Nm=04450。聚类分析将4个种群聚为2支,且聚类结果表现出明显的地域性特征。作为狭域分布种,夏蜡梅各群体间存在遗传分化和多样性程度不高,对夏蜡梅种群多样性的就地和迁地保护势在必行。     

长尾雉的地理分布及其系统关系的初步分析

全世界共有长尾雉５种,其中白颈长尾雉分布于浙江、安徽、福建、江西、湖北、湖南、广东、广西和贵州等９省;黑颈长尾雉分布于广西和云南,国外还分布于泰国、缅甸和印度等地;白冠长尾雉分布于河北、安徽、河南、湖北、湖南、四川、贵州、云南、陕西和甘肃等１０省;黑长尾雉分布于台湾省;铜长尾雉分布于日本．长尾雉的起源中心可能在武陵山脉,并有可能先分化出白颈长尾雉祖种和白冠长尾雉祖种;黑长尾雉、黑颈长尾雉和白颈长尾雉可能由白颈长尾雉祖种分衍产生;铜长尾雉和白冠长尾雉可能由白冠长尾雉祖种分衍产生．     

乌龟遗传多样性的RAPD分析

运用RAPD技术对乌龟的遗传多样性进行了分析。用20个随机引物对24个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,一共扩增出3288条DNA片段,平均每个个体扩增出137条带。在检测到的137个位点中,多态位点数为119个,占869%,标记的分子量在0.2kb-3kb之间。个体间最大的遗传距离为0467,个体间最小的遗传距离为0168。24个个体的平均遗传距离为0324+00631。表明乌龟的遗传多样性水平较高。采用类平均聚类法(NJTREE)构建了24个个体相互关系的分支图。24个个体被分为几个类群,显示种内遗传差异较大,可能存在不同种群。本研究为乌龟的种质保护、合理开发利用以及选择育种提供了新的分析参数。       

Molecular phylogeny of avian genus Syrmaticus based on the mitochondrial cytochrome B gene and control region

Mitochondrial DNA cytochrome b (cyt b) and control region (CR) nucleotide sequences were used to study the molecular phylogeny of the genus Syrmaticus. We found that the substitution rates among the three codon positions of cyt b were heterogeneous and the transition-transversion ratio was highly biased. As to CR sequences of the genus, most variable sites were in the peripheral domains. All molecular phylogenetic trees based on the two genes showed that: 1) the Syrmaticus was monophyletic and included five species with the following cladistic relationship: (S. reevesii, (S. soemmerringii, (S. mikado, (S. humiae and S. ellioti)))). Using the TN genetic distance of cyt b, we inferred the divergence time of the five species according to putative molecular clock and found that values were largely in agreement with the geological scenarios. The origin and speciation processes of the studied group were inferred by combining molecular and biogeographical evidences.     

濒危灌木长叶红砂遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD分子标记对濒危灌木长叶红砂(Reaumuria trigyna)种群遗传多样性进行了分析.应用18条随机引物对长叶红砂5个种群的95个个体进行扩增,检测到118个位点,其中多态位点105个.结果表明:长叶红砂种群的多态位点比率(P)为88.98%,显示出长叶红砂种群存在较高的遗传多样性.Shannon多样性指数(0.4966)、Nei基因多样性指数(0.3303)和基因分化系数(Gst=0.1425)的分析结果显示,长叶红砂种群遗传变异大多存在于种群内,种群间的遗传分化占14.25%.聚类分析表明,长叶红砂种群遗传距离与地理距离之间无直接相关关系.遗传多样性水平与物种特性和所处不同群落有关,濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低.     

