猪5个群体SLA微卫星遗传多样性

文章旨在比较广东地方猪、华南野猪(S.s.chirodontus)和引入品种白细胞抗原复合体(Swine leukocyteantigen complex,SLA)的遗传多样性,为猪的抗病选育提供理论依据。在SLA区域内选取18个多态性丰富的微卫星(SLA-MS),分别对皮特兰、杜洛克、大花白、蓝塘猪以及华南野猪进行遗传分型。结果表明,SLA不同区域平均遗传多样性高低依次为SLAⅡ(He=0.628,PIC=0.581)>SLAⅠ(He=0.530,PIC=0.474)>SLAⅢ(He=0.526,PIC=0.458);5个群体间分子多样性指数(MDI)依次为华南野猪(0.716)>蓝塘猪(0.614)>大花白(0.559)>皮特兰(0.550)>杜洛克(0.507)。总体看来,SLA-MS的遗传多样性高低依次为华南野猪>广东地方猪>引入品种。基于Garza-Williamson指数(GWI)分析,杜洛克和大花白相较于华南野猪瓶颈效应严重;遗传距离分析表明蓝塘猪和华南野猪首先聚为一类,然后与大花白聚为一大类,而皮特兰和杜洛克则单独聚为一支。文章为广东地方猪种质资源的保护、抗病选育和配套系的生产提供了理论基础。     

山羊群体遗传多样性的微卫星分析

为了保护和合理利用我国地方山羊品种遗传资源提供理论基础,本研究利用国际农粮组织和国际家畜研究所推荐的10对微卫星引物,结合荧光标记PCR,检测了中国9个地方山羊品种和1个引进山羊品种的遗传多样性。所研究的10个品种中7个呈现出高度多态,3个呈现出中度多态。并共检测到119个等位基因,有效等位基因数在1.4641~9.2911之间,座位平均杂合度在0.2618~0.7672之间,品种平均杂合度在0.5196~0.7024之间,其中SRCRSP23位点和河西绒山羊(HXR)平均杂合度最高。聚类关系(NJ和UPGMA)和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。     

飘鱼微卫星位点的筛选及珠江流域5个地理群体的遗传多样性分析

为了解珠江流域飘鱼(Pseudolaubuca sinensis)群体间的遗传多样性及其分化程度,利用RAD-Seq技术开发出微卫星位点,并设计了100对微卫星引物,筛选出66个可稳定扩增出目的条带的位点,其中16个具有较高的多态性(PIC>0.5),以2碱基重复居多。利用其中10对多态性位点对珠江流域的郁江(YuJ)、左江(ZJ)、右江(YJ)、融江(RJ)和桂江(GJ)飘鱼群体进行遗传多样性研究,得到有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度范围分别为5.2028—6.3800、0.6773—0.7667和0.7975—0.8425,表明珠江流域5个飘鱼群体具有较高的遗传多样性,以YuJ群体遗传多样性最高, RJ群体遗传多样性为最低。且群体间各个遗传参数相差较小,说明他们的遗传多样性水平相近。AMOVA分析显示,遗传变异主要来自于群体内(98.45%),仅一小部分的变异来自于群体间(1.55%),总群体的遗传分化系数Fst为0.015,两两群体间的Fst在–0.0033—0.0295波动,属于低等程度的分化。群体间基因交流值(Nm)在8.2246—76.0075,表明群体间基因交...     

微卫星分析9个哲罗鱼野生群体的遗传多样性

哲罗鱼(Hucho taimen)是我国珍稀的土著冷水性鱼类,目前已处于濒危状态.为了解哲罗鱼的种群遗传多样性和遗传结构,该研究利用20对微卫星标记对9个野生哲罗鱼群体进行了分析.结果表明:9个哲罗鱼群体的观测杂合度在0.0994～0.8882,期望杂合度在0.2005～0.8759,PIC指数在0.3432～0.5261,其中呼玛河群体的遗传多样性较低.群体间的Fst在0.0246～0.2333 (P＜0.0001),Nm在0.8216～9.9292,群体间遗传分化较明显,基因交流少;群体的同胞系比例在27.78％～90.91％,说明近交压力较大,可能经历过遗传瓶颈或存在这样的风险.AMOVA分析表明,群体间各基因座遗传分化系数的均值为0.1081;聚类分析结果显示北极江段群体独立为一支,呼玛河群体与乌苏里江各群体聚为一支,黑龙江中上游各群体聚为一支.这些结果表明,哲罗鱼资源量的减少已经影响了群体间的基因交流.应杜绝对哲罗鱼资源破坏性捕捞,同时加强群体间基因交流,以期达到全面保护哲罗鱼种质资源的目的.     

