应用基因芯片筛选鼻咽癌信号转导相关基因

目的：建立具有组织特异性的鼻咽癌基因表达谱,筛选鼻咽癌中信号转导相关基因。方法：采用深圳微芯公司基于玻片的包含8046个人类基因的基因芯片,检测7例鼻咽癌组织及1例鼻咽炎组织,初步获得鼻咽癌异常表达基因;结合GO分类从异常表达的基因中筛选信号转导相关基因,以Biocarta信号通路数据库查询筛选基因相关转导信号通路信息。结果：在鼻咽癌组织独得1241个异常用表达基因,其中高表达基因871个,低表达基因343个。发现28个差异表达基因与细胞的信号转导相关,其中表达上调的21个,表达下调的7个。结论：成功建立了具有组织特异性的鼻咽癌基因表达谱,初步获得了鼻咽癌信号转导相关基因。     

基因芯片技术筛选家蝇抗菌肽相关基因

用生物学软件对GenBank中部分昆虫抗菌肽基因编码区保守域设计探针, 用直接点样法将探针点印在特制玻片上构建寡核苷酸(Oligonucleotide, oligo)探针微阵列; 提取诱导后24 h的家蝇三龄幼虫脂肪体总RNA, 逆转录成cDNA并标记上荧光标记物Cy3, 与构建的oligo探针微阵列杂交, 经洗片、扫描处理后进行数据分析。结果在两次重复实验中均检测到有效杂交信号的基因点有15个(不包括阳性对照基因), 为进一步发现其新基因提供了依据。     

基因芯片技术检测拉美夫定相关的HBV变异

In order to study the feasibility of gene chips technology in the detection of HBV mutation associated with lamivudine, we detected the mutation of HBV in peripheral blood of 30 patients treated with lamivudine for at least half a year by gene chips. The result was compared with that from direct sequencing. Both results are highly coincident. The rate reaches 100% while detecting single strain of virus infection, and 85% in multi-strains virus infection. Gene chip technology is quite valuable and practical in future clinic.     

基因芯片技术在新基因发现中的应用

基因芯片技术是20世纪90年代中期在生命科学领域中发展起来的一种分子生物学新兴技术,是多学科的交叉融合。简要概述了基因芯片技术的产生、原理、特点、制作方法和类型,及其在新基因发现中的应用。     

鸡胚公母性腺差异表达基因的基因芯片杂交筛选

采用Affymetrix公司鸡基因组芯片对9日龄鸡胚公母性腺总RNA进行了芯片杂交, 并对基因表达谱进行了分析。统计结果显示, 9日龄母鸡性腺表达基因数19 368个, 公鸡性腺表达基因数19 493个; 公母性腺绝对差异表达基因,即公鸡性腺表达而母鸡性腺不表达基因145个, 母鸡性腺表达而公鸡性腺不表达基因189个。绝对差异表达基因功能分类结果显示, 参与细胞组成、细胞加工和分子结合基因占多数, 部分基因参与细胞器组成、代谢加工、生物学调控以及催化反应和细胞信号转导等。值得注意的是, 本研究发现了一些已经报道同性别决定和分化有一定关联的基因, 如ASW、CHD1和SOX9等, 同时也发现了一些未知其同性腺分化和发育有关联的基因和编码假想蛋白的表达序列。进一步分析这些基因和表达序列的生物学功能和表达模式, 将对鸟类性别决定和分化机制的了解提供有益参考。     

应用RD-PCR技术制备基因芯片靶基因片段

应用RD－PCR技术分离SH－SY5Y细胞的基因片段。从正常培养的SH－SY5Y细胞中提取总RNA,经oligo(dT）纤维素柱纯化分离出mRNA,然后以oligo(dT18)为锚定引物反转录生成单链cDNA,再以此为模板合成DNA的第二条链;将双链DNA经Sau3AI酶切之后,接上接头,经通用引物和选择性引物进行扩增;然后与载体pMD18-T相连,克隆鉴定、筛选、测序。所分离的cDNA片段经过扩增后用于制备基因芯片的靶基因,杂交检测的结果表明,此种方法所分离的基因片段可以用于基因芯片的靶基因片段,所制备的芯片将为进一步研究神经细胞基因表达提供了条件。     

