中国部分地方鸡种MHC B-G基因第二外显子的遗传多态性

根据鸡主要组织相容性复合体BG基因序列设计特异性引物,在9个中国地方鸡种和1个国外引进鸡种基因组中扩增了包括其第一内含子和第二外显子在内、长度为401bp的DNA片段。经PCRSSCP分型筛选后,对该片段的核苷酸序列进行克隆测序和直接PCR测序及比对分析,发现了31个MHCBG新等位基因;各等位基因主型所含有的亚型数及其在不同品种间的分布极不均衡。第二外显子核苷酸序列和其所编码的MHCBG抗原类IgV结构域氨基酸序列比较表明,在中国地方鸡种BG基因第二外显子的207bp序列中有37个多态性变异位点,其中简约性信息位点29个,单个位点的变异8个;等位基因间的遗传变异范围0.0013-0.1433;各变异位点的核苷酸变异指数0.206-1.462。该编码区核苷酸的异义替换率为9.26%±1.92%,高于同义替换率2.34%±0.90%。所估计的核苷酸转换数和颠换数随着遗传距离的增加而逐渐增加,当核苷酸转换数和颠换数达到平衡后,该片段核苷酸转换数的增加幅度逐渐高于颠换数。在其所编码的类IgV结构域氨基酸序列中,多态变异位点有22个,其中简约性信息位点6个,单变异位点16个;所估测的等电点为8.45,疏水性氨基酸占40.3%,亲水性氨基酸占29.9%;该序列具有明显的疏水性特点。等位基因间的系统发生分析表明,31个BG等位基因分为两个群,相同主型的等位基因首先聚类。本研究为鸡BG基因的免疫功能和遗传进化研究提供了分子依据     

中国部分地方鸡种B-LⅡβ(β_1外显子)基因分子遗传多态性研究

应用ＰＣＲ－ＲＦＬＰｓ方法对１０个鸡种的Ｂ－ＬⅡβ（β１外显子）基因进行分子遗传多态性研 究,综合４种限制性内切酶的酶切情况,共检测到３７种基因组合型,并且在个体间以及品种间 的基因型频率、基因组合型频率都存在较大的差异。同时各酶切位点的Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡状态在品种上也表现不一致。克隆测序结果表明：β１外显子分子遗传多态性更多地体现在氨 基酸水平,作为抗原结合区,其丰富的多态性与抗原多样性相一致。     

中国部分地方鸡种Ｂ—ＬⅡβ（β１外显子）基因分子遗传多态性研究

应用ＰＣＲ－ＲＦＬＰs方法对１０个鸡种的Ｂ－ＬⅡβ（β１外显子）基因进行了遗传多态性研究,综合４种限制性内切酶的酶切情况,共检测到３７种基因组合型,并且在个体间以及品种间的基因型频率、基因组合型频率都存在较大的差异。同时各酶切位点的Ｈardy-Weinberg平衡状态在品种上也表现不一致。克隆测序结果表明β１外显子分子遗传多态性更多地体现在氨基酸水平,作为抗原结合区,其丰富的多态性与抗原多样性相一致。     

我国部分地方鸡种肤色伴性遗传初步观察

对泰和鸡、仙居鸡、固始鸡、北京油鸡、萧山鸡、狼山鸡（Ｎ系）进行肤色伴性遗传观察,结果表明：泰和鸡常染色体上含有１对黑色素基因ＰＰ,仙居鸡、萧山鸡、北京油鸡性染色体上含有Ｉｄ抑制色素基因,狼山鸡、固始鸡、泰和鸡性染色体上含有ｉｄ基因,泰和鸡♂与含有Ｉｄ基因鸡种（仙居鸡、萧山鸡、北京油鸡）♀杂交,Ｆ１代肤色能自别雌雄,公鸡为黄皮肤,母鸡为黑皮肤。     