大鳞副泥鳅5个野生群体的遗传多样性分析

利用微卫星分子标记分析了天津地区于桥水库、大黄堡湿地、七里海湿地、团泊水库和潮白新河5个野生大鳞副泥鳅群体的遗传多样性。5个群体在12个微卫星位点共检测到98个等位基因,平均等位基因数为8.500;有效等位基因数为2.713;平均观测杂合度为0.526;平均期望杂合度为0.544。5个群体间的遗传分化指数介于0.021~0.106之间,平均遗传分化指数为0.059,属中低水平的遗传分化。AMOVA分析结果显示,在总的变异中,94.1%的遗传变异来自群体内,5.90%的遗传变异来自于群体间。根据Nei’s遗传距离所绘制的系统树显示,于桥水库、团泊水库、七里海湿地和大黄堡湿地4个群体的遗传距离相对较小聚为一支,潮白新河群体单独为一支。遗传瓶颈效应分析表明,该5个群体近期未经受遗传瓶颈效应,处于突变-漂移平衡。总体来看,天津地区5个野生大鳞副泥鳅群体的遗传多样性较高,可作为品种选育的基础群体。     

华南鲤选育群体不同世代遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

为了解人工选育对华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)选育群体遗传结构的影响, 采用微卫星技术分析了华南鲤4个连续选育世代(F₁、F₂、F₃和F₄)的遗传多样性和遗传结构。结果显示:在4个选育群体中, 16对微卫星引物共扩增得到99个等位基因, 每个微卫星座位检测到的等位基因数为3—10个, 平均为6.1875个。随着人工连续选育的进行, F₁到F₄的平均等位基因数(N_a)从5.6875下降到4.6755, 平均观测杂合度(H_o)从0.7943下降到0.7135, 平均多态信息含量(PIC)从0.6577下降到0.5834。F₁与其后各代的遗传距离逐代增加(从0.1486上升到0.2181), 遗传相似系数逐代减小(从0.8619下降到0.8041), 而相邻世代间的遗传分化指数(F_st)逐代变小(F₁与F₂为0.062, F₂与F₃为0.058, F₃与F₄则为0.051), 遗传相似性逐步升高。世代间F_st值配对比较结果显示4个世代间的遗传分化处于中等水平, 表明人工选育已对华南鲤选育群体的遗传结构产生了影响。实验结果表明, 华南鲤经过4代选育后, 虽然遗传杂合度和遗传多样性存在下降的现象, 但遗传多样性水平依然较高, 还具有进一步选育的潜力。研究结果为下一步制定华南鲤新品种选育计划提供基础遗传数据。     

虹鳟6个养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用14对微卫星分子标记对虹鳟的6个养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明：6个群体的平均等位基因数A为 2.89～4.22,平均有效等位基因数Ne 为2.15～2.78,平均观察杂合度Ho 为0.4801～0.6786,平均期望杂合度He 为0.5052～0.6211,平均多态信息含量PIC 为0.4298～0.5762;其中渤海站群体的等位基因数最多、多态信息含量最高,有效种群最大,通过基因型的P值发现6个群体只在位点AF375034符合Hardy-Weinberg平衡,在其他位点都不同程度的偏离平衡,同时对6个群体的遗传距离进行了估算,聚类分析发现挪威群体与其他群体遗传距离最远。     