辽宁满族11个Y-STR基因座多态性及遗传关系的分析

调查了辽宁满族群体11个Y-STR基因座的多态性分布, 探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用Powerplex Y System荧光标记复合扩增系统检测203名满族无关男性个体的11个Y-STR基因座, 用ABI310遗传分析仪进行基因分型, 计算等位基因和单倍型频率, 并结合已公开发表的国内其他16个群体相应基因座的遗传学资料, 分析其遗传距离和聚类关系。满族个体中共检出189种单倍型, 单倍型频率多样性0.9991, 基因多样性GD值在0.4594(DYS391)～0.9258(DYS385a/b); 从遗传距离分析发现, 满族和东北汉族的遗传距离最小(0.0015), 与维吾尔族的遗传距离最大(0.1485)。结果表明, 11个Y-STR基因座在满族群体中具有较好的遗传多态性, 适用于当地区的法医学应用。与其他民族群体遗传多样性的研究, 对了解满族的起源、迁移以及相互关系有重要意义。     

陕西渭南地区汉族人群17个Y-STR基因座多态性及遗传关系分析

调查陕西渭南地区汉族群体17个Y-STR基因座的多态性,探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用Y-fi ler荧光标记复合扩增系统,对413名陕西渭南地区汉族无关男性个体17个Y-STR基因座进行复合扩增,用ABI3130遗传分析仪进行基因分型,计算各基因座的群体遗传学参数,并结合已经发表的其他10个群体相应基因座的单倍型资料,分析各群体间的遗传距离。413名陕西渭南汉族个体共检出405种单倍型,其中397种单倍型仅出现1次,单倍型多样性达0.9999,基因多样性(GD)为0.4130(DYS391)~0.9734(DYS385a/b),累计GD值为0.9999。遗传距离分析提示,陕西渭南汉族与辽宁满族的遗传距离最小(0.00110),与青海藏族的遗传距离最大(0.22333)。结果表明,17个Y-STR基因座在陕西渭南汉族群体中具有丰富的遗传多态性和较高的非父排除能力,在法医学和人类群体遗传学研究中具有重要价值。     

水杉栽培居群的遗传多样性研究

利用RAPD技术,对9个水杉(Metasequoiaglyptostroboides)栽培居群的遗传多样性进行了初步研究。用10bp的随机引物16条,共扩增出103个位点,其中37个为多态位点,占35.92%。各居群的多态位点百分率在16.50%~33.01%之间。POPGENEversion1.31软件处理结果如下:居群的Shannon’s信息指数为0.1930。遗传距离在0.0130~0.0650之间,遗传一致度在0.9370~0.9871之间。AMOVA分析结果显示遗传变异主要存在于居群内,占89.05%,居群之间有一定的分化。上述结果表明水杉栽培居群的遗传多样性略低于自然居群,涵盖了自然居群近80%的遗传多样性。由此可以确认栽培水杉的种源是经过混合的,它们在相当程度上代表了自然居群的遗传多样性水平。采自潜江的9株丛枝水杉(Metasequoiaglyptostroboidesvar.caespitosa)没有扩增出特有位点,将其视为一个居群根据遗传一致度作UPGMA聚类分析时,该居群和湖北的3个居群及南京(NJ)、成都(CD)居群聚在一起;单株聚类时丛枝水杉也没有聚成独立的一支,而是比较分散,因此不支持将丛枝水杉作为水杉的一个变种的分类处理。从亲缘关系上看,丛枝水杉应当归属于湖北潜江蚌湖种子园(BH)和湖北潜江广华(GH)居群,这与其分布现状也是吻合的。     

RAPD analysis of genetic diversity and population genetic structure of Stipa krylovii Reshov. in Inner Mongolia steppe

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was used to characterize the genetic diversity and population genetic structure of Stipa krylovii populations in Inner Mongolia steppe of North China. Thirteen 10 bp oligonucleotide primers, which generated 237 RAPD bands, were used to analyze 90 plants of five populations from three regions, meadow steppe, typical steppe and desert steppe, from the east to the west. The genetic diversity of Stipa krylovii that was revealed by observed number of alleles (na), expected number of alleles (ne), Nei's diversity index (h), Shannon's diversity index (H), amplificated loci, polymorphic loci and the percentage of polymorphic loci (PPB) increased from the east to the west. The Pearson's correlation analysis between genetic diversity parameters and ecological parameters indicated that the genetic diversity of Stipa krylovii was associated with precipitation and cumulative temperature variations along the longitude (humidity were calculated by precipitation and cumulative temperature). Dendrogram based on Jaccard's genetic distance showed that the individuals from the same population formed a single sub-group. Although most variation (56.85%) was within populations, there was high genetic differentiation among populations of Stipa krylovii, high differentiation within and between regions by AMOVA analysis. Either Nei's unbiased genetic distance (G(ST)) or gene flow (Nm) among pairwise populations was not correlated with geographical distance by Mantel's test (P > 0.05), suggesting that there was no consistency with the isolation by distance model in these populations. Natural selection may have played a role in affecting the genetic diversity and population structure, but habitat destruction and degradation in northern grassland in China may be the main factor responsible for high genetic differentiation among populations, within and among regions.     