基因芯片筛选差异表达基因方法比较

摘要: 使用计算机模拟数据和真实的芯片数据, 对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析, 旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明, 所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面, SAM和Wilcoxon秩和检验方法较好; 数据分布方面, 正态分布的识别效果较好, 卡方分布和指数分布的识别效果较差。杨树cDNA芯片分析表明, SAM、Samroc和回归模型方法相近, 而Wilcoxon秩和检验方法与它们有较大差异。     

拟南芥基因芯片数据中非生物胁迫相关基因的挖掘

利用方差分析法从拟南芥芯片表达谱数据库挖掘非生物胁迫相关基因,并对这些基因进行GO注释分析,从而揭示非生物胁迫的生物学意义,发现非生物胁迫主要影响植物基因表达过程的转录调节和信号转导过程的磷酸化。同时对这些基因的上游启动子区域序列进行分析,挖掘非生物胁迫反应调控过程和适应过程的转录因子,发现植物非生物胁迫过程主要受bHLH—ZIP类和ZN—FINGER类C2H2型转录因子的调节。     

用基因芯片结合荧光差异显示—PCR筛选和识别胃腺癌转移相关的基因

使用来源于同一个胃腺癌病人的原发灶RF－1（ATCC编号：CRL－1864）和转移灶RF－48细胞系（ATCC编号,CRL－1863）作为研究肿瘤转移分子机制的模型,RF－1（实验组）和RF－48（对照组）的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5两种荧光染料分别标记到两种细胞的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片（双点4096条基因）进行杂交与扫描,重复2次实验,利用计算机数据处理判断基因是否在上述两种细胞中有表达差异,共筛选出差异表达的基因共138条,其中81条在RF－48细胞中表达明显上调,57条在RF－48细胞中表达显著下调,同时也通过荧光差异显示－PCR（FDD－PCR）技术,克服了45个涉及胃腺癌转移相关基因,包括未被发现的基因3个,在两种筛选方法中都存在差异表达的基因共有7条,对部分可能与肿瘤志移机制有关的差异表达基因的作用进行了分析和讨论,基因芯片技术可高通量,大规模地研究基因表达水平,FDD－PCR技术可克隆出未发现的新基因,二者结合,初步筛选出与转移相关的基因,有助于揭示胃腺癌转移的分子机制。     

基因芯片筛选新疆维吾尔妇女宫颈癌差异表达基因

新疆南部维吾尔族聚居区是宫颈癌高发区. 本文旨在利用基因芯片技术筛选与维吾尔族妇女宫颈癌发生相关的基因. 首先,分别提取5例新疆维吾尔妇女宫颈癌和5例子宫肌瘤组织(对照)的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记子宫肌瘤组织的cDNA,用Cy5 dUTP标记宫颈癌组织的cDNA,制成芯片杂交探针.为筛选出宫颈癌组织中差异表达的基因,上述标记探针分别与含有20 000条人类基因的Affymetrix基因芯片进行杂交,杂交信号用GeneChip Scanner 3000扫描仪扫描,并用芯片图像分析软件(SAM software)分析扫描结果.筛选出的差异表达基因经GO(Gene Ontology)分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）信号通路分析,确定其在宫颈癌中的作用.基因芯片筛选结果显示,在宫颈癌组织中发现2 758个差异表达基因,其中1 326个上调基因,1 432个下调基因.GO分析和KEGG信号通路分析表明,表达差异在两倍以上的基因涉及168个信号通路,包括细胞粘附分子、细胞周期以及MAPK和mTOR信号通路等.上述结果表明,基因芯片技术筛选出大量与宫颈癌发生相关的基因,其中表达差异显著的基因涉及细胞粘附分子、细胞周期和mTOR等信号通路.     