云南野生小蜜蜂群体SSR遗传多样性分析

【目的】小蜜蜂Apis florea是蜜蜂属野生种类之一,在我国主要分布于西南部。对于小蜜蜂的研究我国多集中在形态方面,遗传多样性的研究较少。本文旨在阐明云南地区小蜜蜂的群体遗传特征,评价其遗传多样性。【方法】本研究利用14对微卫星引物对采自云南省的13群野生小蜜蜂进行了群体遗传变异检测和遗传多样性分析。【结果】在小蜜蜂群体中共检测到53个等位基因,平均等位基因数为3.7857,平均有效等位基因数2.9420,平均期望杂合度和表观杂合度分别为0.5708和0.2184,平均多态信息含量为0.5300。根据Nei’s遗传距离用UPGMA方法对13群小蜜蜂进行亲缘关系分析,结果 13群野生小蜜蜂先分出红河(HH),再分出缅甸(MD)和普洱(PE),最后所有的西双版纳的聚在一起。【结论】说明同一地区的小蜜蜂的遗传距离相对不同地区的较近。     

五个罗氏沼虾群体遗传多样性的微卫星分析

利用16对微卫星标记对来自泰国(CP)、缅甸(MN)、孟加拉(BD)和中国(MP和DP)的共5个罗氏沼虾群体进行了遗传多样性和遗传结构的分析。结果显示, 16个微卫星位点均具有较高的多态性,平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为17.563、0.8316、2.1662和0.7328。5个群体的期望杂合度(He)介于0.7025—0.8594,多态信息含量(PIC)介于0.6538—0.8048,表明所有群体均具有高度遗传多样性,遗传多样性水平CP>MP>BD>MN>DP。遗传分化指数(Fst)值介于0.03430—0.17333,表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。16个微卫星位点的Fst值均大于0.05,均值为0.0977,与群体间有遗传分化相符。AMOVA分析显示群体间变异占总变异的6.22%,群体内个体间的变异占总变异的40.72%,个体内部的遗传变异占总变异的53.07%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示, MN群体首先与MP群体聚为一类,再与DP群体聚为一类,之后再与B...     

合浦珠母贝三个养殖群体微卫星遗传多样性

以广东徐闻金碧公司养殖场、广西北海营盘镇养殖场和南海水产研究所海南实验基地3个合浦珠母贝养殖群体为对象,利用8个微卫星位点M1、M2、M3、M4、M5、M6、M7、M8的引物进行了遗传多样性分析.结果表明:8个微卫星标记位点在3个养殖群体中共检测到58个等位基因,观测等位基因数为2～9个,平均有效等位基因数3.72～5.06,平均观察杂合度0.41～0.56,平均期望杂合度0.67～0.75,3个群体的平均多态信息含量PIC值为0.62～0.70,全部为高度多态(PIC≥0.5),表明这几个合浦珠母贝养殖群体目前仍具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,遗传变异大,可以作为良好的育种材料;在这3个养殖群体中,南海水产研究所海南实验基地的养殖群体的遗传多样性最高,广西北海营盘镇养殖群体遗传多样性最低,这一结果可以为今后选择育种、种质保护提供可资借鉴的资料.

Abstract：

By using eight mierosatellite loci (M1, M2, M3, M4, M5, M6, M7 and MS), the genetic diversity of three Pinctada fucata populations from the pearl farms in Xuwen of Guang-dong and Beihai of Guangxi, and from the experimental base of South China Sea Fisheries Re-search Institute in Hainan was studied. A total of fifty eight alleles of these eight microsatellite lo-ci were detected, among which, the observed allele number was 2-9, average effective allele number was 3.72-5.06, average observed population heterozygosity was 0. 41-0. 56, and aver-age observed expected heterozygosity was 0. 67-0. 75. All the three populations had a polymor-phie information content (PIC) of 0. 62-0.70, suggesting their high polymorphism (PIC > 0. 5). Among the three populations, the cultured population from the experimental base of South China Sea Fisheries Institute had the highest polymorphism, and that from Beihai of Guangxi had the lowest one. These results provided useful information for the selective breeding and germplast conservation of P. Fucata.     