哀牢山国家级自然保护区南华片三种雉类春季取食地利用比较

探讨亲缘关系密切、营养关系相似的物种间的共存机制,是群落生态学的研究热点之一。研究结果有助于了解同域物种的资源利用特点和分化方式,对于地区生物多样性的保育工作亦具有指导意义。黑颈长尾雉(Syrmaticushumiae)、白鹇(Lophuranycthemera)和红喉山鹧鸪(Arborophilarufogularis)为哀牢山国家自然保护区南华片区同域分布的3种雉类,它们亲缘关系较近,食性相似。比较三者春季取食地18个生态因子生态位宽度和重叠指数,结果显示,黑颈长尾雉广适性(生态位宽度值>0·8)的取食地因子最少(1个),专一性(生态位宽度<0·8)因子最多(4个);白鹇居中(3个和2个);红喉山鹧鸪与黑颈长尾雉恰好相反(6个和0个)。黑颈长尾雉与白鹇生态位重叠指数≥0·5的因子数(5个)多于黑颈长尾雉与红喉山鹧鸪的(2个)和白鹇与红喉山鹧鸪的(4个);灌木层盖度、草本层盖度和种子密度的生态位重叠指数在3种雉类间均较大。单因素方差分析结果表明,3种雉类在坡向、乔木密度、草本层盖度、种子密度和土壤动物等5个因子均无差异;在距空旷地距离、距道路距离和灌木层盖度等3个因子均有差异;而其余因子则是在不同的两个物种之间有差异。主成分分析结果显示,黑颈长尾雉取食地前7个主成分的累计信息量达85·6%,白鹇的前6个达86·0%,红喉山鹧鸪的前5个达79·0%。影响这三种雉类取食地选择的因子主要集中于前3个主成分。3种雉类间取食地因子差异状态呈镶嵌分布,意味着种间生态位呈分化状态。各物种优先选择的因子组合不同,各因子的重要程度亦不一。     

Isolation and characterization of microsatellite markers in Elliot's pheasant (Syrmaticus ellioti)

We isolated eight microsatellite loci from genomic DNA in Elliot's pheasant Syrmaticus ellioti using streptavidin‐coated magnetic beads. In the analyses of 53 individuals sampled, these loci displayed polymorphism varying from six to nine alleles per locus and observed heterozygosities ranging from 0.174 to 0.430. The results suggested that these novel microsatellite markers could become useful molecular tools for genetic studies of S. ellioti.     

Genetic diversity of Chinese alligator (Alligator sinensis) revealed by AFLP analysis: an implication on the management of captive conservation

Chinese alligator (Alligator sinensis) is one of the most critically endangered species among 23 extant crocodiles in the world. To prevent the extinction of the species, a captive propagation started at early 1980s, and the total number of alligator was brought up to 10 thousands from dozens of founder in 2000. But several genetic investigations showed those alligators were under an extremely low genetic diversity status with few detectible polymorphic loci. To get more insight into its genetic diversity for the management of captive Chinese alligator, AFLP was adopted to characterize variations in the population. Total of 347 bands were generated from 47 individuals using 3 primer combinations, of which 203 (58.50%) were polymorphic, and 35 AFLP phenotypes were revealed from those individuals. Comparing the results between RAPD and AFLP analysis on almost same sample set clearly indicated that AFLP is more efficient in revealing polymorphic loci, especially in those populations with extremely low genetic diversity. In present three assays, electrophoresis profile also displayed 3 individuals possessing very highly polymorphic AFLP phenotypes that were never been found by RAPD and mtDNA D-loop sequencing, implicating that we should offer these individuals more breeding opportunities to maintain the genetic diversity in the population and restrict those carrying few polymorphic loci from reproduction.