利用表达谱基因芯片筛选溃疡性结肠炎差异表达基因

目的:利用人类全基因组表达谱芯片技术,分析溃疡性结肠炎患者和健康者基因表达谱差异,筛选出溃疡性结肠炎相关基因。方法:采用Trizol法提取8例溃疡性结肠炎患者和8例健康对照者结肠粘膜组织总RNA并纯化,逆转录合成c DNA,利用荧光染料Cy3标记aa UTP,转录合成标记的c RNA,并与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选出相关差异表达基因,采用DAVID在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能,并对部分差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果:筛查出溃疡性结肠炎结肠粘膜组织差异表达基因4132个,其中上调基因2004个,下调基因2128个。选取6条差异表达基因进行PCR验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论:溃疡性结肠炎患者与健康对照者基因表达存在明显差异,分析这些差异表达基因有助于我们探索溃疡性结肠炎的发病机制,为疾病的治疗提供理论依据。     

基因芯片分析干扰素对乙型肝炎病毒转染细胞基因表达的影响

乙型肝炎病毒 (HepatitisBvirus ,HBV)的持续性感染是影响人类健康的重大问题 ,而α 干扰素 (IFN α)和γ 干扰素(IFN γ)分别具有抗HBV的作用。为了研究HBV持续存在对IFN效应基因表达的影响 ,将HepG2细胞和来源于HepG2细胞并整合有HBV基因组的HepG2 .2 .15细胞经IFN α或IFN γ处理 6h后 ,用含 14 112个靶基因的人cDNA基因芯片检测了各组基因表达谱的差异。结果证实 ,许多与细胞周期、增殖、凋亡相关的基因及部分EST和功能未知基因受IFN调节 ;IFN诱导后 ,一些与激酶和信号转导、转录调节、抗原递呈和处理相关的基因在两株细胞间表达存在差异 ,提示HBV影响IFN诱导的细胞基因的表达。进一步挑选部分显著差异表达的基因 ,研究其对HBV复制的影响 ,结果发现在两个细胞株中IFN诱导后基因表达差异的双遍在蛋白 (Diubiquitin)和髓样细胞分化蛋白 (MyD88)均可显著降低HBV抗原表达 ,并证实MyD88能抑制HBV复制。这有助于揭示IFN抗病毒效应及HBV持续性感染机制 ,为分子水平寻找新型抗HBV药物的靶点打下基础。     

乙型肝炎病毒X基因真核表达载体的构建及表达

目的:构建含有天然完整的乙型肝炎病毒(HBV)X基因序列的真核表达载体,观察其在肝癌细胞株中的表达。方法:设计并合成HBV X基因的引物,用PCR方法从含完整HBV全基因的HepG2细胞中扩增X基因序列,并将其连接到真核表达载体pVAX-1上,酶切、PCR鉴定;用Triton X-114去除质粒内毒素后,采用电穿孔法将重组质粒pVAX-HBV X和空质粒pVAX-1分别转染SMMC-7721细胞,RT-PCR法检测HBV X基因mRNA的表达,Western印迹鉴定HBV X蛋白(HBx)的表达。结果:酶切和PCR鉴定证实pVAX-HBV X载体中包含完整的HBVX基因片段,该重组质粒转染的SMMC-7721细胞中HBV X基因mRNA及HBx蛋白的表达稳定。结论:构建了HBV X基因的真核表达载体,为X基因及其编码蛋白的生物学功能的研究提供了可靠的基因材料。     

慢性乙肝患者的心理健康情况调查分析

目的:本文针对乙肝患者存在的心理障碍,提出相应的干预方法,为提高乙肝患者的心理健康水平及治疗效果提供理论依据。方法:选取2011年1月-2012年11月在我院接受治疗的慢性乙型肝炎患者80例作为研究组,另选取80位同期在我院接受体检的健康人群为对照组。针对两组对象的焦虑、抑郁、偏执等心理问题设计问卷调查,统计并分析调查结果。结果:观察组患者的焦虑及抑郁评分明显高于对照组,差异具有统计学意义(P0.05);观察组中,病情重的患者焦虑及抑郁评分高于病情轻、中度的患者,差异具有统计学意义(P0.05)。结论:慢性乙型肝炎患者的心理压力对治疗有影响,医护人员应积极的对乙肝患者进行心理疏导,帮助其树立自信、摆脱心理障碍,以积极的心态配合治疗,从而获得良好的疗效。     