三个虹鳟养殖群体遗传结构的微卫星分析

利用20个微卫星标记对3个虹鳟(Oncorhynchus mykiss)养殖群体进行遗传结构分析。结果表明,(1)3个群体检测的平均等位基因数为3·6～4·1,平均观测杂合度为0·5224～0·6328,平均期望杂合度为0·4736～0·5522,平均多态信息含量为0·4354～0·5084,说明这几个群体多态性属于偏高水平,遗传多样性高。通过d值,确定了Hard-Weinberg平衡的偏离情况,发现AY039638、AY039646在3个群体中都表现为不平衡。对3个群体的遗传距离进行了估算,并进行聚类分析,本溪的两个群体先聚为一支,再与渤海群体相聚,显示出明显的地理特征。(2)本溪虹鳟群体在位点AF352770出现部分等位基因消失的现象;AF352754在本溪群体中表现为位点消失,可作为区分本溪群体和渤海群体的分子标记。(3)综合评价3个群体,渤海站虹鳟群体的遗传多样性最高,与前人研究结果一致。     

梅花鹿3个种群遗传多样性的微卫星标记分析

利用16个微卫星标记对黑龙江省部分地区(兴凯湖农场、大庆市银浪牧场、五大连池大庆农场鹿苑)的3个梅花鹿(Cervus nippon)群体进行了遗传多样性检测.统计了3个鹿群的等位基因组成、平均有效等位基因数(Ne)、平均遗传杂合度(h)和多态信息含量(PIC).结果表明,除5个位点外,其余11个微卫星位点均表现出不同的多态信息含量,其中高度多态位点5个,中度多态位点4个.这说明本研究所选用的微卫星位点可较准确地评估3个梅花鹿群体的遗传多样性,并为今后相关研究筛选出了有价值的引物.3个梅花鹿群体的平均h在0.454～0.636之间变动,其中兴凯湖梅花鹿群体最高,为0.636,具有较大的遗传潜力.     

短柄袍种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记方法对分布在浙江省境内的7个短柄袍种群的遗传多样性和遗传分化进行了分析。从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物,在7个种群140个个体中共检测到132个位点,其中多态位点118个,多态位点百分率（P）为89．39％,各种群P平均为58．87％。短柄袍总的Shannon信息指数（I）为0．4933、Nei指数（h）为0．3347,各种群,平均为0．3362、h平均为0．2291。P、I,h均显示云峰种群最高,天台山种群最低。AMOVA分子差异分析表明,67．97％的变异存在于种群内,32．03％的变异存在于种群间,种群间的基因分化系数（GST）为0．3154。短柄袍种群间的基因流为（Nm）为1．0853。7个种群的平均遗传距离为0．1739。利用UPGMA法对7个种群进行聚类,结果显示天台山和雪窦山种群聚成一类,其它5个种群聚成另一类。     

塔玛亚历山大藻遗传多样性的微卫星分析

应用12个微卫星标记对9株来自欧洲和中国等不同海域的塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)进行了遗传多样性分析,探讨了不同地理藻株之间的遗传分化程度和基因流水平,分析了我国沿海塔玛亚历山大藻的遗传多样性。结果表明：9株塔玛亚历山大藻共检测出26个等位基因,其中9个位点具有多态性,多态比率75%。有效等位基因数1.3243～3.2667,平均为1.8774。塔玛亚历山大藻种内基因多样性为0.3630。9株塔玛亚历山大藻大致可以分为3个进化支,进化支与藻株的地理位置相关联。其中,中国海域的塔玛亚历山大藻至少可分为2个进化支。不同地理分布的塔玛亚历山大藻的遗传分化水平较高,达0.7522。种群间的基因流估算水平较低,提示3个种群间可能不存在基因交流。     

利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性

利用本实验室克隆的16个和国际上发表的8个微卫星标记,对4个中华绒螯蟹群体(江苏、安徽、辽宁、天津)的遗传多样性进行检测。所检测到的扩增片段长度为80—445bp,在群体间扩增出2—10个等位基因,共计155个等位基因,平均等位基因6.458个。4个中华绒螯蟹群体的平均有效等位基因数(Ne)为4.3491—4.7234,平均观察杂合度(Ho)为0.5690—0.6722,平均期望杂合度(He)为0.7238—0.7546,并通过基因型的P值,确定了7个座位处于Hardy-Weinberg平衡;同时对4个群体的遗传距离进行了估算,聚类分析结果表明,安徽、江苏、天津聚为一支,属于长江河蟹类型,辽河种群单独聚为一支。     

核基因组微卫星标记揭示大理茶参与了普洱茶的驯化过程?