浙江省地方鸡种的遗传多样性研究

测定了浙江省5个地方鸡种及来航鸡（对照）线粒体D－环区的部分序列（539bp）,构建了鸡种的分子系统树。在所测序列中共有24个变异位点,变异率为4．45％。结果显示,浙江省地方鸡种分为两支,有两个母系来源,一支为仙居鸡,它和外来品种来航鸡关系较近,有共同的母系祖先。另一支为灵昆鸡、白银耳鸡、乌骨鸡和萧山鸡,它们有着共同的母系祖先,其中灵昆鸡,白银耳鸡、乌骨鸡较近,萧山鸡与此3种鸡关系较远。     

山东部分地方猪种MyoG基因5'端遗传多态性及遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪、大蒲莲猪、沂蒙黑猪和里岔黑猪的肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因5'端进行单核苷酸多态性检测,并分析MyoG基因对猪的初生重、60日龄重、210日龄重,60～210日龄平均日增重和背膘厚的影响。根据猪MyoG基因5'端的DNA序列(U14331)设计3对引物,发现5-2引物对扩增的片段有多态性,且存在3种基因型(AA、AB、BB),并对纯合子进行测序,发现2080位G→A突变。χ2独立性检验表明,基因型频率在莱芜猪和大蒲莲猪与沂蒙黑猪和里岔黑猪间存在显著差异(P<0.05)。固定效应模型分析结果表明,初生重基因型间差异显著(P<0.05),而60日龄重、210日龄重、60～210日龄平均日增重和背膘厚基因型间差异不显著(P>0.05)。最小二乘分析结果表明,BB基因型与其他两种基因型比较有较小的初生重和日增重,同AA和AB基因型比较差异极显著(P<0.01),3种基因型在初生重和60～210日龄日增重的大小排列顺序一致,为AA>AB>BB。因此,推测基因型对个体的初生重和日增重存在一定的影响,选择带有A等位基因的个体有望提高个体的初生重和日增重。     

云南地方鸡种的遗传多样性及其与中国家鸡起源的关系

云南地方鸡种在生境、形态外貌、细胞遗传和血液蛋白等方面均表现出多样性,但mtDNA的遗传变异单一。云南地方鸡种有其独特的基因类型,由于所处的特殊地理位置和生态条件差异,形成了与我国其它鸡种相对独立的鸡种。从血液蛋白、细胞遗传和mtDNA等方面进一步证明红色原鸡为家鸡的祖先。云南可能是中国家鸡的起源中心之一。     

鸡血清蛋白质遗传多态性的研究

用聚丙烯酸胺凝胶电泳技术对鸡血清蛋白质多态性进行了研究。实验结果表明：在凝胶图谱上,鸡血清蛋白质从原点到阳极端基本上可划分成,γ-球蛋白、β-球蛋白、α-球蛋白和清蛋白4个区域。各区域均存在不同程度的遗传多态现象,总共约有15条谱带左右。     

用微卫星多态性和RAPD分析广东地方鸡种的群体遗传变异

用５个座位的微卫星标记和７０个１０碱基引物得出的ＲＡＰＤ,研究分析了惠阳胡须鸡、杏花鸡和清远麻鸡３个广东地方鸡种和培育品种粤黄鸡的群体遗传变异及相互间的关系,并讨论了微卫星多态性和ＲＡＰＤ这两种标记在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面分析的意义。微卫星多态性分析结果说明,样本采自保种群的惠阳胡须鸡和杏花鸡以及经长期封闭选育的粤黄鸡的杂合度均较低,而在起源地采样的清远麻鸡杂合度较高,但总的说来这几个鸡种的杂合度仍然是较低的。ＲＡＰＤ分析结果说明,４个鸡种群体间变异较小,但在惠阳胡须鸡发现具有品种特异性的ＲＡＰＤ图带。微卫星多态性和ＲＡＰＤ分析都说明４个鸡种的亲缘关系较近。由于微卫星标记多态性程度高且等显性遗传,因而通过它计算杂合度可以较好地反映群体内的变异;ＲＡＰＤ则在反映群体间的区别甚至某一群体的特征时可提供明确而直接的信息。     