抗—HBe阳性慢性乙肝临床研究

报告34例抗-HRe阳性慢性乙型肝炎(CHB),占同期住院抗-HBe阳性者的38％。这些患者于3—9年内肝炎再活动2—4次,累计80次。肝炎再活动时的临床表现及肝功损害与同期住院的HBeAg阳性CHB相似,但抗-HBe阳性CHB者肝硬化及肝癌发生比例显著高于HBeAg阳性者(P<0.05)。血清乙肝病毒标志(HBVM)检测发现,80次肝炎再活动中,38次(47.5％)有HBV活跃复制,提示HBV活跃复制是部分抗-HBe阳性CHB肝炎再活动的根本原因,另一部要考虑是其它肝炎病毒重叠感染的结果。     

瞬时弹性成像对慢性乙肝肝纤维化诊断的研究

目的:探讨瞬时弹性成像(FibroScan)诊断慢性乙型肝炎肝纤维化的准确性。方法:选取慢性乙型肝炎患者289例,其中未做病理组198例,病理组91例,正常对照50例,病理组患者行病理肝纤维化检测,未做病理组患者检查B超,全部患者及正常对照应用FibroScan进行肝脏硬度检测(liver stiffness measurement,LSM)值测量。分析未做病理组慢乙肝组与正常对照组间及未做病理组慢乙肝组B超肝纤维化各级间LSM值的差异;病理慢乙肝组采用受试者工作特征(Receiver Operating haracteristic,ROC)曲线分析FibroScan诊断肝纤维化的准确性,并得出各期诊断界值;根据该诊断界值对未做病理慢乙肝组进行FibroScan肝纤维化分期,分析其与B超肝纤维化分级的一致性。结果:LSM值在未做病理慢乙肝组和正常对照组间及B超肝纤维化各级间差别显著(P0.05);其中病理组统计结果显示F1、F2、F3、F4期肝纤维化的ROC曲线下面积(Area under Receiver Operating Characteristic,AUROC)分别为0.726、0.847、0.806、0.864,诊断界值分别为6.5、7.4、10.1、17.0 kPa,敏感性分别为69.62%、68.33%、66.67%、72.22%,特异性分别为66.67%、87.10%、85.71%、91.78%;肝纤维化的FibroScan分期和B超分级具有一致性(Kappa值=0.366,P0.05)。结论:FibroScan对慢性乙型肝炎肝纤维化尤其是严重肝纤维化及肝硬化诊断准确性高,具有良好的临床应用价值。     

乙型肝炎病毒X基因真核表达载体的构建及其在巴斯德毕赤酵母中的表达

目的：在巴斯德毕赤酵母中表达乙型肝炎病毒（HBV）X蛋白,为探讨HBVX蛋白与慢性乙型肝炎及肝细胞癌发生的关系奠定基础。方法：用PCR方法扩增X基因序列,并分别在上下游引入XhoⅠ和XbaⅠ酶切位点,插入pPICZαA载体,转化大肠杆菌TOP10,筛选阳性克隆,对其进行PCR和双酶切及测序鉴定,构建HBVX蛋白毕赤酵母表达质粒pPICZαA-HBx;电击转化毕赤酵母GS115,对阳性克隆进行诱导表达后经SDS-PAGE和Western blotting鉴定目的蛋白。结果：双酶切pPICZαA-HBx后,琼脂糖电泳可分别见到大小约为3.1kb和465bp的片段,表明目的片段已插入载体中,序列测定表明其含有完整的X基因片段,Western blotting结果显示含有pPICZαA-HBx的毕赤酵母GS115能分泌表达X蛋白。结论：构建了毕赤酵母表达载体pPICZαA-HBx,并能在毕赤酵母GS115中分泌表达X蛋白。     