利用11个核基因组微卫星标记对普洱茶3个居群、大理茶3个居群及过渡型大理茶2个居群共104株古茶树进行了遗传学分析。研究表明,普洱茶、大理茶和过渡型大理茶居群的遗传多样性相对较低,平均等位基因(Na)为4?852,平均香农多样性指数(I)为1?17,平均期望杂合度(He)和观测杂合度( Ho)分别为0?59和0?52,其中大理茶的遗传多样性水平低于普洱茶和过渡型大理茶。 AMOVA分析表明,普洱茶和大理茶之间遗传分化显著( FST＝0?305),遗传变异主要在居群内(分别为93?51％和89?41％),而居群间的遗传变异较低(分别为6?49％和10?59％)。主成分分析和STRUCTURE聚类分析均支持大理茶和普洱茶为不同的组,过渡型大理茶主要由大理茶驯化而来,并在栽培过程中与大理茶产生了遗传分化。在混栽的大理茶和普洱茶居群间存在由大理茶向普洱茶的明显基因渐渗,证实了大理茶参与了普洱茶的驯化过程。最后,讨论并提出了对大理茶和普洱茶古茶树资源保护的相关建议。     

Genetic Diversity in Five Iranian Native Chicken Populations Estimated by Microsatellite Markers

Iranian chicken genetic resources are characterized by a long history and a vast diversity. This study represents the first results from the selection and evaluation of five polymorphic microsatellite markers for the genetic assessment of five native chicken populations located in the northwestern (West Azerbaijan), northern (Mazandaran), central (Isfahan, Yazd), and southern (Fars) provinces of Iran. The number of alleles ranged from three to six per microsatellite locus. All populations were characterized by a high degree of genetic diversity, with the lowest heterozygosity found in the Isfahan population (62%) and the greatest in the populations from West Azerbaijan and Mazandaran (79%). The largest Nei’s unbiased genetic distance was found between the Isfahan and Fars populations (0.696) and the smallest between the Mazandaran and Yazd populations (0.097). The Isfahan population was found to be the most genetically distant among all populations studied. These results serve as an initial step in the plan for genetic characterization and conservation of Iranian native chickens.     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

山西省榛属植物居群的SSR遗传多样性研究

利用9对SSR引物对山西省平榛(Corylus heterophylla Fisch)和毛榛(C.mandshurica Maxim.et Rupr.)野生居群、欧榛(C.avellana L.)和平欧杂种榛(C.heterophylla Fisch.×C.avellana L.)的人工栽培居群,共205个样本进行PCR扩增,共扩增出172个等位基因。每个位点的等位基因数为5~18个,平均等位基因数为12.5个。居群观测杂合度(Ho)和预期杂合度(He)的变化范围分别为0.395~0.665和0.778~0.906,表明榛属植物遗传多样性较高,其中平欧杂种榛的遗传多样性最高(He=0.867,I=2.271),毛榛遗传多样性最低(He=0.825,I=2.006)。不同物种居群间遗传分化系数FST=0.106,平均基因流Nm=2.609,表明居群间的遗传分化水平较低。各居群在大多数位点上偏离Hardy-Weinberg平衡,主要原因是人工选择或近交所致。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在物种居群内。NJ聚类结果显示毛榛和平榛多数个体聚在各自居群内,平欧杂种榛和欧榛个体交互混合组成一小支后再与平榛聚在一起,表明平欧杂种榛与欧榛、平榛的亲缘关系较近,而毛榛与其它3种榛属植物的亲缘关系较远。本研究还分析讨论了山西省榛属植物居群具有较高遗传多样性的原因,并提出了野生榛子的保护利用策略。