利用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传多样性

中国幅员辽阔, 拥有丰富的鸡种遗传资源. 由于中国地方鸡种生产性能相对较低, 很难与国内外家禽公司育成的商业品种竞争, 现存数目较少, 有些已经濒临灭绝. 为了进一步了解中国地方鸡品种的遗传多样性状况, 本研究采集了分布于中国各地的78个地方鸡品种血样, 并利用分布于13条染色体上27个微卫星标记进行分析. 通过对2740个样本的检测分析发现, 在所有27个微卫星座位中, 等位基因数从6~51个不等, 平均值为18.74. 所检测的78个品种的杂合度(H)均在0.5以上, 所有品种的平均杂合度值为0.622, 多态信息含量(PIC)平均值为0.573. 与国外的同类研究相比, 这一结果表明中国的地方鸡品种具有更加广泛的遗传多样性. 在27个微卫星座位中, 总群内亚群的固定系数(F_ST)从0.065(LEI0166)到0.209(MCW0078)不等, 平均值为0.106. 在检测的位点中, 只有LEI0194位点在所有的群体中均偏离了Hardy-Weinberg平衡(HWE), 而其他位点基本上都处于Hardy-Weinberg平衡状态. 由于小群体中的基因漂移及非随机交配, 一些保种场保存的地方品种(如狼山鸡)的杂合度相对较低, 而保种区的品种由于保种群群体较大, 杂合度也就相对较高. 中国地方鸡品种的高杂合度与其表型多样性是一致的. 通过Nei氏遗传距离和邻接法将中国地方鸡种进行聚类, 结果表明, 中国地方鸡品种可以分为六大类, 分类结果与品种的地理分布基本一致. 通过分子生物学手段进行中国地方鸡品种的遗传多样性分析, 将对中国地方鸡品种的利用和保护提供重要的理论依据.     

不同生态环境中中国猪种的遗传多样性研究

采用最小二乘法研究了中国部分地方猪种血液蛋白质Tf、Am、Pa和Cp位点基因频率与生态环境之间的关系及其变化规律。结果表明,Tf、Am和Cp位点分别被检测出存在3个等位基因,而Pa位点存在2个等位基因。4个位点的各种基因频率在不同猪种类型和生态区域之间均表现出显着差异(P<0.05),显示出地理区域和生态类型对4个位点的基因频率和杂合度有明显的影响。洞庭-洪湖区-新安江-鄱阳湖区-太湖流域是各位点基因频率高低变化的起点.     

中国地方猪ESR基因PvuⅡ多态性及其与产仔数的关系

四川农业大学李明洲等4位研究人员试验采用PCR-RFLPs方法,研究了中国成华猪、内江猪和太湖猪3个地方品种ESR基因的多态性及其与产仔数间的关系。结果表明:成华猪、内江猪、太湖猪的B等位基因频率分别为0.6389、0.6613、0.6855。在这3个猪品种中,除成华猪检测时只有AB、BB两种基     

利用微卫星技术分析中国部分地方鸡种的遗传结构

利用7个微卫星标记对鹿苑鸡、固始鸡、藏鸡、白耳鸡、仙居鸡、茶花鸡、大骨鸡、北京油鸡、狼山鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡和萧山鸡等12个中国地方鸡种的等位基因频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。研究结果表明,12个地方鸡种在7个微卫星座位上的基因频率存在一定的差异;鹿苑鸡的平均基因杂合度最高,为0．5929;茶花鸡的平均遗传杂合度最低,为0．3514。平均多态信息含量也出现了类似的结果,说明鹿苑鸡的遗传多样性最丰富。模糊聚类分析结果表明,12个地方鸡种间,泰和乌骨鸡与河南斗鸡的亲缘关系相对较近,而固始鸡与其他11个地方鸡种的亲缘关系相对较远。12个地方鸡种可以聚为3类：泰和乌骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、大骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡聚为第1个类群;茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为第2类群;固始鸡为第3类群。     