6天龄与10天龄大鼠的睾丸组织的基因差异表达

通过基因芯片技术,利用Roche-NimbleGen公司制作的大鼠12×135K全基因组表达谱芯片,对日龄为6d和10d的大鼠睾丸组织进行全基因组表达差异分析。结果显示:具有2倍以上的差异表达基因有4298个,其中表达上调的基因共1878个,表达下调的基因共2420个。这些差异表达的基因中有3154个基因具有基因本体注释,参与了154个生物学通路。进一步分析表明具有8倍以上差异表达的基因有13个,这些基因参与了生物学过程、细胞组分和分子功能等基因本体分类,进一步选择3个差异表达的基因,LOC686076、Cxcl6和Trib3,做了实时定量RT-PCR检测。其结果趋势与芯片数据一致。因此,我们初步认为精原干细胞的发生与增殖在大鼠早期的发育过程中已经有大量的基因参与,是一个多基因协调表达的过程。     

CXCL8及其受体的表达在慢性乙肝患者临床诊断中的意义

为了揭示慢性乙肝患者外周血中性粒细胞上CXCL8及其受体CXCR1和CXCR2的表达情况。本研究选取2015年1月至2017年12月在我院确诊并治疗的慢性乙肝患者126例,其中男性78例,女性48例;HBeAg(+)患者51例,HBeAg(-)患者75例,中性粒细胞内的HBV DNA(+)患者48例,HBV DNA(-)患者78例。另外,选取同期我院经病理诊断为肝细胞正常的肝移植供肝者30例作为对照组。检测各组受试者外周血中性粒细胞上的CXCL8、CXCR1和CXCR2的m RNA和蛋白表达。病理G分级为G3~G4的患者的平均CXCL8、CXCR1和CXCR2 mRNA表达水平均显著高于G1~G2患者。病理S分期为S3~S4患者的CXCL8、CXCR1和CXCR2 mRNA表达水平显著高于S0~S2患者。严重程度为重度的患者的CXCL8、CXCR1和CXCR2 mRNA表达水平显著高于轻中度患者。HBeAg(+)患者的CXCL8和CXCR1 mRNA表达水平显著高于HBeAg(-)患者,且HBV DNA(+)患者的CXCL8和CXCR1 m RNA表达水平显著高于HBV DNA(-)患者。研究结果表明,病例组患者的CXCL8、CXCR1和CXCR2蛋白的阳性表达率分别为89.68%、83.33%和58.73%,而健康对照组的为10.00%、23.33%和43.33%。病例组的CXCL8和CXCR1阳性表达率显著高于对照组,而病例组CXCR2蛋白阳性表达率与对照组无显著差异。初步结论表明,CXCL8及其受体CXCR1和CXCR2与患者临床病理分期及疾病严重程度密切相关。监测CXCL8与CXCRl的表达水平对慢性乙肝的早期诊断及肝细胞损伤程度的判断具有重要意义。     

慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体和纤维蛋白原水平的变化

目的:分析慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体和纤维蛋白原水平的变化及其临床意义.方法:应用乳胶比浊法及凝固法分别测定血浆D-二聚体和纤维蛋白原的水平,其中慢性重型肝炎患者40例,慢性肝炎患者28例作为对照组.结果:慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体及纤维蛋白原检测异常率分别为62.5％(25/40)、92.5％(37/40),明显高于慢性肝炎组0％(0/28)、28.6％(8/28).慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体及纤维蛋白原检测水平分别为3.45± 1.90 μg/mL、1.36± 0.49 g/L,慢性肝炎组患者血浆D-二聚体及纤维蛋白原检测水平分别0.91± 0.47 μg/mL、2.53± 1.02 g/L,组间比较差异有统计学意义.慢性重型肝炎组患者27例死亡,13例好转出院,死亡组患者血浆D-二聚体异常率74.1％ (20/27),检测水平为3.92± 1.76μg/mL,纤维蛋白原异常率100％(27/27),检测水平为1.17± 0.4 g/L;好转组患者血浆D-二聚体异常率38.5％(5/13),检测水平为2.48± 1.88 μg/mL,纤维蛋白原异常率为76.9％(10/13),检测水平为1.74± 0.44 g/L,差别有统计学意义.结论:慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体水平明显增高,纤维蛋白原明显下降,并与患者的病情严重程度及预后相关,检测血浆D-二聚体和纤维蛋白原水平可以作为慢性重型肝炎患者病情轻重及预后判断的临床指标.