MHC DQA基因的分子进化研究：Ⅰ.等位基因多态性保持机制及GC含量对…

对７种哺乳动物ＭＨＣ ＤＱＡ座位的２３个等位基因不同外显子,抗原识别位点和ＥＮ２的非ＡＲＳ的核苷酸同义替换率和异义替换率进行了分析,发现在ＨＬＡ－ＤＱＡ１的７个等位基因之间和Ｉａ Ａａ８个等位基因之间,即同一物种ＤＱＡ１座位内,ＡＲＳ的ＰＮ均显著高于Ｐｓ２倍以上,表现超显性选择;而不同物种ＤＱＡ基因（ＤＱＡ１或ＤＱＡ２）或同一物种的ＤＱＡ基因（ＤＱＡ１和ＤＱＡ２）的ＡＲＳ之间和各比较组的ＮＡＥＮ２     

56个中国地方猪种微卫星基因座的遗传多样性

采用FA0—ISAG联合推荐的27个微卫星DNA标记对56个中国地方猪品种和3个引进猪种(杜洛克猪、长白猪、大白猪)进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、有效等位基因数、平均遗传杂合度、基因分化系数、多态信息含量和遗传距离并进行系统聚类分析,评估其种内遗传变异和种间遗传关系。以聚类结果为基础,将56个中国地方猪种分为12类：Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类都是《中国猪品种志》中的华北型猪种;Ⅳ类相当于其中的江海型猪种;Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅸ类的品种大部分属于华中型;Ⅹ和Ⅺ类相当于华南型品种;Ⅻ类相当于西南型品种。提出保种场结合保护区是一种比较符合我国地方猪种实际状况的保种模式。研究结果可为我国地方猪种种质特性研究提供基础数据,为我国地方猪品种资源的合理保护和利用提供科学依据。     

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用12对AFLP引物组合检测了19个中国地方猪种（群）,1个培育猪种和4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异,根据AFLP分析结果计算了24个猪种（群）间的遗传相似系数,据此构建了UPGMA聚类关系图,结果表明,AFLP标记有着很高的多态检测效率（Ai),平均每个引物组合检测到17.3个多态标记,非常适合于猪种（群）遗传多样性分析和品种鉴定;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显,两类猪群间的亲缘关系较远;南昌白猪与大白猪,铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系,分别与其育成历史,地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种（群）的聚类分析结果与其形态学,地理分布和现行分类情况不相一致的原因进行了探讨。     

3个不同尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体MHC ⅡA基因多态性和遗传分化

MHC ⅡA作为主要组织相容性复合体的重要成分之一,在鱼类的免疫系统中发挥重要作用,具有高度多态性。本研究从广东省3个不同养殖地区的91尾尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的个体中获得了MHC ⅡA的第二外显子区域序列共501条,长度为647～742 bp。对该序列进行分析,共发现12个不同的等位基因。三个群体中核苷酸序列变异百分比为34.73%～60.78%,氨基酸变异百分比为68.24%～78.82%,其中惠州群体的变异比例最高(60.78%和78.82%)。单倍型多样性和核苷酸多样性分析表明:惠州群体的遗传多样性最为丰富。群体间分化指数(Fst)、中性检测(Tajima检测)、平均基因流、平均K2-P遗传距离和AMOVA分析的各项数据表明MHC ⅡA基因的第二外显子区域在3个不同群体间遗传分化不显著,存在一定的基因交流。本研究发现的MHC ⅡA基因的高度多态性及遗传结果,为尼罗罗非鱼抗病品种的选育以及种质资源的保护奠定了重要的基础资料。     

中国广东汉族人群核苷酸修复基因hMTH1 遗传多态性研究

为研究中国南方汉族人群核苷酸修复基因hMTH1遗传多态性,应用聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测172名健康人外周血白细胞hMTH1基因启动子及全部5个外显子多态性,并进行DNA测序。结果发现hMTH1基因启动子及外显子1序列保守,未见突变;外显子2第73位碱基存在T→C杂合型突变,基因型TT和TC频率分别为93.02%、6.98%,等位基因T和C频率分别为96.51%、3.49％;外显子3第45位遗传密码存在T→C杂合型突变,基因型TT和TC频率分别为95.35%、4.65%,等位基因T和C频率分别为97.67%、2.33%,该多态性为首次发现;外显子4第83位遗传密码存在G→A杂合型突变,基因型GG和GA频率分别为89.53%、10.47%,等位基因G和A频率分别为94.77%、5.23％;外显子5第119位氨基酸遗传密码存在C→T杂合型突变,基因型CC和CT频率分别为95.93%、4.07%,等位基因C和T频率分别为97.97%、2.03％。Abstract: In order to study the genetic polymorphisms of nucleotide repair gene hMTH1 in southern Chinese Han population, the polymorphisms of the gene’s promoter and its five exons among peripheral blood lymphocytes of 172 Chinese Han people were analyzed with polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) and DNA sequencing. The sequences of the promoter and exon 1 of hMTH1 gene were conserved. A T to C polymorphism was detected at the 73th base in exon2. The genotype frequencies of TT and TC were 93.02% and 6.98%, respectively. The allelic frequencies of T and C were 96.51% and 3.49％, respectively. A T to C polymorphism was detected at codon 45 in exon3, which was first reported. The genotype frequencies of TT and TC were 95.35% and 4.65%, respectively. The allelic frequencies of T and C were 97.67% and 2.33%, respectively. A G to A polymorphism was detected at codon 83 in exon4. The genotype frequencies of GG and GA were 89.53% and 10.47%, respectively. The allelic frequencies of G and A were 94.77% and 5.23％, respectively. A C to T polymorphism was detected at codon 119 in exon5. The genotype frequencies of CC and CT were 95.93% and 4.07%, respectively. The allelic frequencies of C and T were 97.97% and 2.03％, respectively.     

中国地方鸡种血液淀粉酶Amy-1多态性

本文用聚丙烯酰胺水平凝胶电泳法测定了我国 10个地方鸡种的血液淀粉酶Amy-1多态性,发现我国地方鸡种Amy-1的AA、BB型纯合子基因型频率很低, AB型基因型频率很高,杂合子显著过量,且普遍存在Amy-1分布不平衡。还发现Amy-1A和Amy-1B两个等位基因频率在所有10个鸡种中几乎均为0.5。 Abstract:Blood amylase-1 polymorphism in 10 Chinese native chicken breeds was determined with polyacrylamide horizontal gel electrophoresis.It was found that both AA and BB genotype frequencies were very low,but AB genotype frequency was very high in Chinese native chicken breeds and that amylase-1 distribution in these breeds was widely deviated from Hardy-Weinberg equilibrum proportion.Both Amy-1A and Amy-1B gene frequencies were nearly 0.5 in all 10 breeds.     

鸡Myf6基因遗传多态性及其遗传效应研究

采用测序和单链构象多态(SSCP)的方法分析了Myf6基因在5个优质肉鸡纯系和3个杂交配套系中的遗传分布、遗传变异及群体杂合性等群体遗传信息, 并分析了Myf6基因对胴体性状及肉质性状的遗传效应。结果发现该基因的CDS区域非常保守, 仅在外显子1的47位处发生点突变由G→A, 由于人工选育的原因, 该基因不同基因型的分布在2个优质肉鸡纯系中偏离了Hardy-Weinberg平衡, 并且杂合度较低, 遗传一致性较高, 但在3个杂交配套系中仍都服从Hardy-Weinberg平衡, 杂合度较高, 达到了配套杂交的目的。野生型A基因可显著地提高活重、屠体重、胸肌重和腿肌重(P <0.05), 同时也会降低肉的嫩度。具体地讲, A基因对增加活重、屠体重、胸肌重和腿肌重的加性效应值分别为45.54 g, 41.03 g, 6 g和9.775 g; 对增加肌纤维直径和肌纤维密度的加性效应值分别为1.025 mm和-29.99 mm2。